<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX000353.8	1	AAGCTTCAGGAGAAAAAAGAAAAATGTGGTATCGTCTGCTCTGTTGTTGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	58397	AAGCTTCAGGAGAAAAAAGAAAAATGTGGTATCGTCTGCTCTGTTGTTGT	58446

BX000353.8	51	AGGTTTGTCCTCTTAGTGAAGCCATCGATCACATAATCCATTTTAGCCAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	58447	AGGTTTGTCCTCTTAGTGAAGCCATCGATCACATAATCCATTTTAGCCAT	58496

BX000353.8	101	GGAAGAAGAGAAACCCTGGTCCTCTGATAGCAGCTACTGATTGATTATGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	58497	GGAAGAAGAGAAACCCTGGTCCTCTGATAGCAGCTACTGATTGATTATGG	58546

BX000353.8	151	CTCATAAATCCAATGTTTTGACAGGAAGAACAGATAATTCACCTGTGCGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	58547	CTCATAAATCCAATGTTTTGACAGGAAGAACAGATAATTCACCTGTGCGA	58596

BX000353.8	201	GTTGTGCATAAGCCATCTGGGTGAAATGTATAACCTCCTGTATCTATGAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	58597	GTTGTGCATAAGCCATCTGGGTGAAATGTATAACCTCCTGTATCTATGAG	58646

BX000353.8	251	AGTCGCCACAACCAGCTCTGTAACACGGATCACTGACATATACAGCATTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	58647	AGTCGCCACAACCAGCTCTGTAACACGGATCACTGACATATACAGCATTT	58696

BX000353.8	301	TAACAGACGTATAACCAATAGTTCACCCAAAAATGGAAACTGCCTGGTAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	58697	TAACAGACGTATAACCAATAGTTCACCCAAAAATGGAAACTGCCTGGTAA	58746

BX000353.8	351	TTTACTCACCCTAGGGTCATTCAGGATGGAGACATGATTTAGTGGAACAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	58747	TTTACTCACCCTAGGGTCATTCAGGATGGAGACATGATTTAGTGGAACAT	58796

BX000353.8	401	TTAAGCACACACACTTAATACACCTCATTGAACATGTACACATGGACAAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	58797	TTAAGCACACACACTTAATACACCTCATTGAACATGTACACATGGACAAC	58846

BX000353.8	451	ACATATATACTATATAACTGCAGGTTAATGTTTATATACAATAAATTTAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	58847	ACATATATACTATATAACTGCAGGTTAATGTTTATATACAATAAATTTAA	58896

BX000353.8	501	CTGTTAAAAGCTACTAGTTACTAGTTAATTAAAGTTATTAGTAACTAATA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	58897	CTGTTAAAAGCTACTAGTTACTAGTTAATTAAAGTTATTAGTAACTAATA	58946

BX000353.8	551	AAGTTCTGGTAACTAATAACCTTAATTGTTTTGATTTTGATTGTAATGCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	58947	AAGTTCTGGTAACTAATAACCTTAATTGTTTTGATTTTGATTGTAATGCA	58996

BX000353.8	601	ATCATGTTCTCTTTTTGTAAAACTGCTTTGGAACAATATTTATTGTGGAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	58997	ATCATGTTCTCTTTTTGTAAAACTGCTTTGGAACAATATTTATTGTGGAA	59046

BX000353.8	651	CAAAGCTGTACAAATAAACTTAAATTGAAATGAGTGGAATTTAAAGAAGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	59047	CAAAGCTGTACAAATAAACTTAAATTGAAATGAGTGGAATTTAAAGAAGA	59096

BX000353.8	701	TTTTTAGCTGAAACAATTGTTCTCACTGAATTATAAAATGAACGTCAGTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	59097	TTTTTAGCTGAAACAATTGTTCTCACTGAATTATAAAATGAACGTCAGTG	59146

BX000353.8	751	GCTATAAACATTATGAAAGGAAGAAACAAAACAATATCCAGCCTAATTTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	59147	GCTATAAACATTATGAAAGGAAGAAACAAAACAATATCCAGCCTAATTTA	59196

BX000353.8	801	AATGAATATCCATGCATTGACATCTTATGAAGCGAAACATTCGTTCTGGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	59197	AATGAATATCCATGCATTGACATCTTATGAAGCGAAACATTCGTTCTGGG	59246

BX000353.8	851	CCAAAAAACATTGTTTAGTTCACAGCCTAGTGTCTGAATTGAGTTCTTTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	59247	CCAAAAAACATTGTTTAGTTCACAGCCTAGTGTCTGAATTGAGTTCTTTT	59296

BX000353.8	901	AACAATTAATTATGCAGCTTTGTTTTCTAGACAAATTATCTGTTATCAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	59297	AACAATTAATTATGCAGCTTTGTTTTCTAGACAAATTATCTGTTATCAAT	59346

BX000353.8	951	AATAATTATAAACACATGTCATAAATTGGCCACTTTTGTTCGATACTTTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	59347	AATAATTATAAACACATGTCATAAATTGGCCACTTTTGTTCGATACTTTG	59396

BX000353.8	1001	ATGCACATTCATGTGACAGTAGTTTACAATTTCTGTATCTTTGTGTTTGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	59397	ATGCACATTCATGTGACAGTAGTTTACAATTTCTGTATCTTTGTGTTTGT	59446

BX000353.8	1051	GGAGCCTGATCTAACGAGGAATCGCAACTATTTTACATTATGTTAGTTTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	59447	GGAGCCTGATCTAACGAGGAATCGCAACTATTTTACATTATGTTAGTTTA	59496

