<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX248319.5	1	GAATTCAATTTATCAACCAATCAGTTAATCGATCAATCAATTAATCAATC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	147122	GAATTCAATTTATCAACCAATCAGTTAATCGATCAATCAATTAATCAATC	147171

BX248319.5	51	AATCAATAAATAAATAAATCAATCAGTCCCTATTGATATAGCATCTTCCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	147172	AATCAATAAATAAATAAATCAATCAGTCCCTATTGATATAGCATCTTCCT	147221

BX248319.5	101	ACAACCAAGGTTGACCAAAGGGTTTTACATCAGTATAAACAAATAATACA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	147222	ACAACCAAGGTTGACCAAAGGGTTTTACATCAGTATAAACAAATAATACA	147271

BX248319.5	151	ACACAATTAAATCAAACATTCTATTGCTTATTTTCTTATAGCAGTTAGTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	147272	ACACAATTAAATCAAACATTCTATTGCTTATTTTCTTATAGCAGTTAGTG	147321

BX248319.5	201	ACTCAGGAGTCTTGCCCATAAAATAAGTTAATCACAATTTAGATTGTTTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	147322	ACTCAGGAGTCTTGCCCATAAAATAAGTTAATCACAATTTAGATTGTTTC	147371

BX248319.5	251	AGACAAGCTTTACTGTGGTAAAAAACATATCACAAGACCCGTTGACTATT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	147372	AGACAAGCTTTACTGTGGTAAAAAACATATCACAAGACCCGTTGACTATT	147421

BX248319.5	301	ATAGCTCAATTTAGTTCAGAATGAATTTAAACCCCAAAACATTTGAATAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	147422	ATAGCTCAATTTAGTTCAGAATGAATTTAAACCCCAAAACATTTGAATAA	147471

BX248319.5	351	TGGCATTTGATTAAGGTGTGAATAAAATCATGCATAGTAAGACATTAATA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	147472	TGGCATTTGATTAAGGTGTGAATAAAATCATGCATAGTAAGACATTAATA	147521

BX248319.5	401	TGTGCTTTATTAGTAGTTATATGCAAGTTAATAAACATGTGAGAAATGGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	147522	TGTGCTTTATTAGTAGTTATATGCAAGTTAATAAACATGTGAGAAATGGT	147571

BX248319.5	451	CCCCATGTTAATTGCATTACCAAAGCTTTCATTACAAAAACGTTCCATGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	147572	CCCCATGTTAATTGCATTACCAAAGCTTTCATTACAAAAACGTTCCATGA	147621

BX248319.5	501	TTATTACAGTCCAGATATATTTTACTGAAGATTTTCTTAATATTAATTGC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	147622	TTATTACAGTCCAGATATATTTTACTGAAGATTTTCTTAATATTAATTGC	147671

BX248319.5	551	CTAACCTTTATTTTACATATTGTCAAAAGAGGAACTTTCCAGAATGGTCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	147672	CTAACCTTTATTTTACATATTGTCAAAAGAGGAACTTTCCAGAATGGTCT	147721

BX248319.5	601	GGAAACATTGACATCAATGTTGTCAAGTCGGTTCAGAGTGGATTTAATTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	147722	GGAAACATTGACATCAATGTTGTCAAGTCGGTTCAGAGTGGATTTAATTC	147771

BX248319.5	651	AGCTTAATAAGAGTTTGTCAATAACAACCTTTTTCGTCTATTTTTGAGGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	147772	AGCTTAATAAGAGTTTGTCAATAACAACCTTTTTCGTCTATTTTTGAGGA	147821

BX248319.5	701	TATCTTTTGAAGTAACATATCATTTGAAATTAATCCCACAGAAACCCAAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	147822	TATCTTTTGAAGTAACATATCATTTGAAATTAATCCCACAGAAACCCAAG	147871

BX248319.5	751	TTTTAAAACTTTTAATATATTTCTAGTTATCGTCCTTGGTGAGAACAACC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	147872	TTTTAAAACTTTTAATATATTTCTAGTTATCGTCCTTGGTGAGAACAACC	147921

BX248319.5	801	CGTAAATCTCCTGAGCTGAATGAAGAGAAACCTATGAAAAGCAGGATTGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	147922	CGTAAATCTCCTGAGCTGAATGAAGAGAAACCTATGAAAAGCAGGATTGT	147971

BX248319.5	851	ATTTCTGCTTCAGCCCAATCAATGAGTTTAAAGGGAGGAAGGGGAGAAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	147972	ATTTCTGCTTCAGCCCAATCAATGAGTTTAAAGGGAGGAAGGGGAGAAAA	148021

BX248319.5	901	GTTCTTTGCGCAATTAATAATTCAAGCAGTGTTGTTGTGAAAACCTTCCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	148022	GTTCTTTGCGCAATTAATAATTCAAGCAGTGTTGTTGTGAAAACCTTCCT	148071

BX248319.5	951	CGGTGTCACCAATTATTGTATTCTTACACCTAAGCCAAGCAGCCCCACCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	148072	CGGTGTCACCAATTATTGTATTCTTACACCTAAGCCAAGCAGCCCCACCA	148121

BX248319.5	1001	CTTGCTCTTCAGAGCATGCAAGTGAAAGTGTGAGATCAATCAAATCTGTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	148122	CTTGCTCTTCAGAGCATGCAAGTGAAAGTGTGAGATCAATCAAATCTGTT	148171

BX248319.5	1051	GCTTTGAGATTTAATTAATGTGGTGTGCATACAAACTGTTAAAAGATTTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	148172	GCTTTGAGATTTAATTAATGTGGTGTGCATACAAACTGTTAAAAGATTTA	148221

