<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR318659.26	1	GCCAAGGCCTTTAGATGACAAAACCCAATTTTGGTGTTGATCGGATAAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	175450	GCCAAGGCCTTTAGATGACAAAACCCAATTTTGGTGTTGATCGGATAAAA	175499

CR318659.26	51	TCCCTAGGAGGAGTTCGTTAAAATACAACGCCTGGAAATGGCAAAAACGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	175500	TCCCTAGGAGGAGTTCGTTAAAATACAACGCCTGGAAATGGCAAAAACGC	175549

CR318659.26	101	CACTTTTTTGCCACAGGAAGTCAAAAATATCCGACTTCCTGTTGGGTTTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	175550	CACTTTTTTGCCACAGGAAGTCAAAAATATCCGACTTCCTGTTGGGTTTG	175599

CR318659.26	151	AGATATGGCTCCAAGAGACTTTTTCGTATGTTTTGGCGTGTTTGAGGTGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	175600	AGATATGGCTCCAAGAGACTTTTTCGTATGTTTTGGCGTGTTTGAGGTGT	175649

CR318659.26	201	GTGCAAATTTTCGTGCATGTGTGTGATTCGTGGATCGGGGGCTCGTCCGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	175650	GTGCAAATTTTCGTGCATGTGTGTGATTCGTGGATCGGGGGCTCGTCCGT	175699

CR318659.26	251	TTAATTTTTCTAGGTGGCGCTGTCAAGTCATTTTGCCACGCCCACTTCCG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	175700	TTAATTTTTCTAGGTGGCGCTGTCAAGTCATTTTGCCACGCCCACTTCCG	175749

CR318659.26	301	AGACCCATATCAACCTGCTATTTACACCGGGTTTGGTGTGTGTGCAAATT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	175750	AGACCCATATCAACCTGCTATTTACACCGGGTTTGGTGTGTGTGCAAATT	175799

CR318659.26	351	TTCATGAGTTTTCGGGCATGTTTAGACCCTCAAAAGTGCCCCGATAGGGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	175800	TTCATGAGTTTTCGGGCATGTTTAGACCCTCAAAAGTGCCCCGATAGGGG	175849

CR318659.26	401	GCGGAATAATAATAATAATAATAATTAAAGCTGCAAGCAGCGATGATAGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	175850	GCGGAATAATAATAATAATAATAATTAAAGCTGCAAGCAGCGATGATAGG	175899

CR318659.26	451	GACCTCGCACCCGGGCTCACCGCCGCCCGGTAGCCTCAGGATGACAGAGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	175900	GACCTCGCACCCGGGCTCACCGCCGCCCGGTAGCCTCAGGATGACAGAGA	175949

CR318659.26	501	ACAGCGAACAATATTAATTTCAGCCGATATATATAAAGAACCTGAGAAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	175950	ACAGCGAACAATATTAATTTCAGCCGATATATATAAAGAACCTGAGAAAA	175999

CR318659.26	551	ATCACAGATTTATGCCAAACTTCCTCCTGTCAGCAGGTGGCGCTATAACT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	176000	ATCACAGATTTATGCCAAACTTCCTCCTGTCAGCAGGTGGCGCTATAACT	176049

CR318659.26	601	GTGACTCAAGATTGGCATGTAGATGTCTTTAGGAGAGGCATCTCATCTAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	176050	GTGACTCAAGATTGGCATGTAGATGTCTTTAGGAGAGGCATCTCATCTAA	176099

CR318659.26	651	CCTTTGAATTTTCAGGCAGATCGGACATTGTTTGGCTGAGTTATAAGCCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	176100	CCTTTGAATTTTCAGGCAGATCGGACATTGTTTGGCTGAGTTATAAGCCA	176149

CR318659.26	701	AACTACCTTCTGCCAGCAGGTGGCGTTATGACTGACTCAATATTGTTGAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	176150	AACTACCTTCTGCCAGCAGGTGGCGTTATGACTGACTCAATATTGTTGAG	176199

CR318659.26	751	TAGATGTGTTCAGGAGAGGACTTTTATCAATCATGTGAAGTTTCAGGCAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	176200	TAGATGTGTTCAGGAGAGGACTTTTATCAATCATGTGAAGTTTCAGGCAG	176249

CR318659.26	801	ATCGGACATTGTGTGGTAGAGTTATAAGGACTTCCTGTTCCATGGCGAAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	176250	ATCGGACATTGTGTGGTAGAGTTATAAGGACTTCCTGTTCCATGGCGAAG	176299

CR318659.26	851	CGTTGAGGTTTGGCATGCCACCACAGACACGCCCCTCTGCAAAAACTCTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	176300	CGTTGAGGTTTGGCATGCCACCACAGACACGCCCCTCTGCAAAAACTCTA	176349

CR318659.26	901	GATCTTTACAATATATCATCGCTAGAGCTTTCAGATGACACCACTCTATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	176350	GATCTTTACAATATATCATCGCTAGAGCTTTCAGATGACACCACTCTATT	176399

CR318659.26	951	TTGGTGCTGATACGGGAAAGTTTGTGGTAGGAGTTTGTTATAGTGTCAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	176400	TTGGTGCTGATACGGGAAAGTTTGTGGTAGGAGTTTGTTATAGTGTCAAA	176449

CR318659.26	1001	CATGTCATTTCCTGTGGCCAGCAGGTGGCGCTATAACTGTAACTGGATAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	176450	CATGTCATTTCCTGTGGCCAGCAGGTGGCGCTATAACTGTAACTGGATAT	176499

CR318659.26	1051	CGGCACGTAAACCTGTTCAGGTCAGGACTCTTATTAAATGTGTGAATTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	176500	CGGCACGTAAACCTGTTCAGGTCAGGACTCTTATTAAATGTGTGAATTTT	176549

