<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX950173.7	1	GAAAAAAAATAGGTTAAAGTAACTATAAATATTGGATGAACTAAAATGTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	168972	GAAAAAAAATAGGTTAAAGTAACTATAAATATTGGATGAACTAAAATGTC	169021

BX950173.7	51	AGGGAAGCTAGGATTATTAAGTTGGGGAAGCTAGTAAAAGTTATAAGAAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	169022	AGGGAAGCTAGGATTATTAAGTTGGGGAAGCTAGTAAAAGTTATAAGAAT	169071

BX950173.7	101	TAGAAAGGTTGAAGGTAACTAGAAAAAAAATAAGTTGGTGCATCATAAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	169072	TAGAAAGGTTGAAGGTAACTAGAAAAAAAATAAGTTGGTGCATCATAAAA	169121

BX950173.7	151	ACTAAGTTGGGGAAACTAGAAAAAACATTGGTTTTAAGAACAAGACAAAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	169122	ACTAAGTTGGGGAAACTAGAAAAAACATTGGTTTTAAGAACAAGACAAAT	169171

BX950173.7	201	TAAGTTGAGTAAATTAGAGAAAGAAATTGGTTATAAAAACAAGACAATCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	169172	TAAGTTGAGTAAATTAGAGAAAGAAATTGGTTATAAAAACAAGACAATCT	169221

BX950173.7	251	CAGTTAGGGCAACTAGAAAAATTAAGCTGAGGTAACTAAAAAGATTAATT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	169222	CAGTTAGGGCAACTAGAAAAATTAAGCTGAGGTAACTAAAAAGATTAATT	169271

BX950173.7	301	TACCTAGTTCACTTTAAAAATATACGTTGTATTGTCATAAGAACTCACAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	169272	TACCTAGTTCACTTTAAAAATATACGTTGTATTGTCATAAGAACTCACAA	169321

BX950173.7	351	TACCTTTACATTAAAAATAGCATAGAAAAAAATTTTCACTCAGAAAATGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	169322	TACCTTTACATTAAAAATAGCATAGAAAAAAATTTTCACTCAGAAAATGT	169371

BX950173.7	401	TGCAGAATGTAATGAATAATAAAAACAGAAATAAATAAAGAATAAAGAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	169372	TGCAGAATGTAATGAATAATAAAAACAGAAATAAATAAAGAATAAAGAAA	169421

BX950173.7	451	TGGTCAGCACACTGAAATTTAGAATTAGTGAATACGGAAATAGTATTTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	169422	TGGTCAGCACACTGAAATTTAGAATTAGTGAATACGGAAATAGTATTTTT	169471

BX950173.7	501	TTTGTAAAACATACAGAGTAATCTTTGCATTTGTTTACTATATGGACTTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	169472	TTTGTAAAACATACAGAGTAATCTTTGCATTTGTTTACTATATGGACTTA	169521

BX950173.7	551	AGACATGGTTTTAAGATACAAAAAATACAATTTTCAGTATCATTATCGGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	169522	AGACATGGTTTTAAGATACAAAAAATACAATTTTCAGTATCATTATCGGT	169571

BX950173.7	601	GGATAAAACCACAAACAGATGAGGATGACATGTTCCCATTTACAACCTCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	169572	GGATAAAACCACAAACAGATGAGGATGACATGTTCCCATTTACAACCTCT	169621

BX950173.7	651	CAGAAATCAAGGTGAATAAAGGGTGGTACCTTTTCCAAAGGTACTTGTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	169622	CAGAAATCAAGGTGAATAAAGGGTGGTACCTTTTCCAAAGGTACTTGTTT	169671

BX950173.7	701	TTACCTAAAGGGTCTATATTGGTACCTTAAAAGTATTATTTAGTACATAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	169672	TTACCTAAAGGGTCTATATTGGTACCTTAAAAGTATTATTTAGTACATAA	169721

BX950173.7	751	AGTGTGTTGTTACTGCCTCATTGATATCTCTCCTTTTATTAGAGTTTTTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	169722	AGTGTGTTGTTACTGCCTCATTGATATCTCTCCTTTTATTAGAGTTTTTA	169771

BX950173.7	801	TGTCTTTTGTCCCTTTTTGACTGGTCTCCTGATCTCTGTATGGACTTTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	169772	TGTCTTTTGTCCCTTTTTGACTGGTCTCCTGATCTCTGTATGGACTTTTT	169821

BX950173.7	851	CTGATTTGATTGGTGCAGAGAGCAGCACTTTAATTTCTGCTCTGAGCACA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	169822	CTGATTTGATTGGTGCAGAGAGCAGCACTTTAATTTCTGCTCTGAGCACA	169871

BX950173.7	901	AGTTTGTGTGCAAATCTGACTGGAAAGTGAGCAATGTGCAGTTTTTTTGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	169872	AGTTTGTGTGCAAATCTGACTGGAAAGTGAGCAATGTGCAGTTTTTTTGG	169921

BX950173.7	951	CCTCAAATCAAATTTATGATTTCAGATGGCAAAGTTTAAATCCCATCTGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	169922	CCTCAAATCAAATTTATGATTTCAGATGGCAAAGTTTAAATCCCATCTGG	169971

BX950173.7	1001	CAAGTGTGCTTTAACAGCCCATCCCATAATATTTCAGAATGACATCAGCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	169972	CAAGTGTGCTTTAACAGCCCATCCCATAATATTTCAGAATGACATCAGCA	170021

BX950173.7	1051	GGCAGAAAAGGGTGGTCTTTAGTAGCTGTTTCAACACATGTGACTAGAAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	170022	GGCAGAAAAGGGTGGTCTTTAGTAGCTGTTTCAACACATGTGACTAGAAC	170071

