<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX005155.4	137366	TTACAGTATGAAGCGTTTGTCCGTTACTTGGTTAAGTTACTTGGAAAGTT	137415
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1	TTACAGTATGAAGCGTTTGTCCGTTACTTGGTTAAGTTACTTGGAAAGTT	50

BX005155.4	137416	AATTAATTTTGGCTGCAGTCTTCCTGTTTACAGCGGCGACGCATTGTGGG	137465
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	51	AATTAATTTTGGCTGCAGTCTTCCTGTTTACAGCGGCGACGCATTGTGGG	100

BX005155.4	137466	ATTGGTGGACACCACCCAACCACTGTAAAGAAGACGCATTGTGTATGTAA	137515
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	101	ATTGGTGGACACCACCCAACCACTGTAAAGAAGACGCATTGTGTATGTAA	150

BX005155.4	137516	AAGTCAAGCAAAAACTGAGACCAAATGCGAGCGAGGTATCTCAAGTGTGC	137565
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	151	AAGTCAAGCAAAAACTGAGACCAAATGCGAGCGAGGTATCTCAAGTGTGC	200

BX005155.4	137566	ATGCAATAGAGACCGAGTGAGCAAGAGAGGTACGGGGTGCACGTGAAAGA	137615
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	201	ATGCAATAGAGACCGAGTGAGCAAGAGAGGTACGGGGTGCACGTGAAAGA	250

BX005155.4	137616	GACAGAGAGACTATTAACGTTACTATTATTAATTACTATTACTAATTCTA	137665
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	251	GACAGAGAGACTATTAACGTTACTATTATTAATTACTATTACTAATTCTA	300

BX005155.4	137666	TTATGTTTGTTGTTTTATATAAATAAGCACACATTCGTTATCTGTATAAC	137715
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	301	TTATGTTTGTTGTTTTATATAAATAAGCACACATTCGTTATCTGTATAAC	350

BX005155.4	137716	AAAACTGATTAGGTTAGTGACACTTTTCTGTTATATTTCAGCACACGTTA	137765
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	351	AAAACTGATTAGGTTAGTGACACTTTTCTGTTATATTTCAGCACACGTTA	400

BX005155.4	137766	TAAAGATTATAGTCTTGTACTGCTCAGAAAAAAATGCTGTCATTTATTTT	137815
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	401	TAAAGATTATAGTCTTGTACTGCTCAGAAAAAAATGCTGTCATTTATTTT	450

BX005155.4	137816	TATATTGTTTTAATATTTTTATAGCTGTTATACAACAGCAGATTTTGCAC	137865
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	451	TATATTGTTTTAATATTTTTATAGCTGTTATACAACAGCAGATTTTGCAC	500

BX005155.4	137866	TTTGAATACACACAGCTTACTTTCCATAAGTTGTTGACATACCACGTTTA	137915
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	501	TTTGAATACACACAGCTTACTTTCCATAAGTTGTTGACATACCACGTTTA	550

BX005155.4	137916	ATTTGTGGTTGGTATGAAAATGTTTTCATTGATTTCATTTTTGAGCAGCT	137965
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	551	ATTTGTGGTTGGTATGAAAATGTTTTCATTGATTTCATTTTTGAGCAGCT	600

BX005155.4	137966	GTTATGTTTTTCTTTTGTTTAGAAATTGATGGTTGTCTATAACAGGAGCT	138015
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	601	GTTATGTTTTTCTTTTGTTTAGAAATTGATGGTTGTCTATAACAGGAGCT	650

BX005155.4	138016	TTGAGTTTCACCAAATTGATTCTAAATGATAATTCTGATTTCTTTCATTT	138065
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	651	TTGAGTTTCACCAAATTGATTCTAAATGATAATTCTGATTTCTTTCATTT	700

BX005155.4	138066	ATTTATTTCATAAAGGTATTGTGTTTGTTGTATTTTGTTGTTAGTTTTCA	138115
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	701	ATTTATTTCATAAAGGTATTGTGTTTGTTGTATTTTGTTGTTAGTTTTCA	750

