<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
BX510330.20 1 CTATAGATCAGAAACGTGGACAATGACAAAAGCCATAGAACAAAAGCTCT 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 191198 CTATAGATCAGAAACGTGGACAATGACAAAAGCCATAGAACAAAAGCTCT 191247 BX510330.20 51 TAGTTTTTTAAAGAAAAATTCTGAGGAGAATATATGGCCCAATAAAAGAC 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 191248 TAGTTTTTTAAAGAAAAATTCTGAGGAGAATATATGGCCCAATAAAAGAC 191297 BX510330.20 101 AATAATCAATGGAGGAAACGTCACAACAATGAGCTTGCAGCTTTGTATAA 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 191298 AATAATCAATGGAGGAAACGTCACAACAATGAGCTTGCAGCTTTGTATAA 191347 BX510330.20 151 GGAAATTGATATAGTTAAATATATCAGACTTGTAAGGCTAAGGTGGGCAG 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 191348 GGAAATTGATATAGTTAAATATATCAGACTTGTAAGGCTAAGGTGGGCAG 191397 BX510330.20 201 GACACGTCATACGTATGGATGAAAATGCCATTCCAAAAAAAAAAAATCTT 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 191398 GACACGTCATACGTATGGATGAAAATGCCATTCCAAAAAAAAAAAATCTT 191447 BX510330.20 251 CAGCACTGACCCGGTAGGCAAAAGAAAAGAAGGCCTAAACCAAGATGGCA 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 191448 CAGCACTGACCCGGTAGGCAAAAGAAAAGAAGGCCTAAACCAAGATGGCA 191497 BX510330.20 301 AGACTGCATTAGCAGTGAGGCCAATGTTTTAGGAATAAGGATCTGGTGGG 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 191498 AGACTGCATTAGCAGTGAGGCCAATGTTTTAGGAATAAGGATCTGGTGGG 191547 BX510330.20 351 CAGTTGCCTGGGACAAAGAACATTGGCGGAAATTACTTGAGGCAGCCAGG 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 191548 CAGTTGCCTGGGACAAAGAACATTGGCGGAAATTACTTGAGGCAGCCAGG 191597 BX510330.20 401 ATCCAGAAATGGGCTGTCGCGCTAAGGATGATGATGATGATGATGATGAT 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 191598 ATCCAGAAATGGGCTGTCGCGCTAAGGATGATGATGATGATGATGATGAT 191647 BX510330.20 451 GATGATGATGATGATGATGATAAAGATAAAATATTAAAGTAACATAACTA 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 191648 GATGATGATGATGATGATGATAAAGATAAAATATTAAAGTAACATAACTA 191697 BX510330.20 501 AACTATTAAACTGAAAATAAAAATCCTTTTCTAGATCTTCTGTAAATGGA 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 191698 AACTATTAAACTGAAAATAAAAATCCTTTTCTAGATCTTCTGTAAATGGA 191747 BX510330.20 551 AAAAGTTAGGACACCCTACCCCTTAATAGCTAGTGTTACCCTCTTTGGCT 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 191748 AAAAGTTAGGACACCCTACCCCTTAATAGCTAGTGTTACCCTCTTTGGCT 191797 BX510330.20 601 GAAATAACTGCATATTATCAGACAAACTGTGAACATTTTCTTGCTCTGAA 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 191798 GAAATAACTGCATATTATCAGACAAACTGTGAACATTTTCTTGCTCTGAA 191847 BX510330.20 651 AAAATTCAAAGGTGGGCTAATTATTCTGACTTCAACTGTATATCCAGAAA 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 191848 AAAATTCAAAGGTGGGCTAATTATTCTGACTTCAACTGTATATCCAGAAA 191897 BX510330.20 701 AATGTTATTTATTATGCATGTCATGCCTGTATTTGGCCTTTATTTTCTAA 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 191898 AATGTTATTTATTATGCATGTCATGCCTGTATTTGGCCTTTATTTTCTAA 191947 BX510330.20 751 AGTGACATTATGCTCCAGCACACATTGTTGATTTGTTTGTCACACACACA 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 191948 AGTGACATTATGCTCCAGCACACATTGTTGATTTGTTTGTCACACACACA 191997 BX510330.20 801 