<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX571822.6	1	AAGCTTAAATCATCTTTAAAATAATTTCTTTAAATAATAGCTGGGTTCCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	173349	AAGCTTAAATCATCTTTAAAATAATTTCTTTAAATAATAGCTGGGTTCCA	173398

BX571822.6	51	ACACCATGTGTCAATGCATTTTGAATTATTGCATGAGAACTGAGTGATAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	173399	ACACCATGTGTCAATGCATTTTGAATTATTGCATGAGAACTGAGTGATAG	173448

BX571822.6	101	AAGCATGATTTTGAACCAAAAAAAATATACACACACACACACACACACAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	173449	AAGCATGATTTTGAACCAAAAAAAATATACACACACACACACACACACAC	173498

BX571822.6	151	ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	173499	ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC	173548

BX571822.6	201	ACATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	173549	ACATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC	173598

BX571822.6	251	ACACACACACACATATATATAATAAAGGTTGATTGAGGTGGTTTTGGACT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	173599	ACACACACACACATATATATAATAAAGGTTGATTGAGGTGGTTTTGGACT	173648

BX571822.6	301	GCAACTTTTTTAAACTTACAGGCTAATGAATGATAATAATATATAAGAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	173649	GCAACTTTTTTAAACTTACAGGCTAATGAATGATAATAATATATAAGAAC	173698

BX571822.6	351	TATTTTTCTAATACTAGACTTTTTAATACTCAGTGACATTTAAACCGAGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	173699	TATTTTTCTAATACTAGACTTTTTAATACTCAGTGACATTTAAACCGAGA	173748

BX571822.6	401	ACATTCTCACTGTCATGTCACCGCGTTTAATCCTGTGCAGGACTGCATGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	173749	ACATTCTCACTGTCATGTCACCGCGTTTAATCCTGTGCAGGACTGCATGA	173798

BX571822.6	451	TATAGTTAATGCCACACGAACTGTAAATTGTTTAATATTGGTGGTTCATT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	173799	TATAGTTAATGCCACACGAACTGTAAATTGTTTAATATTGGTGGTTCATT	173848

BX571822.6	501	TTAAAATAAAATTAGCGAAATATTTATTACGAATAACATTTTTCACTGGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	173849	TTAAAATAAAATTAGCGAAATATTTATTACGAATAACATTTTTCACTGGA	173898

BX571822.6	551	GAAAACAGCTGTGCTGATGAGGTGAACGCCGAGAAAACCCGACTGCTCCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	173899	GAAAACAGCTGTGCTGATGAGGTGAACGCCGAGAAAACCCGACTGCTCCT	173948

BX571822.6	601	CATTGACATTGGGATACAGGTGATACAAAGTTATCTATATTAAAGAACTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	173949	CATTGACATTGGGATACAGGTGATACAAAGTTATCTATATTAAAGAACTG	173998

BX571822.6	651	CAAAGAAACTTGCCTACAGCACTTATTCATTGTTGCTCTAATAGTTGTGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	173999	CAAAGAAACTTGCCTACAGCACTTATTCATTGTTGCTCTAATAGTTGTGT	174048

BX571822.6	701	AAATGGCTTCCTTGTCCTCATTTGTAAGTCGCTTTGGATAAAAGCGTCTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	174049	AAATGGCTTCCTTGTCCTCATTTGTAAGTCGCTTTGGATAAAAGCGTCTG	174098

BX571822.6	751	CTAAATGACTAAATGTAAATGTCATATTAGCCACTTCTGATACCAAATGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	174099	CTAAATGACTAAATGTAAATGTCATATTAGCCACTTCTGATACCAAATGA	174148

BX571822.6	801	TCATCTAGAAGTCGAGTTATTATTTGTTGCTCCTAAATCTTTGATAGGCG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	174149	TCATCTAGAAGTCGAGTTATTATTTGTTGCTCCTAAATCTTTGATAGGCG	174198

BX571822.6	851	AAAAGACTTTTGTCAAGTACGTAGACTCATAAAAATACAGAATGAGTTGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	174199	AAAAGACTTTTGTCAAGTACGTAGACTCATAAAAATACAGAATGAGTTGA	174248

BX571822.6	901	TTTTAGCCATACGTGGTTGCACACTTGCTTGATACATTATTGAATCTTTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	174249	TTTTAGCCATACGTGGTTGCACACTTGCTTGATACATTATTGAATCTTTG	174298

BX571822.6	951	AATGCCTAATGTAATTGTTTAGTGTTCAGATCAAAATAGTATCATGCTGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	174299	AATGCCTAATGTAATTGTTTAGTGTTCAGATCAAAATAGTATCATGCTGA	174348

BX571822.6	1001	TCTGATTACATCTGACTGGCCACATCGCATAGTTTTACATATGGTTTACA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	174349	TCTGATTACATCTGACTGGCCACATCGCATAGTTTTACATATGGTTTACA	174398

BX571822.6	1051	GATGGTTTTGAAACCCCATGTGCACATATACAGTACATACCATTTAAACA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	174399	GATGGTTTTGAAACCCCATGTGCACATATACAGTACATACCATTTAAACA	174448

BX571822.6	1101	GTGTTTAAATGAGGCCATATATTTAACAGACCAATCCATAAATGCTTAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	174449	GTGTTTAAATGAGGCCATATATTTAACAGACCAATCCATAAATGCTTAAA	174498

