<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL450331.13	140944	GAATTCTCAACTGAGGAATACCAAATGTTTGAGAAGCACTTGAAAAAATG	140895
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	99407	GAATTCTCAACTGAGGAATACCAAATGTTTGAGAAGCACTTGAAAAAATG	99456

C  AL450331.13	140894	TTCAACATCCTTAATCATCATGGAAATGCAAATCAAAAAATCCCTGAGAT	140845
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	99457	TTCAACATCCTTAATCATCATGGAAATGCAAATCAAAAAATCCCTGAGAT	99506

C  AL450331.13	140844	TTTACCTCACACAAGTCAGAATGGCTAGGATCAAAAATTCAGGTGACAGC	140795
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	99507	TTTACCTCACACAAGTCAGAATGGCTAGGATCAAAAATTCAGGTGACAGC	99556

C  AL450331.13	140794	AGATGCTGGCAAGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCCTTTCTGGTC	140745
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	99557	AGATGCTGGCAAGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCCTTTCTGGTC	99606

C  AL450331.13	140744	ACATTGAGAGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGTGGTTCCTGA	140695
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	99607	ACATTGAGAGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGTGGTTCCTGA	99656

C  AL450331.13	140694	GAAAACTGGACATAGTACTACCAGAAGATCCAGCAATACGTCTCCTGGGC	140645
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	99657	GAAAACTGGACATAGTACTACCAGAAGATCCAGCAATACGTCTCCTGGGC	99706

C  AL450331.13	140644	ATATACCCAGATTTTCCAACTGGTAAGAAGGACACATGTTCCACTATGTT	140595
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	99707	ATATACCCAGATTTTCCAACTGGTAAGAAGGACACATGTTCCACTATGTT	99756

C  AL450331.13	140594	CATAGCAGCCCTATTTATAATAGCCAGAAGTTGAAAAGAACCCAGATGTC	140545
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	99757	CATAGCAGCCCTATTTATAATAGCCAGAAGTTGAAAAGAACCCAGATGTC	99806

C  AL450331.13	140544	TCTCAACAAAGAATGGATACAGAAAATGTGGTAGATTTACACAGTTGAGT	140495
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	99807	TCTCAACAAAGAATGGATACAGAAAATGTGGTAGATTTACACAGTTGAGT	99856

C  AL450331.13	140494	ACTACTCAGCTATTAAAAACAACGAATTTATGAAAATTCTGGACAAATGG	140445
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	99857	ACTACTCAGCTATTAAAAACAACGAATTTATGAAAATTCTGGACAAATGG	99906

C  AL450331.13	140444	ATGTATATGGAGGATATCATCCTGAGTGATGTAACCCACTCACAAAAGAA	140395
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	99907	ATGTATATGGAGGATATCATCCTGAGTGATGTAACCCACTCACAAAAGAA	99956

C  AL450331.13	140394	GTCAATTGATATTCAGTCACTGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAACCTAG	140345
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	99957	GTCAATTGATATTCAGTCACTGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAACCTAG	100006

C  AL450331.13	140344	AATACCCAAAATACAATTTCAAAAACACAGGAAAATCAAGAAGAAGGAAG	140295
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	100007	AATACCCAAAATACAATTTCAAAAACACAGGAAAATCAAGAAGAAGGAAG	100056

C  AL450331.13	140294	ACCAACGCGTGGATACTTCATTCCTCCCTAGAATAGGGAATAAAATACCC	140245
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	100057	ACCAACGCGTGGATACTTCATTCCTCCCTAGAATAGGGAATAAAATACCC	100106

C  AL450331.13	140244	ATGGAAGGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGCTAAAACGAAAGAACGGAT	140195
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	100107	ATGGAAGGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGCTAAAACGAAAGAACGGAT	100156

