<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX548052.7	144411	CCTCAAGGACATTAAAGGCCTTTATAATTGTTCTATACGCGGATTGGTAT	144460
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1	CCTCAAGGACATTAAAGGCCTTTATAATTGTTCTATACGCGGATTGGTAT	50

BX548052.7	144461	ATAGCTTTGGTGGTTTAGTAGAAACAACTTCTGCCTTGCAGGAGATCCAA	144510
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	51	ATAGCTTTGGTGGTTTAGTAGAAACAACTTCTGCCTTGCAGGAGATCCAA	100

BX548052.7	144511	GAAAGATAAAGCATGGCTGTTAAATCTTAGAAGTTTAGCATGTGTGTAGT	144560
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	101	GAAAGATAAAGCATGGCTGTTAAATCTTAGAAGTTTAGCATGTGTGTAGT	150

BX548052.7	144561	TCCTGTGTGCTTCAGCTTGTTGTTGGAGGCAGAGCTTATGTGGATTGTGC	144610
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	151	TCCTGTGTGCTTCAGCTTGTTGTTGGAGGCAGAGCTTATGTGGATTGTGC	200

BX548052.7	144611	TTGGTGGTTAATGTGGTTTGTACATTTTAATGAATATGACATTGAAAAGA	144660
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	201	TTGGTGGTTAATGTGGTTTGTACATTTTAATGAATATGACATTGAAAAGA	250

BX548052.7	144661	TGAAAGAAATATGTCAAATCAAAGGGATATTTCATCAAAAATGAACATTG	144710
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	251	TGAAAGAAATATGTCAAATCAAAGGGATATTTCATCAAAAATGAACATTG	300

BX548052.7	144711	ACAAATTATTTTCTTACTATCAAGTGGTTTCAAACCTTTATTTTAAAGCT	144760
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	301	ACAAATTATTTTCTTACTATCAAGTGGTTTCAAACCTTTATTTTAAAGCT	350

BX548052.7	144761	AACACTAGTTTAAACACCAATTCTCACTATTAACTCATTTATTATGCCAC	144810
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	351	AACACTAGTTTAAACACCAATTCTCACTATTAACTCATTTATTATGCCAC	400

BX548052.7	144811	AGTCACTGAAGCTAAGCAGTGCTGAGCCTGTTCAGTACCTGGATGGGGGA	144860
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	401	AGTCACTGAAGCTAAGCAGTGCTGAGCCTGTTCAGTACCTGGATGGGGGA	450

BX548052.7	144861	CCACATAAGAAAGCTATGTTGCTGTTGGAAGTGGAGCTTAACCTGCGGTC	144910
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	451	CCACATAAGAAAGCTATGTTGCTGTTGGAAGTGGAGCTTAACCTGCGGTC	500

BX548052.7	144911	TGTGTGAGTCCGAATGCCCCAGTATATTGAAGCGGACACTACCAGTGAGT	144960
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	501	TGTGTGAGTCCGAATGCCCCAGTATATTGAAGCGGACACTACCAGTGAGT	550

BX548052.7	144961	GCTATTTTTTGGATGAGACTTTAAATCAAGGTCCTGACTCTCTGTGGTCA	145010
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	551	GCTATTTTTTGGATGAGACTTTAAATCAAGGTCCTGACTCTCTGTGGTCA	600

BX548052.7	145011	TTAAAAATCCCATGGCACTTCTCGTAAAATCAAATCAAATCAAATCACTT	145060
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	601	TTAAAAATCCCATGGCACTTCTCGTAAAATCAAATCAAATCAAATCACTT	650

BX548052.7	145061	TTATTGTCACATTATCAGCGGCATGTGTGCTTCGATGAGGGAAAAGCTTA	145110
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	651	TTATTGTCACATTATCAGCGGCATGTGTGCTTCGATGAGGGAAAAGCTTA	700

