<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX545918.4	1	AAGCTTCATCAAACTCCATTTGCAGAGAGCTGTAAGTACATAATGTGTAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	45817	AAGCTTCATCAAACTCCATTTGCAGAGAGCTGTAAGTACATAATGTGTAC	45866

BX545918.4	51	ATATAAAAGACATTTGCTTGTTTCCAAAAACAGCTATACGGAGTGCAGCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	45867	ATATAAAAGACATTTGCTTGTTTCCAAAAACAGCTATACGGAGTGCAGCT	45916

BX545918.4	101	GAATGCAGCGGTCTTGATATGAATGTTTTTTTAAATGAACTGCTTTCACT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	45917	GAATGCAGCGGTCTTGATATGAATGTTTTTTTAAATGAACTGCTTTCACT	45966

BX545918.4	151	TGTCATTAAATATCCAATTATGTTGATTTTACATTATCAAGGCTTAGAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	45967	TGTCATTAAATATCCAATTATGTTGATTTTACATTATCAAGGCTTAGAAA	46016

BX545918.4	201	GAGCAACATTTAGTATGGTGGTGAACGTCTGAACAATTGTCAGTTGCTAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	46017	GAGCAACATTTAGTATGGTGGTGAACGTCTGAACAATTGTCAGTTGCTAA	46066

BX545918.4	251	AGTCATTTGCTACATCCCAATTCACTTTATTTTTGTACATACTTATAAAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	46067	AGTCATTTGCTACATCCCAATTCACTTTATTTTTGTACATACTTATAAAT	46116

BX545918.4	301	GCACAGTAGAAGAGAAGGAAAGATTTAAGACTTATTGATCTTTAAAAGAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	46117	GCACAGTAGAAGAGAAGGAAAGATTTAAGACTTATTGATCTTTAAAAGAC	46166

BX545918.4	351	CAACCTTACAATATACTACCTGACAAAAGCCTTGCCGTTGATCCCAGTTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	46167	CAACCTTACAATATACTACCTGACAAAAGCCTTGCCGTTGATCCCAGTTG	46216

BX545918.4	401	TAAGAGTAACAAATAACTTGACTTCTAGTTGATCATTTGGAAAAATGTCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	46217	TAAGAGTAACAAATAACTTGACTTCTAGTTGATCATTTGGAAAAATGTCA	46266

BX545918.4	451	GTGGGTCGATTTTTCCGATGAATCATCTGTTGCTCTGAATCCCAATCATT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	46267	GTGGGTCGATTTTTCCGATGAATCATCTGTTGCTCTGAATCCCAATCATT	46316

BX545918.4	501	ACAAATACTGCAGACGTTCTCTTGGAACCCGCATGGACCCCAGATTTTCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	46317	ACAAATACTGCAGACGTTCTCTTGGAACCCGCATGGACCCCAGATTTTCA	46366

BX545918.4	551	CAGAACACAGTCAAGTTTGGTGAAGTACAAATCATCATTTGGGGTTAAAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	46367	CAGAACACAGTCAAGTTTGGTGAAGTACAAATCATCATTTGGGGTTAAAT	46416

BX545918.4	601	TCAGTATGGGGTGTGTGAGAGATCTGCAGAGTGGATGGCAACATCAACAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	46417	TCAGTATGGGGTGTGTGAGAGATCTGCAGAGTGGATGGCAACATCAACAG	46466

BX545918.4	651	CCTGAGGTATCAAGACATTTGTGCTGCCCATTACATTACAAACCACAGGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	46467	CCTGAGGTATCAAGACATTTGTGCTGCCCATTACATTACAAACCACAGGA	46516

BX545918.4	701	GAGGGCACATTCTTTAGCATGATAGCACTCCTTCTCATACTTTAGCCTCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	46517	GAGGGCACATTCTTTAGCATGATAGCACTCCTTCTCATACTTTAGCCTCC	46566

BX545918.4	751	ACCTCAAAGTTCCTAAAAAGCAAAGAAGGTCAAGGTGCTCCAGGATTGGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	46567	ACCTCAAAGTTCCTAAAAAGCAAAGAAGGTCAAGGTGCTCCAGGATTGGC	46616

BX545918.4	801	CAGCCCAGTCACCAGACATGAACATCATTAAGCATGTCTGGGATAAGATG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	46617	CAGCCCAGTCACCAGACATGAACATCATTAAGCATGTCTGGGATAAGATG	46666

BX545918.4	851	AAGAAGGAGGCATTGAAAATGACTCCAAAGAATCTTGATGTCCTGCAAGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	46667	AAGAAGGAGGCATTGAAAATGACTCCAAAGAATCTTGATGTCCTGCAAGA	46716

BX545918.4	901	ACTTTTTTTGCCATTCCAGATGATTACTTTAATAAGTTATTTGAGTCATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	46717	ACTTTTTTTGCCATTCCAGATGATTACTTTAATAAGTTATTTGAGTCATT	46766

BX545918.4	951	GCAGAGATGTATGGATGCAGTCCTCCTAGCTCATGGGAGTCATACACAAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	46767	GCAGAGATGTATGGATGCAGTCCTCCTAGCTCATGGGAGTCATACACAAT	46816

BX545918.4	1001	ATTCATTCTTTTTTCACTGGACCATAACATTGTATTCTATAATGTACATT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	46817	ATTCATTCTTTTTTCACTGGACCATAACATTGTATTCTATAATGTACATT	46866

