<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR759945.8	1	AGCAACATAAGCAAAACCAAAGAGCTGTCAAAAGACACGAGACAAAATTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	222121	AGCAACATAAGCAAAACCAAAGAGCTGTCAAAAGACACGAGACAAAATTG	222170

CR759945.8	51	TAGACCTTCACAAAGCTGGAAAGGGCTATGGGACAAATGCCAAGCAGCTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	222171	TAGACCTTCACAAAGCTGGAAAGGGCTATGGGACAAATGCCAAGCAGCTT	222220

CR759945.8	101	GGTGAAAAAAGAACAACCGTTGGACCAGTTGTCAGAAAGTGGAAGAGGCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	222221	GGTGAAAAAAGAACAACCGTTGGACCAGTTGTCAGAAAGTGGAAGAGGCT	222270

CR759945.8	151	AATGATGACCGTCAATGTCCCTCGAACTGAGGCCCCATGGAAGATCTTTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	222271	AATGATGACCGTCAATGTCCCTCGAACTGAGGCCCCATGGAAGATCTTTC	222320

CR759945.8	201	CTTGTGGGGTATCAATGATGCTAAGAATGGTCAAGAATCAGCCCAGAACT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	222321	CTTGTGGGGTATCAATGATGCTAAGAATGGTCAAGAATCAGCCCAGAACT	222370

CR759945.8	251	ACACAGGAGGAGCTGGTCAATGCCGTGAAGAGAGATGGAACCATCATTTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	222371	ACACAGGAGGAGCTGGTCAATGCCGTGAAGAGAGATGGAACCATCATTTA	222420

CR759945.8	301	AGACGTCACGGTTTAAAATCTTGCATCGCAAGGAAGGTTCCTCTGCTTAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	222421	AGACGTCACGGTTTAAAATCTTGCATCGCAAGGAAGGTTCCTCTGCTTAA	222470

CR759945.8	351	GTCAACCCATGTTTGTAGTTTGCCAGGGACCATCTGGATGATCCAGAGGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	222471	GTCAACCCATGTTTGTAGTTTGCCAGGGACCATCTGGATGATCCAGAGGA	222520

CR759945.8	401	GTCATGGGAGAAAGTCCTGTGGTCAGAGAAAACAAAGTAGAACTTTTTGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	222521	GTCATGGGAGAAAGTCCTGTGGTCAGAGAAAACAAAGTAGAACTTTTTGG	222570

CR759945.8	451	TCTTAACCCCATTCGTCGTGTTTGGAGGAAGAAGAATGATGAGTATCATC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	222571	TCTTAACCCCATTCGTCGTGTTTGGAGGAAGAAGAATGATGAGTATCATC	222620

CR759945.8	501	CCAATAAAACCATACCTACAGTGATGCATGGGGCTGGAAGCATCATGCTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	222621	CCAATAAAACCATACCTACAGTGATGCATGGGGCTGGAAGCATCATGCTC	222670

CR759945.8	551	TGGGGTTGTTTTTCTGCACAGGAGACAAGACAACTGCACTTTATAAAGGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	222671	TGGGGTTGTTTTTCTGCACAGGAGACAAGACAACTGCACTTTATAAAGGA	222720

CR759945.8	601	GAGGATGAACGGGCCATGTATTGTGAAATGTTGGTCAAAAACCTTCTTCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	222721	GAGGATGAACGGGCCATGTATTGTGAAATGTTGGTCAAAAACCTTCTTCC	222770

CR759945.8	651	CTCAGTCAGAGCATTAAAGATGGGTCGTGGCTGGGTCTTCCAACCTGAGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	222771	CTCAGTCAGAGCATTAAAGATGGGTCGTGGCTGGGTCTTCCAACCTGAGA	222820

CR759945.8	701	ATGACCCAAAGCACACAGCTATGTAAACCAAGGAGTGGCTCCGTATGAAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	222821	ATGACCCAAAGCACACAGCTATGTAAACCAAGGAGTGGCTCCGTATGAAG	222870

CR759945.8	751	CATATCAAGGTTCTGGAATGGGCTAGCCAGTCTCCAAACCTAAATCCAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	222871	CATATCAAGGTTCTGGAATGGGCTAGCCAGTCTCCAAACCTAAATCCAAT	222920

CR759945.8	801	AGAAAATCTTTAGAGGGAGCTGAAACTCTGTATTGCCCAGTGACAGCCCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	222921	AGAAAATCTTTAGAGGGAGCTGAAACTCTGTATTGCCCAGTGACAGCCCC	222970

CR759945.8	851	AAAACCTGACAGATCTAGAGTAGATCTGCATGGAGGAGTGGGCCAAAATC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	222971	AAAACCTGACAGATCTAGAGTAGATCTGCATGGAGGAGTGGGCCAAAATC	223020

CR759945.8	901	CCTCCTGCAGTGTGTGCAAACCTGGTGAAGAACTACAGGAACCGTTTGAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	223021	CCTCCTGCAGTGTGTGCAAACCTGGTGAAGAACTACAGGAACCGTTTGAC	223070

CR759945.8	951	CTCTGTAATTGTTAACAAAGGCTTCTGTACCAAATATTAAGATTTTTGAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	223071	CTCTGTAATTGTTAACAAAGGCTTCTGTACCAAATATTAAGATTTTTGAC	223120

CR759945.8	1001	TCAAGTGATTAAATACTTATTTGACCCACTAATTTACAAATAAATTGTTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	223121	TCAAGTGATTAAATACTTATTTGACCCACTAATTTACAAATAAATTGTTT	223170

