<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
BX950173.7 1 GAAAAAAAATAGGTTAAAGTAACTATAAATATTGGATGAACTAAAATGTC 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 168972 GAAAAAAAATAGGTTAAAGTAACTATAAATATTGGATGAACTAAAATGTC 169021 BX950173.7 51 AGGGAAGCTAGGATTATTAAGTTGGGGAAGCTAGTAAAAGTTATAAGAAT 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 169022 AGGGAAGCTAGGATTATTAAGTTGGGGAAGCTAGTAAAAGTTATAAGAAT 169071 BX950173.7 101 TAGAAAGGTTGAAGGTAACTAGAAAAAAAATAAGTTGGTGCATCATAAAA 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 169072 TAGAAAGGTTGAAGGTAACTAGAAAAAAAATAAGTTGGTGCATCATAAAA 169121 BX950173.7 151 ACTAAGTTGGGGAAACTAGAAAAAACATTGGTTTTAAGAACAAGACAAAT 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 169122 ACTAAGTTGGGGAAACTAGAAAAAACATTGGTTTTAAGAACAAGACAAAT 169171 BX950173.7 201 TAAGTTGAGTAAATTAGAGAAAGAAATTGGTTATAAAAACAAGACAATCT 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 169172 TAAGTTGAGTAAATTAGAGAAAGAAATTGGTTATAAAAACAAGACAATCT 169221 BX950173.7 251 CAGTTAGGGCAACTAGAAAAATTAAGCTGAGGTAACTAAAAAGATTAATT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 169222 CAGTTAGGGCAACTAGAAAAATTAAGCTGAGGTAACTAAAAAGATTAATT 169271 BX950173.7 301 TACCTAGTTCACTTTAAAAATATACGTTGTATTGTCATAAGAACTCACAA 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 169272 TACCTAGTTCACTTTAAAAATATACGTTGTATTGTCATAAGAACTCACAA 169321 BX950173.7 351 TACCTTTACATTAAAAATAGCATAGAAAAAAATTTTCACTCAGAAAATGT 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 169322 TACCTTTACATTAAAAATAGCATAGAAAAAAATTTTCACTCAGAAAATGT 169371 BX950173.7 401 TGCAGAATGTAATGAATAATAAAAACAGAAATAAATAAAGAATAAAGAAA 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 169372 TGCAGAATGTAATGAATAATAAAAACAGAAATAAATAAAGAATAAAGAAA 169421 BX950173.7 451 TGGTCAGCACACTGAAATTTAGAATTAGTGAATACGGAAATAGTATTTTT 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 169422 TGGTCAGCACACTGAAATTTAGAATTAGTGAATACGGAAATAGTATTTTT 169471 BX950173.7 501 TTTGTAAAACATACAGAGTAATCTTTGCATTTGTTTACTATATGGACTTA 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 169472 TTTGTAAAACATACAGAGTAATCTTTGCATTTGTTTACTATATGGACTTA 169521 BX950173.7 551 AGACATGGTTTTAAGATACAAAAAATACAATTTTCAGTATCATTATCGGT 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 169522 AGACATGGTTTTAAGATACAAAAAATACAATTTTCAGTATCATTATCGGT 169571 BX950173.7 601 GGATAAAACCACAAACAGATGAGGATGACATGTTCCCATTTACAACCTCT 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 169572 GGATAAAACCACAAACAGATGAGGATGACATGTTCCCATTTACAACCTCT 169621 BX950173.7 651 CAGAAATCAAGGTGAATAAAGGGTGGTACCTTTTCCAAAGGTACTTGTTT 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 169622 CAGAAATCAAGGTGAATAAAGGGTGGTACCTTTTCCAAAGGTACTTGTTT 169671 BX950173.7 701 TTACCTAAAGGGTCTATATTGGTACCTTAAAAGTATTATTTAGTACATAA 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 169672 TTACCTAAAGGGTCTATATTGGTACCTTAAAAGTATTATTTAGTACATAA 169721 BX950173.7 751 AGTGTGTTGTTACTGCCTCATTGATATCTCTCCTTTTATTAGAGTTTTTA 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 169722 AGTGTGTTGTTACTGCCTCATTGATATCTCTCCTTTTATTAGAGTTTTTA 169771 BX950173.7 801 TGTCTTTTGTCCCTTTTTGACTGGTCTCCTGATCTCTGTATGGACTTTTT 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 