BX950173.7	1101	AACAAATAAAGCAACATGTTTTCAATTACTGAGTTAGAACAAGCTAGACC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	170072	AACAAATAAAGCAACATGTTTTCAATTACTGAGTTAGAACAAGCTAGACC	170121

BX950173.7	1151	CCTTTGAGCATGTATACTTGTGATATGATTGATGAAAACATTTAAAAATC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	170122	CCTTTGAGCATGTATACTTGTGATATGATTGATGAAAACATTTAAAAATC	170171

BX950173.7	1201	ACATCTAATCCACGGTATTTTAAAATAATTTCACTTGTAGTATGAGCATA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	170172	ACATCTAATCCACGGTATTTTAAAATAATTTCACTTGTAGTATGAGCATA	170221

BX950173.7	1251	AGGCCAACATACTTGAAACTTGTACAAAATACTGCAGTCTAACATGCCCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	170222	AGGCCAACATACTTGAAACTTGTACAAAATACTGCAGTCTAACATGCCCA	170271

BX950173.7	1301	AGTCCTCTTTTACCCCAAATGCCCCCTCTCACAGGCACTAAACTTCTACT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	170272	AGTCCTCTTTTACCCCAAATGCCCCCTCTCACAGGCACTAAACTTCTACT	170321

BX950173.7	1351	TTCACTTCCAATTTTTTTGTGAAAGAAGACGATGCACCCATATGCAGACG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	170322	TTCACTTCCAATTTTTTTGTGAAAGAAGACGATGCACCCATATGCAGACG	170371

BX950173.7	1401	GACAGAAAAGCCCTGCAGGCGCATTCATGTTACACAACCATCCAGAATCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	170372	GACAGAAAAGCCCTGCAGGCGCATTCATGTTACACAACCATCCAGAATCA	170421

BX950173.7	1451	AAGGAGGCCCAGCTCCAGTCTGCCATTTCCAACGACTTGCTTATGTGTGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	170422	AAGGAGGCCCAGCTCCAGTCTGCCATTTCCAACGACTTGCTTATGTGTGT	170471

BX950173.7	1501	GTGTGTCTGTGCGTGTATAAGAGACGACAAACCTGCCCTAGTGACACTTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	170472	GTGTGTCTGTGCGTGTATAAGAGACGACAAACCTGCCCTAGTGACACTTA	170521

BX950173.7	1551	CGCAGTTATAAAACAATTTCTGTCCTTCAGTTCAACCTGGCTCAGCAGGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	170522	CGCAGTTATAAAACAATTTCTGTCCTTCAGTTCAACCTGGCTCAGCAGGT	170571

BX950173.7	1601	GACATGTAAATATGAAGTGTCTGTTTTTAAGATGTTTTTGAGATGGATGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	170572	GACATGTAAATATGAAGTGTCTGTTTTTAAGATGTTTTTGAGATGGATGC	170621

BX950173.7	1651	ATGGGGATTTCTCCTCTGTATGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	170622	ATGGGGATTTCTCCTCTGTATGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTG	170671

BX950173.7	1701	ATGGTGTTGTGCTGCTCAGCTGTCAGATTGAGTGTGTGTCTGCAGCTGGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	170672	ATGGTGTTGTGCTGCTCAGCTGTCAGATTGAGTGTGTGTCTGCAGCTGGT	170721

BX950173.7	1751	TGAGATGATGTTCGTGAGTGTGCGCACATGTGGACGAATGTGTGTGTGTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	170722	TGAGATGATGTTCGTGAGTGTGCGCACATGTGGACGAATGTGTGTGTGTG	170771

BX950173.7	1801	TCATATGCGCAGATATAATAGACATGTCAGAGCAGTGAACGCCTGAAAGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	170772	TCATATGCGCAGATATAATAGACATGTCAGAGCAGTGAACGCCTGAAAGA	170821

BX950173.7	1851	CAGACACACTGCACTGTCTTTTGTGAAGGTTACTCGGAAAACACAGACAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	170822	CAGACACACTGCACTGTCTTTTGTGAAGGTTACTCGGAAAACACAGACAG	170871

BX950173.7	1901	GGTACAAATGAGATTAATCTCTATAGACAGAGGCTACTAGACCTTTGTAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	170872	GGTACAAATGAGATTAATCTCTATAGACAGAGGCTACTAGACCTTTGTAC	170921

BX950173.7	1951	AAATGTAGAGTCATGGTTTTGGAATTTATTTATTTCTTTTTGAAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572629.8	170922	AAATGTAGAGTCATGGTTTTGGAATTTATTTATTTCTTTTTGAAGAATTC	170971

Overview

Query
BX950173.7 - 68628 bps
Hit
BX572629.8 - 170971 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193620001200011689721709711
291.07791114972049830115791159021
384.67721384433444471123786239221
483.011543554946849822-124296246601
581.9512432629033228124296246331
686.5516027534193693144789450631
784.171673594946449822-149197495561
882.191173061858018885149209495001
996.3951083620736314156338564451
1084.8117139396069998-157360577541
1184.459819370277219-161210614021
1283.25721796387864056181176813601
13100781054708247186-181502816061
14100781056470764811181502816061
1585.711753471933319679183890842391
1685.411663272589526221183917842381
1780.921624421971020151184242846711
1891.31991392627126409184260843971
1987.67721421142011561-11457381458831
2087.5138266625566282111459021461651
2185.771132441105511298-11460101462551
2295.813364091170212110-11534651538701
2397.9476951471170216848-11534651585981
2495.583364111643916849-11581921585991
Short-link