<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX890597.13	1	AAGCTTTGTTTAACATCATAACTCACACACTGTAAATAGAATACTCAGGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	23258	AAGCTTTGTTTAACATCATAACTCACACACTGTAAATAGAATACTCAGGG	23307

BX890597.13	51	TCAGACTACTGTTTGACTTGCCTACAATGGAATTATCCAGTTAAATAATA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	23308	TCAGACTACTGTTTGACTTGCCTACAATGGAATTATCCAGTTAAATAATA	23357

BX890597.13	101	AATTATCGCTAACACGTTTTTGTGTTCCCAGTGTGTATTTGGTATGCATG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	23358	AATTATCGCTAACACGTTTTTGTGTTCCCAGTGTGTATTTGGTATGCATG	23407

BX890597.13	151	TGTTATCACGCTCAGTGAGTCAAACACCAGATCACCTGATGCAGAATTAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	23408	TGTTATCACGCTCAGTGAGTCAAACACCAGATCACCTGATGCAGAATTAA	23457

BX890597.13	201	CAGGAGCTTCGCAGGCAGTTTTCTGGAATACCAATCAGACCCAATATGAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	23458	CAGGAGCTTCGCAGGCAGTTTTCTGGAATACCAATCAGACCCAATATGAA	23507

BX890597.13	251	CATAATTGCTTTTAGTTTGCATATATGGATCACCTGGTGAAAACAAGGCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	23508	CATAATTGCTTTTAGTTTGCATATATGGATCACCTGGTGAAAACAAGGCT	23557

BX890597.13	301	AGCACTAGAAAGCAGGATTGTTCGTCAAGTTGAGCTTTATTGTCATTCCG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	23558	AGCACTAGAAAGCAGGATTGTTCGTCAAGTTGAGCTTTATTGTCATTCCG	23607

BX890597.13	351	CCACATGCGTGGACATATTGTGGAACGAAATGTCATGGCACAGTGCTACA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	23608	CCACATGCGTGGACATATTGTGGAACGAAATGTCATGGCACAGTGCTACA	23657

BX890597.13	401	TGAATAAACATAATCATAAATATGAATACAACACTGGACATAAGAGCTAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	23658	TGAATAAACATAATCATAAATATGAATACAACACTGGACATAAGAGCTAT	23707

BX890597.13	451	GTAAAATCTATACATAACTAATATACCAGAGTGGTAATCTAACTATACAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	23708	GTAAAATCTATACATAACTAATATACCAGAGTGGTAATCTAACTATACAA	23757

BX890597.13	501	ATACTATAAATTTGGGCTTGGCGATCGAAAATCGAGATTCAGACTTTTTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	23758	ATACTATAAATTTGGGCTTGGCGATCGAAAATCGAGATTCAGACTTTTTA	23807

BX890597.13	551	ATTTTTCAAAAATTTTTCCAGGACAGTTTTATCAGTTACTTTTCCTATTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	23808	ATTTTTCAAAAATTTTTCCAGGACAGTTTTATCAGTTACTTTTCCTATTG	23857

BX890597.13	601	CACGTGGAGTCACATGACTTTGTTTTGTTAGGCTGAGGCTGGTTTATACT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	23858	CACGTGGAGTCACATGACTTTGTTTTGTTAGGCTGAGGCTGGTTTATACT	23907

BX890597.13	651	TCCACGTCCACTTTGCAGCCATATCTAATCTTTGGTCAAGCAGGACCATG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	23908	TCCACGTCCACTTTGCAGCCATATCTAATCTTTGGTCAAGCAGGACCATG	23957

BX890597.13	701	GACCCATTCTTGAGCCTTGCTTTGCTTGGAAGCTGCTTCAGAGGTGCCTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	23958	GACCCATTCTTGAGCCTTGCTTTGCTTGGAAGCTGCTTCAGAGGTGCCTT	24007

BX890597.13	751	GAGATGGCATATTATCCATTATATTAAAATTATTACTTGCATTACAATTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	24008	GAGATGGCATATTATCCATTATATTAAAATTATTACTTGCATTACAATTT	24057

BX890597.13	801	TTGTTTACAGAAGATGCAAGAAATGCACTGTTTAAAATATTATTTACATG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	24058	TTGTTTACAGAAGATGCAAGAAATGCACTGTTTAAAATATTATTTACATG	24107

BX890597.13	851	ATATACAAGAGGTTTTTTGTAAGCTATTTAGCAATGTGTGGTTAATTTCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	24108	ATATACAAGAGGTTTTTTGTAAGCTATTTAGCAATGTGTGGTTAATTTCA	24157

BX890597.13	901	GTTGTTCAGCTTTGTAATCAGAGATAGTAGATAGTGTGTGTTTCCTTCAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	24158	GTTGTTCAGCTTTGTAATCAGAGATAGTAGATAGTGTGTGTTTCCTTCAA	24207

BX890597.13	951	TTATTTTAAAATCAAGTAATGCACCCTTTATTCAAAAATCTCTCACTTGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	24208	TTATTTTAAAATCAAGTAATGCACCCTTTATTCAAAAATCTCTCACTTGC	24257

BX890597.13	1001	AATTCGTGAGCACATTTACTGTACCAAATCTATCAGTGAACTATGAGGAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	24258	AATTCGTGAGCACATTTACTGTACCAAATCTATCAGTGAACTATGAGGAC	24307