BX545918.4	1051	ATTTCTGTTAAATGACAAGACTTTTGTCTAAGCAAAGCCATACTGTCCTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	46867	ATTTCTGTTAAATGACAAGACTTTTGTCTAAGCAAAGCCATACTGTCCTA	46916

BX545918.4	1101	TTTAAATAATTAAAATCAAGGCATAATCATATTTACTTTTGGTAAAATAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	46917	TTTAAATAATTAAAATCAAGGCATAATCATATTTACTTTTGGTAAAATAA	46966

BX545918.4	1151	GTGTAATCAAGTGGCCTTTTCCTCTTAAATAAGCCACTTCTAATACCAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	46967	GTGTAATCAAGTGGCCTTTTCCTCTTAAATAAGCCACTTCTAATACCAAA	47016

BX545918.4	1201	TGGTCAACTAGAAGTCAAGTTATTATTTATTGTTCTTAAAACTTGGATAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	47017	TGGTCAACTAGAAGTCAAGTTATTATTTATTGTTCTTAAAACTTGGATAG	47066

BX545918.4	1251	GCAACAAGACTTTAGTTAGGTAGTGTACATAAAAAAATACATCCTGCATA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	47067	GCAACAAGACTTTAGTTAGGTAGTGTACATAAAAAAATACATCCTGCATA	47116

BX545918.4	1301	ACAGAACTGGCCTTATAATGGCCTATACACCTCCCTAGATAGATACGTTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	47117	ACAGAACTGGCCTTATAATGGCCTATACACCTCCCTAGATAGATACGTTT	47166

BX545918.4	1351	ATCTACTCTTTTCTAATGTTGTTATTTAAAGGAGACCATTGCAAAGATGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	47167	ATCTACTCTTTTCTAATGTTGTTATTTAAAGGAGACCATTGCAAAGATGT	47216

BX545918.4	1401	GCAGTGTGTTTTCCCAAATCTTGCCACTATACATTGTCTAGTTTTCTTCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	47217	GCAGTGTGTTTTCCCAAATCTTGCCACTATACATTGTCTAGTTTTCTTCT	47266

BX545918.4	1451	GAGCCATTGGGTGTCAGTTTTTTTTTTTGAATATTGTATCGCATATTGAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	47267	GAGCCATTGGGTGTCAGTTTTTTTTTTTGAATATTGTATCGCATATTGAA	47316

BX545918.4	1501	TATCTCATTGCTTAGCATGCTAACAAAATTTTTTTTCTCAATATTGCACA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	47317	TATCTCATTGCTTAGCATGCTAACAAAATTTTTTTTCTCAATATTGCACA	47366

BX545918.4	1551	GCATTAGTTATTTGGTTCATGGTTGTTTGCTGCCTGACCTGACCTTGAGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	47367	GCATTAGTTATTTGGTTCATGGTTGTTTGCTGCCTGACCTGACCTTGAGC	47416

BX545918.4	1601	CTGTTTCTTGGATTACCCTTTTGTATTTTTCCTGAATTTTTCTTTTGTCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	47417	CTGTTTCTTGGATTACCCTTTTGTATTTTTCCTGAATTTTTCTTTTGTCT	47466

BX545918.4	1651	TTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGATTATCCGTTTGTTATGCATTTTAATA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	47467	TTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGATTATCCGTTTGTTATGCATTTTAATA	47516

BX545918.4	1701	ATAAAGCTGCATGTGGATCTTCAACTCCATTATCATACTCCATTTGTAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	47517	ATAAAGCTGCATGTGGATCTTCAACTCCATTATCATACTCCATTTGTAAA	47566

BX545918.4	1751	ACAGGATCAAGCAGATTTTGATTTCTCCTTTCGTCACCACTATTTGTATA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	47567	ACAGGATCAAGCAGATTTTGATTTCTCCTTTCGTCACCACTATTTGTATA	47616

BX545918.4	1801	TAAAGAAATAACATTTATACTAGTTAAATATTGCTGCTGCTTTGAATTCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	47617	TAAAGAAATAACATTTATACTAGTTAAATATTGCTGCTGCTTTGAATTCT	47666

BX545918.4	1851	TTTATTATAAGGTGAGTGTGGCAAGCAGTTTTAAAGACTGCAGGATTTTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	47667	TTTATTATAAGGTGAGTGTGGCAAGCAGTTTTAAAGACTGCAGGATTTTC	47716

BX545918.4	1901	CTACTGTATAGTGCTTGAATTATATAGCTGCCCAGAGGTTTTGCATATGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	47717	CTACTGTATAGTGCTTGAATTATATAGCTGCCCAGAGGTTTTGCATATGC	47766

BX545918.4	1951	ACCCAATGAGTGTTACGACTTTTCTTGAAAATATGATGCAAGGCTTGACA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX545852.5	47767	ACCCAATGAGTGTTACGACTTTTCTTGAAAATATGATGCAAGGCTTGACA	47816

Overview

Query
BX545918.4 - 149121 bps
Hit
BX545852.5 - 47816 bps
Total alignments
13
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001933200012000145817478161
277.61973624341643777118824191761
386.18711239121791339-119833199551
498.4155631676216824120312203741
578.23682629109091351121406216761
697.733744125411125454-121591216341
798.3933621746117522-141114411751
898.7339795507855156-141174412521
910034699559695664141174412421
1010031642167621739141175412381
1192.97421285507955206145101452281
1296.3434829558595666-145122452031
1310031642167621739-145164452271
Short-link