<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
AL954383.13 1 GAATTCCACTCAAGGTGGCCTGTCTGGATCGTAAAAGCAACATCTCCCCC 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 101903 GAATTCCACTCAAGGTGGCCTGTCTGGATCGTAAAAGCAACATCTCCCCC 101952 AL954383.13 51 TGCTGGTGGTGTTGATGGGCTTGGGTTTAGTTTTTTTACCTGCAGTTGAA 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 101953 TGCTGGTGGTGTTGATGGGCTTGGGTTTAGTTTTTTTACCTGCAGTTGAA 102002 AL954383.13 101 GATCCAAATGAGGAAAATCCCCTAAATCTGATAAAAACTTCTGCAATGAT 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 102003 GATCCAAATGAGGAAAATCCCCTAAATCTGATAAAAACTTCTGCAATGAT 102052 AL954383.13 151 TGTAATAATATGGATTTTATTAATTAGAATGTTTAAAAGAGAAGCATCCT 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 102053 TGTAATAATATGGATTTTATTAATTAGAATGTTTAAAAGAGAAGCATCCT 102102 AL954383.13 201 TATCTTTAATCTTCATATCTAGTAAATAACTAATAACTTGTTGTTTGCCC 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 102103 TATCTTTAATCTTCATATCTAGTAAATAACTAATAACTTGTTGTTTGCCC 102152 AL954383.13 251 ATTGAATACTGTTGTGGACAGTGAGAGGCCTTGTAGTCAAAAAGGCTGAG 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 102153 ATTGAATACTGTTGTGGACAGTGAGAGGCCTTGTAGTCAAAAAGGCTGAG 102202 AL954383.13 301 GAGTTCTGTAATAGATACTGAATTAGAAAGTAATCCTCATAGAAATGACC 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 102203 GAGTTCTGTAATAGATACTGAATTAGAAAGTAATCCTCATAGAAATGACC 102252 AL954383.13 351 ATTAAAGGCACAATATGTAAGTTTATTTTCATTAAAATATCCAAAAATGT 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 102253 ATTAAAGGCACAATATGTAAGTTTATTTTCATTAAAATATCCAAAAATGT 102302 AL954383.13 401 TATATTTTGCTGTGCTTACATTATCCCAAATGTTTCCAAAAATGTTTAAA 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 102303 TATATTTTGCTGTGCTTACATTATCCCAAATGTTTCCAAAAATGTTTAAA 102352 AL954383.13 451 TCCAGCGAGATAAGCAATTTTGAATAGTGTCTCTGACCTTGTCCTGTGTT 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 102353 TCCAGCGAGATAAGCAATTTTGAATAGTGTCTCTGACCTTGTCCTGTGTT 102402 AL954383.13 501 GACATACTAATGATGCACCAATGGTATTTGGCTGCAGATTTGCACATGCA 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 102403 GACATACTAATGATGCACCAATGGTATTTGGCTGCAGATTTGCACATGCA 102452 AL954383.13 551 ATTTCAGACATGCAGTCCACAGCCATATCACCCAGTAGCCCAAGATTGGT 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 102453 ATTTCAGACATGCAGTCCACAGCCATATCACCCAGTAGCCCAAGATTGGT 102502 AL954383.13 601 TACTCATTGAAGCTAAGCAGGGCTTTTGGGAGACCACATGGGGAAACTAG 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 102503 TACTCATTGAAGCTAAGCAGGGCTTTTGGGAGACCACATGGGGAAACTAG 102552 AL954383.13 651 GTTGCTGTTGAAAGTGGTGTTAGTGAGGCCAGCAGGGGGCGCTCAACCTG 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 102553 GTTGCTGTTGAAAGTGGTGTTAGTGAGGCCAGCAGGGGGCGCTCAACCTG 102602 AL954383.13 701 CAGTCTGTATTAGTCCTAATGCCCCAGTAAAGTGAAGGGGACACCATACT 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 102603 CAGTCTGTATTAGTCCTAATGCCCCAGTAAAGTGAAGGGGACACCATACT 102652 AL954383.13 751 GTCAGTGAGCGCTGTCTTTCGGATGAGACATTAAACCAGGGTCCTGACTC 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 102653 GTCAGTGAGCGCTGTCTTTCGGATGAGACATTAAACCAGGGTCCTGACTC 102702 AL954383.13 801 TCTGTGGTCATTAAAATCCCATGGCACTTCTTGTAAAGAAGTTCTGGCCA 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 102703 TCTGTGGTCATTAAAATCCCATGGCACTTCTTGTAAAGAAGTTCTGGCCA 102752 AL954383.13 