<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX936387.9	71220	TATATATTTTTTATTGTTTATGACTGAAACATGGGGTGAATATACAGATA	71171
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	201437	TATATATTTTTTATTGTTTATGACTGAAACATGGGGTGAATATACAGATA	201486

C  BX936387.9	71170	GTGGATTAATCATATTAAAATCAAGATTAAATTCAAATAGATTGATGTTA	71121
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	201487	GTGGATTAATCATATTAAAATCAAGATTAAATTCAAATAGATTGATGTTA	201536

C  BX936387.9	71120	GTGAACGATAACCCAGTTGTATATAATAGTTAATGCTGCTAATAAGATGA	71071
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	201537	GTGAACGATAACCCAGTTGTATATAATAGTTAATGCTGCTAATAAGATGA	201586

C  BX936387.9	71070	GGCAAAAAAAAATCAAGACATAATTGTGAGTGTTTCATTTTCTCTTATTT	71021
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	201587	GGCAAAAAAAAATCAAGACATAATTGTGAGTGTTTCATTTTCTCTTATTT	201636

C  BX936387.9	71020	TCTTTTCCCTCAAGACATTTGATATCAGTAGGTGGAATGAATCACATTCA	70971
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	201637	TCTTTTCCCTCAAGACATTTGATATCAGTAGGTGGAATGAATCACATTCA	201686

C  BX936387.9	70970	ACCTCCCTCACCTGAGCATGCAAGCTCACACACACACGCGCACAACCTGG	70921
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	201687	ACCTCCCTCACCTGAGCATGCAAGCTCACACACACACGCGCACAACCTGG	201736

C  BX936387.9	70920	ATTCACAAGCAACCTATTTTTAAGGCAGCTCTTTCTTATGTTTTACAGGT	70871
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	201737	ATTCACAAGCAACCTATTTTTAAGGCAGCTCTTTCTTATGTTTTACAGGT	201786

C  BX936387.9	70870	GGATAATCACGTTCTCGAGCAAATCTCTTTCTTTTTTCGCCTCTAAAGTC	70821
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	201787	GGATAATCACGTTCTCGAGCAAATCTCTTTCTTTTTTCGCCTCTAAAGTC	201836

C  BX936387.9	70820	ACTCATCAGGGAATCTGCATTTCAATTCCCCGACAAATTTGTAGCACAAA	70771
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	201837	ACTCATCAGGGAATCTGCATTTCAATTCCCCGACAAATTTGTAGCACAAA	201886

C  BX936387.9	70770	GGCTCAATCAAAGTTTCTGGATCAGAGGAGGATCAGAGTGATGAAAAGTT	70721
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	201887	GGCTCAATCAAAGTTTCTGGATCAGAGGAGGATCAGAGTGATGAAAAGTT	201936

C  BX936387.9	70720	GTAGAGGATCTGAGATGAAAGTGGCAGACGAGGCCGCTTGTAAAGGTGAC	70671
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	201937	GTAGAGGATCTGAGATGAAAGTGGCAGACGAGGCCGCTTGTAAAGGTGAC	201986

C  BX936387.9	70670	ATTAGAGGCTGTTTTTACCCTGTATGCAGACTAATGAGCAGCCAAAGACA	70621
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	201987	ATTAGAGGCTGTTTTTACCCTGTATGCAGACTAATGAGCAGCCAAAGACA	202036

C  BX936387.9	70620	AAGAGAAAGAGAGAGAGAGCACTGTCAAGCATATTTTCCTCTTCAAACAC	70571
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	202037	AAGAGAAAGAGAGAGAGAGCACTGTCAAGCATATTTTCCTCTTCAAACAC	202086

C  BX936387.9	70570	TCAGAACCGCCCATACAGAGCTTTTACGCAGCCCCGTCTACTTCAAAAGG	70521
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	202087	TCAGAACCGCCCATACAGAGCTTTTACGCAGCCCCGTCTACTTCAAAAGG	202136