CR759945.8	1051	AAAAATCATACAATTCAATTTCTGGATTTTTATTTTTAGATTCTGTCTCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	223171	AAAAATCATACAATTCAATTTCTGGATTTTTATTTTTAGATTCTGTCTCT	223220

CR759945.8	1101	CACATTGAGAAGGACCGATGGTGAAATTTCTAGACCCCTCCATGATTTCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	223221	CACATTGAGAAGGACCGATGGTGAAATTTCTAGACCCCTCCATGATTTCT	223270

CR759945.8	1151	AAGTAGGAAATATTGAAAAATCACAGGGTGATCAAATACTTATTGACCTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	223271	AAGTAGGAAATATTGAAAAATCACAGGGTGATCAAATACTTATTGACCTC	223320

CR759945.8	1201	ACTGTATATATTATGCAGTATATATACATAGCAATTTTATTATAGGTGTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	223321	ACTGTATATATTATGCAGTATATATACATAGCAATTTTATTATAGGTGTT	223370

CR759945.8	1251	TATTACTCCACAGTGTACTATTGTAGTAATAATAATTAAAAAATAATATA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	223371	TATTACTCCACAGTGTACTATTGTAGTAATAATAATTAAAAAATAATATA	223420

CR759945.8	1301	ATTTTAATAATAAAAAAATAAAACCATGTAGTAATAGTGGTAACTTGCTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	223421	ATTTTAATAATAAAAAAATAAAACCATGTAGTAATAGTGGTAACTTGCTG	223470

CR759945.8	1351	TTACCTTAAAGAGCTATTTTCCTTCAATCTAACACACAACAGTGTTTTGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	223471	TTACCTTAAAGAGCTATTTTCCTTCAATCTAACACACAACAGTGTTTTGT	223520

CR759945.8	1401	TGATCTACAATTTTATTAAGGTTAACGTTTCATATTTAGGTTAATTTACT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	223521	TGATCTACAATTTTATTAAGGTTAACGTTTCATATTTAGGTTAATTTACT	223570

CR759945.8	1451	TTTTCATGTGTTAAGGTTGATTATAATCAGGGAGTGAATTACAGGGTGGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	223571	TTTTCATGTGTTAAGGTTGATTATAATCAGGGAGTGAATTACAGGGTGGG	223620

CR759945.8	1501	TTTGGAGGAATTGACCCCCATAATTAATGCTTGGTCCCCTCTGAAGGAGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	223621	TTTGGAGGAATTGACCCCCATAATTAATGCTTGGTCCCCTCTGAAGGAGG	223670

CR759945.8	1551	TCAAAACCAGATGCAAGCGTGTTTACTCCTTTAATACTAAAAGTTATTTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	223671	TCAAAACCAGATGCAAGCGTGTTTACTCCTTTAATACTAAAAGTTATTTC	223720

CR759945.8	1601	ACTCTGATCTGCAGATTTAAAATAATACATAATAAAAATATTTTACCACC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	223721	ACTCTGATCTGCAGATTTAAAATAATACATAATAAAAATATTTTACCACC	223770

CR759945.8	1651	CCTATAATGATTCAAAACATTGTTAATGAATAATCATGCCAATCAGTCTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	223771	CCTATAATGATTCAAAACATTGTTAATGAATAATCATGCCAATCAGTCTA	223820

CR759945.8	1701	TTCGAGAAACAAGGCTGAAATTGGCAGATCCAGAGCACTGACAGACTTCG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	223821	TTCGAGAAACAAGGCTGAAATTGGCAGATCCAGAGCACTGACAGACTTCG	223870

CR759945.8	1751	GGTCTTATCATACCCCTGGTGCAATTCGGCGCAAGGCACGGCACAATTGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	223871	GGTCTTATCATACCCCTGGTGCAATTCGGCGCAAGGCACGGCACAATTGT	223920

CR759945.8	1801	TGTTTGCTAGTTTCAGCTTGGCACAAGAGTCGTTTTGATGTTTTGCACCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	223921	TGTTTGCTAGTTTCAGCTTGGCACAAGAGTCGTTTTGATGTTTTGCACCA	223970

CR759945.8	1851	CGCTGTTTAAATAGCAAATGCATTTGCACTCATATGGCTTTTTCATTTGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	223971	CGCTGTTTAAATAGCAAATGCATTTGCACTCATATGGCTTTTTCATTTGT	224020

CR759945.8	1901	TCTTAAAAAATTTGCTTTTGTATAATGTTTTTTTTATTAGCAGTATTATT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	224021	TCTTAAAAAATTTGCTTTTGTATAATGTTTTTTTTATTAGCAGTATTATT	224070

CR759945.8	1951	TTTTATATGCATATTTACATATTTATATTTGTTTTATTAAAAACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572080.18	224071	TTTTATATGCATATTTACATATTTATATTTGTTTTATTAAAAACAAGCTT	224120

Overview

Query
CR759945.8 - 146960 bps
Hit
BX572080.18 - 224120 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195520001200012221212241201
293.02121915954799849592153784554021
394.85104212595024351501155519567821
493.514836145161552228156830574461
584.17270574146387146960-156875574301
689.453996085252553132157672582971
790.62435626145393146018-157758583861
890.91289417316003201611412681416851
987.87269437336203405611413731418091
1090.61308446315713201611415471419931
1192.4724063261341923745211422231454441
1296.5796510988288983986-11443421454481
1382.92293737199052064111566881574191
1494.36453595463564695011899621905471
1589.26345546532165376111906801912561
1683.5359861198922075211930251938971
1791.683485255794658470-11933521938801
1888.48563903297863068812093032101961
1988.43399662308973155812101972108701
2088.346711138383593949612118842130061
2192.682653553084031194-12150342153881
Short-link