BX248319.5	1101	TGACAAAATTCAGAATCTTCACATGTACTGACATGCATACTTTCAGCTTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	148222	TGACAAAATTCAGAATCTTCACATGTACTGACATGCATACTTTCAGCTTC	148271

BX248319.5	1151	TAAAGATTTATTTTGATCATTAAAATGATCAGAAGTGACAGTACAGTGTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	148272	TAAAGATTTATTTTGATCATTAAAATGATCAGAAGTGACAGTACAGTGTC	148321

BX248319.5	1201	ATGTTTGGTTTCTGCTCTTTAAATGTTAAGATTGTACTGTGTTAGTTATT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	148322	ATGTTTGGTTTCTGCTCTTTAAATGTTAAGATTGTACTGTGTTAGTTATT	148371

BX248319.5	1251	TATGAGCTGCGTGGAAATGCTCCCTATCTACAATTTAGTGTGTTTATAGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	148372	TATGAGCTGCGTGGAAATGCTCCCTATCTACAATTTAGTGTGTTTATAGC	148421

BX248319.5	1301	TTTATTGCTCTTTATATTCATTCTTTATAGCCATACACATTAGATTAGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	148422	TTTATTGCTCTTTATATTCATTCTTTATAGCCATACACATTAGATTAGTG	148471

BX248319.5	1351	CAGTTTCACTGCTGTCTGAATTCTAAGTGAAAAATTCTGTATATCTGAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	148472	CAGTTTCACTGCTGTCTGAATTCTAAGTGAAAAATTCTGTATATCTGAAA	148521

BX248319.5	1401	ACGCATACTCATTTGAGAAGGTATATTCTGATTAAACAATTTTGCAACTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	148522	ACGCATACTCATTTGAGAAGGTATATTCTGATTAAACAATTTTGCAACTG	148571

BX248319.5	1451	CTAAAAAAGCATATTCTATAAACTCTAAATATCTGTAGTGTGAAAGTAAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	148572	CTAAAAAAGCATATTCTATAAACTCTAAATATCTGTAGTGTGAAAGTAAT	148621

BX248319.5	1501	ATGAACTTATGTCCATATGTAATATATAATATGTAATTTGGACTTTGACA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	148622	ATGAACTTATGTCCATATGTAATATATAATATGTAATTTGGACTTTGACA	148671

BX248319.5	1551	GGTAGGGTTTTGCTCACTTGTTTTGCTCACAATGTTTACTCAAAAATTCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	148672	GGTAGGGTTTTGCTCACTTGTTTTGCTCACAATGTTTACTCAAAAATTCT	148721

BX248319.5	1601	AGTTTTACATTTATAATTAAAGGCAGGTTTACCTCAATACTCAGCTTGAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	148722	AGTTTTACATTTATAATTAAAGGCAGGTTTACCTCAATACTCAGCTTGAG	148771

BX248319.5	1651	GACTAACTGGAAACTCCCCAAAAATAATATTTAAATAACGTATTTTTTCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	148772	GACTAACTGGAAACTCCCCAAAAATAATATTTAAATAACGTATTTTTTCA	148821

BX248319.5	1701	AATCTAATCTGTTCTTGTTTGGATTTTTTTTTTCAATTATTTACATGAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	148822	AATCTAATCTGTTCTTGTTTGGATTTTTTTTTTCAATTATTTACATGAAT	148871

BX248319.5	1751	ATTTTTTTATTCGTTTTAATGAATTTTCTGTTCATTTTATTGAATTAATG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	148872	ATTTTTTTATTCGTTTTAATGAATTTTCTGTTCATTTTATTGAATTAATG	148921

BX248319.5	1801	AATTTCCTGTTATAATTAATAAACAAATGTGACAATAGTGTTTTTATTCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	148922	AATTTCCTGTTATAATTAATAAACAAATGTGACAATAGTGTTTTTATTCT	148971

BX248319.5	1851	TTATTTTTAAATAAAATGAAAAAGTAAATGAAAAGCCTGACAATCTACAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	148972	TTATTTTTAAATAAAATGAAAAAGTAAATGAAAAGCCTGACAATCTACAC	149021

BX248319.5	1901	TGTAAAAAATGCAGGGTTCCACACAATTCATTCATGTTGTCCCAACACAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	149022	TGTAAAAAATGCAGGGTTCCACACAATTCATTCATGTTGTCCCAACACAA	149071

BX248319.5	1951	ATTGATTAAGTAAACACTTTTAACAAATTTATGTGGATTGAACGTAAAAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545918.4	149072	ATTGATTAAGTAAACACTTTTAACAAATTTATGTGGATTGAACGTAAAAA	149121

Overview

Query
BX248319.5 - 193173 bps
Hit
BX545918.4 - 149121 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100188020001200011471221491211
276.35180894191458192351136512771
391.220728457436026-1859288751
4100871179933299448110816109321
583.0161148182751182898-116768169201
685.861953669268193046-143411437851
786.79601081839318500-143681437861
885.48120249192077192325149420496601
994.74611338245782589155079552111
1079.489328299821100102174589748611
1181.33118374126835127208177238776121
1284.6149316182583182898-1997981001281
1379.337123618393186281998011000371
147977280998011000801998671001471
1587.598113614599314612811211501212861
1690.59419609966579726511239191245241
1792.48610829971739800111244821253061
1881.859227316295216322411377341379921
1988.7312721112201712222711378271380391
2082.54227499157729158227-11424351429321
2185.33101217129951321111432921435161
Short-link