169772 TGTCTTTTGTCCCTTTTTGACTGGTCTCCTGATCTCTGTATGGACTTTTT 169821 BX950173.7 851 CTGATTTGATTGGTGCAGAGAGCAGCACTTTAATTTCTGCTCTGAGCACA 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 169822 CTGATTTGATTGGTGCAGAGAGCAGCACTTTAATTTCTGCTCTGAGCACA 169871 BX950173.7 901 AGTTTGTGTGCAAATCTGACTGGAAAGTGAGCAATGTGCAGTTTTTTTGG 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 169872 AGTTTGTGTGCAAATCTGACTGGAAAGTGAGCAATGTGCAGTTTTTTTGG 169921 BX950173.7 951 CCTCAAATCAAATTTATGATTTCAGATGGCAAAGTTTAAATCCCATCTGG 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 169922 CCTCAAATCAAATTTATGATTTCAGATGGCAAAGTTTAAATCCCATCTGG 169971 BX950173.7 1001 CAAGTGTGCTTTAACAGCCCATCCCATAATATTTCAGAATGACATCAGCA 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 169972 CAAGTGTGCTTTAACAGCCCATCCCATAATATTTCAGAATGACATCAGCA 170021 BX950173.7 1051 GGCAGAAAAGGGTGGTCTTTAGTAGCTGTTTCAACACATGTGACTAGAAC 1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 170022 GGCAGAAAAGGGTGGTCTTTAGTAGCTGTTTCAACACATGTGACTAGAAC 170071 BX950173.7 1101 AACAAATAAAGCAACATGTTTTCAATTACTGAGTTAGAACAAGCTAGACC 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 170072 AACAAATAAAGCAACATGTTTTCAATTACTGAGTTAGAACAAGCTAGACC 170121 BX950173.7 1151 CCTTTGAGCATGTATACTTGTGATATGATTGATGAAAACATTTAAAAATC 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 170122 CCTTTGAGCATGTATACTTGTGATATGATTGATGAAAACATTTAAAAATC 170171 BX950173.7 1201 ACATCTAATCCACGGTATTTTAAAATAATTTCACTTGTAGTATGAGCATA 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 170172 ACATCTAATCCACGGTATTTTAAAATAATTTCACTTGTAGTATGAGCATA 170221 BX950173.7 1251 AGGCCAACATACTTGAAACTTGTACAAAATACTGCAGTCTAACATGCCCA 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 170222 AGGCCAACATACTTGAAACTTGTACAAAATACTGCAGTCTAACATGCCCA 170271 BX950173.7 1301 AGTCCTCTTTTACCCCAAATGCCCCCTCTCACAGGCACTAAACTTCTACT 1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 170272 AGTCCTCTTTTACCCCAAATGCCCCCTCTCACAGGCACTAAACTTCTACT 170321 BX950173.7 1351 TTCACTTCCAATTTTTTTGTGAAAGAAGACGATGCACCCATATGCAGACG 1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 170322 TTCACTTCCAATTTTTTTGTGAAAGAAGACGATGCACCCATATGCAGACG 170371 BX950173.7 1401 GACAGAAAAGCCCTGCAGGCGCATTCATGTTACACAACCATCCAGAATCA 1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 170372 GACAGAAAAGCCCTGCAGGCGCATTCATGTTACACAACCATCCAGAATCA 170421 BX950173.7 1451 AAGGAGGCCCAGCTCCAGTCTGCCATTTCCAACGACTTGCTTATGTGTGT 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 170422 AAGGAGGCCCAGCTCCAGTCTGCCATTTCCAACGACTTGCTTATGTGTGT 170471 BX950173.7 1501 GTGTGTCTGTGCGTGTATAAGAGACGACAAACCTGCCCTAGTGACACTTA 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 170472 GTGTGTCTGTGCGTGTATAAGAGACGACAAACCTGCCCTAGTGACACTTA 170521 BX950173.7 1551 CGCAGTTATAAAACAATTTCTGTCCTTCAGTTCAACCTGGCTCAGCAGGT 1600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 170522 CGCAGTTATAAAACAATTTCTGTCCTTCAGTTCAACCTGGCTCAGCAGGT 170571 BX950173.7 1601 GACATGTAAATATGAAGTGTCTGTTTTTAAGATGTTTTTGAGATGGATGC 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 170572 GACATGTAAATATGAAGTGTCTGTTTTTAAGATGTTTTTGAGATGGATGC 170621 BX950173.7 1651 ATGGGGATTTCTCCTCTGTATGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTG 1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 170622 ATGGGGATTTCTCCTCTGTATGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTG 170671 BX950173.7 1701 ATGGTGTTGTGCTGCTCAGCTGTCAGATTGAGTGTGTGTCTGCAGCTGGT 1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 170672 ATGGTGTTGTGCTGCTCAGCTGTCAGATTGAGTGTGTGTCTGCAGCTGGT 170721 BX950173.7 1751 TGAGATGATGTTCGTGAGTGTGCGCACATGTGGACGAATGTGTGTGTGTG 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 170722 TGAGATGATGTTCGTGAGTGTGCGCACATGTGGACGAATGTGTGTGTGTG 170771 BX950173.7 1801 TCATATGCGCAGATATAATAGACATGTCAGAGCAGTGAACGCCTGAAAGA 1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 170772 TCATATGCGCAGATATAATAGACATGTCAGAGCAGTGAACGCCTGAAAGA 170821 BX950173.7 1851 CAGACACACTGCACTGTCTTTTGTGAAGGTTACTCGGAAAACACAGACAG 1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 170822 CAGACACACTGCACTGTCTTTTGTGAAGGTTACTCGGAAAACACAGACAG 170871 BX950173.7 1901 GGTACAAATGAGATTAATCTCTATAGACAGAGGCTACTAGACCTTTGTAC 1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 170872 GGTACAAATGAGATTAATCTCTATAGACAGAGGCTACTAGACCTTTGTAC 170921 BX950173.7 1951 AAATGTAGAGTCATGGTTTTGGAATTTATTTATTTCTTTTTGAAGAATTC 2000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX572629.8 170922 AAATGTAGAGTCATGGTTTTGGAATTTATTTATTTCTTTTTGAAGAATTC 170971
Overview
- Query
- BX950173.7 - 68628 bps
- Hit
- BX572629.8 - 170971 bps
- Total alignments
- 24
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
| # | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 100 | 1936 | 2000 | 1 | 2000 | 1 | 168972 | 170971 | 1 |
| 2 | 91.07 | 79 | 111 | 49720 | 49830 | 1 | 15791 | 15902 | 1 |
| 3 | 84.67 | 72 | 138 | 44334 | 44471 | 1 | 23786 | 23922 | 1 |
| 4 | 83.01 | 154 | 355 | 49468 | 49822 | -1 | 24296 | 24660 | 1 |
| 5 | 81.95 | 124 | 326 | 2903 | 3228 | 1 | 24296 | 24633 | 1 |
| 6 | 86.55 | 160 | 275 | 3419 | 3693 | 1 | 44789 | 45063 | 1 |
| 7 | 84.17 | 167 | 359 | 49464 | 49822 | -1 | 49197 | 49556 | 1 |
| 8 | 82.19 | 117 | 306 | 18580 | 18885 | 1 | 49209 | 49500 | 1 |
| 9 | 96.3 | 95 | 108 | 36207 | 36314 | 1 | 56338 | 56445 | 1 |
| 10 | 84.81 | 171 | 393 | 9606 | 9998 | -1 | 57360 | 57754 | 1 |
| 11 | 84.45 | 98 | 193 | 7027 | 7219 | -1 | 61210 | 61402 | 1 |
| 12 | 83.25 | 72 | 179 | 63878 | 64056 | 1 | 81176 | 81360 | 1 |
| 13 | 100 | 78 | 105 | 47082 | 47186 | -1 | 81502 | 81606 | 1 |
| 14 | 100 | 78 | 105 | 64707 | 64811 | 1 | 81502 | 81606 | 1 |
| 15 | 85.71 | 175 | 347 | 19333 | 19679 | 1 | 83890 | 84239 | 1 |
| 16 | 85.41 | 166 | 327 | 25895 | 26221 | 1 | 83917 | 84238 | 1 |
| 17 | 80.92 | 162 | 442 | 19710 | 20151 | 1 | 84242 | 84671 | 1 |
| 18 | 91.31 | 99 | 139 | 26271 | 26409 | 1 | 84260 | 84397 | 1 |
| 19 | 87.67 | 72 | 142 | 11420 | 11561 | -1 | 145738 | 145883 | 1 |
| 20 | 87.5 | 138 | 266 | 62556 | 62821 | 1 | 145902 | 146165 | 1 |
| 21 | 85.77 | 113 | 244 | 11055 | 11298 | -1 | 146010 | 146255 | 1 |
| 22 | 95.81 | 336 | 409 | 11702 | 12110 | -1 | 153465 | 153870 | 1 |
| 23 | 97.9 | 4769 | 5147 | 11702 | 16848 | -1 | 153465 | 158598 | 1 |
| 24 | 95.58 | 336 | 411 | 16439 | 16849 | -1 | 158192 | 158599 | 1 |
