<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX842691.5	90190	GAATTCATATTAACAGTGTCAAATGTTACAAATAATTTTAATGAATAAAT	90239
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1	GAATTCATATTAACAGTGTCAAATGTTACAAATAATTTTAATGAATAAAT	50

BX842691.5	90240	GTAATCATGCTTGAATTTTTTTTATAAGTGTAAGAGATAGCAGATGCCAT	90289
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	51	GTAATCATGCTTGAATTTTTTTTATAAGTGTAAGAGATAGCAGATGCCAT	100

BX842691.5	90290	AAAAATATGCTTTATGATTGTTTTGTTACACTTACTGACATTTAAGTGGG	90339
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	101	AAAAATATGCTTTATGATTGTTTTGTTACACTTACTGACATTTAAGTGGG	150

BX842691.5	90340	TGTCTTTTGCAAATCATGCTAAAAATATAGCATGAAAAAACTTAAACGTG	90389
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	151	TGTCTTTTGCAAATCATGCTAAAAATATAGCATGAAAAAACTTAAACGTG	200

BX842691.5	90390	TATTAGACTTCCATTGTTTGATCCTTAAAAACTCCTTTTAATCTTCCACC	90439
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	201	TATTAGACTTCCATTGTTTGATCCTTAAAAACTCCTTTTAATCTTCCACC	250

BX842691.5	90440	CATACACAAGTTAAAACCATGGTACATAAATACACAATCCTTCATTAAAA	90489
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	251	CATACACAAGTTAAAACCATGGTACATAAATACACAATCCTTCATTAAAA	300

BX842691.5	90490	TGGTGTTTTAAAGTGCCACAGTTACAGTTCAGCCCCACACAACCATGCAC	90539
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	301	TGGTGTTTTAAAGTGCCACAGTTACAGTTCAGCCCCACACAACCATGCAC	350

BX842691.5	90540	TCTTTTATAATCCAGATGCTTCATTCTGAATGATGATTCAGCTAGACTAA	90589
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	351	TCTTTTATAATCCAGATGCTTCATTCTGAATGATGATTCAGCTAGACTAA	400

BX842691.5	90590	AATCAAAATTATGGCCATTATGGTGCAATTTACCCTTCATTAACAGTATA	90639
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	401	AATCAAAATTATGGCCATTATGGTGCAATTTACCCTTCATTAACAGTATA	450

BX842691.5	90640	CAGAGCGGCCGTTATGTCAGATTCTTCTGGGATATATGGCAACAGTTTGC	90689
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	451	CAGAGCGGCCGTTATGTCAGATTCTTCTGGGATATATGGCAACAGTTTGC	500

BX842691.5	90690	AGCATATCATTTATGGCTCTAGAATCACAGTTGTGGCTTTAACCCAATTA	90739
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	501	AGCATATCATTTATGGCTCTAGAATCACAGTTGTGGCTTTAACCCAATTA	550

BX842691.5	90740	AAAACCCAGCAAATTTTGCAAAGACCAAAGCAAAATGTTTACTTCTCCAA	90789
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	551	AAAACCCAGCAAATTTTGCAAAGACCAAAGCAAAATGTTTACTTCTCCAA	600

BX842691.5	90790	AAAATAGCATCGCAAAGTGCAATAAAATGTTGCATGGGCTAGCACACGAT	90839
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	601	AAAATAGCATCGCAAAGTGCAATAAAATGTTGCATGGGCTAGCACACGAT	650

BX842691.5	90840	ACACAAACACAGAAACAAGCTTTTATCCACAAACAAAGACGACTTTAAGA	90889
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	651	ACACAAACACAGAAACAAGCTTTTATCCACAAACAAAGACGACTTTAAGA	700

BX842691.5	90890	TATCAGTGTAATGAGCAAACCCTCTGAGATAACAGCACTATTCCTTTGTG	90939
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	701	TATCAGTGTAATGAGCAAACCCTCTGAGATAACAGCACTATTCCTTTGTG	750