851 AATTCTCTCTATTGGCCCTAACTGATCATCATCACCTTCCAATCATCCCC 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 102753 AATTCTCTCTATTGGCCCTAACTGATCATCATCACCTTCCAATCATCCCC 102802 AL954383.13 901 ATCCACCGAATAAGTTCTATTACTTTTCTTCCACTCCACCAATTGCGGGT 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 102803 ATCCACCGAATAAGTTCTATTACTTTTCTTCCACTCCACCAATTGCGGGT 102852 AL954383.13 951 GTTCGGTGAGTGTGCTGGCACGGTTGTCTTGTGGCTTCCATTGCACACTG 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 102853 GTTCGGTGAGTGTGCTGGCACGGTTGTCTTGTGGCTTCCATTGCACACTG 102902 AL954383.13 1001 GTGGTCACAGCGTCATCAATATATGTTTTTGTTCATTGTAAATACATGAC 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 102903 GTGGTCACAGCGTCATCAATATATGTTTTTGTTCATTGTAAATACATGAC 102952 AL954383.13 1051 TTCTAGTGACAAAAATTTGTCTTTAAGTTTTACAACATTTAACTCCAAAT 1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 102953 TTCTAGTGACAAAAATTTGTCTTTAAGTTTTACAACATTTAACTCCAAAT 103002 AL954383.13 1101 CAAAATGCCAACCCAGACTCATTATTTATATGTAGCCCTGTATACATTTC 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 103003 CAAAATGCCAACCCAGACTCATTATTTATATGTAGCCCTGTATACATTTC 103052 AL954383.13 1151 TGGATTTCAATCTCCCCCTTTCCTAAACCCAACTGACATTGTTTTCAAAA 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 103053 TGGATTTCAATCTCCCCCTTTCCTAAACCCAACTGACATTGTTTTCAAAA 103102 AL954383.13 1201 GTAGTGGTAAAAGAAACAGAAGCCATCTGTGGTGTCATACTGTCCCGTTC 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 103103 GTAGTGGTAAAAGAAACAGAAGCCATCTGTGGTGTCATACTGTCCCGTTC 103152 AL954383.13 1251 ATTTTAAAAGATCATTTTAAAGACAAAATCTAGCCAGATTTACCAGGATT 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 103153 ATTTTAAAAGATCATTTTAAAGACAAAATCTAGCCAGATTTACCAGGATT 103202 AL954383.13 1301 ATACAGGGATACATTTTTACAATGAGGTTGTGTTGCAAAATACGTAGACC 1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 103203 ATACAGGGATACATTTTTACAATGAGGTTGTGTTGCAAAATACGTAGACC 103252 AL954383.13 1351 CTGACAATAATCTAAAAATAGCTGAAAACTATCCTGTTAAAAAGATCTCT 1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 103253 CTGACAATAATCTAAAAATAGCTGAAAACTATCCTGTTAAAAAGATCTCT 103302 AL954383.13 1401 GTACTCTCTATTCTGTGTAATCTTCTAACATTATAGTACATTAGAGAAGT 1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 103303 GTACTCTCTATTCTGTGTAATCTTCTAACATTATAGTACATTAGAGAAGT 103352 AL954383.13 1451 TTTTTTTTGTGTGTAAAATATAAAAAACCTCGAAACACATTTTAAGACCA 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 103353 TTTTTTTTGTGTGTAAAATATAAAAAACCTCGAAACACATTTTAAGACCA 103402 AL954383.13 1501 AGGACTTCAAGAAAACCTATTTTTTATCATTAATGAAAAAATTTAAATAA 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 103403 AGGACTTCAAGAAAACCTATTTTTTATCATTAATGAAAAAATTTAAATAA 103452 AL954383.13 1551 AAAAGCTTGTGATAAAAAAATAGGATGGAAGCATAAAACATGAATTTCTT 1600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 103453 AAAAGCTTGTGATAAAAAAATAGGATGGAAGCATAAAACATGAATTTCTT 103502 AL954383.13 1601 TCAACTTTAGCCCTGATGAACCCTATACTGCTACAGTGAACATTTGTGCA 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 103503 TCAACTTTAGCCCTGATGAACCCTATACTGCTACAGTGAACATTTGTGCA 103552 AL954383.13 1651 TTTGTCAGGCTAAAGCATCTGTACTCAGCATGTGTAAACACACTGTATTC 1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 103553 TTTGTCAGGCTAAAGCATCTGTACTCAGCATGTGTAAACACACTGTATTC 103602 AL954383.13 1701 AAGATATATATTAATTTCATGCATTTCTTGAGAACTACATCCATGACCTC 