<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR550305.7	1	TTTAATCAATAACAACATAAATTAATCTTTAAATAGAGTACAGTAGTCAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	143690	TTTAATCAATAACAACATAAATTAATCTTTAAATAGAGTACAGTAGTCAG	143739

CR550305.7	51	GTTCTGGATGTAAAAAAATTATCAATTGTTTCCATTGAGTATTTTTTTTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	143740	GTTCTGGATGTAAAAAAATTATCAATTGTTTCCATTGAGTATTTTTTTTA	143789

CR550305.7	101	AACAATAACTTGTGAGTTCTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	143790	AACAATAACTTGTGAGTTCTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT	143839

CR550305.7	151	TTGTTTGTTTGCTTTATTTATATAGCACAGTTAAAACAACAAATGTTGAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	143840	TTGTTTGTTTGCTTTATTTATATAGCACAGTTAAAACAACAAATGTTGAC	143889

CR550305.7	201	CAAAGTATTTTACAAATCAACCAACACACAAAATCTATACTTGTACATGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	143890	CAAAGTATTTTACAAATCAACCAACACACAAAATCTATACTTGTACATGA	143939

CR550305.7	251	AAACAAAATAAAATTACAATGAAATGCTAAAGACAGAAGATGATTTTTAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	143940	AAACAAAATAAAATTACAATGAAATGCTAAAGACAGAAGATGATTTTTAA	143989

CR550305.7	301	AATGAGATTTAAAAGCACCAAGAGAAGAGCATGACCTGATTTATAAAGTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	143990	AATGAGATTTAAAAGCACCAAGAGAAGAGCATGACCTGATTTATAAAGTC	144039

CR550305.7	351	AAATCATTCCACAGACAAGGAGCTGTGACAGAAAAAGCCCTGTCTCCTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	144040	AAATCATTCCACAGACAAGGAGCTGTGACAGAAAAAGCCCTGTCTCCTTT	144089

CR550305.7	401	TGATTTTAATCAAGACTTGAGAACAACTAGCTGGAATTGTTGTGCCAACT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	144090	TGATTTTAATCAAGACTTGAGAACAACTAGCTGGAATTGTTGTGCCAACT	144139

CR550305.7	451	AAAGTGGCCTAGATGACGTACTGTATGCCAGTCACCAATGAAAGTAGCTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	144140	AAAGTGGCCTAGATGACGTACTGTATGCCAGTCACCAATGAAAGTAGCTG	144189

CR550305.7	501	CCAGGCCATTCAAACCTTTAAAAACAAATAACAATAACTTGTACTGGATC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	144190	CCAGGCCATTCAAACCTTTAAAAACAAATAACAATAACTTGTACTGGATC	144239

CR550305.7	551	CTAAATTGCACTGGGAGAAGTGAAGGAACTGGTGAAATGCTAGAAAAAAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	144240	CTAAATTGCACTGGGAGAAGTGAAGGAACTGGTGAAATGCTAGAAAAAAT	144289

CR550305.7	601	GTTTAGTCCCAGTTAAACCAGTTGCAGGTGTACAATTGAAGCAGGAGAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	144290	GTTTAGTCCCAGTTAAACCAGTTGCAGGTGTACAATTGAAGCAGGAGAAA	144339

CR550305.7	651	CTACAGATAATAGCAATAGTCTTAGAGGTTAGGGACTGGGTGGAGCTAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	144340	CTACAGATAATAGCAATAGTCTTAGAGGTTAGGGACTGGGTGGAGCTAAA	144389

CR550305.7	701	GAATCATATTGGAGCGCTTTTCTGATTGCTACTCTTTGATTGGTGGAATT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	144390	GAATCATATTGGAGCGCTTTTCTGATTGCTACTCTTTGATTGGTGGAATT	144439

CR550305.7	751	TTTAGTAGCTGTATTTTTAAGTGGACCTAAACATGGTGTTTTAAACCTGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	144440	TTTAGTAGCTGTATTTTTAAGTGGACCTAAACATGGTGTTTTAAACCTGA	144489

CR550305.7	801	AGTTTATTTATAAACTAATTTCGAGAGGATCACATGCTTATGATTGACCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	144490	AGTTTATTTATAAACTAATTTCGAGAGGATCACATGCTTATGATTGACCA	144539

CR550305.7	851	CTGTGGGTCCCGCATTAGCTATTCAAGATCCCCAATCAGGTGATTCCTAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	144540	CTGTGGGTCCCGCATTAGCTATTCAAGATCCCCAATCAGGTGATTCCTAA	144589

CR550305.7	901	GAAACCCACTGTAAATCCCACCAGTCAACTTTATCAAATGAAATGAGTGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	144590	GAAACCCACTGTAAATCCCACCAGTCAACTTTATCAAATGAAATGAGTGT	144639

CR550305.7	951	AGTAAACTCAAAATGTACTGAAAGTTAATTCTACTCATTTGAACAGAGTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	144640	AGTAAACTCAAAATGTACTGAAAGTTAATTCTACTCATTTGAACAGAGTC	144689

CR550305.7	1001	TTAAACTCAGTGTTAATTAAATACCTCATTACTCCAAAGTATAAGGACTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	144690	TTAAACTCAGTGTTAATTAAATACCTCATTACTCCAAAGTATAAGGACTA	144739

CR550305.7	1051	AGTCAGTGCTCATATAGGTTTTAGTTTAGTTTTTTAACTCAAATGGTTTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	144740	AGTCAGTGCTCATATAGGTTTTAGTTTAGTTTTTTAACTCAAATGGTTTG	144789