BX842691.5	90940	AACATCTATCAAGGACGGCGCATAGCCTGAAGGTATCAGAGATGTGCTGA	90989
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	751	AACATCTATCAAGGACGGCGCATAGCCTGAAGGTATCAGAGATGTGCTGA	800

BX842691.5	90990	AATTCACCCCGACGCTTCAAATCCTCTCCCACGCTTAATTAAATATTCAT	91039
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	801	AATTCACCCCGACGCTTCAAATCCTCTCCCACGCTTAATTAAATATTCAT	850

BX842691.5	91040	TCATGGTAAGCTTTTAATTTTAATTACAGCTCTGGCAGGGTTTCGATTAA	91089
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	851	TCATGGTAAGCTTTTAATTTTAATTACAGCTCTGGCAGGGTTTCGATTAA	900

BX842691.5	91090	AACGGAGGCAAAAACCTCTATTGTTTAAGATATGAATATGCATCTCTACA	91139
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	901	AACGGAGGCAAAAACCTCTATTGTTTAAGATATGAATATGCATCTCTACA	950

BX842691.5	91140	ATGGTTAAGTTCAAAGTCTGAAGCCAGAGGTTGTCTTCTCCATAAAAGAG	91189
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	951	ATGGTTAAGTTCAAAGTCTGAAGCCAGAGGTTGTCTTCTCCATAAAAGAG	1000

BX842691.5	91190	CAGAGATAGGTGGCAGCGTATTCATAAAGACTGCTTTAAACTATCTCTTA	91239
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1001	CAGAGATAGGTGGCAGCGTATTCATAAAGACTGCTTTAAACTATCTCTTA	1050

BX842691.5	91240	AAGGGACAGTTCACCCAAAAATTATAACATTTACTTGTTTTAAACCTTTT	91289
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1051	AAGGGACAGTTCACCCAAAAATTATAACATTTACTTGTTTTAAACCTTTT	1100

BX842691.5	91290	GAGTTTCTTTCTTCTGTTAAAAACAATAGAAGATATTTGGAAGAAAGCTG	91339
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1101	GAGTTTCTTTCTTCTGTTAAAAACAATAGAAGATATTTGGAAGAAAGCTG	1150

BX842691.5	91340	AAAACTCCAAATCATTGACTTCCACGAAATTTTCCCCCTTATTTTGTGTT	91389
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1151	AAAACTCCAAATCATTGACTTCCACGAAATTTTCCCCCTTATTTTGTGTT	1200

BX842691.5	91390	CCACAGGTTTGAAAACATGGGTGAGTAAATAGTAACTCAATTTACACTTA	91439
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1201	CCACAGGTTTGAAAACATGGGTGAGTAAATAGTAACTCAATTTACACTTA	1250

BX842691.5	91440	TGGGTGAACTATCCCTTTAAGGCCTTGGTCTACTTCAAACAAAATCAAAC	91489
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1251	TGGGTGAACTATCCCTTTAAGGCCTTGGTCTACTTCAAACAAAATCAAAC	1300

BX842691.5	91490	TGATGAATTGCTTCATCAAATCAATTTTAATGAAGAAAAGGAACATTGTA	91539
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1301	TGATGAATTGCTTCATCAAATCAATTTTAATGAAGAAAAGGAACATTGTA	1350

BX842691.5	91540	ATGATTTAAAGCAGTGTTTCTCAGCCACGTTCCAGGGGGACCACCAGCTC	91589
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1351	ATGATTTAAAGCAGTGTTTCTCAGCCACGTTCCAGGGGGACCACCAGCTC	1400

BX842691.5	91590	TGCACATAATCTATGTCGCCTGAACAAAATTCAGACCATAAGTTTAATAG	91639
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1401	TGCACATAATCTATGTCGCCTGAACAAAATTCAGACCATAAGTTTAATAG	1450

