<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL954383.13	1	GAATTCCACTCAAGGTGGCCTGTCTGGATCGTAAAAGCAACATCTCCCCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	101903	GAATTCCACTCAAGGTGGCCTGTCTGGATCGTAAAAGCAACATCTCCCCC	101952

AL954383.13	51	TGCTGGTGGTGTTGATGGGCTTGGGTTTAGTTTTTTTACCTGCAGTTGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	101953	TGCTGGTGGTGTTGATGGGCTTGGGTTTAGTTTTTTTACCTGCAGTTGAA	102002

AL954383.13	101	GATCCAAATGAGGAAAATCCCCTAAATCTGATAAAAACTTCTGCAATGAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	102003	GATCCAAATGAGGAAAATCCCCTAAATCTGATAAAAACTTCTGCAATGAT	102052

AL954383.13	151	TGTAATAATATGGATTTTATTAATTAGAATGTTTAAAAGAGAAGCATCCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	102053	TGTAATAATATGGATTTTATTAATTAGAATGTTTAAAAGAGAAGCATCCT	102102

AL954383.13	201	TATCTTTAATCTTCATATCTAGTAAATAACTAATAACTTGTTGTTTGCCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	102103	TATCTTTAATCTTCATATCTAGTAAATAACTAATAACTTGTTGTTTGCCC	102152

AL954383.13	251	ATTGAATACTGTTGTGGACAGTGAGAGGCCTTGTAGTCAAAAAGGCTGAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	102153	ATTGAATACTGTTGTGGACAGTGAGAGGCCTTGTAGTCAAAAAGGCTGAG	102202

AL954383.13	301	GAGTTCTGTAATAGATACTGAATTAGAAAGTAATCCTCATAGAAATGACC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	102203	GAGTTCTGTAATAGATACTGAATTAGAAAGTAATCCTCATAGAAATGACC	102252

AL954383.13	351	ATTAAAGGCACAATATGTAAGTTTATTTTCATTAAAATATCCAAAAATGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	102253	ATTAAAGGCACAATATGTAAGTTTATTTTCATTAAAATATCCAAAAATGT	102302

AL954383.13	401	TATATTTTGCTGTGCTTACATTATCCCAAATGTTTCCAAAAATGTTTAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	102303	TATATTTTGCTGTGCTTACATTATCCCAAATGTTTCCAAAAATGTTTAAA	102352

AL954383.13	451	TCCAGCGAGATAAGCAATTTTGAATAGTGTCTCTGACCTTGTCCTGTGTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	102353	TCCAGCGAGATAAGCAATTTTGAATAGTGTCTCTGACCTTGTCCTGTGTT	102402

AL954383.13	501	GACATACTAATGATGCACCAATGGTATTTGGCTGCAGATTTGCACATGCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	102403	GACATACTAATGATGCACCAATGGTATTTGGCTGCAGATTTGCACATGCA	102452

AL954383.13	551	ATTTCAGACATGCAGTCCACAGCCATATCACCCAGTAGCCCAAGATTGGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	102453	ATTTCAGACATGCAGTCCACAGCCATATCACCCAGTAGCCCAAGATTGGT	102502

AL954383.13	601	TACTCATTGAAGCTAAGCAGGGCTTTTGGGAGACCACATGGGGAAACTAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	102503	TACTCATTGAAGCTAAGCAGGGCTTTTGGGAGACCACATGGGGAAACTAG	102552

AL954383.13	651	GTTGCTGTTGAAAGTGGTGTTAGTGAGGCCAGCAGGGGGCGCTCAACCTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	102553	GTTGCTGTTGAAAGTGGTGTTAGTGAGGCCAGCAGGGGGCGCTCAACCTG	102602

AL954383.13	701	CAGTCTGTATTAGTCCTAATGCCCCAGTAAAGTGAAGGGGACACCATACT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	102603	CAGTCTGTATTAGTCCTAATGCCCCAGTAAAGTGAAGGGGACACCATACT	102652

AL954383.13	751	GTCAGTGAGCGCTGTCTTTCGGATGAGACATTAAACCAGGGTCCTGACTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	102653	GTCAGTGAGCGCTGTCTTTCGGATGAGACATTAAACCAGGGTCCTGACTC	102702

AL954383.13	801	TCTGTGGTCATTAAAATCCCATGGCACTTCTTGTAAAGAAGTTCTGGCCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	102703	TCTGTGGTCATTAAAATCCCATGGCACTTCTTGTAAAGAAGTTCTGGCCA	102752

AL954383.13	851	AATTCTCTCTATTGGCCCTAACTGATCATCATCACCTTCCAATCATCCCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	102753	AATTCTCTCTATTGGCCCTAACTGATCATCATCACCTTCCAATCATCCCC	102802

AL954383.13	901	ATCCACCGAATAAGTTCTATTACTTTTCTTCCACTCCACCAATTGCGGGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	102803	ATCCACCGAATAAGTTCTATTACTTTTCTTCCACTCCACCAATTGCGGGT	102852

AL954383.13	951	GTTCGGTGAGTGTGCTGGCACGGTTGTCTTGTGGCTTCCATTGCACACTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	102853	GTTCGGTGAGTGTGCTGGCACGGTTGTCTTGTGGCTTCCATTGCACACTG	102902

AL954383.13	1001	GTGGTCACAGCGTCATCAATATATGTTTTTGTTCATTGTAAATACATGAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	102903	GTGGTCACAGCGTCATCAATATATGTTTTTGTTCATTGTAAATACATGAC	102952

AL954383.13	1051	TTCTAGTGACAAAAATTTGTCTTTAAGTTTTACAACATTTAACTCCAAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	102953	TTCTAGTGACAAAAATTTGTCTTTAAGTTTTACAACATTTAACTCCAAAT	103002

