<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX640407.9	87035	GAATTCACTGAACTATGTAATTTGTTGGCTTAGTTGGCTAATGATGTTTT	87084
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1	GAATTCACTGAACTATGTAATTTGTTGGCTTAGTTGGCTAATGATGTTTT	50

BX640407.9	87085	GGGAAACGCATCCCTGGGCGATCTCTTCTGATCTCTGATATGAAAAAAAC	87134
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	51	GGGAAACGCATCCCTGGGCGATCTCTTCTGATCTCTGATATGAAAAAAAC	100

BX640407.9	87135	ATTTTTTTGTTCACAGAACCGCCTCTTCCTAAATATATTATAATTTAAGG	87184
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	101	ATTTTTTTGTTCACAGAACCGCCTCTTCCTAAATATATTATAATTTAAGG	150

BX640407.9	87185	AAGATTCTTTGCATATGGTTGTATTTGAAAATACCAGTGGATCATCTGAG	87234
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	151	AAGATTCTTTGCATATGGTTGTATTTGAAAATACCAGTGGATCATCTGAG	200

BX640407.9	87235	ATTGGCAGCCAGTTGAAGTGAATTATTAGCCCCCATTTTTTAATTTTTAA	87284
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	201	ATTGGCAGCCAGTTGAAGTGAATTATTAGCCCCCATTTTTTAATTTTTAA	250

BX640407.9	87285	ATAATTCCCAAATCATGTTTAACAGGGCAAAGACATTTCCACAGTATGTC	87334
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	251	ATAATTCCCAAATCATGTTTAACAGGGCAAAGACATTTCCACAGTATGTC	300

BX640407.9	87335	TGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCAGGTA	87384
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	301	TGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCAGGTA	350

BX640407.9	87385	GAATAAAAGCAGTTTTTAATTTTTTTTAAATCATTTTGAGGTCAATGTTA	87434
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	351	GAATAAAAGCAGTTTTTAATTTTTTTTAAATCATTTTGAGGTCAATGTTA	400

BX640407.9	87435	TTATCCCCTTTAAGCAATTGTTTTTCGATAGTCTACAGAATAATCCATCA	87484
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	401	TTATCCCCTTTAAGCAATTGTTTTTCGATAGTCTACAGAATAATCCATCA	450

BX640407.9	87485	TTATACAATTACTTGCCTAAATACCCTAACCTGTCTAGTTAACCTAATTA	87534
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	451	TTATACAATTACTTGCCTAAATACCCTAACCTGTCTAGTTAACCTAATTA	500

BX640407.9	87535	ATCATGTTAAACCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATAGAAATGTCTTGA	87584
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	501	ATCATGTTAAACCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATAGAAATGTCTTGA	550

BX640407.9	87585	AAAATACATAGTAAAATATTGTTAAAATTACTGTTATCATGGCAACGATA	87634
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	551	AAAATACATAGTAAAATATTGTTAAAATTACTGTTATCATGGCAACGATA	600

BX640407.9	87635	AAATAAATCAGTTATTAGAAATTAGTTATTAAAACTATTATGTTCAGTAA	87684
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	601	AAATAAATCAGTTATTAGAAATTAGTTATTAAAACTATTATGTTCAGTAA	650

BX640407.9	87685	TGTGTTGAAAAAAAATTCTCTCCGTTAAACAGAAATGTAAAAATGTGTTT	87734
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	651	TGTGTTGAAAAAAAATTCTCTCCGTTAAACAGAAATGTAAAAATGTGTTT	700

BX640407.9	87735	AAACATTTCAAAGAGTAATTCTATCTTGATTATTATTGAACTTCATTCAT	87784
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	701	AAACATTTCAAAGAGTAATTCTATCTTGATTATTATTGAACTTCATTCAT	750

BX640407.9	87785	TTAATTAATTAATTCATTCATTTTTTTCGGCTTAGTCCCTTTATTAATCT	87834
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	751	TTAATTAATTAATTCATTCATTTTTTTCGGCTTAGTCCCTTTATTAATCT	800

BX640407.9	87835	AGGGTCGCCACAGCAGAATGAACCGCCAACATATGTTTTATGCAACGGAT	87884
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	801	AGGGTCGCCACAGCAGAATGAACCGCCAACATATGTTTTATGCAACGGAT	850

BX640407.9	87885	GCCCTTCCAGCTGCAACCCATCACTGGAAAACATCCATACACTCTCATGC	87934
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	851	GCCCTTCCAGCTGCAACCCATCACTGGAAAACATCCATACACTCTCATGC	900

BX640407.9	87935	ACACACATACACTATGGAAAATTTTAGCTTACCCAATTCACCTATACCAT	87984
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	901	ACACACATACACTATGGAAAATTTTAGCTTACCCAATTCACCTATACCAT	950

BX640407.9	87985	GTCTTTGGACTTGAGGGGGAAAGAGAGCACCTGGAGGAAACCCAATCAGA	88034
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	951	GTCTTTGGACTTGAGGGGGAAAGAGAGCACCTGGAGGAAACCCAATCAGA	1000

BX640407.9	88035	GCAGGGAGAACATGCAAACTCCACACCAAAATGCCAACTGACCTTGCCGA	88084
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1001	GCAGGGAGAACATGCAAACTCCACACCAAAATGCCAACTGACCTTGCCGA	1050

BX640407.9	88085	GGCTCGAACCACTGCGTCACCCTATTATTAAATTTTTCAAAAACACTTTT	88134
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1051	GGCTCGAACCACTGCGTCACCCTATTATTAAATTTTTCAAAAACACTTTT	1100