BX890597.13	1051	AAAAAAATAAATCAATGAAATAATTGTTCATTAATCATAATCAAGTTAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	24308	AAAAAAATAAATCAATGAAATAATTGTTCATTAATCATAATCAAGTTAAA	24357

BX890597.13	1101	ATGTTCAACTAATCGAGATTTAGATTTTTTGGCCAAATCGCCCAGCCCTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	24358	ATGTTCAACTAATCGAGATTTAGATTTTTTGGCCAAATCGCCCAGCCCTA	24407

BX890597.13	1151	CTATAAATAAGAAAACACATAACCTAAGCCAGACTATACAAATACTTTTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	24408	CTATAAATAAGAAAACACATAACCTAAGCCAGACTATACAAATACTTTTA	24457

BX890597.13	1201	CAAGACATAACAATATTGTGGAAGATATTGTGCAAAAGAGGTATTTAAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	24458	CAAGACATAACAATATTGTGGAAGATATTGTGCAAAAGAGGTATTTAAGG	24507

BX890597.13	1251	TTGATGAAAACAAGTAGTGCATCATGAGTGGTATATTCATAAGTAAACAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	24508	TTGATGAAAACAAGTAGTGCATCATGAGTGGTATATTCATAAGTAAACAT	24557

BX890597.13	1301	GATTTTCCTTATTGAGTCCTTGTATGGTGGAGTTTAAGGGAAGTGTCCAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	24558	GATTTTCCTTATTGAGTCCTTGTATGGTGGAGTTTAAGGGAAGTGTCCAG	24607

BX890597.13	1351	TGCATATGGAGAGATAGTGTTTCACGGATGGTTTGTCAAGCCCACTCACC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	24608	TGCATATGGAGAGATAGTGTTTCACGGATGGTTTGTCAAGCCCACTCACC	24657

BX890597.13	1401	TGTGTGAGACACACTCAGAAATGCACAATGTTTTCAAATAGATATAGAGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	24658	TGTGTGAGACACACTCAGAAATGCACAATGTTTTCAAATAGATATAGAGT	24707

BX890597.13	1451	GGTTTTTTTTAGAAAGTGTCTGGTGCAGATGTCTGTTAAAGTGTATCAGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	24708	GGTTTTTTTTAGAAAGTGTCTGGTGCAGATGTCTGTTAAAGTGTATCAGA	24757

BX890597.13	1501	CACTTGCTATACTATTCAGTATGGCTGAGAAAATCACTAAAAGTACATCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	24758	CACTTGCTATACTATTCAGTATGGCTGAGAAAATCACTAAAAGTACATCC	24807

BX890597.13	1551	TGTTTCAAACAGAAAGTGAAAAGTTTGTCTCGTGGAGAAAACTTCTTGTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	24808	TGTTTCAAACAGAAAGTGAAAAGTTTGTCTCGTGGAGAAAACTTCTTGTT	24857

BX890597.13	1601	TTCCAATCTCTGTTGACGTGCCTTCCAAAACCGCACACTAGCAAGAAAAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	24858	TTCCAATCTCTGTTGACGTGCCTTCCAAAACCGCACACTAGCAAGAAAAC	24907

BX890597.13	1651	AAGATGATAGGAATTGAATCATATTATGAGCTATTTGTATTCAGTGGTTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	24908	AAGATGATAGGAATTGAATCATATTATGAGCTATTTGTATTCAGTGGTTC	24957

BX890597.13	1701	GTCTGCCTTTGTGAAAATGTCAGCGAGTGCTATACACACACACACACACG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	24958	GTCTGCCTTTGTGAAAATGTCAGCGAGTGCTATACACACACACACACACG	25007

BX890597.13	1751	CACACACACACATACACACACATAGATGGGCTCGCTGCCCATGTAGGGCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	25008	CACACACACACATACACACACATAGATGGGCTCGCTGCCCATGTAGGGCA	25057

BX890597.13	1801	GAAATGGAGGTGTGTGACTGTTGTGTTTCATTAATATGTCTGTTTCACTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	25058	GAAATGGAGGTGTGTGACTGTTGTGTTTCATTAATATGTCTGTTTCACTT	25107

BX890597.13	1851	GAGAACCACTGTTTACTCTTGTCTTGCAGTTTCTTTACATGCTGGCTCTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	25108	GAGAACCACTGTTTACTCTTGTCTTGCAGTTTCTTTACATGCTGGCTCTC	25157

BX890597.13	1901	TGTCTCGTTTTGGAGCTCGTCGGTGGGATTGTTGCTCTGATTTTTAAGAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	25158	TGTCTCGTTTTGGAGCTCGTCGGTGGGATTGTTGCTCTGATTTTTAAGAA	25207

BX890597.13	1951	CCAGGTACAATCATTGTACTTCTTTTATTTAATTTTAATTTAACTTTATA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX546476.7	25208	CCAGGTACAATCATTGTACTTCTTTTATTTAATTTTAATTTAACTTTATA	25257

Overview

Query
BX890597.13 - 244779 bps
Hit
BX546476.7 - 25257 bps
Total alignments
5
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001942200012000123258252571
286.24621122031522032631247825861
3834499230570230668119393194921
41003235230168230202119456194901
587.763049230219230267119496195441
Short-link