<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
BX000353.8 1 AAGCTTCAGGAGAAAAAAGAAAAATGTGGTATCGTCTGCTCTGTTGTTGT 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 58397 AAGCTTCAGGAGAAAAAAGAAAAATGTGGTATCGTCTGCTCTGTTGTTGT 58446 BX000353.8 51 AGGTTTGTCCTCTTAGTGAAGCCATCGATCACATAATCCATTTTAGCCAT 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 58447 AGGTTTGTCCTCTTAGTGAAGCCATCGATCACATAATCCATTTTAGCCAT 58496 BX000353.8 101 GGAAGAAGAGAAACCCTGGTCCTCTGATAGCAGCTACTGATTGATTATGG 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 58497 GGAAGAAGAGAAACCCTGGTCCTCTGATAGCAGCTACTGATTGATTATGG 58546 BX000353.8 151 CTCATAAATCCAATGTTTTGACAGGAAGAACAGATAATTCACCTGTGCGA 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 58547 CTCATAAATCCAATGTTTTGACAGGAAGAACAGATAATTCACCTGTGCGA 58596 BX000353.8 201 GTTGTGCATAAGCCATCTGGGTGAAATGTATAACCTCCTGTATCTATGAG 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 58597 GTTGTGCATAAGCCATCTGGGTGAAATGTATAACCTCCTGTATCTATGAG 58646 BX000353.8 251 AGTCGCCACAACCAGCTCTGTAACACGGATCACTGACATATACAGCATTT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 58647 AGTCGCCACAACCAGCTCTGTAACACGGATCACTGACATATACAGCATTT 58696 BX000353.8 301 TAACAGACGTATAACCAATAGTTCACCCAAAAATGGAAACTGCCTGGTAA 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 58697 TAACAGACGTATAACCAATAGTTCACCCAAAAATGGAAACTGCCTGGTAA 58746 BX000353.8 351 TTTACTCACCCTAGGGTCATTCAGGATGGAGACATGATTTAGTGGAACAT 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 58747 TTTACTCACCCTAGGGTCATTCAGGATGGAGACATGATTTAGTGGAACAT 58796 BX000353.8 401 TTAAGCACACACACTTAATACACCTCATTGAACATGTACACATGGACAAC 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 58797 TTAAGCACACACACTTAATACACCTCATTGAACATGTACACATGGACAAC 58846 BX000353.8 451 ACATATATACTATATAACTGCAGGTTAATGTTTATATACAATAAATTTAA 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 58847 ACATATATACTATATAACTGCAGGTTAATGTTTATATACAATAAATTTAA 58896 BX000353.8 501 CTGTTAAAAGCTACTAGTTACTAGTTAATTAAAGTTATTAGTAACTAATA 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 58897 CTGTTAAAAGCTACTAGTTACTAGTTAATTAAAGTTATTAGTAACTAATA 58946 BX000353.8 551 AAGTTCTGGTAACTAATAACCTTAATTGTTTTGATTTTGATTGTAATGCA 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 58947 AAGTTCTGGTAACTAATAACCTTAATTGTTTTGATTTTGATTGTAATGCA 58996 BX000353.8 601 ATCATGTTCTCTTTTTGTAAAACTGCTTTGGAACAATATTTATTGTGGAA 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 58997 ATCATGTTCTCTTTTTGTAAAACTGCTTTGGAACAATATTTATTGTGGAA 59046 BX000353.8 651 CAAAGCTGTACAAATAAACTTAAATTGAAATGAGTGGAATTTAAAGAAGA 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 59047 CAAAGCTGTACAAATAAACTTAAATTGAAATGAGTGGAATTTAAAGAAGA 59096 BX000353.8 701 TTTTTAGCTGAAACAATTGTTCTCACTGAATTATAAAATGAACGTCAGTG 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 59097 TTTTTAGCTGAAACAATTGTTCTCACTGAATTATAAAATGAACGTCAGTG 59146 BX000353.8 751 GCTATAAACATTATGAAAGGAAGAAACAAAACAATATCCAGCCTAATTTA 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 59147 GCTATAAACATTATGAAAGGAAGAAACAAAACAATATCCAGCCTAATTTA 59196 BX000353.8 801 AATGAATATCCATGCATTGACATCTTATGAAGCGAAACATTCGTTCTGGG 