<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR318642.8	1	TTTTTCATACAAATGTATTATTATATACATTTTATTCTAAAAGACTTTCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	146680	TTTTTCATACAAATGTATTATTATATACATTTTATTCTAAAAGACTTTCT	146729

CR318642.8	51	GTATATTTGTATTTTTCTGACTGTTTGCAGTATTTTTAAAATTATGAAGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	146730	GTATATTTGTATTTTTCTGACTGTTTGCAGTATTTTTAAAATTATGAAGT	146779

CR318642.8	101	AATAAAAAACACTCTAATATGGCTAAAAAACCCTATTTGGAACAAGACTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	146780	AATAAAAAACACTCTAATATGGCTAAAAAACCCTATTTGGAACAAGACTT	146829

CR318642.8	151	TAACCAATGTTCAGAATTTTGTGCAAAAAAACGTATGCTAATTAGCACAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	146830	TAACCAATGTTCAGAATTTTGTGCAAAAAAACGTATGCTAATTAGCACAT	146879

CR318642.8	201	ATTTAATGAGTTGATGCCTCGTTTACATTTTTAAACTTAAGATTTCATAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	146880	ATTTAATGAGTTGATGCCTCGTTTACATTTTTAAACTTAAGATTTCATAA	146929

CR318642.8	251	AACTTAAAAAGAAAAAGTTTGGAAATCTTTATATAATCAATTAACCGAGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	146930	AACTTAAAAAGAAAAAGTTTGGAAATCTTTATATAATCAATTAACCGAGG	146979

CR318642.8	301	AGTTATGGAGATTACAATTAATCCTTTTTTACCCTGTTCACTTGCAGTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	146980	AGTTATGGAGATTACAATTAATCCTTTTTTACCCTGTTCACTTGCAGTTT	147029

CR318642.8	351	CTTACTGCAAAAAACATTTATCAGTGTAAATATATTGGTTACTATTTTTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	147030	CTTACTGCAAAAAACATTTATCAGTGTAAATATATTGGTTACTATTTTTC	147079

CR318642.8	401	AATATATCTGTTCAATTTCAAGGCAGCGACTTGCTCGTGAGTGTGAATCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	147080	AATATATCTGTTCAATTTCAAGGCAGCGACTTGCTCGTGAGTGTGAATCT	147129

CR318642.8	451	GGGATTGATGTGAAAGATGTACAGACGGAGAGAGTGCGTGTGATGAACAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	147130	GGGATTGATGTGAAAGATGTACAGACGGAGAGAGTGCGTGTGATGAACAA	147179

CR318642.8	501	CAACAACCCGCACGTGGTGCTTAGAAACTACATCGCCCAGAATGCAATAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	147180	CAACAACCCGCACGTGGTGCTTAGAAACTACATCGCCCAGAATGCAATAG	147229

CR318642.8	551	CAGCAGCTGAAAATGGAGACTTCTCAGAGGTGAGGCTTCATTAGCTTGTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	147230	CAGCAGCTGAAAATGGAGACTTCTCAGAGGTGAGGCTTCATTAGCTTGTT	147279

CR318642.8	601	ATTCATAGCTTCTAAATTGTAATTTTAGTTTAACAGGGAGACGGTTATCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	147280	ATTCATAGCTTCTAAATTGTAATTTTAGTTTAACAGGGAGACGGTTATCA	147329

CR318642.8	651	CTAAATGTTTTACTTTTTCTCAATGTTGATATTATGTTAAAAAATGTTTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	147330	CTAAATGTTTTACTTTTTCTCAATGTTGATATTATGTTAAAAAATGTTTC	147379

CR318642.8	701	TTAATCACCAAAGATCCATATTAAAAAGATTTCTGAAGATGTCACCACAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	147380	TTAATCACCAAAGATCCATATTAAAAAGATTTCTGAAGATGTCACCACAA	147429

CR318642.8	751	TTACAATTTTTTAATACTTGTGTTAAATCATAATATTTTACTGTTTTTGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	147430	TTACAATTTTTTAATACTTGTGTTAAATCATAATATTTTACTGTTTTTGA	147479

CR318642.8	801	TTAGGTTACTCTAACTTTTTTTTTTTATTCTTTTGAAAATACTTATTCGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	147480	TTAGGTTACTCTAACTTTTTTTTTTTATTCTTTTGAAAATACTTATTCGA	147529

CR318642.8	851	TCACAATTACTCTGTCAGTAGGTTTTGTTAAGACTGTTAGTGTGGGTGCG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	147530	TCACAATTACTCTGTCAGTAGGTTTTGTTAAGACTGTTAGTGTGGGTGCG	147579

CR318642.8	901	TATTCCGCACACTATGGGGACCAAACACCCCATAATGGCTATGTAAAAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	147580	TATTCCGCACACTATGGGGACCAAACACCCCATAATGGCTATGTAAAAAA	147629

CR318642.8	951	AGATTTTTGGAAATTGTTGCAAATTTAATAAAAATAAAAAACCTGAAATA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	147630	AGATTTTTGGAAATTGTTGCAAATTTAATAAAAATAAAAAACCTGAAATA	147679

CR318642.8	1001	TCGCATGTACATAAGTATTCACAGCCTTTGCTGTGAAGATCTAAATTGTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	147680	TCGCATGTACATAAGTATTCACAGCCTTTGCTGTGAAGATCTAAATTGTG	147729

CR318642.8	1051	TTCACGTACATTATGTTATTACTGATCATGCTTTAGATGTTTCAGCAGCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	147730	TTCACGTACATTATGTTATTACTGATCATGCTTTAGATGTTTCAGCAGCT	147779

