<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX548064.12	178202	CTAAGAGTACAAAACTCTTCAATTTGGTGTTGATAGACCCTGGATTTGCC	178251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1	CTAAGAGTACAAAACTCTTCAATTTGGTGTTGATAGACCCTGGATTTGCC	50

BX548064.12	178252	ACAACGAATGTTTTATCCCTATCACAGTCAATGACGTAACCTGAAATATT	178301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	51	ACAACGAATGTTTTATCCCTATCACAGTCAATGACGTAACCTGAAATATT	100

BX548064.12	178302	TGTGTGCTTATGTCTCAACCATAACACGTTGTTATTTATTTATTATTACT	178351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	101	TGTGTGCTTATGTCTCAACCATAACACGTTGTTATTTATTTATTATTACT	150

BX548064.12	178352	TTGCACTTTTAGTTAATAATGCATCATTCGAATAAGCAAAAGTTTATTAG	178401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	151	TTGCACTTTTAGTTAATAATGCATCATTCGAATAAGCAAAAGTTTATTAG	200

BX548064.12	178402	TATTTACAGAAACCACAATGGCAGAAACCATCATGCGTTTGCACTGTTGT	178451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	201	TATTTACAGAAACCACAATGGCAGAAACCATCATGCGTTTGCACTGTTGT	250

BX548064.12	178452	TTTACAGTGTAATTCCCAAGCTTTAATAGAAAACCAAACTGAAACGGGAG	178501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	251	TTTACAGTGTAATTCCCAAGCTTTAATAGAAAACCAAACTGAAACGGGAG	300

BX548064.12	178502	CATTAAAGCTGTCCCACTAAAATTAACATCTGCTTATTTACACTATTTAC	178551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	301	CATTAAAGCTGTCCCACTAAAATTAACATCTGCTTATTTACACTATTTAC	350

BX548064.12	178552	ATTCACACTCCTGTATGTACACATTTGCATACCGCTTACAGTAGAAGGGC	178601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	351	ATTCACACTCCTGTATGTACACATTTGCATACCGCTTACAGTAGAAGGGC	400

BX548064.12	178602	AACTGCTTTTTGTTTTCTTGTGCTTAAGGTAAATGCATTGTCATCCGCTC	178651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	401	AACTGCTTTTTGTTTTCTTGTGCTTAAGGTAAATGCATTGTCATCCGCTC	450

BX548064.12	178652	TACAGTTCATAAAGGTTTCAGAAACAAGTTTAGCTTTGCTTATTGTTGAA	178701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	451	TACAGTTCATAAAGGTTTCAGAAACAAGTTTAGCTTTGCTTATTGTTGAA	500

BX548064.12	178702	TGCATGGATTAGTTCCTCTGACCCAGGTTTAAGTTTACCCTGAGCTCAAC	178751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	501	TGCATGGATTAGTTCCTCTGACCCAGGTTTAAGTTTACCCTGAGCTCAAC	550

BX548064.12	178752	CAATCTTAAAAAAGACAACAGCCTAGTCTCCAAATGAAGAGCCCGACTGT	178801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	551	CAATCTTAAAAAAGACAACAGCCTAGTCTCCAAATGAAGAGCCCGACTGT	600

BX548064.12	178802	AAAAGTACCATATTCACCCTGTTGGAAAAAATGCCTCCCCCAACTGTGCC	178851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	601	AAAAGTACCATATTCACCCTGTTGGAAAAAATGCCTCCCCCAACTGTGCC	650

BX548064.12	178852	TGCTTTGTAGAAAACGAATGGTACAGGGAGGCGTCTAAAGCGCTAAGTGA	178901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	651	TGCTTTGTAGAAAACGAATGGTACAGGGAGGCGTCTAAAGCGCTAAGTGA	700

BX548064.12	178902	TTTTAAAGGTTTCCATAGAGCAAAAGGAAGATCACAATATTAGTAAAGTC	178951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	701	TTTTAAAGGTTTCCATAGAGCAAAAGGAAGATCACAATATTAGTAAAGTC	750

BX548064.12	178952	AGCCAAAATGTCAAACGCCCTACTCTTCTTTGCAGAATGTCACCCTCAGC	179001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	751	AGCCAAAATGTCAAACGCCCTACTCTTCTTTGCAGAATGTCACCCTCAGC	800

BX548064.12	179002	TGGCAAACTGTTGGTAAAATGCCAGCTTGACCCGCTCGATGTGATGGCAC	179051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	801	TGGCAAACTGTTGGTAAAATGCCAGCTTGACCCGCTCGATGTGATGGCAC	850

BX548064.12	179052	AGCTTGATGGCAGGGCCCAGTTTTAGATCCATACACTCCTGCACGGTTGG	179101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	851	AGCTTGATGGCAGGGCCCAGTTTTAGATCCATACACTCCTGCACGGTTGG	900

BX548064.12	179102	GAGATTTAACAGGAGCAGCGCCTGGCCATCAATTTCCTGAAAGGTAAATG	179151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	901	GAGATTTAACAGGAGCAGCGCCTGGCCATCAATTTCCTGAAAGGTAAATG	950

BX548064.12	179152	TAAAGTTAGTCCTAAATATAAGTTGATCCTAAATGAGCAACAACAAGCAC	179201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	951	TAAAGTTAGTCCTAAATATAAGTTGATCCTAAATGAGCAACAACAAGCAC	1000

BX548064.12	179202	GTGAGGAAAAAGTTGTGGTTTCATGTTAATTCATCTACTATTCATTTCAC	179251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1001	GTGAGGAAAAAGTTGTGGTTTCATGTTAATTCATCTACTATTCATTTCAC	1050