CACACACACATCTCTGTATGGACTAAATAACTATACAATAATGATTGTTT 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 191998 CACACACACATCTCTGTATGGACTAAATAACTATACAATAATGATTGTTT 192047 BX510330.20 851 CTTAAGTTCATACACACTTTCAACCCTTAAAACAACATAACTCAAACTGC 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 192048 CTTAAGTTCATACACACTTTCAACCCTTAAAACAACATAACTCAAACTGC 192097 BX510330.20 901 AGTCCTACAGAAATACATTTCACCCTACAGAAAACAGTACACAGGGCCCC 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 192098 AGTCCTACAGAAATACATTTCACCCTACAGAAAACAGTACACAGGGCCCC 192147 BX510330.20 951 ATTTTTACAGACTTTTTGTAAGAGCATAAAACTTTTCACTTTAGTTTCTG 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 192148 ATTTTTACAGACTTTTTGTAAGAGCATAAAACTTTTCACTTTAGTTTCTG 192197 BX510330.20 1001 TATAAGGTTTGTTCATGCTTATTAAGGTAAAACTAAGAGAGAGAGAAAAA 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 192198 TATAAGGTTTGTTCATGCTTATTAAGGTAAAACTAAGAGAGAGAGAAAAA 192247 BX510330.20 1051 ACTTTTCGCTCCAGGGCTTCTGTGTACACCATAATTCTACATTTCTGTTT 1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 192248 ACTTTTCGCTCCAGGGCTTCTGTGTACACCATAATTCTACATTTCTGTTT 192297 BX510330.20 1101 CCTTCTCTCTTTTTGTTCCCTCTCGACTGACGGCTCTAAATTCAAACACT 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 192298 CCTTCTCTCTTTTTGTTCCCTCTCGACTGACGGCTCTAAATTCAAACACT 192347 BX510330.20 1151 CTTTCCTCGTATAGCCACAATGACCCCTCAGTGTTTTTCTGCCCAGCTAT 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 192348 CTTTCCTCGTATAGCCACAATGACCCCTCAGTGTTTTTCTGCCCAGCTAT 192397 BX510330.20 1201 GTCCATCACTTCAGAAATAAAGTTCCAATCACTCAGCTCTAGAGTCCTGC 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 192398 GTCCATCACTTCAGAAATAAAGTTCCAATCACTCAGCTCTAGAGTCCTGC 192447 BX510330.20 1251 TGACAGGCCCATTTTCCTCAGGCATAGGCAGGGCTGCCACTGTTAGGCCT 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 192448 TGACAGGCCCATTTTCCTCAGGCATAGGCAGGGCTGCCACTGTTAGGCCT 192497 BX510330.20 1301 GTGGGGCATAATGGGTCCTCACAGCTTCTTCGGTAACCAAAAATGGCAGC 1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 192498 GTGGGGCATAATGGGTCCTCACAGCTTCTTCGGTAACCAAAAATGGCAGC 192547 BX510330.20 1351 CGTGCCGGTGCTATCGGTGCCAGTTAACCAGCTGGATGGCACAGCTGCTT 1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 192548 CGTGCCGGTGCTATCGGTGCCAGTTAACCAGCTGGATGGCACAGCTGCTT 192597 BX510330.20 1401 TGACCTGGGTACGGTATTTGTGCTTTCAGGCAGGGGGAAAGGAGTCGCAC 1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 192598 TGACCTGGGTACGGTATTTGTGCTTTCAGGCAGGGGGAAAGGAGTCGCAC 192647 BX510330.20 1451 CCCGTCCCATTTATTTAGAGTTTCTTGGAAAGACAGCTTTTGAGTTTTAA 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 192648 CCCGTCCCATTTATTTAGAGTTTCTTGGAAAGACAGCTTTTGAGTTTTAA 192697 BX510330.20 1501 GAGTCCATTTAGAGCTTAAGCTACAAACTCCGCTTTCCTGTTCCTGCTGA 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 192698 GAGTCCATTTAGAGCTTAAGCTACAAACTCCGCTTTCCTGTTCCTGCTGA 192747 BX510330.20 1551 TATAGCACAGTGTACTTCGGGGAAATGTTCAAAGTAGAAATGTACTGCAC 1600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 192748 TATAGCACAGTGTACTTCGGGGAAATGTTCAAAGTAGAAATGTACTGCAC 192797 BX510330.20 1601 GGACAATAGCCGTAGCCGAAGCAGTCAAACTTAACACTGTGTTTTTCAAC 