C  AL450331.13	140194	CATCCAGAGACTGCCCCACCCAGGGGTCCTTCACATAATTAGCCACCAAA	140145
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	100157	CATCCAGAGACTGCCCCACCCAGGGGTCCTTCACATAATTAGCCACCAAA	100206

C  AL450331.13	140144	CCCAGAAACTATTGCATATGCCAGCAAGGATTTATTGAAAGGACCCTGAT	140095
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	100207	CCCAGAAACTATTGCATATGCCAGCAAGGATTTATTGAAAGGACCCTGAT	100256

C  AL450331.13	140094	ATACCTGTCTCTTGTGAGGCTATACCAGTGCCTGGCGAACACAGAAGTGG	140045
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	100257	ATACCTGTCTCTTGTGAGGCTATACCAGTGCCTGGCGAACACAGAAGTGG	100306

C  AL450331.13	140044	ATGCTCACAGTCATCTATAGGATAGAACACAGGGTCCCAAATGGAGGAGC	139995
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	100307	ATGCTCACAGTCATCTATAGGATAGAACACAGGGTCCCAAATGGAGGAGC	100356

C  AL450331.13	139994	TAGAAAAAATACTCTGTCTCTCTCTGTCTCTGTCTCTCTCTCTGTGTCTC	139945
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	100357	TAGAAAAAATACTCTGTCTCTCTCTGTCTCTGTCTCTCTCTCTGTGTCTC	100406

C  AL450331.13	139944	TCTCTCTCTTTTCTTTTTCTCTTTATTCTCAAAGCAATCTTTTTCAGAAG	139895
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	100407	TCTCTCTCTTTTCTTTTTCTCTTTATTCTCAAAGCAATCTTTTTCAGAAG	100456

C  AL450331.13	139894	AAAGAAGCTAATATTTTTGGACTGAAACTAGAGCCTACTTTGTAGCTCCT	139845
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	100457	AAAGAAGCTAATATTTTTGGACTGAAACTAGAGCCTACTTTGTAGCTCCT	100506

C  AL450331.13	139844	GTGTATGCATTCCTGATGACCTTTCCGTCTATCTATGCAGATGACATAGA	139795
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	100507	GTGTATGCATTCCTGATGACCTTTCCGTCTATCTATGCAGATGACATAGA	100556

C  AL450331.13	139794	AGCTAGTTTGTGTTCCTGCTATGATCAACTTACCTAATAACCTTAACATT	139745
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	100557	AGCTAGTTTGTGTTCCTGCTATGATCAACTTACCTAATAACCTTAACATT	100606

C  AL450331.13	139744	CAAAGGACTATAACATAGAGTGAATTTTTGAAAACCTACTTAAAGCATTT	139695
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	100607	CAAAGGACTATAACATAGAGTGAATTTTTGAAAACCTACTTAAAGCATTT	100656

C  AL450331.13	139694	ATGAGCTTTTGTAATGAAAACCAGAAGTAGAGTTCCGTATTTCCCTTCAT	139645
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	100657	ATGAGCTTTTGTAATGAAAACCAGAAGTAGAGTTCCGTATTTCCCTTCAT	100706

C  AL450331.13	139644	CAGAAAAATGAAACTTCTGTGTTCAGTTCCTTTTCTTCTTTACCTCCAGA	139595
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	100707	CAGAAAAATGAAACTTCTGTGTTCAGTTCCTTTTCTTCTTTACCTCCAGA	100756

C  AL450331.13	139594	CACTGCATCATGAATACTCTATCTCAAGCCAATGGCACCTTTGCCATCCA	139545
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	100757	CACTGCATCATGAATACTCTATCTCAAGCCAATGGCACCTTTGCCATCCA	100806

C  AL450331.13	139544	TCTTTTGAAGGTGCTCTGTCAAGACAACCCTTCAAAAAATGTGTGTTATT	139495
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	100807	TCTTTTGAAGGTGCTCTGTCAAGACAACCCTTCAAAAAATGTGTGTTATT	100856

