<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX005420.7	1	GAATTCAGAGTAACTATGCTTAGTTTATAAACCATAAGGTGAGCTAGAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	161789	GAATTCAGAGTAACTATGCTTAGTTTATAAACCATAAGGTGAGCTAGAAA	161838

BX005420.7	51	ACCATGAATAATATAAGCCAAATCCCACAAAGAAATGGAACTATTTTTTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	161839	ACCATGAATAATATAAGCCAAATCCCACAAAGAAATGGAACTATTTTTTC	161888

BX005420.7	101	TATTAGCAAATAGTGACTAAATCGTCCAAATTCATAAGATTTCATTTATA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	161889	TATTAGCAAATAGTGACTAAATCGTCCAAATTCATAAGATTTCATTTATA	161938

BX005420.7	151	CAGTTTTGAGGTGTGCACCCAAACACAAATGTCATTGGGGAATGAGCAAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	161939	CAGTTTTGAGGTGTGCACCCAAACACAAATGTCATTGGGGAATGAGCAAT	161988

BX005420.7	201	TAACGACTAAATCAATCAATTAATCAATCAATCAAACAAACAAATAAATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	161989	TAACGACTAAATCAATCAATTAATCAATCAATCAAACAAACAAATAAATT	162038

BX005420.7	251	ACTGTGCCCATGAGGTAGTGTTGGTAATACCCTAGCTACTTAAAACACTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	162039	ACTGTGCCCATGAGGTAGTGTTGGTAATACCCTAGCTACTTAAAACACTA	162088

BX005420.7	301	GCAACATCAAAGCAATCATCCTGTCCAGGAACATTTTCAGAACCACATGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	162089	GCAACATCAAAGCAATCATCCTGTCCAGGAACATTTTCAGAACCACATGT	162138

BX005420.7	351	TAAAAATATAAGCACCTACTAGGATTAGGGTGGGTGTCGAAACCTGGTGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	162139	TAAAAATATAAGCACCTACTAGGATTAGGGTGGGTGTCGAAACCTGGTGC	162188

BX005420.7	401	CATATGTAACCAGTATGCAACAGACCGAATCAGCATATGAATTTCAGTGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	162189	CATATGTAACCAGTATGCAACAGACCGAATCAGCATATGAATTTCAGTGC	162238

BX005420.7	451	AACTAGTGCTGCAACAAAGACATATGAAGCATCAAGGGGTACATCAAAGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	162239	AACTAGTGCTGCAACAAAGACATATGAAGCATCAAGGGGTACATCAAAGG	162288

BX005420.7	501	CACACATAATTACATGTTGCATCCCACCACCTCTAAACATTTAATTGTAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	162289	CACACATAATTACATGTTGCATCCCACCACCTCTAAACATTTAATTGTAA	162338

BX005420.7	551	ACAACGTTGAGAGACTCTAAATCAGAGTATTGTTTTAATCATATTAAAAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	162339	ACAACGTTGAGAGACTCTAAATCAGAGTATTGTTTTAATCATATTAAAAT	162388

BX005420.7	601	CGGAGCATCCGCTTGTTAAGTGGTGACGTGTTTGTGATGTATGTAATACT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	162389	CGGAGCATCCGCTTGTTAAGTGGTGACGTGTTTGTGATGTATGTAATACT	162438

BX005420.7	651	GTTTCCGGGTCCAAGCCGCCACTCATTTGAGTGGAGAAATCATTCGTTTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	162439	GTTTCCGGGTCCAAGCCGCCACTCATTTGAGTGGAGAAATCATTCGTTTA	162488

BX005420.7	701	TGATCACGTTTTATTCCTATCACACATTAAAGTTAATTTTATATAAAATC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	162489	TGATCACGTTTTATTCCTATCACACATTAAAGTTAATTTTATATAAAATC	162538

BX005420.7	751	ATAGTGTACACAACAATCTCTGGGCTTGCTGCATAACAAATACCAAAATT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	162539	ATAGTGTACACAACAATCTCTGGGCTTGCTGCATAACAAATACCAAAATT	162588

BX005420.7	801	TTAACAATCTATAAAAAATTAATCACATTCTGGCCATCGGATATTAGGCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	162589	TTAACAATCTATAAAAAATTAATCACATTCTGGCCATCGGATATTAGGCA	162638

BX005420.7	851	TGGACATATATATTATGATTGTGATTTTCGAAAGCCTTAAATCGCTTTGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	162639	TGGACATATATATTATGATTGTGATTTTCGAAAGCCTTAAATCGCTTTGT	162688

BX005420.7	901	AAACGTTTATTATTACCATTTCATGAGTCTCCCCATTCAGTTGAATAGAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	162689	AAACGTTTATTATTACCATTTCATGAGTCTCCCCATTCAGTTGAATAGAG	162738

BX005420.7	951	CGCTTAGACCCGGAAGCCGCTTCGCGTGACGTCACACTTAACAAGTGGAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	162739	CGCTTAGACCCGGAAGCCGCTTCGCGTGACGTCACACTTAACAAGTGGAT	162788

BX005420.7	1001	TGGTGTCTATGTAAATGTGCTCAGTGACGACTCAATCCCCAACCCTAGAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	162789	TGGTGTCTATGTAAATGTGCTCAGTGACGACTCAATCCCCAACCCTAGAA	162838

BX005420.7	1051	ACGAGGAGTTCACTGATTTTGATGACAGTCTCACCACATGTTAATAGCAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	162839	ACGAGGAGTTCACTGATTTTGATGACAGTCTCACCACATGTTAATAGCAA	162888

