<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX004805.6	81538	CCAGTTTACACTTTTTCAGTTAGTTACAAATAATTAAATAACACAGAAGT	81587
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1	CCAGTTTACACTTTTTCAGTTAGTTACAAATAATTAAATAACACAGAAGT	50

BX004805.6	81588	ATTGGGAGAACAGTTTATAGTTCAGATATAAACACTAATGTTTACGGTAA	81637
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	51	ATTGGGAGAACAGTTTATAGTTCAGATATAAACACTAATGTTTACGGTAA	100

BX004805.6	81638	AGATTAAAATCACCATTAAATGAAACATGACGCTGGTGAAAGCAATTACC	81687
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	101	AGATTAAAATCACCATTAAATGAAACATGACGCTGGTGAAAGCAATTACC	150

BX004805.6	81688	AACAGATTGCGACAAACAACTATCAAAATTATGTCACTGAATAGGTTTTC	81737
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	151	AACAGATTGCGACAAACAACTATCAAAATTATGTCACTGAATAGGTTTTC	200

BX004805.6	81738	AAAAATAATACACCTATAATAAAACGAAGTTTTATGTGTGAATTGTTGAA	81787
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	201	AAAAATAATACACCTATAATAAAACGAAGTTTTATGTGTGAATTGTTGAA	250

BX004805.6	81788	TCATTAATTGAAATTAAAGATACGTTGTACAAGATTGTAGATTTCTATAT	81837
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	251	TCATTAATTGAAATTAAAGATACGTTGTACAAGATTGTAGATTTCTATAT	300

BX004805.6	81838	TTAGCATTATCAGCAACAGTAGCAAAGATCATATTTCATATTGAATACTT	81887
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	301	TTAGCATTATCAGCAACAGTAGCAAAGATCATATTTCATATTGAATACTT	350

BX004805.6	81888	TTCTTTTTTCAGCTGGTATCTTGATTTTCTATTTTTATTAAAATTACAGG	81937
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	351	TTCTTTTTTCAGCTGGTATCTTGATTTTCTATTTTTATTAAAATTACAGG	400

BX004805.6	81938	TTCGAAGTTCTGTTTGTTAAAAGCAATGTTTTTTGCACCAATACTTTCGT	81987
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	401	TTCGAAGTTCTGTTTGTTAAAAGCAATGTTTTTTGCACCAATACTTTCGT	450

BX004805.6	81988	TTAAATGGAAAGCAAATGACATTTGTCTCCTTTTTTGCTGATTCGAATAA	82037
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	451	TTAAATGGAAAGCAAATGACATTTGTCTCCTTTTTTGCTGATTCGAATAA	500

BX004805.6	82038	TTGTCTGAACTTGTCTGACTCAAAAACCAAAGTGTGATTCGAATTGCAGA	82087
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	501	TTGTCTGAACTTGTCTGACTCAAAAACCAAAGTGTGATTCGAATTGCAGA	550

BX004805.6	82088	TTTGTGATTTGTTACACCACTAATTCCGTGCTATGTGCATGTGTTGTGAG	82137
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	551	TTTGTGATTTGTTACACCACTAATTCCGTGCTATGTGCATGTGTTGTGAG	600

BX004805.6	82138	AAAATGCAGCACGTATTCTTAATTTGTTTGCATTGTAAGAAAAATGCAAC	82187
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	601	AAAATGCAGCACGTATTCTTAATTTGTTTGCATTGTAAGAAAAATGCAAC	650

BX004805.6	82188	GCCTTTTCTTCATTTGTTAGCTTTGTGTGAATTTTCAACACCTATGCTGT	82237
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	651	GCCTTTTCTTCATTTGTTAGCTTTGTGTGAATTTTCAACACCTATGCTGT	700

BX004805.6	82238	CAAACTGATGAAGATCTTTTTTTAATTTGTTAGTTTTTTAGTTAGTAATC	82287
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	701	CAAACTGATGAAGATCTTTTTTTAATTTGTTAGTTTTTTAGTTAGTAATC	750