CR318659.26	1101	GAGGTAGATCGAATATTGCATGCCTGAGTCATAACGACTTCCTGTTTTGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	176550	GAGGTAGATCGAATATTGCATGCCTGAGTCATAACGACTTCCTGTTTTGT	176599

CR318659.26	1151	GGCGAATCATCAAAGTTTGCGAGGCCGCCACGGACACGCCCATCAATGAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	176600	GGCGAATCATCAAAGTTTGCGAGGCCGCCACGGACACGCCCATCAATGAA	176649

CR318659.26	1201	AACTCTAAAGCTCCGCAATTTATCATCACCAAGGCTTTAAGATGACAAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	176650	AACTCTAAAGCTCCGCAATTTATCATCACCAAGGCTTTAAGATGACAAAA	176699

CR318659.26	1251	CCCAATTTTGGTGTTGATTGGATGAAATCCCTAGGAGGAGTTTGTTAAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	176700	CCCAATTTTGGTGTTGATTGGATGAAATCCCTAGGAGGAGTTTGTTAAAA	176749

CR318659.26	1301	TACAACGCCTGGAAATGGCAAAAACGCCACTTTTTTACAGCAGGAAGTTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	176750	TACAACGCCTGGAAATGGCAAAAACGCCACTTTTTTACAGCAGGAAGTTA	176799

CR318659.26	1351	AAAATATCTGACTTCCTGTTGAGTTTGAGATATGGCTCCAAGAGACTTTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	176800	AAAATATCTGACTTCCTGTTGAGTTTGAGATATGGCTCCAAGAGACTTTT	176849

CR318659.26	1401	TCCTATGTTTTGGCATGTTTGAAGTGTGTGCCAATTTTCGTGCATGTGTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	176850	TCCTATGTTTTGGCATGTTTGAAGTGTGTGCCAATTTTCGTGCATGTGTG	176899

CR318659.26	1451	TGATTCGTATATCAGGGGCTCGTCCGATTAATTATGGTAGGTGGCGCTGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	176900	TGATTCGTATATCAGGGGCTCGTCCGATTAATTATGGTAGGTGGCGCTGT	176949

CR318659.26	1501	CGAGTCTATTTGCCACGCCCACTTCAATATTGTTATGTGGATGTGTTCAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	176950	CGAGTCTATTTGCCACGCCCACTTCAATATTGTTATGTGGATGTGTTCAG	176999

CR318659.26	1551	GAGAGGACTTTTATCAACCATGTGAAGTTTCAGGCAGAGCAGACATTGTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	177000	GAGAGGACTTTTATCAACCATGTGAAGTTTCAGGCAGAGCAGACATTGTG	177049

CR318659.26	1601	TGGTTGAGTTATAAAGCCTTCCTGGTCAATGGCGAAGCGTTGAGGTTTGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	177050	TGGTTGAGTTATAAAGCCTTCCTGGTCAATGGCGAAGCGTTGAGGTTTGT	177099

CR318659.26	1651	AATGCCGCCACGGACACACCCTTCTCCGAAAACTCTAGAGCTTCACAATA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	177100	AATGCCGCCACGGACACACCCTTCTCCGAAAACTCTAGAGCTTCACAATA	177149

CR318659.26	1701	TATCATCGCCAGAGCTTTTAGATAACACAACCCAATTTTGGTGCTGATAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	177150	TATCATCGCCAGAGCTTTTAGATAACACAACCCAATTTTGGTGCTGATAC	177199

CR318659.26	1751	GATAAAATTTGTGGGAGGAGTTTGTTACTCTGTAAAACATGTCATTTCCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	177200	GATAAAATTTGTGGGAGGAGTTTGTTACTCTGTAAAACATGTCATTTCCT	177249

CR318659.26	1801	GTGGCCAGCAGGTGGCGCTATAACTGTATCTAGATATTGGCATGTAAACG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	177250	GTGGCCAGCAGGTGGCGCTATAACTGTATCTAGATATTGGCATGTAAACG	177299

CR318659.26	1851	TGTTCAGGTCAGGACTCTTATCAAGCATGTGAATTTTGAGGCAGATCTGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	177300	TGTTCAGGTCAGGACTCTTATCAAGCATGTGAATTTTGAGGCAGATCTGA	177349

CR318659.26	1901	TAATGCATGCCTGAGTTATAACGACTTCCTCTTTTGTGGCGAATCGTCAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	177350	TAATGCATGCCTGAGTTATAACGACTTCCTCTTTTGTGGCGAATCGTCAA	177399

CR318659.26	1951	AGTTTGCGAGGCCGCCACGGACACGCCCATCGATGAAAACTCTAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548068.13	177400	AGTTTGCGAGGCCGCCACGGACACGCCCATCGATGAAAACTCTAAAGCTT	177449

Overview

Query
CR318659.26 - 167230 bps
Hit
BX548068.13 - 177449 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198720001200011754501774491
295.720442375259542832811566241589961
389.9620923077491645224011566241597101
496.4521462421578096022911566241590441
594.0435774464137181818111568981613241
693.8334004243564480611571631614121
789.7328854277648676914311571651614461
889.0921483289568936018111581211614121
990.7427643898604216431811595801634671
1080.320055533210902662211595941651161
1193.329343728220362576311597511634671
1279.82353910308163062661311615841719231
1386.6425524527452974982311629511674581
1486.8521743792568936068411634661672051
1589.8320423011538425685211644441674711
1680.214495125785661314311648581774491
1787.2537296303604386674011672231735431
1889.7825083703305923429411712061749601
1989.4120032993135761656811712661742611
2086.2326104711624346714411715411762771
2189.3219993011195022251211744451774491
Short-link