BX640407.9	88135	GAAAGTTGCATTTAAACTTGGCGTATTTTTTAAGTTAACAAAATGAGGAG	88184
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1101	GAAAGTTGCATTTAAACTTGGCGTATTTTTTAAGTTAACAAAATGAGGAG	1150

BX640407.9	88185	GACCACAAAGCTGAGGTTATAATTTAAGTCAAGATATCCCAAGTGAAGTT	88234
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1151	GACCACAAAGCTGAGGTTATAATTTAAGTCAAGATATCCCAAGTGAAGTT	1200

BX640407.9	88235	TATTCATAAACTAATTTCGAGAGGAGCACGTGATTATGATTGAACACGGC	88284
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1201	TATTCATAAACTAATTTCGAGAGGAGCACGTGATTATGATTGAACACGGC	1250

BX640407.9	88285	TGGTTCTGCATTAGCATGCATGATCCACCAATCAGGCCATTCCTAACCCA	88334
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1251	TGGTTCTGCATTAGCATGCATGATCCACCAATCAGGCCATTCCTAACCCA	1300

BX640407.9	88335	CTATAAAGAGCCAGGGTTTTTTCACTACAGTCATCTTTGATTTGAAGAAT	88384
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1301	CTATAAAGAGCCAGGGTTTTTTCACTACAGTCATCTTTGATTTGAAGAAT	1350

BX640407.9	88385	ACACTGCACTGCATCAGATGCTACTGCTACAACAACTTCTCCAACTACAA	88434
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1351	ACACTGCACTGCATCAGATGCTACTGCTACAACAACTTCTCCAACTACAA	1400

BX640407.9	88435	CTTCAACAACAACTTCTCAACCCTCTACTTCATATTGAGTGCGCATGCTC	88484
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1401	CTTCAACAACAACTTCTCAACCCTCTACTTCATATTGAGTGCGCATGCTC	1450

BX640407.9	88485	GGCGCATGCTCGAGTGACGTCACTGGCGTCACTGTCTCCGTTCGGTCACA	88534
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1451	GGCGCATGCTCGAGTGACGTCACTGGCGTCACTGTCTCCGTTCGGTCACA	1500

BX640407.9	88535	CGCTGTGTGTGCTTGAAGTTTGGACTTGCTATTTACTCGCAATTTAAATC	88584
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1501	CGCTGTGTGTGCTTGAAGTTTGGACTTGCTATTTACTCGCAATTTAAATC	1550

BX640407.9	88585	TTAATCATAAAAATCTTCCTCATTCGCTAAGTATTTGTCTCTCCTACTTA	88634
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1551	TTAATCATAAAAATCTTCCTCATTCGCTAAGTATTTGTCTCTCCTACTTA	1600

BX640407.9	88635	GGGTGACCAAACCCTTAATACATTGATACAAAGAAAACTGCTTTAAAAAC	88684
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1601	GGGTGACCAAACCCTTAATACATTGATACAAAGAAAACTGCTTTAAAAAC	1650

BX640407.9	88685	GGTCTGTCCCTCGAGCATCCGCCTGTTTGTAGCTTTAGCCTGCTAGCGCC	88734
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1651	GGTCTGTCCCTCGAGCATCCGCCTGTTTGTAGCTTTAGCCTGCTAGCGCC	1700

BX640407.9	88735	GCTGGTCAGCTAAAGCTACCGACCTCTTTTACCATACACTTTTGACTTAC	88784
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1701	GCTGGTCAGCTAAAGCTACCGACCTCTTTTACCATACACTTTTGACTTAC	1750

BX640407.9	88785	TGGCTTTGCTCTTTACCCCGTAAAATGTCGCTTCCGTCTAGGTCCTTGTG	88834
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1751	TGGCTTTGCTCTTTACCCCGTAAAATGTCGCTTCCGTCTAGGTCCTTGTG	1800

BX640407.9	88835	TGCAGGAGAAGCATCGATGGAGGCACTGGAGCTGGAAGAAGTGGAGTCCC	88884
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1801	TGCAGGAGAAGCATCGATGGAGGCACTGGAGCTGGAAGAAGTGGAGTCCC	1850

BX640407.9	88885	AGATCCGGGCGCTGGTGGTAAGACGGTCGCGGCTACGGGAACAACTTCTT	88934
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1851	AGATCCGGGCGCTGGTGGTAAGACGGTCGCGGCTACGGGAACAACTTCTT	1900

BX640407.9	88935	GTTGTACCTAATGCTAAGGCCGTCTCATCACCTAAGGTACGTGGAAATTA	88984
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1901	GTTGTACCTAATGCTAAGGCCGTCTCATCACCTAAGGTACGTGGAAATTA	1950

BX640407.9	88985	CAACCACATCATTCCCTCTACCTCAACCCCGCGTCCTTCTCTGTCCAGGC	89034
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572075.8	1951	CAACCACATCATTCCCTCTACCTCAACCCCGCGTCCTTCTCTGTCCAGGC	2000

Overview

Query
BX640407.9 - 89034 bps
Hit
BX572075.8 - 163859 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001956200087035890341120001
295.61351608822588384117410175681
381.961403618101281372124836251901
486.232023702429624665-126589269511
589.782513738100681378128039284101
689.12013152429624610-128083284031
784.061873798302983407159368597371
886.261462687203472301173974742351
990.75277727260173372174648754211
1090.562133097204272350191578918841
1189.934516867268873373192404930881
1284.681863712429624666-195691960491
1383.131443278105081376195747960541
1489.292403692429624664-11302631306261
1588.2191317810578137311303241306281
1686.13155280390513933011303551306281
1795.06202242397944003511373221375641
1897.082152402212022359-11373251375641
1996.84395446336053405011375741380151
2094.63984892120921697-11375741380541
2195.48394465404954095911375921380561
Short-link