BX004805.6	82288	GCATGCGTTTTCCTAAATTGCAGAGCTCTTTTGGCCACCATAGAAAAAGA	82337
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	751	GCATGCGTTTTCCTAAATTGCAGAGCTCTTTTGGCCACCATAGAAAAAGA	800

BX004805.6	82338	CTAATACTTAAAATAAAAGAGGTAAAGATAAGAGTAAAAGAGCAAGAAAA	82387
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	801	CTAATACTTAAAATAAAAGAGGTAAAGATAAGAGTAAAAGAGCAAGAAAA	850

BX004805.6	82388	CAAGTTGCAACACCCCGAGTAAGCATTTATAAAACAACTTTCGTTGCCTT	82437
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	851	CAAGTTGCAACACCCCGAGTAAGCATTTATAAAACAACTTTCGTTGCCTT	900

BX004805.6	82438	GAAGTTACAAGTGTGAAATTCTGCACACTATATTTGTATCTCAACATGAT	82487
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	901	GAAGTTACAAGTGTGAAATTCTGCACACTATATTTGTATCTCAACATGAT	950

BX004805.6	82488	TACTCTGCAAAAGAAGCCTCCACTAGGGCTGTCACACATATTATAAGCCT	82537
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	951	TACTCTGCAAAAGAAGCCTCCACTAGGGCTGTCACACATATTATAAGCCT	1000

BX004805.6	82538	TGCATGAGCACTTTGTTTGGAATATTCTAATCTTTCTCGTTCCCTCGATG	82587
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1001	TGCATGAGCACTTTGTTTGGAATATTCTAATCTTTCTCGTTCCCTCGATG	1050

BX004805.6	82588	ACAAACAAGGCACACATTTTTTCCACTCCAGTGTTCAATAATTTCCCAAT	82637
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1051	ACAAACAAGGCACACATTTTTTCCACTCCAGTGTTCAATAATTTCCCAAT	1100

BX004805.6	82638	TATTTTGAGTGTGATTGGTCTTGACTGGTGGGAAAAAGTGTTTGTTTGAA	82687
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1101	TATTTTGAGTGTGATTGGTCTTGACTGGTGGGAAAAAGTGTTTGTTTGAA	1150

BX004805.6	82688	TGGCACCATTGGCCTGTTCCCACACTTCTCTGCCAAAAGGGCGGCCTTAC	82737
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1151	TGGCACCATTGGCCTGTTCCCACACTTCTCTGCCAAAAGGGCGGCCTTAC	1200

BX004805.6	82738	TTCATTCAGCACTGCTGTTTTTCACAGAAACAGCGTAGCATGCCCGTCTT	82787
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1201	TTCATTCAGCACTGCTGTTTTTCACAGAAACAGCGTAGCATGCCCGTCTT	1250

BX004805.6	82788	TGCTAATGCTTGCCACTAATAATGTTTGTGAGTAGAGTAATTGGTTTGAG	82837
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1251	TGCTAATGCTTGCCACTAATAATGTTTGTGAGTAGAGTAATTGGTTTGAG	1300

BX004805.6	82838	AGATCATGTCTGGTCTCATTGTGTGGAACTGGAATGAACAAGACATGGTT	82887
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1301	AGATCATGTCTGGTCTCATTGTGTGGAACTGGAATGAACAAGACATGGTT	1350

BX004805.6	82888	CCTTAAACTGACAATGAGTGTCCTAAATTTACCCAGCCAAAAAAAAAAGA	82937
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1351	CCTTAAACTGACAATGAGTGTCCTAAATTTACCCAGCCAAAAAAAAAAGA	1400

BX004805.6	82938	AAGAAAAAGGAAAGAGAATCAGTGATCAACCAGAGTCTCATACTTGCTCT	82987
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1401	AAGAAAAAGGAAAGAGAATCAGTGATCAACCAGAGTCTCATACTTGCTCT	1450

