<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX546501.6	1	GGCTGAGGTACAAAGCAGGCAGCAGGCAGGACAAGGTCGATAATCTAAGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	113317	GGCTGAGGTACAAAGCAGGCAGCAGGCAGGACAAGGTCGATAATCTAAGC	113366

BX546501.6	51	AAGGTAAGCAATGGGACCACAGGCAAGGACGAGAACCACTAAGTAGTGTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	113367	AAGGTAAGCAATGGGACCACAGGCAAGGACGAGAACCACTAAGTAGTGTT	113416

BX546501.6	101	AGCCGGGGCAGAACAAGACTTCGCAATGAGATTGAGTGTGTGTGCTGCTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	113417	AGCCGGGGCAGAACAAGACTTCGCAATGAGATTGAGTGTGTGTGCTGCTT	113466

BX546501.6	151	ATAAGCGTGTGCCAGGTGATTGGGAGATGTGCTGCAGGTGTGAGTGCTAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	113467	ATAAGCGTGTGCCAGGTGATTGGGAGATGTGCTGCAGGTGTGAGTGCTAA	113516

BX546501.6	201	TCAGTCAATGGATGATGTAATGTCAATAGTCCGGTGATGATGACCTCTGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	113517	TCAGTCAATGGATGATGTAATGTCAATAGTCCGGTGATGATGACCTCTGC	113566

BX546501.6	251	TGGCCAGCGAGGGGAATGACTGGGACCGAGTCAGTGACAATAAAATACTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	113567	TGGCCAGCGAGGGGAATGACTGGGACCGAGTCAGTGACAATAAAATACTT	113616

BX546501.6	301	TTTTAATTGCAGTAAATTGAGTATTTGTAATTTGTTACTTTACACCACAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	113617	TTTTAATTGCAGTAAATTGAGTATTTGTAATTTGTTACTTTACACCACAA	113666

BX546501.6	351	CTTATTATACCTGATTATATCTACGCAAAAAGGTCTTACCATTGGTGCAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	113667	CTTATTATACCTGATTATATCTACGCAAAAAGGTCTTACCATTGGTGCAT	113716

BX546501.6	401	TTATAATTCGTGTGAGAAAGTATACTTTTTGAACATTTATTACATTCGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	113717	TTATAATTCGTGTGAGAAAGTATACTTTTTGAACATTTATTACATTCGAA	113766

BX546501.6	451	AGAAACAGCATGCCCTTTTTGAAACTAGTTTCTTTATACCCACATTTTAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	113767	AGAAACAGCATGCCCTTTTTGAAACTAGTTTCTTTATACCCACATTTTAT	113816

BX546501.6	501	TCCGTGGAAGTCCCATCATGTCACATTTTTCAGGTGATGCTTTCCATTTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	113817	TCCGTGGAAGTCCCATCATGTCACATTTTTCAGGTGATGCTTTCCATTTC	113866

BX546501.6	551	TTCTTTACAGGATTACTGTATCAGCGGAGAGTCATTGCTGAACACAACCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	113867	TTCTTTACAGGATTACTGTATCAGCGGAGAGTCATTGCTGAACACAACCT	113916

BX546501.6	601	ATGTAATGATCTTTATCCCCTCCATGAGAAGTAAGTACAATAGTCCTGTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	113917	ATGTAATGATCTTTATCCCCTCCATGAGAAGTAAGTACAATAGTCCTGTC	113966

BX546501.6	651	ACATTTCACACAATTCCGCTTAATGATTTTAAATGACAGTGTGTTATTTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	113967	ACATTTCACACAATTCCGCTTAATGATTTTAAATGACAGTGTGTTATTTA	114016

BX546501.6	701	TTTTGATGCTTCATTGTGGTCCCTAAATTAAGTCTTTTAACATCTAATTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	114017	TTTTGATGCTTCATTGTGGTCCCTAAATTAAGTCTTTTAACATCTAATTA	114066

BX546501.6	751	AATGATCATTGTCCTACATATGCTGTCTTATGTGCTGCATAAACTATTGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	114067	AATGATCATTGTCCTACATATGCTGTCTTATGTGCTGCATAAACTATTGT	114116

BX546501.6	801	CACACTGATAGACCTTTTTAAGAAGTATGTATCTTAAGCAGCATGACTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	114117	CACACTGATAGACCTTTTTAAGAAGTATGTATCTTAAGCAGCATGACTTT	114166

BX546501.6	851	TTCAGCATTGATAATATTCAGAATTGTTTCTTGAGCACTAAATCAGCCTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	114167	TTCAGCATTGATAATATTCAGAATTGTTTCTTGAGCACTAAATCAGCCTA	114216

BX546501.6	901	GAACAATTTCGAAAAGATCATGTGACACTGAAGACTCGAGTAATATTGCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	114217	GAACAATTTCGAAAAGATCATGTGACACTGAAGACTCGAGTAATATTGCT	114266

BX546501.6	951	AAAAATCAACAAAAATATGTTTAAAATATATTGTAAATGCTATAAATCTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	114267	AAAAATCAACAAAAATATGTTTAAAATATATTGTAAATGCTATAAATCTA	114316

BX546501.6	1001	AAACCAATTTTTCCTTCCAGTGTTCATGCTCTAATAATAAATGTATGGTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	114317	AAACCAATTTTTCCTTCCAGTGTTCATGCTCTAATAATAAATGTATGGTC	114366

BX546501.6	1051	TGATTCAGATCTTATTTCAGTTCCTTCTATTTCATATTATTATTTAGAGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	114367	TGATTCAGATCTTATTTCAGTTCCTTCTATTTCATATTATTATTTAGAGA	114416

