<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR925790.7	1	GAATAATCAGTGGAAACAGAATGTACCTGAGCTCAATTTTGAGCTTCACG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	152558	GAATAATCAGTGGAAACAGAATGTACCTGAGCTCAATTTTGAGCTTCACG	152607

CR925790.7	51	GCAAAGGCTGTGAATACTTATGTACATGTGATATTTTCAGGTTCTTTCTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	152608	GCAAAGGCTGTGAATACTTATGTACATGTGATATTTTCAGGTTCTTTCTT	152657

CR925790.7	101	TGTAATAAATTTAGAACAATTTCAAAAAATATTTTTTCACATTGTCATTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	152658	TGTAATAAATTTAGAACAATTTCAAAAAATATTTTTTCACATTGTCATTA	152707

CR925790.7	151	TGGGCTATTGTGTGTAGATTTTTGAGGAAATAAATTAATTTAATCCATTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	152708	TGGGCTATTGTGTGTAGATTTTTGAGGAAATAAATTAATTTAATCCATTT	152757

CR925790.7	201	AGGAACAAGGCTTTAACATTACAAAATGTGGAAAAAGTCAAGTGCTATAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	152758	AGGAACAAGGCTTTAACATTACAAAATGTGGAAAAAGTCAAGTGCTATAA	152807

CR925790.7	251	CTACTTTCCGAATGCACTGTATGCTGAACCTCAAGTATTTTTAACTAATA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	152808	CTACTTTCCGAATGCACTGTATGCTGAACCTCAAGTATTTTTAACTAATA	152857

CR925790.7	301	GTATTAATAAAAAGTTTGCAGATCTAATTCTTAAATTTAACCGTTTTAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	152858	GTATTAATAAAAAGTTTGCAGATCTAATTCTTAAATTTAACCGTTTTAAA	152907

CR925790.7	351	AGAAATAATAAATTATGGATAGTTCATCCAGAGATGGAAATTCTGTTATA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	152908	AGAAATAATAAATTATGGATAGTTCATCCAGAGATGGAAATTCTGTTATA	152957

CR925790.7	401	ATTTCCTCACCCTTTTCTTGTTCTTTGAAACTTTGAAAACTTGAGTTTCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	152958	ATTTCCTCACCCTTTTCTTGTTCTTTGAAACTTTGAAAACTTGAGTTTCT	153007

CR925790.7	451	TTTTTTCTGTTAAACACAAAAGAAGATATTTAGAAAAATGTAGGAAACCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	153008	TTTTTTCTGTTAAACACAAAAGAAGATATTTAGAAAAATGTAGGAAACCT	153057

CR925790.7	501	GTAACCATTGACTTTTATAGTACTAGTTTTATATACTATAGTTTCCACAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	153058	GTAACCATTGACTTTTATAGTACTAGTTTTATATACTATAGTTTCCACAA	153107

CR925790.7	551	TAATTAGAGGTTTTCAGATTTCTTCAAAATACCTTCTGTAGTGTTCAACA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	153108	TAATTAGAGGTTTTCAGATTTCTTCAAAATACCTTCTGTAGTGTTCAACA	153157

CR925790.7	601	GAAGAAAGAAACTCATAAAGGTTAAGAAACCACTTGAGGGTGAGTAATTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	153158	GAAGAAAGAAACTCATAAAGGTTAAGAAACCACTTGAGGGTGAGTAATTT	153207

CR925790.7	651	GAGAGTAAACATTACAAAATTAATGTTATATTTAAAAATTAGACCTGTGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	153208	GAGAGTAAACATTACAAAATTAATGTTATATTTAAAAATTAGACCTGTGA	153257

CR925790.7	701	ACTTTATATTAATAATATTAGTTAAAAATAATTGAAGTTCAGTTTAGCTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	153258	ACTTTATATTAATAATATTAGTTAAAAATAATTGAAGTTCAGTTTAGCTC	153307

CR925790.7	751	AGTTTTATTATCCATTTCTTATTTATTTTTATCAAGCACAATTAAAACAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	153308	AGTTTTATTATCCATTTCTTATTTATTTTTATCAAGCACAATTAAAACAA	153357

CR925790.7	801	GTATATTTTACATCGTGACTTCTTTAAAGATAATAGGTTTCAAAGGAATA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	153358	GTATATTTTACATCGTGACTTCTTTAAAGATAATAGGTTTCAAAGGAATA	153407

CR925790.7	851	GCAGCTAAGGATGAAATTAAAATAAATAAAGTGTTGCCATTTAAATTCAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	153408	GCAGCTAAGGATGAAATTAAAATAAATAAAGTGTTGCCATTTAAATTCAT	153457

CR925790.7	901	AAACGTTTTGTTATTTGCTTTACATTCACAAGCACCAACAGGAAATGGTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	153458	AAACGTTTTGTTATTTGCTTTACATTCACAAGCACCAACAGGAAATGGTC	153507

CR925790.7	951	ATGTTTCATATATAATATGTATATATCTATGTTTAGCGTATTGCAGCTGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	153508	ATGTTTCATATATAATATGTATATATCTATGTTTAGCGTATTGCAGCTGG	153557

CR925790.7	1001	AGGAGATGGAGAGAGCATGAAGTTCTTTGGCCAGTCGATTCATGGCATTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	153558	AGGAGATGGAGAGAGCATGAAGTTCTTTGGCCAGTCGATTCATGGCATTA	153607

CR925790.7	1051	TGGATTTGAATGATGATGGCATCATCGATGTCACTATTGGAGGAATAGGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	153608	TGGATTTGAATGATGATGGCATCATCGATGTCACTATTGGAGGAATAGGA	153657

