<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX088566.6	195778	AAGCTTCCCAAGAGTCCTATGACATACATCACTCTGGCCTATCGCAGGAA	195729
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	160389	AAGCTTCCCAAGAGTCCTATGACATACATCACTCTGGCCTATCGCAGGAA	160438

C  BX088566.6	195728	ACAGGTGTCCTCGCACCTGCTTGAATCTTTTTTATCTCTTGAAGGTTATA	195679
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	160439	ACAGGTGTCCTCGCACCTGCTTGAATCTTTTTTATCTCTTGAAGGTTATA	160488

C  BX088566.6	195678	TCCGTCTCTGCTTGACCAAAAACACTTACATGTATGATGGCTTTGGATTA	195629
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	160489	TCCGTCTCTGCTTGACCAAAAACACTTACATGTATGATGGCTTTGGATTA	160538

C  BX088566.6	195628	AAGAGAATTGTGCTAGTAAAGTGTCCATGATTGCGCACAAAGCACCAGAG	195579
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	160539	AAGAGAATTGTGCTAGTAAAGTGTCCATGATTGCGCACAAAGCACCAGAG	160588

C  BX088566.6	195578	GCAGGAGACATCCAGAAAGGAAATCTGTTAATTTCATTGTACTTATATGA	195529
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	160589	GCAGGAGACATCCAGAAAGGAAATCTGTTAATTTCATTGTACTTATATGA	160638

C  BX088566.6	195528	AGTACAGGAAATGAACTTCGCATGCAAGAAGTAACTGACCACTCAACCAG	195479
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	160639	AGTACAGGAAATGAACTTCGCATGCAAGAAGTAACTGACCACTCAACCAG	160688

C  BX088566.6	195478	AAAATAACTCAAAGTGTTTATAGTGTATTAATCCGAAGATGTAGAGTAAA	195429
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	160689	AAAATAACTCAAAGTGTTTATAGTGTATTAATCCGAAGATGTAGAGTAAA	160738

C  BX088566.6	195428	ATAATCAGTGTAACGTCACATAATTAGAAACAAATTGGGTTTAAAGATTC	195379
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	160739	ATAATCAGTGTAACGTCACATAATTAGAAACAAATTGGGTTTAAAGATTC	160788

C  BX088566.6	195378	TGTTTTACAAGTCTGTTTTGGCATTTACAATATGTAAGTTTTTTTTCTCA	195329
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	160789	TGTTTTACAAGTCTGTTTTGGCATTTACAATATGTAAGTTTTTTTTCTCA	160838

C  BX088566.6	195328	TTAAAATATACAAAAAAAAATAAAACCATGTTACATATTTTGCTCACTTG	195279
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	160839	TTAAAATATACAAAAAAAAATAAAACCATGTTACATATTTTGCTCACTTG	160888

C  BX088566.6	195278	TGTACTTACATCATTCCAAATATTTCAAAGAATGTTCAAACCCAGAGAAA	195229
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	160889	TGTACTTACATCATTCCAAATATTTCAAAGAATGTTCAAACCCAGAGAAA	160938

C  BX088566.6	195228	AAAAAAGTATATTTATTAGTGGGTGACATGGATCTTGTCCTGTGTTGCCA	195179
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	160939	AAAAAAGTATATTTATTAGTGGGTGACATGGATCTTGTCCTGTGTTGCCA	160988

C  BX088566.6	195178	TAATAATGATGTCACACACCCTCAATTTACAGTTTTATTAAAAACACAAA	195129
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	160989	TAATAATGATGTCACACACCCTCAATTTACAGTTTTATTAAAAACACAAA	161038

C  BX088566.6	195128	AGACACCTTAATATTTTGAGTGATTTATTAGACAGCACAAAGCAGCATTA	195079
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	161039	AGACACCTTAATATTTTGAGTGATTTATTAGACAGCACAAAGCAGCATTA	161088