1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 103603 AAGATATATATTAATTTCATGCATTTCTTGAGAACTACATCCATGACCTC 103652 AL954383.13 1751 TGGCTCTAAACACAATGTTATGATCACCAGCAATCTAGCTTTTGCATATC 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 103653 TGGCTCTAAACACAATGTTATGATCACCAGCAATCTAGCTTTTGCATATC 103702 AL954383.13 1801 ACTGGAGAATTATCTATCATTCAGTCTAACTACACATCTGCCACTAAACT 1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 103703 ACTGGAGAATTATCTATCATTCAGTCTAACTACACATCTGCCACTAAACT 103752 AL954383.13 1851 GAACTACATGTCCCATCACACACTTCACTTACACACCAGTTTCCAGATCA 1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 103753 GAACTACATGTCCCATCACACACTTCACTTACACACCAGTTTCCAGATCA 103802 AL954383.13 1901 CCCCTTGATTATGCACAAATATATATATATATATATACACACCACACACC 1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 103803 CCCCTTGATTATGCACAAATATATATATATATATATACACACCACACACC 103852 AL954383.13 1951 TCCTGACTGAGTCTTGTTTCCCTGTAGTGAGCATTACTAAGTGTTTCCTG 2000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX546481.7 103853 TCCTGACTGAGTCTTGTTTCCCTGTAGTGAGCATTACTAAGTGTTTCCTG 103902
Overview
- Query
- AL954383.13 - 206679 bps
- Hit
- BX546481.7 - 103902 bps
- Total alignments
- 29
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
| # | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 100 | 1949 | 2000 | 1 | 2000 | 1 | 101903 | 103902 | 1 |
| 2 | 88.05 | 98 | 159 | 197959 | 198117 | 1 | 70167 | 70325 | 1 |
| 3 | 83.4 | 100 | 221 | 68577 | 68797 | 1 | 70169 | 70391 | 1 |
| 4 | 79.92 | 82 | 235 | 168331 | 168565 | -1 | 70180 | 70413 | 1 |
| 5 | 86.15 | 74 | 131 | 124730 | 124860 | -1 | 70193 | 70322 | 1 |
| 6 | 100 | 44 | 79 | 43506 | 43584 | 1 | 71022 | 71100 | 1 |
| 7 | 100 | 37 | 77 | 144217 | 144293 | 1 | 71022 | 71098 | 1 |
| 8 | 85.32 | 95 | 178 | 128006 | 128183 | -1 | 72377 | 72553 | 1 |
| 9 | 85.53 | 85 | 152 | 13943 | 14094 | -1 | 72400 | 72551 | 1 |
| 10 | 82.42 | 83 | 183 | 179307 | 179489 | 1 | 72400 | 72581 | 1 |
| 11 | 86.01 | 54 | 145 | 170891 | 171035 | 1 | 72920 | 73062 | 1 |
| 12 | 82.94 | 145 | 391 | 60147 | 60537 | 1 | 73047 | 73439 | 1 |
| 13 | 83.96 | 40 | 80 | 121570 | 121649 | 1 | 74906 | 74986 | 1 |
| 14 | 90.91 | 55 | 77 | 128081 | 128157 | 1 | 75693 | 75769 | 1 |
| 15 | 90.69 | 89 | 128 | 87626 | 87753 | -1 | 76530 | 76658 | 1 |
| 16 | 82.4 | 55 | 135 | 120683 | 120817 | 1 | 85851 | 85975 | 1 |
| 17 | 85.34 | 199 | 377 | 122088 | 122464 | 1 | 87465 | 87846 | 1 |
| 18 | 84.75 | 187 | 415 | 122669 | 123083 | 1 | 88449 | 88861 | 1 |
| 19 | 98.68 | 37 | 76 | 205287 | 205362 | -1 | 91953 | 92028 | 1 |
| 20 | 100 | 39 | 74 | 144312 | 144385 | -1 | 91954 | 92027 | 1 |
| 21 | 98.72 | 38 | 78 | 95851 | 95928 | 1 | 91954 | 92031 | 1 |
| 22 | 100 | 38 | 71 | 174418 | 174488 | 1 | 91957 | 92027 | 1 |
| 23 | 98.86 | 43 | 88 | 144313 | 144400 | -1 | 98397 | 98484 | 1 |
| 24 | 98.85 | 43 | 87 | 95838 | 95924 | -1 | 98398 | 98484 | 1 |
| 25 | 97.67 | 39 | 86 | 174418 | 174503 | -1 | 98399 | 98484 | 1 |
| 26 | 98.85 | 43 | 87 | 95838 | 95924 | 1 | 98399 | 98485 | 1 |
| 27 | 98.86 | 43 | 88 | 144313 | 144400 | 1 | 98399 | 98486 | 1 |
| 28 | 97.67 | 39 | 86 | 174418 | 174503 | 1 | 98399 | 98484 | 1 |
| 29 | 100 | 37 | 68 | 19605 | 19672 | 1 | 98406 | 98473 | 1 |