BX548052.7	145111	GGTGCTCGCTCCAGACAGTGCAAATACAACGACAGTGCAAAATGCAACAG	145160
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	701	GGTGCTCGCTCCAGACAGTGCAAATACAACGACAGTGCAAAATGCAACAG	750

BX548052.7	145161	CATACTTCAAAAAAAAAAAACAGGACAGTGTAAAATTGGCAGTGTTGACA	145210
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	751	CATACTTCAAAAAAAAAAAACAGGACAGTGTAAAATTGGCAGTGTTGACA	800

BX548052.7	145211	GCGATAAAGTAACCCTGCTGTCCTGGCCAAATTCTCTCGATCGGCCCTTC	145260
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	801	GCGATAAAGTAACCCTGCTGTCCTGGCCAAATTCTCTCGATCGGCCCTTC	850

BX548052.7	145261	CCCAACATGGCCTCCCAATCATCCCCATCCACCGATTTGGCTCTATCAAT	145310
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	851	CCCAACATGGCCTCCCAATCATCCCCATCCACCGATTTGGCTCTATCAAT	900

BX548052.7	145311	GTCTCTCCACTCCACCTATAGCTGGTGTGTGGTGAAGCAGTGGCACCGTT	145360
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	901	GTCTCTCCACTCCACCTATAGCTGGTGTGTGGTGAAGCAGTGGCACCGTT	950

BX548052.7	145361	GTCCTGTGGCTGTTGTCGCATCATCCAAGTGGATGCTGCACACTAGTGAT	145410
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	951	GTCCTGTGGCTGTTGTCGCATCATCCAAGTGGATGCTGCACACTAGTGAT	1000

BX548052.7	145411	GATGTGGAGAGACCCCCCTCAATGACTGTGAAGCGCTTTGGGTGTATACT	145460
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1001	GATGTGGAGAGACCCCCCTCAATGACTGTGAAGCGCTTTGGGTGTATACT	1050

BX548052.7	145461	TGATGGGCCATACATGATAAATGGACTATATAAATAGATACACAAATTAA	145510
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1051	TGATGGGCCATACATGATAAATGGACTATATAAATAGATACACAAATTAA	1100

BX548052.7	145511	AAAATACAATTACATTATTAATACCTACCTGTTATTAAGATATAGGCTGT	145560
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1101	AAAATACAATTACATTATTAATACCTACCTGTTATTAAGATATAGGCTGT	1150

BX548052.7	145561	TTGTTTGTACTTATAGATTCAGCATGATTTTATTGTACATCCCTAATCCT	145610
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1151	TTGTTTGTACTTATAGATTCAGCATGATTTTATTGTACATCCCTAATCCT	1200

BX548052.7	145611	ATCTAAACGCAACTACCTTAATAGCTACTAAGCAGCAAATTAGGAGTCTG	145660
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1201	ATCTAAACGCAACTACCTTAATAGCTACTAAGCAGCAAATTAGGAGTCTG	1250

BX548052.7	145661	TTGAGCTAAAAGTCCTATATAATGGTCTGTTAATAGCGAGAATTGTACCC	145710
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1251	TTGAGCTAAAAGTCCTATATAATGGTCTGTTAATAGCGAGAATTGTACCC	1300

BX548052.7	145711	AAAGTGTAACCATTTTTTCTTCTGTTGTACAATAAAGAAAGTATTTTGAA	145760
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1301	AAAGTGTAACCATTTTTTCTTCTGTTGTACAATAAAGAAAGTATTTTGAA	1350

BX548052.7	145761	GAATGCTGCATTCACTGTAAAAAAGAGATTGTTTGGCTTTACTTAAAAAG	145810
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1351	GAATGCTGCATTCACTGTAAAAAAGAGATTGTTTGGCTTTACTTAAAAAG	1400

BX548052.7	145811	TGAACCCATTGTCTTAAAATTATTAAGTAAATAAATGTGCATAATTATAA	145860
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1401	TGAACCCATTGTCTTAAAATTATTAAGTAAATAAATGTGCATAATTATAA	1450