BX000353.8	1101	GTTGCTAATTCAAATTCAGTCGTACGATTTTGAAAAGAAGGCGTGGCACC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	59497	GTTGCTAATTCAAATTCAGTCGTACGATTTTGAAAAGAAGGCGTGGCACC	59546

BX000353.8	1151	AGACCCCACCCCTAAACCCAACCATCATTTTGCAATGAGCAAATTGTACT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	59547	AGACCCCACCCCTAAACCCAACCATCATTTTGCAATGAGCAAATTGTACT	59596

BX000353.8	1201	AAATTATATTAATGAGATCGTACATATTCATATGAATTAGCCACTACATC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	59597	AAATTATATTAATGAGATCGTACATATTCATATGAATTAGCCACTACATC	59646

BX000353.8	1251	AAAAAGTTAAAAGTTTGTTTATTGTCACGTGATTTATAGGCCACAAATAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	59647	AAAAAGTTAAAAGTTTGTTTATTGTCACGTGATTTATAGGCCACAAATAT	59696

BX000353.8	1301	GGTCTATGTTGAACCCCATTCAGTGGCACAGTGGCTCAGTGGTTAGCAAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	59697	GGTCTATGTTGAACCCCATTCAGTGGCACAGTGGCTCAGTGGTTAGCAAG	59746

BX000353.8	1351	AAAGTCGCTGGTTCGAGTCTTGGCTGGGTCGGTTGGCATTTCTGTGTTTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	59747	AAAGTCGCTGGTTCGAGTCTTGGCTGGGTCGGTTGGCATTTCTGTGTTTC	59796

BX000353.8	1401	CGGGTGCTCCGGTTTCCATGCGCTATAGGTAAATTGGATGAACTTAATTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	59797	CGGGTGCTCCGGTTTCCATGCGCTATAGGTAAATTGGATGAACTTAATTG	59846

BX000353.8	1451	GCTGTAGTTTATGTGTGTGAATGTGAGTGTGTATGGGTGTTTCCCAGTGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	59847	GCTGTAGTTTATGTGTGTGAATGTGAGTGTGTATGGGTGTTTCCCAGTGC	59896

BX000353.8	1501	TAGGTTGCACCTGGAAGGGCATCCGCTGTGTAAAACATATGCTGGATAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	59897	TAGGTTGCACCTGGAAGGGCATCCGCTGTGTAAAACATATGCTGGATAAG	59946

BX000353.8	1551	TTGACGGTTCATTCTGCTGTGGCGACCTCTCATGTATAAGGGTTGAAGCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	59947	TTGACGGTTCATTCTGCTGTGGCGACCTCTCATGTATAAGGGTTGAAGCT	59996

BX000353.8	1601	GAAGTAAAATGAATGAATAAATAAAGAATGCACCCCATTCGTTTTTATTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	59997	GAAGTAAAATGAATGAATAAATAAAGAATGCACCCCATTCGTTTTTATTA	60046

BX000353.8	1651	GATGTGGAAAAATACTGGAATCTGTTATCTTTATCTGTTAAGAAACTTAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	60047	GATGTGGAAAAATACTGGAATCTGTTATCTTTATCTGTTAAGAAACTTAT	60096

BX000353.8	1701	ATTTATCAGCTTGGATTGTGCAGATTACTTTGTCGCTGTCTAAAAGTGGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	60097	ATTTATCAGCTTGGATTGTGCAGATTACTTTGTCGCTGTCTAAAAGTGGA	60146

BX000353.8	1751	TTTTGTACTATCAATAATAGTCTGTGCTGAGCCCTGTACACTTGCATTAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	60147	TTTTGTACTATCAATAATAGTCTGTGCTGAGCCCTGTACACTTGCATTAA	60196

BX000353.8	1801	ATAGATGCAAATGGATTCAGTTACAAAAATCCTGCAATGCTTTCCTAAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	60197	ATAGATGCAAATGGATTCAGTTACAAAAATCCTGCAATGCTTTCCTAAAA	60246

BX000353.8	1851	ACTTTAACTTTATCATTGCATTGATGTACAAAAGCAGCAACAAATTTACA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	60247	ACTTTAACTTTATCATTGCATTGATGTACAAAAGCAGCAACAAATTTACA	60296

BX000353.8	1901	CAACCCACATCTTTGATGGCCTGGGATGAGAGAGTAAATCCTTTAAAAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	60297	CAACCCACATCTTTGATGGCCTGGGATGAGAGAGTAAATCCTTTAAAAAA	60346

BX000353.8	1951	CCTCACATGAATTAAACATGTACAATGTTTATTTTAATAGTGCATATTTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571824.7	60347	CCTCACATGAATTAAACATGTACAATGTTTATTTTAATAGTGCATATTTT	60396

Overview

Query
BX000353.8 - 189040 bps
Hit
BX571824.7 - 60396 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001936200012000158397603961
282.481804131543615848-117286176961
383.47371821157769158589-117576183981
487.1847781536115438-117712177891
595.12354185008540-124601246411
685.856311415111624-125543256551
787.82386635157766158400-126649272801
897.312432957411274406-130881311771
990.352243447323173574-132158324991
1010036748987189944-132426324991
1110036748987189944132426324991
1289.1486136159896160031134274344111
1383.26103237140064140300-135862360941
1484.24109228177020177247135867360881
1587.6746738549085562-136112361841
1682.04711765242552600138627387931
1791.67456015161575138790388491
1891.575383159787159869-143151432331
1996.33531093442634534-144519446271
2081.91654231584916271146369467991
2182.57441071632816434146858469661
2284.4121244144675144918-151673519221
2386.4244829872398804154310543901
Short-link