CR318642.8	1101	TAATTGGAGTTGACTTGTGGTAAATTCAGTTGATTTAACATGATTTGAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	147780	TAATTGGAGTTGACTTGTGGTAAATTCAGTTGATTTAACATGATTTGAAA	147829

CR318642.8	1151	AGGCATACATCTGTCTATAAGGTCCCAGGGTTAACAGTGCATGTCAAAGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	147830	AGGCATACATCTGTCTATAAGGTCCCAGGGTTAACAGTGCATGTCAAAGC	147879

CR318642.8	1201	ACAAACCAAGTATGAAGACAAAGGAATTGTCTGTAGACCTCAGAGACAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	147880	ACAAACCAAGTATGAAGACAAAGGAATTGTCTGTAGACCTCAGAGACAGG	147929

CR318642.8	1251	ATTGTCTTGAGGCACAAGGCTGGGGAAGGCTACAGAAAAATGGGCCTTAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	147930	ATTGTCTTGAGGCACAAGGCTGGGGAAGGCTACAGAAAAATGGGCCTTAG	147979

CR318642.8	1301	TCAGGGAGGTGATCAATAACACGATGGTCACTCTGTCTGAGCTCCAGCAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	147980	TCAGGGAGGTGATCAATAACACGATGGTCACTCTGTCTGAGCTCCAGCAT	148029

CR318642.8	1351	TCTTCTGTGGAGAGAGGAGAACCTTACAGAAGGACAACCATCTGTGCAGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	148030	TCTTCTGTGGAGAGAGGAGAACCTTACAGAAGGACAACCATCTGTGCAGC	148079

CR318642.8	1401	AATCCATGAATCAGGCCTGTATGGTAAAGTGGCCAAACAGAAGGCAACTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	148080	AATCCATGAATCAGGCCTGTATGGTAAAGTGGCCAAACAGAAGGCAACTA	148129

CR318642.8	1451	AAGGACTCTCAGACCATAACAAACAAAATTTCTTTCTGGTCAAACAAAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	148130	AAGGACTCTCAGACCATAACAAACAAAATTTCTTTCTGGTCAAACAAAAA	148179

CR318642.8	1501	ATCTCTGGTCTGATGAGACTAAAATTGAACTCTTTGGAGTGAATGCCAGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	148180	ATCTCTGGTCTGATGAGACTAAAATTGAACTCTTTGGAGTGAATGCCAGG	148229

CR318642.8	1551	TGTTTTATTTGGAGAAAACCAGGCACCTCTCATCGCCAGGCTAATACCAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	148230	TGTTTTATTTGGAGAAAACCAGGCACCTCTCATCGCCAGGCTAATACCAT	148279

CR318642.8	1601	ACTTACAGTGAAGCATGGTGGTGGCAGAATCATGCTGTGAGGATGTTTTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	148280	ACTTACAGTGAAGCATGGTGGTGGCAGAATCATGCTGTGAGGATGTTTTC	148329

CR318642.8	1651	AGCAGCAGGAACTCGAAGACAAGTCAGGATAGAGGGAGAGATGTACAGAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	148330	AGCAGCAGGAACTCGAAGACAAGTCAGGATAGAGGGAGAGATGTACAGAG	148379

CR318642.8	1701	ACATCCTGAATGAAAACTTGCTTCAGAGTGCTCTTGACCCCAGACTGGAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	148380	ACATCCTGAATGAAAACTTGCTTCAGAGTGCTCTTGACCCCAGACTGGAG	148429

CR318642.8	1751	CGAAGGTTTGTCTTTCAGCAAAACAATGACCCAAAGCATACAGCCAAAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	148430	CGAAGGTTTGTCTTTCAGCAAAACAATGACCCAAAGCATACAGCCAAAAT	148479

CR318642.8	1801	ATCAATGGAGTGGCTTCACAACAACTCGGTGAATGTCCTTGAGTGGCCAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	148480	ATCAATGGAGTGGCTTCACAACAACTCGGTGAATGTCCTTGAGTGGCCAA	148529

CR318642.8	1851	GCCAGAGCCCAGACCTTTATCCTAAGGAATATCTCTGGAGAGATCTGAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	148530	GCCAGAGCCCAGACCTTTATCCTAAGGAATATCTCTGGAGAGATCTGAAA	148579

CR318642.8	1901	ATGGCTGTACACCGTCACCTACCATTCAACCTGATAGAGCTTGAGAGGTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	148580	ATGGCTGTACACCGTCACCTACCATTCAACCTGATAGAGCTTGAGAGGTA	148629

CR318642.8	1951	CTGCAAAGAGGAATGGGCAAAAATTCCCAAAAGACAGGTGTGCCAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571844.6	148630	CTGCAAAGAGGAATGGGCAAAAATTCCCAAAAGACAGGTGTGCCAAGCTT	148679

Overview

Query
CR318642.8 - 10590 bps
Hit
BX571844.6 - 148679 bps
Total alignments
25
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194620001200011466801486791
2100313149805010-116495165251
3100427040014070175354754231
4100326537893853-175359754231
5100326569487012-175359754231
6100326638023867175359754241
7100326569477011175359754231
8100316440074070-175360754231
9100333349805012-187936879681
1089.388215847984955-187977881361
1196.34398269467027-11155731156541
1296.3439826948702911155731156541
1310039733787385911155811156531
14100366640064071-11155821156471
15100357137903860-11155831156531
1610032654006407011155841156481
17100347069607029-11334021334711
1810034706946701511334021334711
19100346937893857-11334031334711
2010034703798386711334031334721
2110032654006407011334031334671
22100326540064070-11334061334701
2396.08415143334383-11378601379101
2484.29367041684237-11379951380641
2583.794613747854921-11411471412941
Short-link