<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX469889.7	177975	ACTGGGAGACATTCTAGAAGTTCTCCTTAATCAAATGCTTTCTATATATA	177926
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	177939	ACTGGGAGACATTCTAGAAGTTCTCCTTAATCAAATGCTTTCTATATATA	177988

C  BX469889.7	177925	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	177876
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	177989	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	178038

C  BX469889.7	177875	TAATTCTCTGGAACATAATTAAAATTAAACTGTAAGCACTTCTCTCTTTG	177826
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	178039	TAATTCTCTGGAACATAATTAAAATTAAACTGTAAGCACTTCTCTCTTTG	178088

C  BX469889.7	177825	TGTCGAGTCCTTTGGAAGCCCAAATACAGCAATGGAAAAAGCTCTGTGGA	177776
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	178089	TGTCGAGTCCTTTGGAAGCCCAAATACAGCAATGGAAAAAGCTCTGTGGA	178138

C  BX469889.7	177775	AATAGCAGCGTTTGGATGGCATTTTAGCTTTCTCTGCTACATTACAGCAC	177726
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	178139	AATAGCAGCGTTTGGATGGCATTTTAGCTTTCTCTGCTACATTACAGCAC	178188

C  BX469889.7	177725	CTCTATCCACGCACCATCGCTGCGCAGGGTGTATGTGCGTGGGAAGACCT	177676
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	178189	CTCTATCCACGCACCATCGCTGCGCAGGGTGTATGTGCGTGGGAAGACCT	178238

C  BX469889.7	177675	TGTGATCTAACTAGTCTGGATGTATTTTTTGTAGTCTCCAAACTTCGTTC	177626
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	178239	TGTGATCTAACTAGTCTGGATGTATTTTTTGTAGTCTCCAAACTTCGTTC	178288

C  BX469889.7	177625	GCTGTAGGCTTTGCTAGGCGAACTCTGTTAAAGCCAAGGTCTCCCTTTGC	177576
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	178289	GCTGTAGGCTTTGCTAGGCGAACTCTGTTAAAGCCAAGGTCTCCCTTTGC	178338

C  BX469889.7	177575	ATTGAACTTTGAGTGCATTACATTCAGAGATGTTGTTTGTGTTCACACAG	177526
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	178339	ATTGAACTTTGAGTGCATTACATTCAGAGATGTTGTTTGTGTTCACACAG	178388

C  BX469889.7	177525	CTACATTACACATGAGCTAAAGTTTAAAATATGATATCGTAGCTGACCAC	177476
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	178389	CTACATTACACATGAGCTAAAGTTTAAAATATGATATCGTAGCTGACCAC	178438

C  BX469889.7	177475	CCCTTGAATACAAAACTCAAAAAATTTTGCCTTAAAATTTCTAAAAACGA	177426
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	178439	CCCTTGAATACAAAACTCAAAAAATTTTGCCTTAAAATTTCTAAAAACGA	178488

C  BX469889.7	177425	AACGATCTTTTTACTGGTCAAGAAAATGCTTCTTGATTTAAGAATTTTTA	177376
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	178489	AACGATCTTTTTACTGGTCAAGAAAATGCTTCTTGATTTAAGAATTTTTA	178538

C  BX469889.7	177375	GATATTTAAACTAGAAACAAGACAAACTCTGAACTAGAAAAGATTTTTCT	177326
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	178539	GATATTTAAACTAGAAACAAGACAAACTCTGAACTAGAAAAGATTTTTCT	178588

C  BX469889.7	177325	TGTATTACACTGTCTTTTTTGTCCTATGAAAAGCTTTCCAGGCTTGTAAC	177276
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	178589	TGTATTACACTGTCTTTTTTGTCCTATGAAAAGCTTTCCAGGCTTGTAAC	178638

C  BX469889.7	177275	GGTGTAAATATGCACCCCAAAACTCAGTGCAGAACAACAAAGGCTATCTT	177226
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	178639	GGTGTAAATATGCACCCCAAAACTCAGTGCAGAACAACAAAGGCTATCTT	178688