C  BX088566.6	195078	TAACAAAACACACACACACACACACACAACCAGAAGTTTACATACTTTTT	195029
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	161089	TAACAAAACACACACACACACACACACAACCAGAAGTTTACATACTTTTT	161138

C  BX088566.6	195028	TTTTAAATGCCTGATGATAATTCATACTAAATGTTTACTATCTTAGGTCT	194979
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	161139	TTTTAAATGCCTGATGATAATTCATACTAAATGTTTACTATCTTAGGTCT	161188

C  BX088566.6	194978	GTTAGGATTACCTAAATGATTTACATTTGTAGAATAATGAGAGATTTTAA	194929
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	161189	GTTAGGATTACCTAAATGATTTACATTTGTAGAATAATGAGAGATTTTAA	161238

C  BX088566.6	194928	TTCATTTATTTAGTTTATTTATTTATTATTTTTTATTATTAATTTCTAGA	194879
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	161239	TTCATTTATTTAGTTTATTTATTTATTATTTTTTATTATTAATTTCTAGA	161288

C  BX088566.6	194878	TAGTCAAAAGTTTACATATATTTCCTTGGTATTTTTTTAGCTTTGCTTTT	194829
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	161289	TAGTCAAAAGTTTACATATATTTCCTTGGTATTTTTTTAGCTTTGCTTTT	161338

C  BX088566.6	194828	AAACTTGCTGTACAACTTTGGTCAAATGTTTTGGGTATCCTTCCACAAGC	194779
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	161339	AAACTTGCTGTACAACTTTGGTCAAATGTTTTGGGTATCCTTCCACAAGC	161388

C  BX088566.6	194778	TTCTCACAATAGTTTGAAGGAATTTTGGCCTATTCCTCCTGACAGAATTG	194729
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	161389	TTCTCACAATAGTTTGAAGGAATTTTGGCCTATTCCTCCTGACAGAATTG	161438

C  BX088566.6	194728	GTGTAACTGAGTCAGATTTGTAGGCTGTCTTGCTCGCACAAGCTTTTTCA	194679
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	161439	GTGTAACTGAGTCAGATTTGTAGGCTGTCTTGCTCGCACAAGCTTTTTCA	161488

C  BX088566.6	194678	ACTCTGCCCACAAATTTTCTATAGGAATGAAATCAGGGCTTTGTGATGGC	194629
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	161489	ACTCTGCCCACAAATTTTCTATAGGAATGAAATCAGGGCTTTGTGATGGC	161538

C  BX088566.6	194628	CACTCCAAAACATTCACTCTGTTGTCCTTAAAGCACATTTTAACTAACTT	194579
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	161539	CACTCCAAAACATTCACTCTGTTGTCCTTAAAGCACATTTTAACTAACTT	161588

C  BX088566.6	194578	GGCAGTATGCTTAGGGTCATGGTTTGTTTGGAAGACCCATTTGTGGCCAA	194529
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	161589	GGCAGTATGCTTAGGGTCATGGTTTGTTTGGAAGACCCATTTGTGGCCAA	161638

C  BX088566.6	194528	TTTTTAATTTCTTGGCTGATGTCTTGAGATGTTGCCATCTATGCTGTGAA	194479
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	161639	TTTTTAATTTCTTGGCTGATGTCTTGAGATGTTGCCATCTATGCTGTGAA	161688

C  BX088566.6	194478	GTGGACCAGTCCCTCCTGCAGCAAAACAGCCCCACAACGTGATGCTGCTG	194429
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	161689	GTGGACCAGTCCCTCCTGCAGCAAAACAGCCCCACAACGTGATGCTGCTG	161738

C  BX088566.6	194428	CCCCACATACTTCACAGTTGGGATGGTGTTCCTAGGCTTGTAAGCTTTCT	194379
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	161739	CCCCACATACTTCACAGTTGGGATGGTGTTCCTAGGCTTGTAAGCTTTCT	161788

C  BX088566.6	194378	CCTTTGTCCTCCAAATGTAACTCTGATCATTATTGGCAAACAGTTTAATC	194329
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	161789	CCTTTGTCCTCCAAATGTAACTCTGATCATTATTGGCAAACAGTTTAATC	161838