BX548064.12	179252	TACATTTTGGCATTCCAGCTGCAACCCAGAAATGGGAAACATCTATACAC	179301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1051	TACATTTTGGCATTCCAGCTGCAACCCAGAAATGGGAAACATCTATACAC	1100

BX548064.12	179302	ACTCATACACTACAGCCAATTTAGTTTATTTAATTCACCTTTAGCGCATG	179351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1101	ACTCATACACTACAGCCAATTTAGTTTATTTAATTCACCTTTAGCGCATG	1150

BX548064.12	179352	TCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGTGAACCCGGAGGAAACCCACGCGAAC	179401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1151	TCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGTGAACCCGGAGGAAACCCACGCGAAC	1200

BX548064.12	179402	ACCGTGAGAACATTCATTATTTTCCATGGATGTACTAAAATAAAAATTCT	179451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1201	ACCGTGAGAACATTCATTATTTTCCATGGATGTACTAAAATAAAAATTCT	1250

BX548064.12	179452	GGGCTGAAACTTAATATTCTGAATGTACTTGGCAGAAAACTAAAATGATA	179501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1251	GGGCTGAAACTTAATATTCTGAATGTACTTGGCAGAAAACTAAAATGATA	1300

BX548064.12	179502	TATAATTTTTGGTGTAATTTTATTAGCCTTGCTATGACAGCACAGTACTG	179551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1301	TATAATTTTTGGTGTAATTTTATTAGCCTTGCTATGACAGCACAGTACTG	1350

BX548064.12	179552	CAAACAGCCTGGACATTGTATATATACACTACACTACACAAAAACGTCCT	179601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1351	CAAACAGCCTGGACATTGTATATATACACTACACTACACAAAAACGTCCT	1400

BX548064.12	179602	GTCAGCACATTATTTCAGACGTTTTTTTCTGGTGAGAGTGTGCAGTTTAT	179651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1401	GTCAGCACATTATTTCAGACGTTTTTTTCTGGTGAGAGTGTGCAGTTTAT	1450

BX548064.12	179652	GCAGATAAGTATATGAGAGGATTAGGGAAATACACAAAGAGCTAGTTGAC	179701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1451	GCAGATAAGTATATGAGAGGATTAGGGAAATACACAAAGAGCTAGTTGAC	1500

BX548064.12	179702	GATTCGCTCCATTGCTTTTACCCTTTAGTTTGCACAGCACCAAACCACCC	179751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1501	GATTCGCTCCATTGCTTTTACCCTTTAGTTTGCACAGCACCAAACCACCC	1550

BX548064.12	179752	TGGCAAGCCACTGACATGAATAGTTTTCATAGTGCATCGCTTTCTGCGTG	179801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1551	TGGCAAGCCACTGACATGAATAGTTTTCATAGTGCATCGCTTTCTGCGTG	1600

BX548064.12	179802	TGATGTGATAGCTGCTTCAAACTGTGCAGGGCAGTGTTAAACAGTATCGG	179851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1601	TGATGTGATAGCTGCTTCAAACTGTGCAGGGCAGTGTTAAACAGTATCGG	1650

BX548064.12	179852	CTTTTTTCTTGGCTCAGATTTTTTTTTTTTTATCCATATTTGACCAATCA	179901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1651	CTTTTTTCTTGGCTCAGATTTTTTTTTTTTTATCCATATTTGACCAATCA	1700

BX548064.12	179902	TTTTTGCTTTGAAGCAGAATGATGCTGAATGTTTTCACAATTTTTTTCCT	179951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1701	TTTTTGCTTTGAAGCAGAATGATGCTGAATGTTTTCACAATTTTTTTCCT	1750

BX548064.12	179952	TATTTGAAAAGGAAAAACTAAACAGTGACTGCAGATAAATAAAGCAGTTA	180001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1751	TATTTGAAAAGGAAAAACTAAACAGTGACTGCAGATAAATAAAGCAGTTA	1800

BX548064.12	180002	ATGTACTGGCAGTGTTTTCAATTACTTGATCCATGAAGATGCGGGCCAGC	180051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1801	ATGTACTGGCAGTGTTTTCAATTACTTGATCCATGAAGATGCGGGCCAGC	1850

BX548064.12	180052	GGAGCACAGTCAGTGGTCCTGATGAAGCGCACTACATCTGTGACGCTCCA	180101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1851	GGAGCACAGTCAGTGGTCCTGATGAAGCGCACTACATCTGTGACGCTCCA	1900

BX548064.12	180102	TTCCAGTGGACTGCTTTCCAAACACAGCTTCTGAGGAACTTCAGTACGTG	180151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1901	TTCCAGTGGACTGCTTTCCAAACACAGCTTCTGAGGAACTTCAGTACGTG	1950

BX548064.12	180152	GACTCTTCAAAAGAGAGAAAGTAAAACAATCGGCACTGCATAGTGAATTC	180201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571941.4	1951	GACTCTTCAAAAGAGAGAAAGTAAAACAATCGGCACTGCATAGTGAATTC	2000

Overview

Query
BX548064.12 - 180201 bps
Hit
BX571941.4 - 49045 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196620001782021802011120001
289.87140228118322118549-1678370091
398.46386517831847117219172831
4100336117881848-117223172831
597.130704185841927-117224172921
697.130706582165890-117224172921
71003061105326105386-117224172841
898.483167110425110491-117224172891
91003062138138138199-117224172851
1098.5333694189041958117224172911
1110030616582365883117224172841
121003062105327105388117224172851
131003164110434110497117224172871
141003062138144138205117224172851
151003061145595145655117224172841
1610030618474384803117225172851
1786.118691763116031117793-128906306761
1895.165362115936115997-130677307381
1989.75369551119746120296131099316351
2083.4568155101346101500142308424581
2186.67121218141851142068-146235464441
Short-link