C  AL450331.13	139494	CTCCTATGAGCATCTCCTCTGCTCTAGCCATGGTTCTCTTGGGTGCTAAG	139445
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	100857	CTCCTATGAGCATCTCCTCTGCTCTAGCCATGGTTCTCTTGGGTGCTAAG	100906

C  AL450331.13	139444	GGAGACACTGCAGTCCAGATATGTCAGGTACGTTCCCTGTAAAACCATAC	139395
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	100907	GGAGACACTGCAGTCCAGATATGTCAGGTACGTTCCCTGTAAAACCATAC	100956

C  AL450331.13	139394	CCTTGTCACATGCACAAGAGCTGCTGAGAAAGATCAGTAGATGTTAAATT	139345
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	100957	CCTTGTCACATGCACAAGAGCTGCTGAGAAAGATCAGTAGATGTTAAATT	101006

C  AL450331.13	139344	TTAAATGGTAAAATTGACCCTGGTTGTGCTATTTTGATTCAACTTTCATT	139295
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	101007	TTAAATGGTAAAATTGACCCTGGTTGTGCTATTTTGATTCAACTTTCATT	101056

C  AL450331.13	139294	TTGAAGCTCATGAATTTAACTTGACTTATTCCTTACTCTGATTATAACTT	139245
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	101057	TTGAAGCTCATGAATTTAACTTGACTTATTCCTTACTCTGATTATAACTT	101106

C  AL450331.13	139244	CATGTTTTTCTTTGTCCAAAAGCCTCTTTGAAGCTGGAAAATCCCTAGGC	139195
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	101107	CATGTTTTTCTTTGTCCAAAAGCCTCTTTGAAGCTGGAAAATCCCTAGGC	101156

C  AL450331.13	139194	TACTTGCTCCTAGACTCAGCCAATCACATTACAAGTTAGGCAGCACTGTT	139145
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	101157	TACTTGCTCCTAGACTCAGCCAATCACATTACAAGTTAGGCAGCACTGTT	101206

C  AL450331.13	139144	TATCTAGATAGGCTATGCTACTGTTTGTGGTTTTTCCCATGAAAATACTG	139095
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	101207	TATCTAGATAGGCTATGCTACTGTTTGTGGTTTTTCCCATGAAAATACTG	101256

C  AL450331.13	139094	GTCCTGGTAACTGCCTAGGATTGCAGCTTGGATCCTGTCTCCTGCATCCA	139045
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	101257	GTCCTGGTAACTGCCTAGGATTGCAGCTTGGATCCTGTCTCCTGCATCCA	101306

C  AL450331.13	139044	TAATTAATAGGTATTGGAATGTGTGTTCAATAAACAAGCAAGATCCAACT	138995
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	101307	TAATTAATAGGTATTGGAATGTGTGTTCAATAAACAAGCAAGATCCAACT	101356

C  AL450331.13	138994	GAGATTGTTGTCTGAGTTGTTTGTGTAACTGATCCTGAACCCTAGCATAG	138945
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX545914.7	101357	GAGATTGTTGTCTGAGTTGTTTGTGTAACTGATCCTGAACCCTAGCATAG	101406

