<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR356224.5	2000	AAGCTTTAATATATATTGTATTCACAGTGCACAGCATAGTACACCCCATT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1	AAGCTTTAATATATATTGTATTCACAGTGCACAGCATAGTACACCCCATT	50

C  CR356224.5	1950	TTGAAAATGATTTTTTTTTTTCCATTTCTCAGTTAATATAGGCAATGCAT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	51	TTGAAAATGATTTTTTTTTTTCCATTTCTCAGTTAATATAGGCAATGCAT	100

C  CR356224.5	1900	TTTAGTGCATTTAAACAAAACAGATTTTTAAATGGATATATTTATTAAAA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	101	TTTAGTGCATTTAAACAAAACAGATTTTTAAATGGATATATTTATTAAAA	150

C  CR356224.5	1850	TTATATTTTAGTCACTAAACATATTTAGAAATTGAAAGATAAAACAATTA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	151	TTATATTTTAGTCACTAAACATATTTAGAAATTGAAAGATAAAACAATTA	200

C  CR356224.5	1800	AATTCCAGCAAAGTGTTGCAAAAAATACTAGAAACTACAAAATTTCAACC	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	201	AATTCCAGCAAAGTGTTGCAAAAAATACTAGAAACTACAAAATTTCAACC	250

C  CR356224.5	1750	TAATTTTAAAATTTTATTTGCTTCTCTTGATTTTTCCTCTTTTTTTTTTT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	251	TAATTTTAAAATTTTATTTGCTTCTCTTGATTTTTCCTCTTTTTTTTTTT	300

C  CR356224.5	1700	TAATTGTATTTAATATTTTTCTATAACATAAATTTGGGTGTACACGTTTT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	301	TAATTGTATTTAATATTTTTCTATAACATAAATTTGGGTGTACACGTTTT	350

C  CR356224.5	1650	TGGACCGTTATCGTAAGTTATTTGTTTGATAAGCTCCAGATTAGGCTTCA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	351	TGGACCGTTATCGTAAGTTATTTGTTTGATAAGCTCCAGATTAGGCTTCA	400

C  CR356224.5	1600	GTACTGACTAATCTAATGTATATGAACAAATATATTGTATAGCTTCCTAT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	401	GTACTGACTAATCTAATGTATATGAACAAATATATTGTATAGCTTCCTAT	450

C  CR356224.5	1550	TAAAAATATGAATTTTAAAAGATAGATTTGTGAGGGGTGTAATTGTATAT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	451	TAAAAATATGAATTTTAAAAGATAGATTTGTGAGGGGTGTAATTGTATAT	500

C  CR356224.5	1500	GCTGAGCGCTGTATGTAGTTAAAATGTTTCTAACAATACTGTCTCCATGG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	501	GCTGAGCGCTGTATGTAGTTAAAATGTTTCTAACAATACTGTCTCCATGG	550

C  CR356224.5	1450	AAACTTTCAGAGTTCGACAAGTTTCTAGAGGAGAGAGCCAAAGCAGCAGA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	551	AAACTTTCAGAGTTCGACAAGTTTCTAGAGGAGAGAGCCAAAGCAGCAGA	600

C  CR356224.5	1400	GATGGTGCCCACGCTGCCGACCCCCCCGACCGATGAGCTTTCTGCTGCTG	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	601	GATGGTGCCCACGCTGCCGACCCCCCCGACCGATGAGCTTTCTGCTGCTG	650

C  CR356224.5	1350	CCGGCTCCTCTGCCAATGCAAGTAAAAAAACAGGCAGATCCGAGGACACC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	651	CCGGCTCCTCTGCCAATGCAAGTAAAAAAACAGGCAGATCCGAGGACACC	700

C  CR356224.5	1300	CTCTTTGCCTTGTAGATAAGTGTCAGATCCTGTGCAGATCCGTCAGCATC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	701	CTCTTTGCCTTGTAGATAAGTGTCAGATCCTGTGCAGATCCGTCAGCATC	750

C  CR356224.5	1250	TCCTCTTTCTCTCCTGCTTCCTGCTTCTCCAGCACAATCAACACTATCAC	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	751	TCCTCTTTCTCTCCTGCTTCCTGCTTCTCCAGCACAATCAACACTATCAC	800

C  CR356224.5	1200	AGCTGAGGCCATCAGAACTGATTCACGATGTAGACATTTTCATAACGGAC	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	801	AGCTGAGGCCATCAGAACTGATTCACGATGTAGACATTTTCATAACGGAC	850

C  CR356224.5	1150	ATTTTCATACTACACCAAGTTTTCATTCCATTGAGGAAAAAAAAAATGCT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	851	ATTTTCATACTACACCAAGTTTTCATTCCATTGAGGAAAAAAAAAATGCT	900

C  CR356224.5	1100	GTTGAAGATGATGCACCCATAACTCCCTCTAAAAGCGTACCCTGACATGC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	901	GTTGAAGATGATGCACCCATAACTCCCTCTAAAAGCGTACCCTGACATGC	950

C  CR356224.5	1050	GGGTTTCGGGAGGTTGATGTCTATTTTTTTAAATTGATATTTGTGGTATA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	951	GGGTTTCGGGAGGTTGATGTCTATTTTTTTAAATTGATATTTGTGGTATA	1000

C  CR356224.5	1000	AAGCAAGGAGATTCATGTTTACTGTCAGATCCGGCCATGACTAACTTTGT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1001	AAGCAAGGAGATTCATGTTTACTGTCAGATCCGGCCATGACTAACTTTGT	1050

C  CR356224.5	950	GTTCACTGTGGTCCCGCATGCAGCAGCTGAATAATCCTGTTTCTCTTTCC	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1051	GTTCACTGTGGTCCCGCATGCAGCAGCTGAATAATCCTGTTTCTCTTTCC	1100