BX005155.4	138116	TACTCAGGCTGTGAAGGAACATGTTTAAGGGTTAAATACAAACTTTATGA	138165
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	751	TACTCAGGCTGTGAAGGAACATGTTTAAGGGTTAAATACAAACTTTATGA	800

BX005155.4	138166	GGCTGAAGCAACTTTAGTTTTTGTTGCTGAATATATTATTCAGCTGGTTT	138215
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	801	GGCTGAAGCAACTTTAGTTTTTGTTGCTGAATATATTATTCAGCTGGTTT	850

BX005155.4	138216	ATCACCTTGTCATATTATTATTTTTGTGCTGCTGGTTAATTAAATTAGTG	138265
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	851	ATCACCTTGTCATATTATTATTTTTGTGCTGCTGGTTAATTAAATTAGTG	900

BX005155.4	138266	TTTAAAAATAAATTTTTGTTCAAGTTTGTCTTGTGTTTTAGTTGTGAGAA	138315
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	901	TTTAAAAATAAATTTTTGTTCAAGTTTGTCTTGTGTTTTAGTTGTGAGAA	950

BX005155.4	138316	TGCAAATGAATTAAAACTGTGAAGCTGAAAAACAGTTTCCTTTAAAAAGT	138365
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	951	TGCAAATGAATTAAAACTGTGAAGCTGAAAAACAGTTTCCTTTAAAAAGT	1000

BX005155.4	138366	AACTCAAAAATGACTTTGAACAGTGATGCATTATTATAGTATAAGTATAC	138415
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1001	AACTCAAAAATGACTTTGAACAGTGATGCATTATTATAGTATAAGTATAC	1050

BX005155.4	138416	GATAAATAATATAGTTAATTTTTGAATGAAGTAATTGTAACTAGTAACTA	138465
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1051	GATAAATAATATAGTTAATTTTTGAATGAAGTAATTGTAACTAGTAACTA	1100

BX005155.4	138466	CTTTTCAGTAACTAGCACAACACTGTTTTTAAGTTTTAGGGTTTTTTTGT	138515
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1101	CTTTTCAGTAACTAGCACAACACTGTTTTTAAGTTTTAGGGTTTTTTTGT	1150

BX005155.4	138516	GGTATTTTTCTGGACTTTGAAAGTTGCAGGTGTTTATTGAGGATAACAGA	138565
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1151	GGTATTTTTCTGGACTTTGAAAGTTGCAGGTGTTTATTGAGGATAACAGA	1200

BX005155.4	138566	GCTCTCAGATTCCACATAAAATATCTGTATTTGTATTCTGAAAACAAATG	138615
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1201	GCTCTCAGATTCCACATAAAATATCTGTATTTGTATTCTGAAAACAAATG	1250

BX005155.4	138616	AAGGGATTAGGGGATAGGAACAAGCTGAGTGTGAGTAAATAATAACAACA	138665
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1251	AAGGGATTAGGGGATAGGAACAAGCTGAGTGTGAGTAAATAATAACAACA	1300

BX005155.4	138666	TTTTCATTTATGGGAGAACTAACCTTTTTAGAACTCTTTTAAAAGTCGCT	138715
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1301	TTTTCATTTATGGGAGAACTAACCTTTTTAGAACTCTTTTAAAAGTCGCT	1350

BX005155.4	138716	AAACTGAAAAGAAGCTAATAAAAATGTTTATCACCTAATTTGACTTCCAC	138765
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1351	AAACTGAAAAGAAGCTAATAAAAATGTTTATCACCTAATTTGACTTCCAC	1400

BX005155.4	138766	TTCTTCACTCTGTCTAGGATGTGGCCGCTTTATGTGGCATCTCATGCATG	138815
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1401	TTCTTCACTCTGTCTAGGATGTGGCCGCTTTATGTGGCATCTCATGCATG	1450