Overview

Query
AL450331.13 - 140944 bps
Hit
BX545914.7 - 101406 bps
Total alignments
221
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019672000138945140944-1994071014061
298.29448949717558780557-1149741
373.2831290107224108513-1302642971
485.713884107128107211-1433044131
593.834491582011105611687515289111131
694.4456957935645962251-15317111131
789.9434665334283713370415757111131
885.2561121066858680671575769661
984.29227532120326120857-1575762911
1087.71495863119116119978-1659874601
1189.57213233527215175502-16916102731
1285.88179334016261766017-16947103671
1380.05117397106622107018-1746578701
1489.5111211726337613548619025107591
1583.63895187912194512382319232111131
1695.39109213001130019813111131
1790.6243647208772150-110296103591
1887.484397337104171773-110375111091
1988.77385603103365103967-110517111131
2091.82293153549335807110797111131
2191.521730456745977110808111131
2290.341832687181872085-110843111111
2390.2812719453855578110929111131
2496.73541062246261768840-111111173191
2586.6657811246067461797111949130651
2685.855481124111537112660-111949130651
2786.0459012042830629509-111950131451
2886.21327694120326121019112546132411
2990.9141666668666751-113080131451
3084.85431016679366893-113153132511
3184.7620754213112711116923113920181121
3283.32184641712956933739113928180991
3383.82148333027216075461-113930172171
3485.2211741955641160605-113938181121
3585.149912037116963118999-114446164651
3681.7281021033375635858115979181111
3786.3410571926121945123870116186181111
3887.95163282110431110712-116472167531
3996.48834962139983140944-116860178241
4094.5443567209372148-117251173051
4197.99241726405375656395-117309199491
4279.662647707100471773-117327180981
4379.821083167176972084-117790181111
4496.4751876075110870116944-119949260361
4590.3224637056746043-119954203251
4698.54552960375639662432119955259891
4797.261212135311353-119965213191
4889.682113177176972085119971202901
4988.67129920983376135858-119971221071
5083.7110092147121724123870-119971221001
5188.99417649103319103967119972206161
5287.1313524053855624-119972202041
5386.584427777099771773119977207581
5489.27367958552788533739-119983258711
5584.06474962139983140944120255212261
5686.69186933836261765999120766241631
5789.62214533527215175502120860242121
5884.8610112055116945118999121602236491
5979.55114397106622107018123257236621
6087475863119116119978123667245281
6184.5852612026685868059-124170253691
6289.2831576679366849-125397254521
6376.38873706636666735-125403257831
6496.91172519525182453775-126068280441
6596.399117104854112451608-128031385551
6693.413691119027119117130340304301
6797.592074823039116945139983-130413534741
6876.5199409126096126504-130580309921
6995.39298635763754241117-138603421911
7095.04100122127930128051141341414611
7191.371411973709537291142193423891
7291.88144197127500127696142193423891
7395.121011223827338394142400425221
7494.2697121128991129111142401425221
7589.655798643666737530-142512433811
7693.4155197128063128259142756429521
7788.864326933585936551-143394440751
7883.191513543550735860-146576469321
7986.294398035559356395146578473791
8083.99101021315641258542146578487261
8181.911273087176972076146578468921
8283.05611134711347-146578479221
8383.559822129114794116922-146578487241
8479.662156253311533739-146590472181
8579.82897981814518942-146812476131
8686.99560959139983140941146866478261
8783.8971115253396835492-146978485041
8885.1266313296261763945147369487261
8986.5758210407215173190147463485041
9090.11186282110432110713147936482181
9183.291834103184632255-148085484971
9285.2234495116945117439148206487251
9384.253637566611866873148746495011
9486.952885686668667253149421499871
9585.422755992830628904149529501251
9686.5456810492902730075150305513521
9786.82815396752968067150305508571
9886.835771049112177113225150305513521
9987.0258310496010961157-150305513521
10085.982835457495875502-150807513481
10187.973045146550466017-150838513521
10283.897721633009332255151429535941
10385.1911572317113243115559151429537431
10485.71119323175777560091-151429537431
10585.76118023076318065486-151429537441
10683.299023147262374936-151429537431
10785.613937713375534525152966537431
10886.41414790121724122513152979537431
10998.7140464499106219110717-153458579321
11093.14558120223120280-155428554851