C  BX936387.9	70520	CCCAATTCTTCATTCTCCTAAAGAGGTGAGCCGGTGTATTTTTAGTCCCA	70471
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	202137	CCCAATTCTTCATTCTCCTAAAGAGGTGAGCCGGTGTATTTTTAGTCCCA	202186

C  BX936387.9	70470	GTCTTCATTAAAACATCCTGATGATGCTTCATACACCCTGTTCTTTTATG	70421
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	202187	GTCTTCATTAAAACATCCTGATGATGCTTCATACACCCTGTTCTTTTATG	202236

C  BX936387.9	70420	CCATTATCAATGTCATCCTTTCGGGTGTTACAGACCAGCATGTGATGAAA	70371
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	202237	CCATTATCAATGTCATCCTTTCGGGTGTTACAGACCAGCATGTGATGAAA	202286

C  BX936387.9	70370	AGTGTTCGGTTAGGGCTTGCTTTGAAGTGCTGTACTACACAAACTCTGAA	70321
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	202287	AGTGTTCGGTTAGGGCTTGCTTTGAAGTGCTGTACTACACAAACTCTGAA	202336

C  BX936387.9	70320	TCTCCAAAGCTGCTCAACATCTCTGACATCTCATTAAAGAGTCTGAGACA	70271
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	202337	TCTCCAAAGCTGCTCAACATCTCTGACATCTCATTAAAGAGTCTGAGACA	202386

C  BX936387.9	70270	TGGACTGACATGTTTCCCCTAATTGCGCCTTGATCTATCGCTATATGTGA	70221
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	202387	TGGACTGACATGTTTCCCCTAATTGCGCCTTGATCTATCGCTATATGTGA	202436

C  BX936387.9	70220	GTGAGAGTAAAAATCCATCACGCATATTAATGTACTCAAAGGGCAGGTAG	70171
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	202437	GTGAGAGTAAAAATCCATCACGCATATTAATGTACTCAAAGGGCAGGTAG	202486

C  BX936387.9	70170	ATTCCAGTATGTTATCATACAGACTTAGCATTGAAAATGAATGGGTTATA	70121
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	202487	ATTCCAGTATGTTATCATACAGACTTAGCATTGAAAATGAATGGGTTATA	202536

C  BX936387.9	70120	TGTAAGGTTACTTCTTGGTTTAAACCAAATTTTGCATTTCTAGCAAACTG	70071
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	202537	TGTAAGGTTACTTCTTGGTTTAAACCAAATTTTGCATTTCTAGCAAACTG	202586

C  BX936387.9	70070	TATGCTCTGCTGCTGGTCATTGTACAACTTGGCTGATTCAAGCAAACCGG	70021
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	202587	TATGCTCTGCTGCTGGTCATTGTACAACTTGGCTGATTCAAGCAAACCGG	202636

C  BX936387.9	70020	TTACACACTGGATCAGAACTGTACTGTATTGCCAATTTGCAGGGACGAAC	69971
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	202637	TTACACACTGGATCAGAACTGTACTGTATTGCCAATTTGCAGGGACGAAC	202686

C  BX936387.9	69970	TTATAAACAACTCGTTACTAATAAAAAACGTATACATTTTCTTATAAAAG	69921
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	202687	TTATAAACAACTCGTTACTAATAAAAAACGTATACATTTTCTTATAAAAG	202736

C  BX936387.9	69920	GTAAGTAGTTTGCTCAAACATGAAAATTTTACCATCATTTACCTTCCACT	69871
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	202737	GTAAGTAGTTTGCTCAAACATGAAAATTTTACCATCATTTACCTTCCACT	202786

C  BX936387.9	69870	TGTTATCCACTTATATCAACAGCTTTAGCTAGCTGTCTAATAGCACTATG	69821
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	202787	TGTTATCCACTTATATCAACAGCTTTAGCTAGCTGTCTAATAGCACTATG	202836

C  BX936387.9	69820	GATAGACGCTGAATGGTGCCAACAATGTGTGCACAGAGGGCTGGGCGATA	69771
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	202837	GATAGACGCTGAATGGTGCCAACAATGTGTGCACAGAGGGCTGGGCGATA	202886

