<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT573120.7	2000	AAGCTTCTCCAAGATAAATATTATTGCCCCACCACTTTGCAGGACTCGAA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1	AAGCTTCTCCAAGATAAATATTATTGCCCCACCACTTTGCAGGACTCGAA	50

C  CT573120.7	1950	CGTATCCCTGCACCGCTTTAACCAGGGGGTCACATCGATTATGACAAGAT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	51	CGTATCCCTGCACCGCTTTAACCAGGGGGTCACATCGATTATGACAAGAT	100

C  CT573120.7	1900	GTTGGAAAATGAATGGCATGCTGCATTCATATGCGCTGGAAAAAGACAAA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	101	GTTGGAAAATGAATGGCATGCTGCATTCATATGCGCTGGAAAAAGACAAA	150

C  CT573120.7	1850	AATACAGCAAGACTCACACTTGAATTTACGCTTTGCCACACAGCACAAGC	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	151	AATACAGCAAGACTCACACTTGAATTTACGCTTTGCCACACAGCACAAGC	200

C  CT573120.7	1800	TGCTCACTGTTATCTGCAGCAGGCCTGCAATATCATGTTTTCAGGGCAGG	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	201	TGCTCACTGTTATCTGCAGCAGGCCTGCAATATCATGTTTTCAGGGCAGG	250

C  CT573120.7	1750	ATCAAAGTGGATGACATAAGCCATTACACCCTTTAGAGAAGTCAGATAAA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	251	ATCAAAGTGGATGACATAAGCCATTACACCCTTTAGAGAAGTCAGATAAA	300

C  CT573120.7	1700	TGCTCAGCAAGGACTCTTATCAAAGGCCGGCTGTTTTAGGATTCTGATTA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	301	TGCTCAGCAAGGACTCTTATCAAAGGCCGGCTGTTTTAGGATTCTGATTA	350

C  CT573120.7	1650	AAGTCCTGCAGGGCTTTTTTCATACTCCCAGTGGAAATAGGTGTACAAAC	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	351	AAGTCCTGCAGGGCTTTTTTCATACTCCCAGTGGAAATAGGTGTACAAAC	400

C  CT573120.7	1600	ATTACACTGTTTGCACTGGCAGGAGAATTTAGTAAGAAGCTCCCTCCAGA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	401	ATTACACTGTTTGCACTGGCAGGAGAATTTAGTAAGAAGCTCCCTCCAGA	450

C  CT573120.7	1550	TTGCCCATGAGACCCAAAAGCAGTTTTTTTATTCATTATGGGAAGGAGCC	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	451	TTGCCCATGAGACCCAAAAGCAGTTTTTTTATTCATTATGGGAAGGAGCC	500

C  CT573120.7	1500	TTTAGTGTTTTCTTTGTGCTTTTTTTTCTGATGTCAAAAATCTTAGCGGT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	501	TTTAGTGTTTTCTTTGTGCTTTTTTTTCTGATGTCAAAAATCTTAGCGGT	550

C  CT573120.7	1450	TAAACTAAATTCAACACTACTGGATTAAATACTGAGCATTTTTACATGGC	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	551	TAAACTAAATTCAACACTACTGGATTAAATACTGAGCATTTTTACATGGC	600

C  CT573120.7	1400	TCTCTGGAATACTTTATACTGATAGGTCAATCACGGCATTCCATGGTATG	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	601	TCTCTGGAATACTTTATACTGATAGGTCAATCACGGCATTCCATGGTATG	650

C  CT573120.7	1350	TTATTCCCAGATAACAGCTGCTGAAACGAATAACACAGGCACAGCCGGGA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	651	TTATTCCCAGATAACAGCTGCTGAAACGAATAACACAGGCACAGCCGGGA	700

C  CT573120.7	1300	ATTTGAATCAGTTCATACGTTCACATCCATATTTACACTCAACAAAAATA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	701	ATTTGAATCAGTTCATACGTTCACATCCATATTTACACTCAACAAAAATA	750