C  CR356224.5	900	TCAACAATAATCTGTAAAGGGAGCTTTTTTATTTTATTTACCAGATTGCT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1101	TCAACAATAATCTGTAAAGGGAGCTTTTTTATTTTATTTACCAGATTGCT	1150

C  CR356224.5	850	TTAAAGGGATGCTTATACATAGGAGTATTTATTATAAAAATTCCAGTTAA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1151	TTAAAGGGATGCTTATACATAGGAGTATTTATTATAAAAATTCCAGTTAA	1200

C  CR356224.5	800	TACCTCTAATAAGATAAACCAGATGGAAGAGATAATGGTAGCAGCTGACA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1201	TACCTCTAATAAGATAAACCAGATGGAAGAGATAATGGTAGCAGCTGACA	1250

C  CR356224.5	750	GATGTGAGAATTTTGTGTCATATAACCTGAAAATTATAATCTGTTCTCGA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1251	GATGTGAGAATTTTGTGTCATATAACCTGAAAATTATAATCTGTTCTCGA	1300

C  CR356224.5	700	ATGAGTCTTGACTATAAGGAAATGTTTAAGCGTAGACATAATTTATTCAA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1301	ATGAGTCTTGACTATAAGGAAATGTTTAAGCGTAGACATAATTTATTCAA	1350

C  CR356224.5	650	ATTAATAACTGAATATTTAAAAGATGCACCTATATCGCATCATAAGACAG	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1351	ATTAATAACTGAATATTTAAAAGATGCACCTATATCGCATCATAAGACAG	1400

C  CR356224.5	600	ATCAGAGGGAAAAATATATTATATTTACTTCACTGGATCGTTTTAAATCT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1401	ATCAGAGGGAAAAATATATTATATTTACTTCACTGGATCGTTTTAAATCT	1450

C  CR356224.5	550	CATTGTTTTATTAGGCAAAACCATTGCCTATTAGAATGGATTAATAGGAG	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1451	CATTGTTTTATTAGGCAAAACCATTGCCTATTAGAATGGATTAATAGGAG	1500

C  CR356224.5	500	CAAAAAAGTATGTTTTTCAATTGAATTTGCACTGAAAGATCTGTTGGCCG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1501	CAAAAAAGTATGTTTTTCAATTGAATTTGCACTGAAAGATCTGTTGGCCG	1550

C  CR356224.5	450	TTCGGCTGTGTTAAAAGAGCTTTTGTTCAAAGCCCAAATTTAAGCTGTCG	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1551	TTCGGCTGTGTTAAAAGAGCTTTTGTTCAAAGCCCAAATTTAAGCTGTCG	1600

C  CR356224.5	400	TTCATTTCAATGCTGTCTATTATGAGGCCGAAATCAAATGGAGTTTCTGG	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1601	TTCATTTCAATGCTGTCTATTATGAGGCCGAAATCAAATGGAGTTTCTGG	1650

C  CR356224.5	350	TGAAGTGATGGTGACTGCGAGGCAGTTTAAATTGGATTTTGCGCTCCACA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1651	TGAAGTGATGGTGACTGCGAGGCAGTTTAAATTGGATTTTGCGCTCCACA	1700

C  CR356224.5	300	ACTGCAGCAGAAACGTTGTTGAGCTTAGCGTTTGTTATTAGGGAATGAAA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1701	ACTGCAGCAGAAACGTTGTTGAGCTTAGCGTTTGTTATTAGGGAATGAAA	1750

C  CR356224.5	250	TGGATCTGCCTTAAAGAATTGGTTGTGGGTAGTTTAAGGTTTAGTCCACT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1751	TGGATCTGCCTTAAAGAATTGGTTGTGGGTAGTTTAAGGTTTAGTCCACT	1800

C  CR356224.5	200	AATGCTCATTTGACGTTTGGTACTCTCATGTTTGCACACCAGGAATTTGA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1801	AATGCTCATTTGACGTTTGGTACTCTCATGTTTGCACACCAGGAATTTGA	1850

C  CR356224.5	150	TTTCGTGAGGTGAATGTGCTGATGTAATATCTTTAGTTGGAGTGCTGTGT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1851	TTTCGTGAGGTGAATGTGCTGATGTAATATCTTTAGTTGGAGTGCTGTGT	1900

C  CR356224.5	100	CTCGCTGTTGTGTACATACTGTTTTGACGGACCAAATGTTTAACTTTAGC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1901	CTCGCTGTTGTGTACATACTGTTTTGACGGACCAAATGTTTAACTTTAGC	1950

C  CR356224.5	50	AAAATAATTTAAGTGTAGAGTCAACTAACTTGAGACATATATTGCTTTTA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629347.20	1951	AAAATAATTTAAGTGTAGAGTCAACTAACTTGAGACATATATTGCTTTTA	2000

Overview

Query
CR356224.5 - 112893 bps
Hit
BX629347.20 - 200079 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001930200012000-1120001
289.48891345106451197-114718148501
388.532433755045150825-115011153851
484.461623804685847237119981203531
584.951002094473144939132642328471
685.391733874685147237-139497398861
783.191223304212042449139648399861
883.72942426323963480-139736399871
981.931874543863039083143858443221
1087.082163565047050825143858442131
1180.141012853942939713144435447061
1284.251282685093751204144449447021
1381.922095116682267332-147069475491
1489.781261873984940035-148415486001
1586.961352734685147123-169016692911
1683.871263314211942449169055693951
1789.05881367853778672-198751988871
1884.751242944212042413-11048941051881
1990.65245387468514723711049581053421
2087.6888145523875253111264501265951
2182.49781767854278717-11632631634391
2283.4186238966739691011940521942801
Short-link