C  BX936387.9	69770	ATTCGATATCGATAATTATCACGATATAAAATTTTTCGATAAAACGATAA	69721
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	202887	ATTCGATATCGATAATTATCACGATATAAAATTTTTCGATAAAACGATAA	202936

C  BX936387.9	69720	TGACAGTTCGATAATTGCTTGATAATATTTACGCACTATGCGTAATGTTG	69671
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	202937	TGACAGTTCGATAATTGCTTGATAATATTTACGCACTATGCGTAATGTTG	202986

C  BX936387.9	69670	AAGGAGTTAGAAAGAAATAAGGTAAAAAAGAGGTCAGTCACAGACATTGT	69621
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	202987	AAGGAGTTAGAAAGAAATAAGGTAAAAAAGAGGTCAGTCACAGACATTGT	203036

C  BX936387.9	69620	GGACAAGAAACGTCACTAGACTTCATGAGCTACTTAGTTTTTCCCTATCC	69571
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	203037	GGACAAGAAACGTCACTAGACTTCATGAGCTACTTAGTTTTTCCCTATCC	203086

C  BX936387.9	69570	GACACAAAACAGAGAAACGTGTTTCTTAGTGACTCGTGTCATCAAAAGCA	69521
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	203087	GACACAAAACAGAGAAACGTGTTTCTTAGTGACTCGTGTCATCAAAAGCA	203136

C  BX936387.9	69520	GGCAACACCACGACCTGTTTCACAATGTAAAACAAGACCACCCTTAAAAA	69471
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	203137	GGCAACACCACGACCTGTTTCACAATGTAAAACAAGACCACCCTTAAAAA	203186

C  BX936387.9	69470	AGATGCTAAGAAATTACAGACAAAAACAAGTGTTGGCAAATCAGCGCAGC	69421
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	203187	AGATGCTAAGAAATTACAGACAAAAACAAGTGTTGGCAAATCAGCGCAGC	203236

C  BX936387.9	69420	TACCCAGCAGAGTCTCATGTCATCATTTTTGAAAGCCGTGCCTTACGAGA	69371
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	203237	TACCCAGCAGAGTCTCATGTCATCATTTTTGAAAGCCGTGCCTTACGAGA	203286

C  BX936387.9	69370	AAAAAACCCCGAAAAGACAGACGCAAGATGTGACAGACAACACAATCTTA	69321
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	203287	AAAAAACCCCGAAAAGACAGACGCAAGATGTGACAGACAACACAATCTTA	203336

C  BX936387.9	69320	ATCACATCTCAACGAACACTTGATGCTTGCTGTAAACTACAGGCTGCATC	69271
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	203337	ATCACATCTCAACGAACACTTGATGCTTGCTGTAAACTACAGGCTGCATC	203386

C  BX936387.9	69270	ATTTAAGGGTATTTGTTAAGACAATAATAAGATCTTTTGATGTCAAGCTT	69221
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX544871.4	203387	ATTTAAGGGTATTTGTTAAGACAATAATAAGATCTTTTGATGTCAAGCTT	203436

Overview

Query
BX936387.9 - 71220 bps
Hit
BX544871.4 - 203436 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195820006922171220-12014372034361
282.721303176125561571-1472950521
385.31552996125961557113677139821
484.461142401142311662-114740149901
586.751162454913849382118354186021
689.16961713160631776118485186501
786.651793396499365331130333306691
883.881232661219712462-151698519701
984.581553631479615158161121614831
1091.33981502022020369173197733461
1182.441313983345033847-193298936841
1282.441795271478415310193298938211
1380.9910940851825589-193301937051
1487.88911674951349679-193301934651
1582.081283844480845191193301936851
1677.7428810891137412462-196660977641
1783.74172364612066156911146601150341
1882.732045571483815394-11182601188151
1984.121523635182554411184671188251
2081.51130399334403383811184781188611
2188.1383161495214968111187101188691
2288.82105161653326549211428311429911
2383.8841791228812466-12007402009181
Short-link