<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

  BX927309.12	1	CACAACAGATCTGTGTTACAAATTTGTTTTGGGTTCGAATCCCGACTAGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	1996	CACAACAGATCTGTGTTACAAATTTGTTTTGGGTTCGAATCCCGACTAGT	1947

  BX927309.12	51	CCAAATACTACAAAATCATGATTTTATATATTTTAATCATGTTACTGTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	1946	CCAAATACTACAAAATCATGATTTTATATATTTTAATCATGTTACTGTTT	1897

  BX927309.12	101	TATGGTGTAGTCTAGATAGGATACAGCTACGGATATGCCATCATTTTAGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	1896	TATGGTGTAGTCTAGATAGGATACAGCTACGGATATGCCATCATTTTAGC	1847

  BX927309.12	151	ATCATTTTTGTAACACTAAAACAATAATTCATATTTTTACAGTACTGTGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	1846	ATCATTTTTGTAACACTAAAACAATAATTCATATTTTTACAGTACTGTGA	1797

  BX927309.12	201	TGGGTTTAGGTTTTGGATAGACGTTAATAAAATACAATGGGAAATTTAAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	1796	TGGGTTTAGGTTTTGGATAGACGTTAATAAAATACAATGGGAAATTTAAT	1747

  BX927309.12	251	TAATAATATAAATAATTATTGTTAACTTCTGGCCACAACTGTATCTGATC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	1746	TAATAATATAAATAATTATTGTTAACTTCTGGCCACAACTGTATCTGATC	1697

  BX927309.12	301	TAGCAACAACCCTGTTTTATGAACAAAACAATACAAATTTATTTACAAGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	1696	TAGCAACAACCCTGTTTTATGAACAAAACAATACAAATTTATTTACAAGG	1647

  BX927309.12	351	TGTTTATTCGTATGTCATAGCAATGTTGAAACAAAACGATACAATAACAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	1646	TGTTTATTCGTATGTCATAGCAATGTTGAAACAAAACGATACAATAACAA	1597

  BX927309.12	401	AGCATTACCAGCTGCTAATAAAGGATTCGAACCCATTATTCCTGCATGGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	1596	AGCATTACCAGCTGCTAATAAAGGATTCGAACCCATTATTCCTGCATGGT	1547

  BX927309.12	451	GGTCACGGACTCTAACCGCTCGTCTAAACCACTTGTAAATTCAGGGCTGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	1546	GGTCACGGACTCTAACCGCTCGTCTAAACCACTTGTAAATTCAGGGCTGC	1497

  BX927309.12	501	AAAGTTGGGTTTCATACCCTAATTTGCTCAACTGTTGAACTGCTGAAGCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	1496	AAAGTTGGGTTTCATACCCTAATTTGCTCAACTGTTGAACTGCTGAAGCT	1447

  BX927309.12	551	GTTTCAGTGAAATACAATTAAAATGACCACTAGGTGTCGCCGTAGAGTGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	1446	GTTTCAGTGAAATACAATTAAAATGACCACTAGGTGTCGCCGTAGAGTGG	1397

  BX927309.12	601	TGTTTCGAAACGTTTCGAAGCTTCGACACATTTGCTTCGATAGTTTCAGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	1396	TGTTTCGAAACGTTTCGAAGCTTCGACACATTTGCTTCGATAGTTTCAGT	1347

  BX927309.12	651	GTTTCACGAAGCCTCGCTTTGCCCACCACTAATTTTAGATGCAGACAAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	1346	GTTTCACGAAGCCTCGCTTTGCCCACCACTAATTTTAGATGCAGACAAAA	1297

  BX927309.12	701	TATTCTCATGTCCCACAATTTCACCCACAGCTAAACAACAGCTCTCCACG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	1296	TATTCTCATGTCCCACAATTTCACCCACAGCTAAACAACAGCTCTCCACG	1247

  BX927309.12	751	CTCACTGCAGACGCCACTTTCACACCGTGACGACGCGTGAGCGAGCTCAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	1246	CTCACTGCAGACGCCACTTTCACACCGTGACGACGCGTGAGCGAGCTCAA	1197

  BX927309.12	801	TCCCCGCGCACCTGTACCTGCCCCAGCCATCTCCCCAAAAACGCACAAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	1196	TCCCCGCGCACCTGTACCTGCCCCAGCCATCTCCCCAAAAACGCACAAAA	1147

  BX927309.12	851	ACCCCTACAACCCAAAATCCCCTCCCCCCGAAAAAAACAAGAAAACAAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	1146	ACCCCTACAACCCAAAATCCCCTCCCCCCGAAAAAAACAAGAAAACAAAA	1097

  BX927309.12	901	AAAACAAAGCCAATAAGAAAAGGAAAAAAACTACACCATATAACAAAGAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	1096	AAAACAAAGCCAATAAGAAAAGGAAAAAAACTACACCATATAACAAAGAA	1047

  BX927309.12	951	TATAGAAAAGGAATGGAAAAAAGTTTGAAAAGCAAGGCACTCAAGCACCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	1046	TATAGAAAAGGAATGGAAAAAAGTTTGAAAAGCAAGGCACTCAAGCACCC	997

  BX927309.12	1001	AAGTCACACACGCTCACTCACAACGCACTCACTCCCAGCATGCTCTACGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	996	AAGTCACACACGCTCACTCACAACGCACTCACTCCCAGCATGCTCTACGA	947