C  CT573120.7	1250	TAAAGAAACACTTTTGTTTTTGCTTCCAGAAGCTAAATCAGACATTTTCT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	751	TAAAGAAACACTTTTGTTTTTGCTTCCAGAAGCTAAATCAGACATTTTCT	800

C  CT573120.7	1200	ATGTACACAAAGGGCATATTTCTTTCAAATGCTTTCCAACATTGGTTTAA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	801	ATGTACACAAAGGGCATATTTCTTTCAAATGCTTTCCAACATTGGTTTAA	850

C  CT573120.7	1150	ATCTGTGTCTGGTCAGTGTCTGGTTTGACCAACATTTGCCGCAACGCATC	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	851	ATCTGTGTCTGGTCAGTGTCTGGTTTGACCAACATTTGCCGCAACGCATC	900

C  CT573120.7	1100	TCCTTCACATAGAGTCTATCATGTTGTTGATTGTGGCCTGTGGATTGTTA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	901	TCCTTCACATAGAGTCTATCATGTTGTTGATTGTGGCCTGTGGATTGTTA	950

C  CT573120.7	1050	GTCCACTTTGGTTGAATTCTATTCTATATAGGCCTTATAAAATGCCACCA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	951	GTCCACTTTGGTTGAATTCTATTCTATATAGGCCTTATAAAATGCCACCA	1000

C  CT573120.7	1000	TCAGGACACTGATGGTGACCTTTTATAAGGCCTTTATAGAATCCATTTGA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1001	TCAGGACACTGATGGTGACCTTTTATAAGGCCTTTATAGAATCCATTTGA	1050

C  CT573120.7	950	ACCTTTTTATTAATTTGTTGGTTTGCTTTAAAAGTAAGACAGAAGAGCTT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1051	ACCTTTTTATTAATTTGTTGGTTTGCTTTAAAAGTAAGACAGAAGAGCTT	1100

C  CT573120.7	900	GCTGTCTAAGATTGTAAATACCTGCAGCAAAGTATAAGGGGTAAAAGTGC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1101	GCTGTCTAAGATTGTAAATACCTGCAGCAAAGTATAAGGGGTAAAAGTGC	1150

C  CT573120.7	850	CGGGGTTGTCCTATTTGTAAGATAGCCAGGTGTTAAAGAAGTCCATTAGA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1151	CGGGGTTGTCCTATTTGTAAGATAGCCAGGTGTTAAAGAAGTCCATTAGA	1200

C  CT573120.7	800	TTACATCTGATACATCTTATTCTCTTTTTGATTTATTTCAAATACTTCCC	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1201	TTACATCTGATACATCTTATTCTCTTTTTGATTTATTTCAAATACTTCCC	1250

C  CT573120.7	750	TCAGGATCTCGATATAGGGTAACTTTTAAACAGATTTAAATTTTCAGTTG	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1251	TCAGGATCTCGATATAGGGTAACTTTTAAACAGATTTAAATTTTCAGTTG	1300

C  CT573120.7	700	TTCCTTGTGCGATTGATTTGCTGAATTTTAACGGGAAGAGCTAGTTGCTG	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1301	TTCCTTGTGCGATTGATTTGCTGAATTTTAACGGGAAGAGCTAGTTGCTG	1350

C  CT573120.7	650	TTTTTTTAGTACTATTAATGTTGTTTAATGTTTGTCTTAAGTGTGTGGTA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1351	TTTTTTTAGTACTATTAATGTTGTTTAATGTTTGTCTTAAGTGTGTGGTA	1400

C  CT573120.7	600	TGATATATGTGTTGTAAATCCAGTACACTGCAGAAAAAATTGCCCCAAAA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1401	TGATATATGTGTTGTAAATCCAGTACACTGCAGAAAAAATTGCCCCAAAA	1450