CR925790.7	1101	GGAGCTGCACTTTATTGGTAAGTCTGATGATTTGATTAATCGGTTCATAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	153658	GGAGCTGCACTTTATTGGTAAGTCTGATGATTTGATTAATCGGTTCATAT	153707

CR925790.7	1151	GATGGCCTATAATGTTTTCCTTTTCTTATAGTGTATATTATGGTGCATGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	153708	GATGGCCTATAATGTTTTCCTTTTCTTATAGTGTATATTATGGTGCATGT	153757

CR925790.7	1201	AGAAAATATGTTAAAAAGTTCATAGCCTCAAACAATAGATTTATTCCTTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	153758	AGAAAATATGTTAAAAAGTTCATAGCCTCAAACAATAGATTTATTCCTTC	153807

CR925790.7	1251	TAAAATGAGAATACTAGAGCCAGACCTGTCTTAAAGCGATAGTTCACCAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	153808	TAAAATGAGAATACTAGAGCCAGACCTGTCTTAAAGCGATAGTTCACCAA	153857

CR925790.7	1301	AAATATATACATCTACTTACTATTTAAAACTGGATAAATTTGAGCTTTTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	153858	AAATATATACATCTACTTACTATTTAAAACTGGATAAATTTGAGCTTTTG	153907

CR925790.7	1351	TCAGCTAATTTCAGCTTCCGGGTTTAAAGTGATTTTTAGGGCGGGATAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	153908	TCAGCTAATTTCAGCTTCCGGGTTTAAAGTGATTTTTAGGGCGGGATAAA	153957

CR925790.7	1401	AATCGACGACGTAGCGCAGTACTGCAAGTGCAATGATGACGCGTCGGTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	153958	AATCGACGACGTAGCGCAGTACTGCAAGTGCAATGATGACGCGTCGGTTT	154007

CR925790.7	1451	CTCATTATTATTCATAGCGGAGTTTTCTTATCCTATGTGAAGAGCCGGCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	154008	CTCATTATTATTCATAGCGGAGTTTTCTTATCCTATGTGAAGAGCCGGCT	154057

CR925790.7	1501	GCTTAATTATTCATGAGAGCACGTGCATTCCAAAGGCAGACCTGCCAGTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	154058	GCTTAATTATTCATGAGAGCACGTGCATTCCAAAGGCAGACCTGCCAGTT	154107

CR925790.7	1551	TCAAGCAAGCTGTGAGACACAGACCAACGGAACGCAGTAGCCGTTCATGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	154108	TCAAGCAAGCTGTGAGACACAGACCAACGGAACGCAGTAGCCGTTCATGA	154157

CR925790.7	1601	AGGCTCGTATGTGTTTGTTTCCATGATCCACGGGGTTTGTTGCATGTTTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	154158	AGGCTCGTATGTGTTTGTTTCCATGATCCACGGGGTTTGTTGCATGTTTT	154207

CR925790.7	1651	ATCCCCGCGATCTTGTCAGGGCCGATCATACAGCAAAGCTGTGTGTGTGC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	154208	ATCCCCGCGATCTTGTCAGGGCCGATCATACAGCAAAGCTGTGTGTGTGC	154257

CR925790.7	1701	TGCAAGCATTTTTGTCGGGAGAGCAGCACGCGAATTAGAGAATGGCGGAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	154258	TGCAAGCATTTTTGTCGGGAGAGCAGCACGCGAATTAGAGAATGGCGGAC	154307

CR925790.7	1751	GTTGACTTTTATCAGGAGTTCGTTCACATTCAGACACATCGCCGTGCTGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	154308	GTTGACTTTTATCAGGAGTTCGTTCACATTCAGACACATCGCCGTGCTGC	154357

CR925790.7	1801	TGTGTTTGCCTAAATCCTCTATATTACCAGCAGGGCTGGTAATATAGGGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	154358	TGTGTTTGCCTAAATCCTCTATATTACCAGCAGGGCTGGTAATATAGGGT	154407

CR925790.7	1851	CTGCAACACAGAAAGTTCGATCACCCTTTGATTTGCAGCGAGACCGAGGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	154408	CTGCAACACAGAAAGTTCGATCACCCTTTGATTTGCAGCGAGACCGAGGG	154457

CR925790.7	1901	ACAGACAGAAGAAACTGATTAATGGACCTTAATGGTCTACAAGCTGTATA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	154458	ACAGACAGAAGAAACTGATTAATGGACCTTAATGGTCTACAAGCTGTATA	154507

CR925790.7	1951	TGGCCTAATAAGCTCACTGGCATAGGCCGAGGCAGAATTGTGCAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548012.11	154508	TGGCCTAATAAGCTCACTGGCATAGGCCGAGGCAGAATTGTGCAAAGCTT	154557

Overview

Query
CR925790.7 - 136183 bps
Hit
BX548012.11 - 154557 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192820001200011525581545571
289.3321533833409337461851288391
393.371521967487375068-1851487091
481.021644222943829859118441188561
588.81317553118457119009-129552301051
683.61226557122401122957129552301061
787.982143647471075073-141954422941
890.912383353340633740141954422941
993.292483135491055222-141982422941
1089.961632445407254315-142046422941
1191.811612277487475100-153255534861
1289.371662603348733746-179328795811
1387.31522645490655169179330795811
1493.163794939471195203182109826051
1583.45219556118454119009190861913981
1687.34159310122401122710-191099913981
1797.73112212349697798210-195401966311
1886.0328456845165083195410959961
1982.8630968612506912575411364081370781
2081.892375712604026610-11365021370751
2187.1716330812240412271111468311471341
2291.271592267487475099-11497551499831
2388.23294492388973938811538831543921
Short-link