  BX927309.12	1051	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	946	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA	897

  BX927309.12	1101	GAGAGAGAGTAAAGTTAACAAAATAAAGACAACAGATATTATGATTTAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	896	GAGAGAGAGTAAAGTTAACAAAATAAAGACAACAGATATTATGATTTAGA	847

  BX927309.12	1151	GACACATAACAGAGACAGTAACATATATGGACAAGAGTTTTGAAAATGAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	846	GACACATAACAGAGACAGTAACATATATGGACAAGAGTTTTGAAAATGAT	797

  BX927309.12	1201	GGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG	1250
			|    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	796	G----GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG	751

  BX927309.12	1251	ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	750	ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT	701

  BX927309.12	1301	AGATAGATAGATAGATAGATAGATGTTGGCTCTAAAAAGTGCCTTTAGAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	700	AGATAGATAGATAGATAGATAGATGTTGGCTCTAAAAAGTGCCTTTAGAT	651

  BX927309.12	1351	TGGCTAAATGTGTGTGTTGTGACAGGAGACTTCTTGGAGAAAATCTGCAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	650	TGGCTAAATGTGTGTGTTGTGACAGGAGACTTCTTGGAGAAAATCTGCAG	601

  BX927309.12	1401	GGAGAACAGAATATTACTAAGACTATTAATATTAATAAGACTGTTATTAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	600	GGAGAACAGAATATTACTAAGACTATTAATATTAATAAGACTGTTATTAT	551

  BX927309.12	1451	TACATGTTAAAAGGTTTTTGCTGGTGGTAAAGGTGAATGGATGGACTTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	550	TACATGTTAAAAGGTTTTTGCTGGTGGTAAAGGTGAATGGATGGACTTTT	501

  BX927309.12	1501	AAAGCAATATTAGTATGACATGGCGCCATTTTATTAATTTCAGCATTAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	500	AAAGCAATATTAGTATGACATGGCGCCATTTTATTAATTTCAGCATTAAA	451

  BX927309.12	1551	TTTAAGTTACCATACTTTTGTATTTGCAGAGTATATGGAGTTTGATACGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	450	TTTAAGTTACCATACTTTTGTATTTGCAGAGTATATGGAGTTTGATACGG	401

  BX927309.12	1601	CAGATCTAGTTATTTAAATTGATATACACTATGATATGTCATGTTCAATA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	400	CAGATCTAGTTATTTAAATTGATATACACTATGATATGTCATGTTCAATA	351

  BX927309.12	1651	AGTATACACGCGCTTATGTTACATCACAGCGGCCATATCTTACATTTGAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	350	AGTATACACGCGCTTATGTTACATCACAGCGGCCATATCTTACATTTGAA	301

  BX927309.12	1701	TTAAAGTTACGAAATAAACGCTAAGACAAAGCTTGTAAATGTGTTTAAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	300	TTAAAGTTACGAAATAAACGCTAAGACAAAGCTTGTAAATGTGTTTAAAA	251

  BX927309.12	1751	CGACCCTGATAAAAAAAAAACGAATCTCAAGTTCACCAAACCAGTATTGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	250	CGACCCTGATAAAAAAAAAACGAATCTCAAGTTCACCAAACCAGTATTGA	201

  BX927309.12	1801	TTCATCAAACAGGAAATATTTACGAGTCAATGATTTTATGAAAAAAATCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	200	TTCATCAAACAGGAAATATTTACGAGTCAATGATTTTATGAAAAAAATCC	151

  BX927309.12	1851	GTTTATTTTACTCCAAAAACACCCGTGAAGGACAAAAACAACCGCTAAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	150	GTTTATTTTACTCCAAAAACACCCGTGAAGGACAAAAACAACCGCTAAAA	101

  BX927309.12	1901	CTAGTGTATTTTTCAACTCGGAGAAAATTAAAGATACACAGCGCAAAACT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	100	CTAGTGTATTTTTCAACTCGGAGAAAATTAAAGATACACAGCGCAAAACT	51

  BX927309.12	1951	GACCAATCACGTATCAGTTGGCTGGGAAACGCTGGAACACATTCGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	50	GACCAATCACGTATCAGTTGGCTGGGAAACGCTGGAACACATTCGAATTC	1

Compact alignment

skip 1200 bps 100% identity alignment

  BX927309.12	1201	GGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG	1250
			|    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX548244.5	796	G----GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG	751

skip 750 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX927309.12 - 51931 bps
Hit
BX548244.5 - 94110 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.81912200012000111996-1
293.9270434751049452312164525161-1
396.7155618491049289714164443464-1
496.7898511182896401313939940530-1
597.13378942843586786913488339124-1
693.4323642723598786911818422453-1
797.932324261276301024111519917823-1
896.48164171921476302684311519934522-1
996.245743675410243169961747914230-1
1096.1842665022137371875814164446732-1
1197.910041093187571984913943840530-1
1295.071928723974195114348411519939152-1
1396.114559542126839322591883014238-1
1497.4917311946303143225914480946732-1
1596.89109312553228333537174428705-1
1697.8827093025322833530714164444684-1
1798.339391015353063632013951640530-1
1896.511285915081368515193112343238526-1
1997.476055678443480502631742914238-1
2096.7843335014469185193114171346732-1
Short-link