BX548052.7	145861	AAATGAAGTTAGGTTAACTTAACCATTCCAACTTAACTGATTTACTCACT	145910
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1451	AAATGAAGTTAGGTTAACTTAACCATTCCAACTTAACTGATTTACTCACT	1500

BX548052.7	145911	TTTTAAAGTAAAGTTAAATTGTTACTTTTATGGCTATTTTTTAACTAACC	145960
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1501	TTTTAAAGTAAAGTTAAATTGTTACTTTTATGGCTATTTTTTAACTAACC	1550

BX548052.7	145961	GCTTTTTTACAGTGTAATTCGTTGAAGAGTTGGAACCACTTAAATCAATG	146010
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1551	GCTTTTTTACAGTGTAATTCGTTGAAGAGTTGGAACCACTTAAATCAATG	1600

BX548052.7	146011	AGTATTTTTATTATTATTTTTTTTTTGCGAACTATCCTTTTACACTGCAG	146060
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1601	AGTATTTTTATTATTATTTTTTTTTTGCGAACTATCCTTTTACACTGCAG	1650

BX548052.7	146061	AAAACTGTGGAAGTAGAAAAAAGTTAATGAATGATTATAAATATTTTTTT	146110
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1651	AAAACTGTGGAAGTAGAAAAAAGTTAATGAATGATTATAAATATTTTTTT	1700

BX548052.7	146111	CCACTAGCTTTTTGAACAGTTGTGGAACTAAATCAGTTGTTTTTATGTGT	146160
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1701	CCACTAGCTTTTTGAACAGTTGTGGAACTAAATCAGTTGTTTTTATGTGT	1750

BX548052.7	146161	AGATCAGCTTCATTAAGTCTTAAAAAGTTCTTTCTAAATGTCTAAAGAAA	146210
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1751	AGATCAGCTTCATTAAGTCTTAAAAAGTTCTTTCTAAATGTCTAAAGAAA	1800

BX548052.7	146211	TCGAAAGACATTTAAGGCTTCAAGATGATACGAAGGACAATTATAGCATT	146260
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1801	TCGAAAGACATTTAAGGCTTCAAGATGATACGAAGGACAATTATAGCATT	1850

BX548052.7	146261	GATTACCTTTAGAAAACACGGTTAATCTTTTTGACAAACACAGACTCTTA	146310
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1851	GATTACCTTTAGAAAACACGGTTAATCTTTTTGACAAACACAGACTCTTA	1900

BX548052.7	146311	GAGAATATAGAGAAGAGGTGGATTTGAGCCGTCCACTTTCAATTCCTCTT	146360
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1901	GAGAATATAGAGAAGAGGTGGATTTGAGCCGTCCACTTTCAATTCCTCTT	1950

BX548052.7	146361	TAAATTCACAGTAGCTATATTTAAACACCATCAATAAAAGAGTAGAATTC	146410
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571975.7	1951	TAAATTCACAGTAGCTATATTTAAACACCATCAATAAAAGAGTAGAATTC	2000

Overview

Query
BX548052.7 - 146410 bps
Hit
BX571975.7 - 187272 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194020001444111464101120001
292.4710614679691798361476549101
382.331032951593416228-1765279511
488.841622514843848688-119797200471
587.251502519797998229119797200471
683.1787203126335126537138894391011
793.21116015737154973121-140912424561
886.041242287960979836-151148513691
988.1528884123451124334155365562471
1094.12831029872598826-190786908871
1185.21430857123440124296196443973141
1295.212403112682627136-11023221026341
1386.41933539872799079-11240721244461
1482.81013061592316228-11399651402781
1583.91202739537095642-11490051492711
1688.672183479872599071-11650181653701
1786.82043611005510415-11650211653761
1888.24861366242637711652391653741
1977.921907843551036293-11816191823881
2083.27982674763547901-11828211830831
Short-link