<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX323447.11	2000	AAGCTTCAGCCAGTTTCCAGGCGACGCTCTTCTTCTGTGGTGTTTTTCTG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1	AAGCTTCAGCCAGTTTCCAGGCGACGCTCTTCTTCTGTGGTGTTTTTCTG	50

C  BX323447.11	1950	CGAGAGCAGATGATACGGACATCTGCAGGACATAGAGCGGAAGTACATAC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	51	CGAGAGCAGATGATACGGACATCTGCAGGACATAGAGCGGAAGTACATAC	100

C  BX323447.11	1900	AGTATGGAGAGCTCACTTGCAAAAACAGGCAAGTATCGAAATGCTTATTA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	101	AGTATGGAGAGCTCACTTGCAAAAACAGGCAAGTATCGAAATGCTTATTA	150

C  BX323447.11	1850	TTTAACTCTTAAGTACTCAATGTAAAAAGATGACTTTTGAAAACTACTAA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	151	TTTAACTCTTAAGTACTCAATGTAAAAAGATGACTTTTGAAAACTACTAA	200

C  BX323447.11	1800	AAAGTTCCGTTTTTAGTTGTTTACACATAGGCCTATCGTCTTTTGCAGTG	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	201	AAAGTTCCGTTTTTAGTTGTTTACACATAGGCCTATCGTCTTTTGCAGTG	250

C  BX323447.11	1750	TTTATTTTACGTTTTGCTAATAATCTCTTCTTGTATAAAAAGTAACTAAA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	251	TTTATTTTACGTTTTGCTAATAATCTCTTCTTGTATAAAAAGTAACTAAA	300

C  BX323447.11	1700	CTACACAAGAACTAAATCATAACAATAAAACTGCATTTTTACATGTATCT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	301	CTACACAAGAACTAAATCATAACAATAAAACTGCATTTTTACATGTATCT	350

C  BX323447.11	1650	CTAGAAATGAATCAATAAATTGTATAAAATTGTGCATTTAGTCATTTCAG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	351	CTAGAAATGAATCAATAAATTGTATAAAATTGTGCATTTAGTCATTTCAG	400

C  BX323447.11	1600	CTTCATTAAATATGTAAATAACCTTAAATTTATTATTATTCATCCATCTA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	401	CTTCATTAAATATGTAAATAACCTTAAATTTATTATTATTCATCCATCTA	450

C  BX323447.11	1550	TCTATTACATTTCCAATTAATCCAAAATAAAATGTAAATAAACACATAAA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	451	TCTATTACATTTCCAATTAATCCAAAATAAAATGTAAATAAACACATAAA	500

C  BX323447.11	1500	CATACACAATATAGCTTCAAATAAATAGCACAAACTAATTTATAAATATC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	501	CATACACAATATAGCTTCAAATAAATAGCACAAACTAATTTATAAATATC	550

C  BX323447.11	1450	ACAATTATGTAATTATCATACTATATTATTTTGGCGACACAGTGGCTCAC	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	551	ACAATTATGTAATTATCATACTATATTATTTTGGCGACACAGTGGCTCAC	600

C  BX323447.11	1400	ATTGGTTAGCACTGTCGCCTCACAGCAAGAGGGTCGCTGGTTCGATTCCC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	601	ATTGGTTAGCACTGTCGCCTCACAGCAAGAGGGTCGCTGGTTCGATTCCC	650

C  BX323447.11	1350	TGCTTGGTCAGTTGGCATTTCTTTTTTGGCATTGAGTTTGCATGTTCTCC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	651	TGCTTGGTCAGTTGGCATTTCTTTTTTGGCATTGAGTTTGCATGTTCTCC	700

C  BX323447.11	1300	CTGTGTGGGCGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCTGGTTTTCCCCACAGTCCA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	701	CTGTGTGGGCGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCTGGTTTTCCCCACAGTCCA	750

C  BX323447.11	1250	AACACATGCGCTATAAGTGAATTGAATAAACTAAATTGGCCGTAGTGTAT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	751	AACACATGCGCTATAAGTGAATTGAATAAACTAAATTGGCCGTAGTGTAT	800

C  BX323447.11	1200	GTGTGTGAATGAGTGTGTATAGGTGTTTCCCAGTACTGGGTTGCAGCTAG	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	801	GTGTGTGAATGAGTGTGTATAGGTGTTTCCCAGTACTGGGTTGCAGCTAG	850

C  BX323447.11	1150	AAGGGCATCCGCTGTGTAAAACATATGCTGAATAAGTTGGCGGTTCATTC	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	851	AAGGGCATCCGCTGTGTAAAACATATGCTGAATAAGTTGGCGGTTCATTC	900

C  BX323447.11	1100	CGCTGTGGCGACTGCTGATGAATAAATGAACTAAGCCAAAGGAAAATGAA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	901	CGCTGTGGCGACTGCTGATGAATAAATGAACTAAGCCAAAGGAAAATGAA	950

C  BX323447.11	1050	TGAATGATTTTATCTACTATCATTGTTATTTATTTTATTATTTGAACTAT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	951	TGAATGATTTTATCTACTATCATTGTTATTTATTTTATTATTTGAACTAT	1000

C  BX323447.11	1000	TTTGCCGCTTTCATGGAATTTCTAGTGATTTGTATGTAAATTGCTTTTAT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1001	TTTGCCGCTTTCATGGAATTTCTAGTGATTTGTATGTAAATTGCTTTTAT	1050

C  BX323447.11	950	ATATAAAAATAAAGCACTTCAAAAATAATACAAACACAATATTTTCAAGA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1051	ATATAAAAATAAAGCACTTCAAAAATAATACAAACACAATATTTTCAAGA	1100