AL954383.13	1101	CAAAATGCCAACCCAGACTCATTATTTATATGTAGCCCTGTATACATTTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	103003	CAAAATGCCAACCCAGACTCATTATTTATATGTAGCCCTGTATACATTTC	103052

AL954383.13	1151	TGGATTTCAATCTCCCCCTTTCCTAAACCCAACTGACATTGTTTTCAAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	103053	TGGATTTCAATCTCCCCCTTTCCTAAACCCAACTGACATTGTTTTCAAAA	103102

AL954383.13	1201	GTAGTGGTAAAAGAAACAGAAGCCATCTGTGGTGTCATACTGTCCCGTTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	103103	GTAGTGGTAAAAGAAACAGAAGCCATCTGTGGTGTCATACTGTCCCGTTC	103152

AL954383.13	1251	ATTTTAAAAGATCATTTTAAAGACAAAATCTAGCCAGATTTACCAGGATT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	103153	ATTTTAAAAGATCATTTTAAAGACAAAATCTAGCCAGATTTACCAGGATT	103202

AL954383.13	1301	ATACAGGGATACATTTTTACAATGAGGTTGTGTTGCAAAATACGTAGACC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	103203	ATACAGGGATACATTTTTACAATGAGGTTGTGTTGCAAAATACGTAGACC	103252

AL954383.13	1351	CTGACAATAATCTAAAAATAGCTGAAAACTATCCTGTTAAAAAGATCTCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	103253	CTGACAATAATCTAAAAATAGCTGAAAACTATCCTGTTAAAAAGATCTCT	103302

AL954383.13	1401	GTACTCTCTATTCTGTGTAATCTTCTAACATTATAGTACATTAGAGAAGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	103303	GTACTCTCTATTCTGTGTAATCTTCTAACATTATAGTACATTAGAGAAGT	103352

AL954383.13	1451	TTTTTTTTGTGTGTAAAATATAAAAAACCTCGAAACACATTTTAAGACCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	103353	TTTTTTTTGTGTGTAAAATATAAAAAACCTCGAAACACATTTTAAGACCA	103402

AL954383.13	1501	AGGACTTCAAGAAAACCTATTTTTTATCATTAATGAAAAAATTTAAATAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	103403	AGGACTTCAAGAAAACCTATTTTTTATCATTAATGAAAAAATTTAAATAA	103452

AL954383.13	1551	AAAAGCTTGTGATAAAAAAATAGGATGGAAGCATAAAACATGAATTTCTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	103453	AAAAGCTTGTGATAAAAAAATAGGATGGAAGCATAAAACATGAATTTCTT	103502

AL954383.13	1601	TCAACTTTAGCCCTGATGAACCCTATACTGCTACAGTGAACATTTGTGCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	103503	TCAACTTTAGCCCTGATGAACCCTATACTGCTACAGTGAACATTTGTGCA	103552

AL954383.13	1651	TTTGTCAGGCTAAAGCATCTGTACTCAGCATGTGTAAACACACTGTATTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	103553	TTTGTCAGGCTAAAGCATCTGTACTCAGCATGTGTAAACACACTGTATTC	103602

AL954383.13	1701	AAGATATATATTAATTTCATGCATTTCTTGAGAACTACATCCATGACCTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	103603	AAGATATATATTAATTTCATGCATTTCTTGAGAACTACATCCATGACCTC	103652

AL954383.13	1751	TGGCTCTAAACACAATGTTATGATCACCAGCAATCTAGCTTTTGCATATC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	103653	TGGCTCTAAACACAATGTTATGATCACCAGCAATCTAGCTTTTGCATATC	103702

AL954383.13	1801	ACTGGAGAATTATCTATCATTCAGTCTAACTACACATCTGCCACTAAACT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	103703	ACTGGAGAATTATCTATCATTCAGTCTAACTACACATCTGCCACTAAACT	103752

AL954383.13	1851	GAACTACATGTCCCATCACACACTTCACTTACACACCAGTTTCCAGATCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	103753	GAACTACATGTCCCATCACACACTTCACTTACACACCAGTTTCCAGATCA	103802

AL954383.13	1901	CCCCTTGATTATGCACAAATATATATATATATATATACACACCACACACC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	103803	CCCCTTGATTATGCACAAATATATATATATATATATACACACCACACACC	103852

AL954383.13	1951	TCCTGACTGAGTCTTGTTTCCCTGTAGTGAGCATTACTAAGTGTTTCCTG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546481.7	103853	TCCTGACTGAGTCTTGTTTCCCTGTAGTGAGCATTACTAAGTGTTTCCTG	103902

Overview

Query
AL954383.13 - 206679 bps
Hit
BX546481.7 - 103902 bps
Total alignments
29
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194920001200011019031039021
288.0598159197959198117170167703251
383.41002216857768797170169703911
479.9282235168331168565-170180704131
586.1574131124730124860-170193703221
610044794350643584171022711001
71003777144217144293171022710981
885.3295178128006128183-172377725531
985.53851521394314094-172400725511
1082.4283183179307179489172400725811
1186.0154145170891171035172920730621
1282.941453916014760537173047734391
1383.964080121570121649174906749861
1490.915577128081128157175693757691
1590.69891288762687753-176530766581
1682.455135120683120817185851859751
1785.34199377122088122464187465878461
1884.75187415122669123083188449888611
1998.683776205287205362-191953920281
201003974144312144385-191954920271
2198.7238789585195928191954920311
221003871174418174488191957920271
2398.864388144313144400-198397984841
2498.8543879583895924-198398984841
2597.673986174418174503-198399984841
2698.8543879583895924198399984851
2798.864388144313144400198399984861
2897.673986174418174503198399984841
2910037681960519672198406984731
Short-link