C  CT573120.7	550	AAGGACAATAAAAGTTTACAGTAACAGTAAATTACTCCAGAGAGGTTTCT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1451	AAGGACAATAAAAGTTTACAGTAACAGTAAATTACTCCAGAGAGGTTTCT	1500

C  CT573120.7	500	GGATATTGGCAGGAACTGGAACATGCTGTTGTATATGCCAATCTAATATG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1501	GGATATTGGCAGGAACTGGAACATGCTGTTGTATATGCCAATCTAATATG	1550

C  CT573120.7	450	TTCAATGGGTGACATGTCAAGTGATGCTTGCCATGTAAGAACTGGGATGT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1551	TTCAATGGGTGACATGTCAAGTGATGCTTGCCATGTAAGAACTGGGATGT	1600

C  CT573120.7	400	TTTCAGCTTCCAGGAATTGTGTACAGATCCTTGCAACATGGGGCCATGTT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1601	TTTCAGCTTCCAGGAATTGTGTACAGATCCTTGCAACATGGGGCCATGTT	1650

C  CT573120.7	350	CACAACTATGACATTACAGTAGCAAACCGCTCACTCACTCAACTGCCATA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1651	CACAACTATGACATTACAGTAGCAAACCGCTCACTCACTCAACTGCCATA	1700

C  CT573120.7	300	AGTGCAGTCTTCAATTTGGAATGTACCCTGAAAATCTTAGTCTCAGACTA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1701	AGTGCAGTCTTCAATTTGGAATGTACCCTGAAAATCTTAGTCTCAGACTA	1750

C  CT573120.7	250	TCTTGAAGATAAGGATTCTGGATGTGGAGGTCCTGGGCTAGTGTGGTTGC	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1751	TCTTGAAGATAAGGATTCTGGATGTGGAGGTCCTGGGCTAGTGTGGTTGC	1800

C  CT573120.7	200	ACGAGGTCTGCGGTTGTGAGGCCATTGGATGTACTGCTAAATTATCTGAA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1801	ACGAGGTCTGCGGTTGTGAGGCCATTGGATGTACTGCTAAATTATCTGAA	1850

C  CT573120.7	150	ATGCCTTTAGAGATGACTTATGGTTAGGGCCTGACAGAATCTGTGGACAT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1851	ATGCCTTTAGAGATGACTTATGGTTAGGGCCTGACAGAATCTGTGGACAT	1900

C  CT573120.7	100	TTTTTGCTATTTCTGCTAAGGATTTTGTAAAAATCTGCGGATTTATGTGG	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1901	TTTTTGCTATTTCTGCTAAGGATTTTGTAAAAATCTGCGGATTTATGTGG	1950

C  CT573120.7	50	AATGACTTTTGGAGTATTATAACTAAAAACTTAATATATGAAATAAAAAA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629340.6	1951	AATGACTTTTGGAGTATTATAACTAAAAACTTAATATATGAAATAAAAAA	2000

Overview

Query
CT573120.7 - 116973 bps
Hit
BX629340.6 - 172090 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001958200012000-1120001
284.1112325980540807981271829751
390.5856842998630069119527196111
486.2513324891579404-130144303831
583.4316737067027071154826551871
677.517529267076998167276675731
790.321191768667286847172600727851
894.4741062999430099-178263783691
989.51941667283573000178532786931
1085.55781687283573002180973811381
1182.021082818296383243189050893161
1282.29324967527000189051892861
1388.6711146574765860190306904191
1489.4763953962639720190325904191
1584.68882132533825550191816920371
1682.7882338470884940194251944871
1790.5981607284072999-196025961821
1882.381273812583426214-196149965341
1988.391352382988030117196220964601
20100719611585211594711009911010861
2183.82641376574765883-11624261625611
2287.74641063962739732-11624371625421
2384.831302952988030174-11657171660061
Short-link