C  BX323447.11	900	AAACAAATCTTCATTTTATTCTCAGCTGTATTCTTCAAAAAAAGTTTTTC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1101	AAACAAATCTTCATTTTATTCTCAGCTGTATTCTTCAAAAAAAGTTTTTC	1150

C  BX323447.11	850	TTTTATTATTTTTTCATCTATGAGTATTGTTGTGCACTTTATTATTCAAA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1151	TTTTATTATTTTTTCATCTATGAGTATTGTTGTGCACTTTATTATTCAAA	1200

C  BX323447.11	800	GTACTGCTGCTTTCATTTATTTGTATGTAAATTGCTTTAAAGGGCACATA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1201	GTACTGCTGCTTTCATTTATTTGTATGTAAATTGCTTTAAAGGGCACATA	1250

C  BX323447.11	750	TGATGAAAATCTTTTTTTGTAAGCTGTTTGGACAGAACTGTGTGTAGGTA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1251	TGATGAAAATCTTTTTTTGTAAGCTGTTTGGACAGAACTGTGTGTAGGTA	1300

C  BX323447.11	700	TAGTATGTCCATAGTCATACTGGAGTGATAGAAACACAAGAAGCGTCTTT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1301	TAGTATGTCCATAGTCATACTGGAGTGATAGAAACACAAGAAGCGTCTTT	1350

C  BX323447.11	650	TTTTTCAAAATTTACTGACGTTAAAATAGGATCCAAATCCCAGTGATTTT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1351	TTTTTCAAAATTTACTGACGTTAAAATAGGATCCAAATCCCAGTGATTTT	1400

C  BX323447.11	600	AAGGCCTACTGCAACGTGACGTAAGAGTGCAGTTTTCTCCACCCACTGAA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1401	AAGGCCTACTGCAACGTGACGTAAGAGTGCAGTTTTCTCCACCCACTGAA	1450

C  BX323447.11	550	TTGATTGACAGGCACCATGTTTCTATAATAGACCCTTTTCACATTTCCGG	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1451	TTGATTGACAGGCACCATGTTTCTATAATAGACCCTTTTCACATTTCCGG	1500

C  BX323447.11	500	GTCTCTCAGTAGTGGAAGTCGTCATAGTAGGGAAAACGTAGAGCAGGAAG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1501	GTCTCTCAGTAGTGGAAGTCGTCATAGTAGGGAAAACGTAGAGCAGGAAG	1550

C  BX323447.11	450	AGTATAACAAATATTTTGTTACAACCCTATTTTCTGAAATAATAAAAGTA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1551	AGTATAACAAATATTTTGTTACAACCCTATTTTCTGAAATAATAAAAGTA	1600

C  BX323447.11	400	AAACTCCATGATGATGCTATAAAAAAAAGGGAGACTGATGACGGCAGCCA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1601	AAACTCCATGATGATGCTATAAAAAAAAGGGAGACTGATGACGGCAGCCA	1650

C  BX323447.11	350	GAGGAGAAAATAACGTCAAATTTGCTGTTCTGTCACATTACAATTGCCTT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1651	GAGGAGAAAATAACGTCAAATTTGCTGTTCTGTCACATTACAATTGCCTT	1700

C  BX323447.11	300	GCATAAGCGGTGATTAGTTTTTTTGTAATTTGAAGCAAAAATGATATAAT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1701	GCATAAGCGGTGATTAGTTTTTTTGTAATTTGAAGCAAAAATGATATAAT	1750

C  BX323447.11	250	ACATTCATAAATACATATAAATGTTCATACGTTAAAAAAAAAAAAAAAAA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1751	ACATTCATAAATACATATAAATGTTCATACGTTAAAAAAAAAAAAAAAAA	1800

C  BX323447.11	200	AAGAAATATTAAAAACTTTCAAGAATTTAAGATGCAGATGACCGTTAAAC	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1801	AAGAAATATTAAAAACTTTCAAGAATTTAAGATGCAGATGACCGTTAAAC	1850

C  BX323447.11	150	GCGTCATAACAGGTTGTGAAAAGAGCCCATAGCATGTATACACATCCACA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1851	GCGTCATAACAGGTTGTGAAAAGAGCCCATAGCATGTATACACATCCACA	1900

C  BX323447.11	100	GAATATTTTTTGCAAACAAACTAGGATTAAAACATGCAAACGGCATTTGT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1901	GAATATTTTTTGCAAACAAACTAGGATTAAAACATGCAAACGGCATTTGT	1950

C  BX323447.11	50	GTGGGACTCATCATTGCAGAAAGGCTTGAATAAACTCCACCACAAATACA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571879.8	1951	GTGGGACTCATCATTGCAGAAAGGCTTGAATAAACTCCACCACAAATACA	2000

Overview

Query
BX323447.11 - 27796 bps
Hit
BX571879.8 - 252198 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001919200012000-1120001
283.221242703841411016849571
385.0220146822291227581716576381
485.5710218624420246051833985251
595.7610211839984115193788939051
680.4712835310401392-11105161108531
790.831542223891411211156131158301
883.8128341223012264111187881191141
978.9410532937794107-11217251220471
1080.441193731960219974-11268071271691
1184.0312026386188880-11375481378101
1292.5410313439794112-11449451450781
1395.381111301893119060-11471911473201
1482.351363241075139811528391531611
1589.4323936137524112-11557981561661
1694.621081301893119060-11558021559311
1785.341011911044123411649881651781
1886.66104180244202459912202032203821
1990.461882733840411212307302310121
2083.2112527410441317-12307312310101
2195.38111130189311906012308792310081
2291.2511416039524111-12407512409101
2394.741111331892819060-12407542408861
2480.351183551044139812438952442401
Short-link