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 59197 AATGAATATCCATGCATTGACATCTTATGAAGCGAAACATTCGTTCTGGG 59246 BX000353.8 851 CCAAAAAACATTGTTTAGTTCACAGCCTAGTGTCTGAATTGAGTTCTTTT 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 59247 CCAAAAAACATTGTTTAGTTCACAGCCTAGTGTCTGAATTGAGTTCTTTT 59296 BX000353.8 901 AACAATTAATTATGCAGCTTTGTTTTCTAGACAAATTATCTGTTATCAAT 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 59297 AACAATTAATTATGCAGCTTTGTTTTCTAGACAAATTATCTGTTATCAAT 59346 BX000353.8 951 AATAATTATAAACACATGTCATAAATTGGCCACTTTTGTTCGATACTTTG 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 59347 AATAATTATAAACACATGTCATAAATTGGCCACTTTTGTTCGATACTTTG 59396 BX000353.8 1001 ATGCACATTCATGTGACAGTAGTTTACAATTTCTGTATCTTTGTGTTTGT 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 59397 ATGCACATTCATGTGACAGTAGTTTACAATTTCTGTATCTTTGTGTTTGT 59446 BX000353.8 1051 GGAGCCTGATCTAACGAGGAATCGCAACTATTTTACATTATGTTAGTTTA 1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 59447 GGAGCCTGATCTAACGAGGAATCGCAACTATTTTACATTATGTTAGTTTA 59496 BX000353.8 1101 GTTGCTAATTCAAATTCAGTCGTACGATTTTGAAAAGAAGGCGTGGCACC 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 59497 GTTGCTAATTCAAATTCAGTCGTACGATTTTGAAAAGAAGGCGTGGCACC 59546 BX000353.8 1151 AGACCCCACCCCTAAACCCAACCATCATTTTGCAATGAGCAAATTGTACT 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 59547 AGACCCCACCCCTAAACCCAACCATCATTTTGCAATGAGCAAATTGTACT 59596 BX000353.8 1201 AAATTATATTAATGAGATCGTACATATTCATATGAATTAGCCACTACATC 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 59597 AAATTATATTAATGAGATCGTACATATTCATATGAATTAGCCACTACATC 59646 BX000353.8 1251 AAAAAGTTAAAAGTTTGTTTATTGTCACGTGATTTATAGGCCACAAATAT 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 59647 AAAAAGTTAAAAGTTTGTTTATTGTCACGTGATTTATAGGCCACAAATAT 59696 BX000353.8 1301 GGTCTATGTTGAACCCCATTCAGTGGCACAGTGGCTCAGTGGTTAGCAAG 1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 59697 GGTCTATGTTGAACCCCATTCAGTGGCACAGTGGCTCAGTGGTTAGCAAG 59746 BX000353.8 1351 AAAGTCGCTGGTTCGAGTCTTGGCTGGGTCGGTTGGCATTTCTGTGTTTC 1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 59747 AAAGTCGCTGGTTCGAGTCTTGGCTGGGTCGGTTGGCATTTCTGTGTTTC 59796 BX000353.8 1401 CGGGTGCTCCGGTTTCCATGCGCTATAGGTAAATTGGATGAACTTAATTG 1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 59797 CGGGTGCTCCGGTTTCCATGCGCTATAGGTAAATTGGATGAACTTAATTG 59846 BX000353.8 1451 GCTGTAGTTTATGTGTGTGAATGTGAGTGTGTATGGGTGTTTCCCAGTGC 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 59847 GCTGTAGTTTATGTGTGTGAATGTGAGTGTGTATGGGTGTTTCCCAGTGC 59896 BX000353.8 1501 TAGGTTGCACCTGGAAGGGCATCCGCTGTGTAAAACATATGCTGGATAAG 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 59897 TAGGTTGCACCTGGAAGGGCATCCGCTGTGTAAAACATATGCTGGATAAG 59946 BX000353.8 1551 TTGACGGTTCATTCTGCTGTGGCGACCTCTCATGTATAAGGGTTGAAGCT 1600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 59947 TTGACGGTTCATTCTGCTGTGGCGACCTCTCATGTATAAGGGTTGAAGCT 59996 BX000353.8 1601 GAAGTAAAATGAATGAATAAATAAAGAATGCACCCCATTCGTTTTTATTA 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 59997 GAAGTAAAATGAATGAATAAATAAAGAATGCACCCCATTCGTTTTTATTA 