BX004805.6	82988	CCAACATTTATGAAACGGCACAGATGAAAGCACAGACAGGTCAGTGCTTG	83037
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1451	CCAACATTTATGAAACGGCACAGATGAAAGCACAGACAGGTCAGTGCTTG	1500

BX004805.6	83038	TGTATACAGCTTCACACCTAAAGTGAACTATTTCAATAGTTTGGAACGAT	83087
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1501	TGTATACAGCTTCACACCTAAAGTGAACTATTTCAATAGTTTGGAACGAT	1550

BX004805.6	83088	TTGTAATATGCTGATCTTTTCAATCCATCTGGAGCTGTTTATAAGTAGCA	83137
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1551	TTGTAATATGCTGATCTTTTCAATCCATCTGGAGCTGTTTATAAGTAGCA	1600

BX004805.6	83138	TCAAACTTTCTATTTCTAAGCTATTTCTATACTGTACCTTCAGGTCCCTG	83187
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1601	TCAAACTTTCTATTTCTAAGCTATTTCTATACTGTACCTTCAGGTCCCTG	1650

BX004805.6	83188	TGGATAATTGGAGTTTTACACTGGTGGAGTCTGGCAACAGCTTCACAGGC	83237
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1651	TGGATAATTGGAGTTTTACACTGGTGGAGTCTGGCAACAGCTTCACAGGC	1700

BX004805.6	83238	ATCACAGAATATGTTGAGCACCTCTGCTTCAGTGAATCCAATGTGCAGCC	83287
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1701	ATCACAGAATATGTTGAGCACCTCTGCTTCAGTGAATCCAATGTGCAGCC	1750

BX004805.6	83288	GCTGGTTCATCTGCTTCACCACCTGACCAGCTACATGGCACAAAAACATT	83337
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1751	GCTGGTTCATCTGCTTCACCACCTGACCAGCTACATGGCACAAAAACATT	1800

BX004805.6	83338	TATAGTCAAAAAATAAGCAGAATCTCTTTGGGTATTTCGGTTTCAGATGG	83387
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1801	TATAGTCAAAAAATAAGCAGAATCTCTTTGGGTATTTCGGTTTCAGATGG	1850

BX004805.6	83388	CCTTGATAAAATCAATTAAATCCATTTTGTTCTGTGTTAATATTGTGGTG	83437
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1851	CCTTGATAAAATCAATTAAATCCATTTTGTTCTGTGTTAATATTGTGGTG	1900

BX004805.6	83438	TTTATATAATATTCTTTGTATTTATTAACTGCTTGAGCCTTTTTTTGTTT	83487
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1901	TTTATATAATATTCTTTGTATTTATTAACTGCTTGAGCCTTTTTTTGTTT	1950

BX004805.6	83488	TTATTTTAGTGTAAGTTGTAGCAAGTTTGCTAAACATTTCTATTAAGCTT	83537
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX601643.6	1951	TTATTTTAGTGTAAGTTGTAGCAAGTTTGCTAAACATTTCTATTAAGCTT	2000

Overview

Query
BX004805.6 - 83537 bps
Hit
BX601643.6 - 165857 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001930200081538835371120001
287.63571043211432217-1479348971
388.71111817915079330-1602662021
481.97802515271552965127361276041
582.38882475545955705127361276041
682.38892455872858972127361276041
784.02992466142061665127361276041
881.821144066161162016-131918323461
983.831704525871559166142535429731
10801054427778578226142537429761
1184.591774505545055899142539429731
1282.451404396141361851142541429731
1391.861502225293853159142753429731
1498.9446945598956082154511546041
1510052945598756080-154515546081
1689.8851457256472708176944770901
1785.831282587655791211137121139721
1886.7106212529665317711201741203761
1986.7106212557065591711201741203761
2086.49129271589735924311201741204321
2187.44106205780417824511201741203801
2284.69871847063570818-11355251357071
2377.5803547652800511533861537541
Short-link