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 192798 GGACAATAGCCGTAGCCGAAGCAGTCAAACTTAACACTGTGTTTTTCAAC 192847 BX510330.20 1651 TTTTCAACATTTACACACGCACTAAAGGAAAAAAAGCCACACGCACAAAC 1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 192848 TTTTCAACATTTACACACGCACTAAAGGAAAAAAAGCCACACGCACAAAC 192897 BX510330.20 1701 TTCACACACCTTTAGATGAAGGTCCCACAAGTGTGAGTCGTAGTTATCGT 1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 192898 TTCACACACCTTTAGATGAAGGTCCCACAAGTGTGAGTCGTAGTTATCGT 192947 BX510330.20 1751 AGCGGCACACTCTCAGGCCTACGCTCTCTGCCAGTCGGCTGAATTCTGCC 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 192948 AGCGGCACACTCTCAGGCCTACGCTCTCTGCCAGTCGGCTGAATTCTGCC 192997 BX510330.20 1801 AGTGTGTCTCCTCTGGTAGGGGCAAATACTAGAGCCGTGCCCTAAAGAGA 1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 192998 AGTGTGTCTCCTCTGGTAGGGGCAAATACTAGAGCCGTGCCCTAAAGAGA 193047 BX510330.20 1851 CAAAACACACACAAACACAGTGTTGAGAGATTTAACTTTACAATTAACAA 1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 193048 CAAAACACACACAAACACAGTGTTGAGAGATTTAACTTTACAATTAACAA 193097 BX510330.20 1901 AATGTGGTAACATATGATAAGTAAAAGTGACTAAATGTAAAAGGGTCTAA 1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 193098 AATGTGGTAACATATGATAAGTAAAAGTGACTAAATGTAAAAGGGTCTAA 193147 BX510330.20 1951 ACTTTAAAATATATTTCAAGAGTTCACACTTAGCTGATGATTTAAAGCTT 2000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX571708.4 193148 ACTTTAAAATATATTTCAAGAGTTCACACTTAGCTGATGATTTAAAGCTT 193197
Overview
- Query
- BX510330.20 - 96887 bps
- Hit
- BX571708.4 - 193197 bps
- Total alignments
- 21
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
| # | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 100 | 1967 | 2000 | 1 | 2000 | 1 | 191198 | 193197 | 1 |
| 2 | 90.26 | 126 | 234 | 88431 | 88664 | 1 | 2 | 237 | 1 |
| 3 | 82.74 | 257 | 624 | 6860 | 7483 | 1 | 1781 | 2394 | 1 |
| 4 | 82.07 | 145 | 343 | 18894 | 19236 | 1 | 7616 | 7955 | 1 |
| 5 | 91.5 | 178 | 245 | 81508 | 81752 | -1 | 32888 | 33134 | 1 |
| 6 | 87.86 | 138 | 236 | 94351 | 94586 | 1 | 32888 | 33134 | 1 |
| 7 | 82.85 | 225 | 535 | 22955 | 23489 | -1 | 50026 | 50573 | 1 |
| 8 | 82.6 | 192 | 518 | 58685 | 59202 | 1 | 52688 | 53204 | 1 |
| 9 | 87.34 | 189 | 332 | 46773 | 47104 | -1 | 56343 | 56666 | 1 |
| 10 | 87.64 | 144 | 268 | 95803 | 96070 | -1 | 113836 | 114102 | 1 |
| 11 | 85.21 | 207 | 454 | 58747 | 59200 | 1 | 113836 | 114288 | 1 |
| 12 | 81.92 | 154 | 471 | 58668 | 59138 | -1 | 120079 | 120548 | 1 |
| 13 | 83.64 | 156 | 408 | 95659 | 96066 | 1 | 120079 | 120475 | 1 |
| 14 | 89.52 | 127 | 210 | 58743 | 58952 | 1 | 120991 | 121200 | 1 |
| 15 | 83.51 | 148 | 383 | 95790 | 96172 | -1 | 124371 | 124746 | 1 |
| 16 | 84.85 | 197 | 450 | 58688 | 59137 | 1 | 124411 | 124859 | 1 |
| 17 | 84.47 | 141 | 366 | 32295 | 32660 | 1 | 162625 | 163004 | 1 |
| 18 | 81.62 | 145 | 456 | 58745 | 59200 | 1 | 172165 | 172610 | 1 |
| 19 | 87.29 | 213 | 362 | 81418 | 81779 | -1 | 176973 | 177326 | 1 |
| 20 | 87.04 | 125 | 224 | 47758 | 47981 | 1 | 177111 | 177326 | 1 |
| 21 | 85.66 | 124 | 230 | 26816 | 27045 | -1 | 179963 | 180192 | 1 |