BX546501.6	1101	TGTTTGTGGTAAATTCTTATTAGTGACTGGAAATAGCTACAGTACATATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	114417	TGTTTGTGGTAAATTCTTATTAGTGACTGGAAATAGCTACAGTACATATT	114466

BX546501.6	1151	TAAATGCTACCCGCATTACCTGCCCACATCGGTCCGTAAGTGAAACCATA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	114467	TAAATGCTACCCGCATTACCTGCCCACATCGGTCCGTAAGTGAAACCATA	114516

BX546501.6	1201	GTGACTCATTTATGATTTTATCATATGTTTCTCAGCATTCTTACTTATAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	114517	GTGACTCATTTATGATTTTATCATATGTTTCTCAGCATTCTTACTTATAT	114566

BX546501.6	1251	TGCTTCATTTGTGGTATGCACACCTATTATTTTCAGCCATATGTTGGGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	114567	TGCTTCATTTGTGGTATGCACACCTATTATTTTCAGCCATATGTTGGGAA	114616

BX546501.6	1301	TTTAAACAAGCAGTAACAGGCTATTCGTGATTAGTTGCTTTTATTGTCTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	114617	TTTAAACAAGCAGTAACAGGCTATTCGTGATTAGTTGCTTTTATTGTCTT	114666

BX546501.6	1351	TGTATTGATCTTGTGCAACCCTCTCGCTGTGTTTCTTTCATCAGGGTGTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	114667	TGTATTGATCTTGTGCAACCCTCTCGCTGTGTTTCTTTCATCAGGGTGTT	114716

BX546501.6	1401	TGTGTTCATAGATCCTGCTGTGTTTCCTCTATCTCTGGTAAACGCGCTCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	114717	TGTGTTCATAGATCCTGCTGTGTTTCCTCTATCTCTGGTAAACGCGCTCA	114766

BX546501.6	1451	AAGCTGAGGTGGAGTGCGGGAATCCTGCTGGGGACCCACTGATGTACAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	114767	AAGCTGAGGTGGAGTGCGGGAATCCTGCTGGGGACCCACTGATGTACAAA	114816

BX546501.6	1501	CGCAGAATTTTACTGCACACGATGCTGGCTGGGTTAGGAAAACAGTGCCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	114817	CGCAGAATTTTACTGCACACGATGCTGGCTGGGTTAGGAAAACAGTGCCA	114866

BX546501.6	1551	GGTTGACAGGCTCACACAGGCTCTAGAGGTTTGTGCTTGCTTTAAATAAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	114867	GGTTGACAGGCTCACACAGGCTCTAGAGGTTTGTGCTTGCTTTAAATAAT	114916

BX546501.6	1601	TTGTAAACTGCATTCTTGATCTACCCAAATTGAGAATATATATTATGTAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	114917	TTGTAAACTGCATTCTTGATCTACCCAAATTGAGAATATATATTATGTAA	114966

BX546501.6	1651	GGTTCAAAGACAGGACGTCACCATAAAATTAGAGTACAAAAGGGATTGTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	114967	GGTTCAAAGACAGGACGTCACCATAAAATTAGAGTACAAAAGGGATTGTA	115016

BX546501.6	1701	TACACATAGAAAACATTTTAAATGTGTTAAAACCATTTGTGTGAAAATAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	115017	TACACATAGAAAACATTTTAAATGTGTTAAAACCATTTGTGTGAAAATAA	115066

BX546501.6	1751	AAGATCAAAATACACTCACCGGCCACATTTATAGGTACGCCTGTCCAACT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	115067	AAGATCAAAATACACTCACCGGCCACATTTATAGGTACGCCTGTCCAACT	115116

BX546501.6	1801	GTTGTTTAACGCAAATTTCTAATCAGCTAATCACACGACAGCAATTCAGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	115117	GTTGTTTAACGCAAATTTCTAATCAGCTAATCACACGACAGCAATTCAGT	115166

BX546501.6	1851	GCATTTAGGAATGGAGACATGGTCAAGACGATCTGCTGCAGCTCAAACCG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	115167	GCATTTAGGAATGGAGACATGGTCAAGACGATCTGCTGCAGCTCAAACCG	115216

BX546501.6	1901	AGCATCAGAATGGGGAAGAAAGTTGATTGAAGGGACTTTGAACATGGCAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	115217	AGCATCAGAATGGGGAAGAAAGTTGATTGAAGGGACTTTGAACATGGCAT	115266

BX546501.6	1951	GGTTGTTGATGGCAGACAGGCTGGAATTAGTGTTTCAGAAACTACTGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548251.5	115267	GGTTGTTGATGGCAGACAGGCTGGAATTAGTGTTTCAGAAACTACTGATC	115316

Overview

Query
BX546501.6 - 67021 bps
Hit
BX548251.5 - 115316 bps
Total alignments
29
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195520001200011133171153161
297.5436821818718268132314323941
388.3150771232812404143380434561
498.28375895609617143593436501
594.6443564098741042-149901499561
694.64861124070140812-150144502551
779.66592305997460203153698539281
882.12571465863158776-153730538801
998.4134631820718269-163399634611
1010036613745437514163401634611
1186.92631074460544711-165446655521
1281.97491254460144725-178050781711
1382.91433374906049396180103804471
1483.3435804941149490180448805251
1597.6535851818618270182071821551
1697.740871818418270-182072821581
17100356495729635-182095821581
18100346395749636182095821571
1998.3936623745437515-182105821661
2089.8648691232612394187393874611
2197.6535851818618270188824889081
2297.6535851818618270-188843889271
2382.07832435861958861-191185914351
2488.8954811232312403-11003201004001
25975399181861828411031071032061
2698.7335791818618264-11031101031881
2797.43977424434251911031881032641
2891.339929512960311031921032831
2986.392735386315363690-11096841101901
Short-link