BX005155.4	138816	CCAACATTCCATTTCTACAAGAATGGAAAGAAGGTACTGTAAATCACCCT	138865
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1451	CCAACATTCCATTTCTACAAGAATGGAAAGAAGGTACTGTAAATCACCCT	1500

BX005155.4	138866	GCCATGGTTTCTTAAATGAGCTATTATTTGGCAGTTAAACTGAATTGTTA	138915
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1501	GCCATGGTTTCTTAAATGAGCTATTATTTGGCAGTTAAACTGAATTGTTA	1550

BX005155.4	138916	TCCCCTATTGTCCTGTAACTGACTGTGATTTAATTGTTTTGCAGGTTGAT	138965
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1551	TCCCCTATTGTCCTGTAACTGACTGTGATTTAATTGTTTTGCAGGTTGAT	1600

BX005155.4	138966	GAATTTTCTGGATCTAACCAATCCAAGCTGGAGGAGAAGATCAACTCGCA	139015
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1601	GAATTTTCTGGATCTAACCAATCCAAGCTGGAGGAGAAGATCAACTCGCA	1650

BX005155.4	139016	TAAATGAAGAAAAACAAAAACACACAGTAATAGCTGAAGACAGAGAATAC	139065
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1651	TAAATGAAGAAAAACAAAAACACACAGTAATAGCTGAAGACAGAGAATAC	1700

BX005155.4	139066	ACTTTCTGAAATCCTCAGAAGTTTAGGTTTAGAACAGAAATTCATTCTCT	139115
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1701	ACTTTCTGAAATCCTCAGAAGTTTAGGTTTAGAACAGAAATTCATTCTCT	1750

BX005155.4	139116	GACTCATTCATATTTTGACAGCTACATTTATATGTTTTGTTTTGTGTTTA	139165
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1751	GACTCATTCATATTTTGACAGCTACATTTATATGTTTTGTTTTGTGTTTA	1800

BX005155.4	139166	TATACAGAAACAGAAGTTATACGTTTATTTTTAGTTCAATATTTTAGCCC	139215
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1801	TATACAGAAACAGAAGTTATACGTTTATTTTTAGTTCAATATTTTAGCCC	1850

BX005155.4	139216	AGTAATGTATTTTATGTTGGCTTTGTATGAAATGAAAACAATAAAAGAAA	139265
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1851	AGTAATGTATTTTATGTTGGCTTTGTATGAAATGAAAACAATAAAAGAAA	1900

BX005155.4	139266	TGAGAAGTCGGATGTTTGTGTCGATCAGATTATCCAAGTCAAAAAATAAA	139315
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1901	TGAGAAGTCGGATGTTTGTGTCGATCAGATTATCCAAGTCAAAAAATAAA	1950

BX005155.4	139316	TAAAAGTGAAACAGTCAAGTAAAACAAACTGAAAGTTTAATTAAGAATTC	139365
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548016.7	1951	TAAAAGTGAAACAGTCAAGTAAAACAAACTGAAAGTTTAATTAAGAATTC	2000

Overview

Query
BX005155.4 - 139365 bps
Hit
BX548016.7 - 125478 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100189220001373661393651120001
284.421433626498065341-123304236561
385.02136324128234128557123424237301
484.321222986822668523-123451237371
583.8100215124698124912-129855300641
684.781282866817868463-136894371821
797.22853226001260333-151453517731
896.76706793120552121344154570553711
998.24534567121462122028155640562061
1085.43997287488575612156211569431
1182.731854299768398111175594760331
1296.132663176001460330181648819571
1385.091573716502865398192192925601
1487.56135236124676124911-11136551138951
1582.1814942412815812858111178161182191
1686.83105207352583546411180151182191
1786.691011996820968407-11180181182201
1886.351723756498465358-11221301225101
1987.5822844312813912858111221731226151
2084.61543526817268523-11222961226521
Short-link