60046 BX000353.8 1651 GATGTGGAAAAATACTGGAATCTGTTATCTTTATCTGTTAAGAAACTTAT 1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 60047 GATGTGGAAAAATACTGGAATCTGTTATCTTTATCTGTTAAGAAACTTAT 60096 BX000353.8 1701 ATTTATCAGCTTGGATTGTGCAGATTACTTTGTCGCTGTCTAAAAGTGGA 1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 60097 ATTTATCAGCTTGGATTGTGCAGATTACTTTGTCGCTGTCTAAAAGTGGA 60146 BX000353.8 1751 TTTTGTACTATCAATAATAGTCTGTGCTGAGCCCTGTACACTTGCATTAA 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 60147 TTTTGTACTATCAATAATAGTCTGTGCTGAGCCCTGTACACTTGCATTAA 60196 BX000353.8 1801 ATAGATGCAAATGGATTCAGTTACAAAAATCCTGCAATGCTTTCCTAAAA 1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 60197 ATAGATGCAAATGGATTCAGTTACAAAAATCCTGCAATGCTTTCCTAAAA 60246 BX000353.8 1851 ACTTTAACTTTATCATTGCATTGATGTACAAAAGCAGCAACAAATTTACA 1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 60247 ACTTTAACTTTATCATTGCATTGATGTACAAAAGCAGCAACAAATTTACA 60296 BX000353.8 1901 CAACCCACATCTTTGATGGCCTGGGATGAGAGAGTAAATCCTTTAAAAAA 1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 60297 CAACCCACATCTTTGATGGCCTGGGATGAGAGAGTAAATCCTTTAAAAAA 60346 BX000353.8 1951 CCTCACATGAATTAAACATGTACAATGTTTATTTTAATAGTGCATATTTT 2000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571824.7 60347 CCTCACATGAATTAAACATGTACAATGTTTATTTTAATAGTGCATATTTT 60396
Overview
- Query
- BX000353.8 - 189040 bps
- Hit
- BX571824.7 - 60396 bps
- Total alignments
- 23
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
| # | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 100 | 1936 | 2000 | 1 | 2000 | 1 | 58397 | 60396 | 1 |
| 2 | 82.48 | 180 | 413 | 15436 | 15848 | -1 | 17286 | 17696 | 1 |
| 3 | 83.47 | 371 | 821 | 157769 | 158589 | -1 | 17576 | 18398 | 1 |
| 4 | 87.18 | 47 | 78 | 15361 | 15438 | -1 | 17712 | 17789 | 1 |
| 5 | 95.12 | 35 | 41 | 8500 | 8540 | -1 | 24601 | 24641 | 1 |
| 6 | 85.85 | 63 | 114 | 1511 | 1624 | -1 | 25543 | 25655 | 1 |
| 7 | 87.82 | 386 | 635 | 157766 | 158400 | -1 | 26649 | 27280 | 1 |
| 8 | 97.31 | 243 | 295 | 74112 | 74406 | -1 | 30881 | 31177 | 1 |
| 9 | 90.35 | 224 | 344 | 73231 | 73574 | -1 | 32158 | 32499 | 1 |
| 10 | 100 | 36 | 74 | 89871 | 89944 | -1 | 32426 | 32499 | 1 |
| 11 | 100 | 36 | 74 | 89871 | 89944 | 1 | 32426 | 32499 | 1 |
| 12 | 89.14 | 86 | 136 | 159896 | 160031 | 1 | 34274 | 34411 | 1 |
| 13 | 83.26 | 103 | 237 | 140064 | 140300 | -1 | 35862 | 36094 | 1 |
| 14 | 84.24 | 109 | 228 | 177020 | 177247 | 1 | 35867 | 36088 | 1 |
| 15 | 87.67 | 46 | 73 | 85490 | 85562 | -1 | 36112 | 36184 | 1 |
| 16 | 82.04 | 71 | 176 | 52425 | 52600 | 1 | 38627 | 38793 | 1 |
| 17 | 91.67 | 45 | 60 | 1516 | 1575 | 1 | 38790 | 38849 | 1 |
| 18 | 91.57 | 53 | 83 | 159787 | 159869 | -1 | 43151 | 43233 | 1 |
| 19 | 96.33 | 53 | 109 | 34426 | 34534 | -1 | 44519 | 44627 | 1 |
| 20 | 81.9 | 165 | 423 | 15849 | 16271 | 1 | 46369 | 46799 | 1 |
| 21 | 82.57 | 44 | 107 | 16328 | 16434 | 1 | 46858 | 46966 | 1 |
| 22 | 84.4 | 121 | 244 | 144675 | 144918 | -1 | 51673 | 51922 | 1 |
| 23 | 86.42 | 44 | 82 | 98723 | 98804 | 1 | 54310 | 54390 | 1 |