11175.811077427679677537-155639563861
11274.6754384112012112395156008563901
11377.91652606106361322-156008562651
11475.23513292891729245156064563901
11583.19471187611376230-156941570591
11686.77601202981129930156944570641
11785.7155118112964113081156947570651
11886.73561126025960370-156947570591
11993.8918022911331361157927581551
12085.9811522154045624157927581401
12196.02193226116708116933157927581521
12296.021932265640156626-157927581521
12390.24137203103319103521-157936581401
12497.6137168106062106229-158151583171
12598.156724726598720105984-158315655991
12689.214196393310133739160327609651
12787.293816417099771637-160327609711
12889.214296516961346160328609761
12989.83441651116271116921160328609761
13089.674386515641357063-160328609761
13189.262323653549335857160614609761
13290.6824836256746035160625609891
13390.222153167177072085-160660609761
13485.7812824153855625160746609771
13598.8111859125787704189618-165598781791
13695.531892259030090524-168662688851
13796.312122439003590277-168849690921
13889.481101707811778286-172752729221
13979.9487299108215108513-177683779811
14093.05168231110759110989178181784101
14194.09210272110718110989178352786221
14292.62198272110718110989178564788341
14392.99201272110718110989178776790461
14492.62198272110718110989178988792581
14599.4759026230110718116947179200854301
14696.31529062205639662615-179200854211
14789.19367058492789133739179509853931
14876.11833706636666735179591799711
14989.2831576679366849179922799771
15084.352012056685868062180005812081
1517548383107762108144-180495808781
15287.15481863119116119978-180845817081
15390.07219233527215175502-181163845161
15486.68188234016261766017-181194846101
15585.5960119107087107205-181447815641
15678.88116451106622107072-181655821181
15784.7210012055116945118999-181726837731
15889.97114317263376135486183268850021
15983.619982145121726123870183277854051
16088.93178280110432110711-183763840421
16195.771159136511365184056854231
16283.95462962139983140944-184150851211
16386.844467777099771773-184618853991
16488.65410647103319103965-184762854041
16587.982193663549335858185040854051
16689.5424037056746043185051854231
16787.811943177176972085-185086854051
16883.2711526353855647185172854281
16998.4613322144386261777054-185426998631
17078.752278417448975329-186142869741
17187.8191533362952832863186976903271
17290.1221793354112680116033186978903271
17390.06217433545730160654-186978903271
17485.76282557119105119661-186978875391
17584.27153533016271066010-187016903271
17679.472478337550676338-187151879881
17786.465197107115107211-187259873541
17882.88372053116947118999-187544895841
17988.4874812423375734998189078903271
18086.255751042121945122986189288903271
18192.823454581458189869903271
18287.44218363140581140943-189962903271
18387.538643288632949190328903911
18485.9434653502135085190328903911
18593.1141576263162687-190328903851
18686.341783253553935863190393907141
18787.74191311103325103635-190393907021
18879.61109315123549123863190394907021
18978.62983105560555914-190394906971
19085.294137855571341190705914861
19186.974457773296233738190705914791
19289.232483893509835486190705910941
19378.77242780123085123864190705914861
19485.934277855641857202-190705914861
19578.58153501139983140483-190705912131
19685.79345643103324103966-190853914861
19783.11199530119611120140194417949551
19885.2458712752830629580-194417956831
19985.25571203111523112725-194422956171
2008658712006061261811194425956171
20183.11350776120949121724195603963781
20289.4831566184061895195627956831
20389.483156111439111494-195627956831
20497.5635416676166801-195633956731
20591.113045120872120916195675957191
20697.5636416680366843-195675957151
20779.251414392796828406-195691961191
20875.68863816184662226195741961101
20975.6886381111108111488-195741961101
21085.65202739281127111166381964591003681
21183.851787390329569334711964671003681
21284.28153633117215175461-196469997701
21385.95206039105669660605-1964771003681
21485.4210152049116963119011-196977990131
21583.09759173733756354921985231002551
21685.695018591217241235821985351003681
21786.83153282110431110712-199020993001
21883.164781058610631993181003681
21998.844835165588056395-1998531003681
22078.711615047127071773-1998711003681
22199.71100410394819749235-11003681014061
Short-link