CR550305.7	1101	TTGCAATCGGTTTCCTCAAACAGTTTGACTTGCCTTAACTTATTGGGTTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	144790	TTGCAATCGGTTTCCTCAAACAGTTTGACTTGCCTTAACTTATTGGGTTT	144839

CR550305.7	1151	ACAGTACTCAGTTGGTTTCAGTTCACTTCATTTATTGGGTTTTACTTCAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	144840	ACAGTACTCAGTTGGTTTCAGTTCACTTCATTTATTGGGTTTTACTTCAA	144889

CR550305.7	1201	ATTGCTTTGTTTAATCAAATGGATTAAATCCACAGTACTCATTAGGATTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	144890	ATTGCTTTGTTTAATCAAATGGATTAAATCCACAGTACTCATTAGGATTA	144939

CR550305.7	1251	GTTTTTGAACATAAAGTTTGTTGCAATCTGTTTCTTCAAATGGTTTGAGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	144940	GTTTTTGAACATAAAGTTTGTTGCAATCTGTTTCTTCAAATGGTTTGAGT	144989

CR550305.7	1301	TACCTTTACTTTTTGGGGTTTACAGTGTAGAAATAACCACAGTCTTTATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	144990	TACCTTTACTTTTTGGGGTTTACAGTGTAGAAATAACCACAGTCTTTATT	145039

CR550305.7	1351	CCACAACCATTTTTGGCTGTAAGAAACCCCACTTCCTCCCCTTCTCATCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	145040	CCACAACCATTTTTGGCTGTAAGAAACCCCACTTCCTCCCCTTCTCATCC	145089

CR550305.7	1401	CTCCTTTACCTAGATATATTGGCACAGCACCCTAGTGGTTAGGACTGTTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	145090	CTCCTTTACCTAGATATATTGGCACAGCACCCTAGTGGTTAGGACTGTTG	145139

CR550305.7	1451	CCCAACAGCAAGAAGACCACCAGGTCGTTGACGAGCCGGTTGGCATTTCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	145140	CCCAACAGCAAGAAGACCACCAGGTCGTTGACGAGCCGGTTGGCATTTCT	145189

CR550305.7	1501	GTGCAACGTTTGCATGTTTTTCCCGTGTCCACGTGGGTTTCCCTCTGGTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	145190	GTGCAACGTTTGCATGTTTTTCCCGTGTCCACGTGGGTTTCCCTCTGGTT	145239

CR550305.7	1551	TCTTTCCATAGTCCAAAGACATGTCATACGTGAACCGACTAAGTCAAATG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	145240	TCTTTCCATAGTCCAAAGACATGTCATACGTGAACCGACTAAGTCAAATG	145289

CR550305.7	1601	GGCACCCTAGTCTAGCTCCCAGCATCAAAATCTTTCCTTCTTAAAGTAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	145290	GGCACCCTAGTCTAGCTCCCAGCATCAAAATCTTTCCTTCTTAAAGTAAT	145339

CR550305.7	1651	TCACTTTTAGCCACATTAGCGGGAAAGTTTTTGAGATCTACCTCCGCTCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	145340	TCACTTTTAGCCACATTAGCGGGAAAGTTTTTGAGATCTACCTCCGCTCA	145389

CR550305.7	1701	ATCTCCCCTTTCGCCCTGTTCAAAGGAGGGAAACCTGGGCTCGAGGATTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	145390	ATCTCCCCTTTCGCCCTGTTCAAAGGAGGGAAACCTGGGCTCGAGGATTC	145439

CR550305.7	1751	CTCAAGCTCAGGGCTCTCTTCCGGGACAGCATACCAAACAAACTTATTAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	145440	CTCAAGCTCAGGGCTCTCTTCCGGGACAGCATACCAAACAAACTTATTAT	145489

CR550305.7	1801	AAATCATCAGCTAAGCCTGACCTCTTGAAACATGAGTTGACACAAATAGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	145490	AAATCATCAGCTAAGCCTGACCTCTTGAAACATGAGTTGACACAAATAGA	145539

CR550305.7	1851	TGGGTTTAGCAATAGCACATGCAATTATAAAGTTGTAAATTCATTGCATA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	145540	TGGGTTTAGCAATAGCACATGCAATTATAAAGTTGTAAATTCATTGCATA	145589

CR550305.7	1901	TGTATGGAACAAAATCAATGCCAAAAGCATTGAATTAAAAAGCTTGTTGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	145590	TGTATGGAACAAAATCAATGCCAAAAGCATTGAATTAAAAAGCTTGTTGA	145639

CR550305.7	1951	ATAGCACAAACTGAAAAAATAAGACAGTGAATTAACAATGACTTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572639.11	145640	ATAGCACAAACTGAAAAAATAAGACAGTGAATTAACAATGACTTGAATTC	145689

Overview

Query
CR550305.7 - 159061 bps
Hit
BX572639.11 - 145689 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194420001200011436901456891
290.19251370123278123647-1411744831
387.42162287111006111292-1412744201
491.821612267363373858-1426744861
589.051332168749087705-1427544841
687.62133702070621075-115474158281
789.051362187364173858115474156831
888.76226363123283123645115474158291
984.61150341146240146580157843581671
1085.79192365146736147100158249586211
1179.43118358123281123638176356767051
1296.52242567826878523-182440826961
1395.23534277756477990-183236836521
1494.813524267756577990188530889531
1592.612443242075321076-194688950121
1694.481171463563235777194688948321
1789.911442197364073858194688949151
1893.511191538749587647194688948411
1989.5202315123283123597194689950121
2084.52116242111051111292-11147361149871
Short-link