C  BX088566.6	194328	TTAGTTCCATCAGACCACAGGACATGTCTCCAAAAAAGAATATTTTTCCC	194279
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	161839	TTAGTTCCATCAGACCACAGGACATGTCTCCAAAAAAGAATATTTTTCCC	161888

C  BX088566.6	194278	AGTGTAATATAGCAAATTGTAATCTGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	194229
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	161889	AGTGTAATATAGCAAATTGTAATCTGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	161938

C  BX088566.6	194228	TTTTTTTGATTCTGGCTTGTTGATTTTCCCATGTTGTCACACAAGAAGCA	194179
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	161939	TTTTTTTGATTCTGGCTTGTTGATTTTCCCATGTTGTCACACAAGAAGCA	161988

C  BX088566.6	194178	GCGCGTTTGAGGTTTTCCTTAAATACTATTCTACAGTTGGGCTTCCAATT	194129
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	161989	GCGCGTTTGAGGTTTTCCTTAAATACTATTCTACAGTTGGGCTTCCAATT	162038

C  BX088566.6	194128	AGCTCAAATGTTGTCAATTAGCCAATCAAAAAATTTGAAAACCTTCACAT	194079
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	162039	AGCTCAAATGTTGTCAATTAGCCAATCAAAAAATTTGAAAACCTTCACAT	162088

C  BX088566.6	194078	CATCATCTGAGCTTTTTTCAGAGGCAAAATAATCTTATTGTATGTGAACT	194029
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	162089	CATCATCTGAGCTTTTTTCAGAGGCAAAATAATCTTATTGTATGTGAACT	162138

C  BX088566.6	194028	TGACTTTTGACTAATTTAAGAAAAATTATAACAGTTTCTCAAAATAAGAT	193979
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	162139	TGACTTTTGACTAATTTAAGAAAAATTATAACAGTTTCTCAAAATAAGAT	162188

C  BX088566.6	193978	CTCTCATTACTCTGCTTTTAAGCTTAACAGAAAGAAATTTGATTATCCTA	193929
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	162189	CTCTCATTACTCTGCTTTTAAGCTTAACAGAAAGAAATTTGATTATCCTA	162238

C  BX088566.6	193928	ACTTACACAAAAAAAAAAGTTTAGTCACATTAACATCTGACTTTTTTTAA	193879
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	162239	ACTTACACAAAAAAAAAAGTTTAGTCACATTAACATCTGACTTTTTTTAA	162288

C  BX088566.6	193878	ACGGTTATGTGCCTTTTGTATATTTAAACTTCTGGTTTCAAGTGTATATA	193829
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	162289	ACGGTTATGTGCCTTTTGTATATTTAAACTTCTGGTTTCAAGTGTATATA	162338

C  BX088566.6	193828	CACATACACGTTTATTAAACATAATTTATTATGATAAAACTCCAGTGCTT	193779
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX569794.8	162339	CACATACACGTTTATTAAACATAATTTATTATGATAAAACTCCAGTGCTT	162388

Overview

Query
BX088566.6 - 195778 bps
Hit
BX569794.8 - 162388 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019132000193779195778-11603891623881
282.131904612283523295189613651
383.88213448157160157607-189613481
484.371242458400084244-119735199771
593.564275433767638218125404259461
687.931583083122031527-141003413251
785.6196361113828114188143579439461
884.261573273369434020143584439071
981.07115308103014103321-143960442761
1093.912203013122231522-148413487241
1191.911973003122431523154878551861
1284.94153319103007103325-174424747551
1385.79192356113831114186174426747911
1487.05200350191939192288174426747881
1592.972173183121231529194302946281
1684.0516639919383319423111017281021221
1790.2720430319449419479611023991026961
1881.06113430148560148989-11349681354001
1984.69146342190891943011570191573511
2090.87137209174014174222-11570451572521
Short-link