BX005420.7	1101	GCAAATATAATGTTAATTGTATAATGCAAATCTTGTATTCATGCTAACAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	162889	GCAAATATAATGTTAATTGTATAATGCAAATCTTGTATTCATGCTAACAA	162938

BX005420.7	1151	ACAAATTATCAAAACAAATATATTAATGCAATTCAAATATATAAAATATG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	162939	ACAAATTATCAAAACAAATATATTAATGCAATTCAAATATATAAAATATG	162988

BX005420.7	1201	AACTGATGTATACTTTAAATTTTAATTACATTGTTCAATAACTTTAACTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	162989	AACTGATGTATACTTTAAATTTTAATTACATTGTTCAATAACTTTAACTA	163038

BX005420.7	1251	CTTTTTCATATAACATTTTCTAGAGTTATCATTTATAATTATTTTGTTTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	163039	CTTTTTCATATAACATTTTCTAGAGTTATCATTTATAATTATTTTGTTTA	163088

BX005420.7	1301	AAAGTATCGGTTCAGGCACTGTTTGGCACCGGTAACGTTTTAAAAGTATC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	163089	AAAGTATCGGTTCAGGCACTGTTTGGCACCGGTAACGTTTTAAAAGTATC	163138

BX005420.7	1351	GATTTAGCAGCAGTATCGAAACTACCTGAGATGATACCCAACCCTAGCTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	163139	GATTTAGCAGCAGTATCGAAACTACCTGAGATGATACCCAACCCTAGCTA	163188

BX005420.7	1401	GGATGCTTTAGGGAAGTGTTCTTTGGAAACATTTTTTAATTTCAAAACTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	163189	GGATGCTTTAGGGAAGTGTTCTTTGGAAACATTTTTTAATTTCAAAACTG	163238

BX005420.7	1451	CCAACCAAAGTTATGTGGTTACACTTCACCGAAATAGCACATTTCACTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	163239	CCAACCAAAGTTATGTGGTTACACTTCACCGAAATAGCACATTTCACTTT	163288

BX005420.7	1501	TAATCAATTTCGTTAAACAGCCTAGTCAGCCTTATTTTGGTAAATTACTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	163289	TAATCAATTTCGTTAAACAGCCTAGTCAGCCTTATTTTGGTAAATTACTA	163338

BX005420.7	1551	GTCCACCATTAAAAAATGCTTAAGGTATCAATGAATGGACTCTGCAGTCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	163339	GTCCACCATTAAAAAATGCTTAAGGTATCAATGAATGGACTCTGCAGTCA	163388

BX005420.7	1601	CAACAAACCAGTAACCACCTTCCTGCTAGTACTCATGATGAACTCTAGAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	163389	CAACAAACCAGTAACCACCTTCCTGCTAGTACTCATGATGAACTCTAGAG	163438

BX005420.7	1651	ACTCACATCCCATAATCACTTCCCCGATCAGTCAACTGGGAACAGCTGGC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	163439	ACTCACATCCCATAATCACTTCCCCGATCAGTCAACTGGGAACAGCTGGC	163488

BX005420.7	1701	ATGATTTGGGCCAGTCTGAAAGGATTAGATGATGGTGTTTCCGTACATAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	163489	ATGATTTGGGCCAGTCTGAAAGGATTAGATGATGGTGTTTCCGTACATAA	163538

BX005420.7	1751	GCACCACCCTTTTCTTTTTAGTCACTGCCTTATCTCCAGTGTTTCCACTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	163539	GCACCACCCTTTTCTTTTTAGTCACTGCCTTATCTCCAGTGTTTCCACTT	163588

BX005420.7	1801	TGATGATGATGATGGCTAATTTATCGGAAGCAGAACTTCCCATTTATGAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	163589	TGATGATGATGATGGCTAATTTATCGGAAGCAGAACTTCCCATTTATGAA	163638

BX005420.7	1851	TAGGATTTCGAAAATGTCTTAAAGATTATTCGCATTGCCCAATGAGAAGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	163639	TAGGATTTCGAAAATGTCTTAAAGATTATTCGCATTGCCCAATGAGAAGG	163688

BX005420.7	1901	GGAGAATTTAAGAAACAAATTATTCTTAGAAAACCCAAGAAGAAAACAGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	163689	GGAGAATTTAAGAAACAAATTATTCTTAGAAAACCCAAGAAGAAAACAGA	163738

BX005420.7	1951	AACAGTCAAAGAATAGCTATTTAAAATTTCAATTATTTAAATGAGTTAAC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX571822.6	163739	AACAGTCAAAGAATAGCTATTTAAAATTTCAATTATTTAAATGAGTTAAC	163788

Overview

Query
BX005420.7 - 142324 bps
Hit
BX571822.6 - 163788 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192920001200011617891637881
286.3320237385680860521234927211
381.571082893326533553-1242127131
484.0615334453005643-1567959981
593.0412215885896860531584259991
692.161141531305481307001584659981
790.911091777467674852-119187193621
885.821973748567986052-136711370981
980.681093133326233574136716370411
1086.2513325354805732136839371001
1187.641021743740837581136902370791
1286.551071863329833483169615698001
1384.351472968575786052183137834301
1492.4652569412740512809811057771064661
1581.051433658568986053-11116381119961
1685.29198373856808605211181821185481
1783.951773543326233615-11181891185431
1880.981053389136691703-11196071199321
1989.441061619806198221-11359531361131
2083.52162354856998605211548171551621
2186.28424793106531144511600531608101
Short-link