C  BX469889.7	177225	AATGGTTTAAGCTCTAATAATGATTTGTTAGGTGAGAAATGAACCGCTGC	177176
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	178689	AATGGTTTAAGCTCTAATAATGATTTGTTAGGTGAGAAATGAACCGCTGC	178738

C  BX469889.7	177175	CATTGCTGCACACTGTGGACTCTGACGGATGATGACGAGGAGGCGGCGTT	177126
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	178739	CATTGCTGCACACTGTGGACTCTGACGGATGATGACGAGGAGGCGGCGTT	178788

C  BX469889.7	177125	TGACTTTAAAGTCTATTCTTAATGAATCTAATCAATCTATAATTTCTTTA	177076
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	178789	TGACTTTAAAGTCTATTCTTAATGAATCTAATCAATCTATAATTTCTTTA	178838

C  BX469889.7	177075	TTCAATGTCGGTGGGGTACAGCCGAGGGCAGACGGACACACAGTAAATTG	177026
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	178839	TTCAATGTCGGTGGGGTACAGCCGAGGGCAGACGGACACACAGTAAATTG	178888

C  BX469889.7	177025	TGCCTTTAAATCCTGGTCTGATAGGCGCTCCATAAACACACATTAAAAGG	176976
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	178889	TGCCTTTAAATCCTGGTCTGATAGGCGCTCCATAAACACACATTAAAAGG	178938

C  BX469889.7	176975	ATATAGAGTTACAGTGAAATTCATCGCCACAGTTAATTTCCTGCCTAATG	176926
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	178939	ATATAGAGTTACAGTGAAATTCATCGCCACAGTTAATTTCCTGCCTAATG	178988

C  BX469889.7	176925	GGATGTATGTAAACATGCGTCACCGCTTTGACAAGAGTTCATAAGTCGTT	176876
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	178989	GGATGTATGTAAACATGCGTCACCGCTTTGACAAGAGTTCATAAGTCGTT	179038

C  BX469889.7	176875	TCCGGCAGATAACTTCATGTGGCTTTGATACTGATGTTATTTTTAGGAGC	176826
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	179039	TCCGGCAGATAACTTCATGTGGCTTTGATACTGATGTTATTTTTAGGAGC	179088

C  BX469889.7	176825	GAATTTTTTATTTCTTTTTTTGATATTATAATTGTTTTCAGTTGTCGAAT	176776
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	179089	GAATTTTTTATTTCTTTTTTTGATATTATAATTGTTTTCAGTTGTCGAAT	179138

C  BX469889.7	176775	TATTTAAAACACATCAACGTAAATGCCCTGTGATACAAATTGATGGATCT	176726
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	179139	TATTTAAAACACATCAACGTAAATGCCCTGTGATACAAATTGATGGATCT	179188

C  BX469889.7	176725	GCTCATGGTGCCTGTTGGGACGGTGGCATTAACCCAGCACTTAGCAATAC	176676
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	179189	GCTCATGGTGCCTGTTGGGACGGTGGCATTAACCCAGCACTTAGCAATAC	179238

C  BX469889.7	176675	CACAAGAGCCTATCACTCATTCGGTCATAGAAAAACTAACAAAGTGGTGC	176626
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	179239	CACAAGAGCCTATCACTCATTCGGTCATAGAAAAACTAACAAAGTGGTGC	179288

C  BX469889.7	176625	TCGGAGCCCATCTCTCTGTCCTGGAGGAGATAGTAACTCCAGAGTGTCTG	176576
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	179289	TCGGAGCCCATCTCTCTGTCCTGGAGGAGATAGTAACTCCAGAGTGTCTG	179338

C  BX469889.7	176575	ACAGTGTTTACCACAGCCTCTGACAGAGTGTTAGGAGAAGAAAACGGCTG	176526
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	179339	ACAGTGTTTACCACAGCCTCTGACAGAGTGTTAGGAGAAGAAAACGGCTG	179388