BX842691.5	91640	CATAGACTGAAAAACCTTGAAGGATAGGACAGAAAAAGGAGACATCCAAA	91689
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1451	CATAGACTGAAAAACCTTGAAGGATAGGACAGAAAAAGGAGACATCCAAA	1500

BX842691.5	91690	ACATGCAGTGTTGGTGGTCCTCCTGGAACATGGTTGAGAAACACTGATCT	91739
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1501	ACATGCAGTGTTGGTGGTCCTCCTGGAACATGGTTGAGAAACACTGATCT	1550

BX842691.5	91740	AAAAAACGTTTTTGACTTTAAAGAACTTTCCGTGTAATACAACGGCTCTA	91789
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1551	AAAAAACGTTTTTGACTTTAAAGAACTTTCCGTGTAATACAACGGCTCTA	1600

BX842691.5	91790	TAGATGCTTAATGTGCTTCGTGGATGCATTGACACAATAAAGAACCTTTA	91839
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1601	TAGATGCTTAATGTGCTTCGTGGATGCATTGACACAATAAAGAACCTTTA	1650

BX842691.5	91840	TTTTTAAAGAGGACTCTTAAAAAAGTATGTGAAGTGGACAAAACAGACTA	91889
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1651	TTTTTAAAGAGGACTCTTAAAAAAGTATGTGAAGTGGACAAAACAGACTA	1700

BX842691.5	91890	ATTATAAAAGCATGACTTTCTCGGTCTACTTTTGAGCCAATAGGCCTTCA	91939
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1701	ATTATAAAAGCATGACTTTCTCGGTCTACTTTTGAGCCAATAGGCCTTCA	1750

BX842691.5	91940	ACAGTTCTCCAAGTTACAAAGCAAAAACCCTTCATACACCGATTTTGCTC	91989
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1751	ACAGTTCTCCAAGTTACAAAGCAAAAACCCTTCATACACCGATTTTGCTC	1800

BX842691.5	91990	ATCTTCATGTTCCTCAAAATAATTTCTCAGCAACGGAAACAGGCATAATT	92039
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1801	ATCTTCATGTTCCTCAAAATAATTTCTCAGCAACGGAAACAGGCATAATT	1850

BX842691.5	92040	TCGCTAAAACTTTGGCAACTCGATTACACTTTACCACACAATGAAAATTC	92089
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1851	TCGCTAAAACTTTGGCAACTCGATTACACTTTACCACACAATGAAAATTC	1900

BX842691.5	92090	TGTCATTATTTATTCATAGTTGTATCAGTCCAAACCCAAAAGGTATATTT	92139
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1901	TGTCATTATTTATTCATAGTTGTATCAGTCCAAACCCAAAAGGTATATTT	1950

BX842691.5	92140	CTGGAGAGATTTTTGTCCAATATTACCATTTATGAATCAACTGTTTCCTT	92189
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548055.7	1951	CTGGAGAGATTTTTGTCCAATATTACCATTTATGAATCAACTGTTTCCTT	2000

Overview

Query
BX842691.5 - 92189 bps
Hit
BX548055.7 - 105935 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001930200090190921891120001
283.981723578060480960-1451848791
381.681233858161181995132102324941
481.421704878229382779132500329941
583.661995038610186603145781462821
696.531271447013770280150004501471
796.181361578060280758150004501601
889.321312088073880945150230504351
992.091041407291573054152614527521
1088.411773008066780966-167444677451
1189.861892887020270489-167450677451
1279.211073507013970488-167782681371
1382.861603568060480959-167782681371
1484.9111321772767492170231704421
1583.821032328200282233-178928791681
1690.342063077017370479178928792481
1793.972242828063880919178928792091
1888.521943057611676420-11030461033501
1979.661083497014170489-11052761056291
2082.091092928060680897-11053511056291
Short-link