BX571822.6	1151	GTGACAGGCCATTACTGGTATTACAATGACCTATTACCTCAAAAATAGCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	174499	GTGACAGGCCATTACTGGTATTACAATGACCTATTACCTCAAAAATAGCA	174548

BX571822.6	1201	TTAATATCATATATTCTTATGATGGTGGGCCTGTCAAAATTCACAAGTCG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	174549	TTAATATCATATATTCTTATGATGGTGGGCCTGTCAAAATTCACAAGTCG	174598

BX571822.6	1251	AATCCAAATCCCGGTGCAAGCAGTGCTGTTATAGTCATTACATATTGTAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	174599	AATCCAAATCCCGGTGCAAGCAGTGCTGTTATAGTCATTACATATTGTAA	174648

BX571822.6	1301	CTTTAAAATCCAATAGTTGGAGGTTCCTGAAAATGAAACCAGTGCAAAGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	174649	CTTTAAAATCCAATAGTTGGAGGTTCCTGAAAATGAAACCAGTGCAAAGG	174698

BX571822.6	1351	ACAATTTTCAGACTAGCTTCATAAAAAATTAATACACTTCCCAATATATG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	174699	ACAATTTTCAGACTAGCTTCATAAAAAATTAATACACTTCCCAATATATG	174748

BX571822.6	1401	TGTGCTGATGTTAAGTTTTGTATACCACTTGAGCTAAATAAGCTGATTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	174749	TGTGCTGATGTTAAGTTTTGTATACCACTTGAGCTAAATAAGCTGATTTT	174798

BX571822.6	1451	ATGCATTAAGACTGGGGTGTCTAAACTCAGTCTTGGAGTGCCAGCGTCCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	174799	ATGCATTAAGACTGGGGTGTCTAAACTCAGTCTTGGAGTGCCAGCGTCCT	174848

BX571822.6	1501	GGAGAGTTCAGCTCCAACCCCTATCAAACACCTGAACCAGCTAATCAAGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	174849	GGAGAGTTCAGCTCCAACCCCTATCAAACACCTGAACCAGCTAATCAAGC	174898

BX571822.6	1551	TCTTACTAGACATACTAGAAACTTCCTAGCAGGTGTGTTGAAGCAAGTTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	174899	TCTTACTAGACATACTAGAAACTTCCTAGCAGGTGTGTTGAAGCAAGTTG	174948

BX571822.6	1601	GAGCTAAAATCAGCAGGACACTGGCCCTTCAGAAGGATATTACACAAAAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	174949	GAGCTAAAATCAGCAGGACACTGGCCCTTCAGAAGGATATTACACAAAAG	174998

BX571822.6	1651	CAAGATAAAGGATTTAGCTAGGATTTTTATTCTGTCCTAGCTGAATTTAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	174999	CAAGATAAAGGATTTAGCTAGGATTTTTATTCTGTCCTAGCTGAATTTAG	175048

BX571822.6	1701	CCGTGACTCAGTTGCATGAAAGCAGGCTAAATTAAGCTAAGGTACTACAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	175049	CCGTGACTCAGTTGCATGAAAGCAGGCTAAATTAAGCTAAGGTACTACAG	175098

BX571822.6	1751	AGATCTCCAAAGAAGGCTAATACCCAAGCTAAGGTTAAAGATTTATATTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	175099	AGATCTCCAAAGAAGGCTAATACCCAAGCTAAGGTTAAAGATTTATATTA	175148

BX571822.6	1801	TAGATTTATTGTCAGTGCTAATAGAAATTAATGTGTTTTACAGTCACTCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	175149	TAGATTTATTGTCAGTGCTAATAGAAATTAATGTGTTTTACAGTCACTCC	175198

BX571822.6	1851	ATTGGCCATTTTCACATGTTTTTCAACTATTCGAAATAAAAATATGTATG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	175199	ATTGGCCATTTTCACATGTTTTTCAACTATTCGAAATAAAAATATGTATG	175248

BX571822.6	1901	TACAATTGTATTAGCAACAATTTTATATACGTTCATATATGGCCATTTCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	175249	TACAATTGTATTAGCAACAATTTTATATACGTTCATATATGGCCATTTCA	175298

BX571822.6	1951	GATTTAAATATAAGGTAGATTATATATATATATATATATATATATATATA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548049.9	175299	GATTTAAATATAAGGTAGATTATATATATATATATATATATATATATATA	175348

Overview

Query
BX571822.6 - 163788 bps
Hit
BX548049.9 - 175348 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192620001200011733491753481
281.33802382110521342-1377340131
383.0810627019176194451385741221
487.09891821918119362-1597861631
587.733906326384164472-133531341661
685.461232297502275250-138756389821
785.9317132924012729-154067543931
882.451373393670637044154069543931
980.5391229129018129246-173634738591
1090.4315312243100369102611-176762789771
1195.7699118655772-176766768831
1280.741124002094021339-199353997571
1381.1194392191751956611072601076561
1482.111073702085521224-11072981076661
1586.03821801918319362-11246851248631
1682.711023092094521253-11403801407031
1790.56109176368393701411577171578961
1881.6143341830988343811581891585251
1986.01801445679582211582411583831
2095.81211435692583411590591592011
2190.71951423684536986-11590621592011
2294.929411610249210260711740031741201
Short-link