C  BX469889.7	176525	CTTGGGGAAATGCTCTGTTAAGATAACACTATCAACATTGCGCGGTATGT	176476
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	179389	CTTGGGGAAATGCTCTGTTAAGATAACACTATCAACATTGCGCGGTATGT	179438

C  BX469889.7	176475	GTGAGCCATTACAGGACAGTTGTAAGTGATGACAGAAGTGCGCCAAGAAT	176426
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	179439	GTGAGCCATTACAGGACAGTTGTAAGTGATGACAGAAGTGCGCCAAGAAT	179488

C  BX469889.7	176425	GCTGTCATCAAATTAAGTGCTTCAGCTTTCGGTGTTTGTGATTTTTAGCA	176376
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	179489	GCTGTCATCAAATTAAGTGCTTCAGCTTTCGGTGTTTGTGATTTTTAGCA	179538

C  BX469889.7	176375	TAAACAGGTTGGCCTTTGTTTGTCTTTTTATTAATAATTATTTACCGAAA	176326
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	179539	TAAACAGGTTGGCCTTTGTTTGTCTTTTTATTAATAATTATTTACCGAAA	179588

C  BX469889.7	176325	TAATGTAATGGAACAAATGAATAGATATTTTCAGTTTCTCTGGATATACA	176276
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	179589	TAATGTAATGGAACAAATGAATAGATATTTTCAGTTTCTCTGGATATACA	179638

C  BX469889.7	176275	ATTCAGTTATGCATTTAATTAAAAAATGATTTTGTACAACACTGATGACA	176226
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	179639	ATTCAGTTATGCATTTAATTAAAAAATGATTTTGTACAACACTGATGACA	179688

C  BX469889.7	176225	TTTCTTACAAATTTAACAACATTTTTAGCATTATTTTCCCAGAAAATTAC	176176
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	179689	TTTCTTACAAATTTAACAACATTTTTAGCATTATTTTCCCAGAAAATTAC	179738

C  BX469889.7	176175	AATTAATCAGAATAGGGCTGCACAATATGTAGTTTCAGCAGCGATATCAC	176126
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	179739	AATTAATCAGAATAGGGCTGCACAATATGTAGTTTCAGCAGCGATATCAC	179788

C  BX469889.7	176125	AATGTGTGTATCCGCAATAGTCACATCGCAAGATATGCAATGCTGAGTTC	176076
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	179789	AATGTGTGTATCCGCAATAGTCACATCGCAAGATATGCAATGCTGAGTTC	179838

C  BX469889.7	176075	GGATTATAGATGATGTGGAACCACAAGTTAAAACCCATGACATTTGTGGA	176026
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	179839	GGATTATAGATGATGTGGAACCACAAGTTAAAACCCATGACATTTGTGGA	179888

C  BX469889.7	176025	GCTACTGCAGAATTTAAGCATAATAGCATGCTTAATTTTATATAGAATTC	175976
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX548245.14	179889	GCTACTGCAGAATTTAAGCATAATAGCATGCTTAATTTTATATAGAATTC	179938

Overview

Query
BX469889.7 - 177975 bps
Hit
BX548245.14 - 179938 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019462000175976177975-11779391799381
295.331111508393584084-110217103661
393.751091628394984110-110838109971
485.54333661151526152186123918245671
585.91523176909969415144866451771
682.47127300136191136490-145277455671
788.48122191138039138229-163800639901
888.493856153516535779-166355669621
982.241944821043610917-166433669501
1090.76221316164774165089-166759670721
1185.131112654237742641189304895721
1289.082173483165332000-11201681205151
1387.22624683165332120-11235221239821
1497.911791919446194651-11287771289671
1581.77112354686586901111606691610301
1684.77153350155082155431-11606711610181
1785.79164355422874264111606801610311
1892.618661159142533143691-11638911650411
1993.94931115814126814242511638931650481
2088.36400628697347036111666931673191
2183.58123262136397136658-11670211672941
Short-link