<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX813307.3	1	AGAGGTCATGAGTTCTATTCCCAGCAACCACATAGTGGCTCACAATCATC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	153753	AGAGGTCATGAGTTCTATTCCCAGCAACCACATAGTGGCTCACAATCATC	153802

BX813307.3	51	TGTAATGGGATGCGATTCTCTCTTCTGGTATGTCAGTGACAGTGTGCTCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	153803	TGTAATGGGATGCGATTCTCTCTTCTGGTATGTCAGTGACAGTGTGCTCA	153852

BX813307.3	101	TATACATACATAAAGAAATCTTTTAAAAAGATTTGCACCTGCTTCTGGGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	153853	TATACATACATAAAGAAATCTTTTAAAAAGATTTGCACCTGCTTCTGGGT	153902

BX813307.3	151	GCAGGTGACTCCTTCTGACCACTGGCCAAGCAATAAGGGTCTCAGCTGAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	153903	GCAGGTGACTCCTTCTGACCACTGGCCAAGCAATAAGGGTCTCAGCTGAG	153952

BX813307.3	201	TGGGGAAAGCTTTATCTTTGGTTTATCTTTCTCTCAGCTACAGGATTTCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	153953	TGGGGAAAGCTTTATCTTTGGTTTATCTTTCTCTCAGCTACAGGATTTCA	154002

BX813307.3	251	GGTTTGCAGGCACAAGTGTCTCTTCCTCTAGACTGAAGCCCCTATGGGCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	154003	GGTTTGCAGGCACAAGTGTCTCTTCCTCTAGACTGAAGCCCCTATGGGCA	154052

BX813307.3	301	GGACCCACGTCCTTGTTAGGTCTGTGCTGCCAGCAGCCAGTACAGAGGCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	154053	GGACCCACGTCCTTGTTAGGTCTGTGCTGCCAGCAGCCAGTACAGAGGCT	154102

BX813307.3	351	GTCCATAGCAAGACTGGAAAGATTATTTGTATAATGGTGGGAACTGTCCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	154103	GTCCATAGCAAGACTGGAAAGATTATTTGTATAATGGTGGGAACTGTCCT	154152

BX813307.3	401	CAGACAGCTATAAAACCACAGTCCCCAATTGAACATCCTCTCTTCCACTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	154153	CAGACAGCTATAAAACCACAGTCCCCAATTGAACATCCTCTCTTCCACTC	154202

BX813307.3	451	TCTCCGTCCAGTTTTGCTTCATAAATCAATGACTAGGGGGCTCTGGAACT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	154203	TCTCCGTCCAGTTTTGCTTCATAAATCAATGACTAGGGGGCTCTGGAACT	154252

BX813307.3	501	TCAGGGAAGGCACTTCATTTCAGTCTGCAGACCCCCATGTGTGGGAGAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	154253	TCAGGGAAGGCACTTCATTTCAGTCTGCAGACCCCCATGTGTGGGAGAAA	154302

BX813307.3	551	TGAAGCTTTCCATTATTTCTTTTAAATCAAAATAAATTGGATTCTGATTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	154303	TGAAGCTTTCCATTATTTCTTTTAAATCAAAATAAATTGGATTCTGATTT	154352

BX813307.3	601	CTCACATGATTGGGTTGGAGGACTTGTGATTCCAGCCATAATAATGGAGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	154353	CTCACATGATTGGGTTGGAGGACTTGTGATTCCAGCCATAATAATGGAGC	154402

BX813307.3	651	ATTTCCCTGGCATCTGAACAGTGAGACCGGAGATCCACGCCCACCATCAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	154403	ATTTCCCTGGCATCTGAACAGTGAGACCGGAGATCCACGCCCACCATCAC	154452

BX813307.3	701	TGTCAGCCCAACCACAGCAGCCAAGTCAGCCATGAAGGCTTGTCATGAAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	154453	TGTCAGCCCAACCACAGCAGCCAAGTCAGCCATGAAGGCTTGTCATGAAC	154502

BX813307.3	751	CTGGCCCTGCACTCTCTTCCAACACCAGGGCCCGGAGTGGTGGCTTTGGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	154503	CTGGCCCTGCACTCTCTTCCAACACCAGGGCCCGGAGTGGTGGCTTTGGC	154552

BX813307.3	801	TTCTTAGAATCCATCAAACCAGTGTCTCCCTATGGGACCTCACTGTCTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	154553	TTCTTAGAATCCATCAAACCAGTGTCTCCCTATGGGACCTCACTGTCTTT	154602

BX813307.3	851	AGTGCCTATGGCATTGCTGAAACACCTTCCTCAGAAGGACATTGTCTTAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	154603	AGTGCCTATGGCATTGCTGAAACACCTTCCTCAGAAGGACATTGTCTTAA	154652

BX813307.3	901	TCGGTGTTCTGTTGCTGTGAAGAGACACCATAACCATAGAAATTCATATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	154653	TCGGTGTTCTGTTGCTGTGAAGAGACACCATAACCATAGAAATTCATATT	154702

BX813307.3	951	AAAGACAGCATTTAACTGAGGCTGGCTTACCGTTTCAGTGGGTTAGTCCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	154703	AAAGACAGCATTTAACTGAGGCTGGCTTACCGTTTCAGTGGGTTAGTCCC	154752

BX813307.3	1001	TTAGCTTCATGGCAGACAGCGTGGAGGCACACAGGCAGACATGGCACCTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	154753	TTAGCTTCATGGCAGACAGCGTGGAGGCACACAGGCAGACATGGCACCTG	154802

BX813307.3	1051	AGAGTCTTACACCTTTGAAGGCAATGGGAAGAAAGACTCTGGGACTGACT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	154803	AGAGTCTTACACCTTTGAAGGCAATGGGAAGAAAGACTCTGGGACTGACT	154852

BX813307.3	1101	TGGGCTTTTGAAACCCCAAAGCCCACTCCCAGTGACACACCGTCTCTAAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	154853	TGGGCTTTTGAAACCCCAAAGCCCACTCCCAGTGACACACCGTCTCTAAC	154902

BX813307.3	1151	AAGGCCATGCCTACTACAACAAGGATCCATCTTCTAATCCTCCTCAAGTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	154903	AAGGCCATGCCTACTACAACAAGGATCCATCTTCTAATCCTCCTCAAGTA	154952

BX813307.3	1201	GTGCCATTCCCTCATGACCAAGCAGTCAAATATTTGAGTCTATTGGAGCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	154953	GTGCCATTCCCTCATGACCAAGCAGTCAAATATTTGAGTCTATTGGAGCC	155002

BX813307.3	1251	ACTTTTATTCACCACAATTCCACCACATTCCGCTCCCTGGCTCCTGTAGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	155003	ACTTTTATTCACCACAATTCCACCACATTCCGCTCCCTGGCTCCTGTAGG	155052

BX813307.3	1301	CTTATAGCCACATCATAATGCAAAAATGCATTTAGTCCAACTTCAGAAGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	155053	CTTATAGCCACATCATAATGCAAAAATGCATTTAGTCCAACTTCAGAAGT	155102

BX813307.3	1351	CCCCATAGTCTAGGCCGAGCATGGTGGCACATGCCTTTAATTCCAACATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	155103	CCCCATAGTCTAGGCCGAGCATGGTGGCACATGCCTTTAATTCCAACATT	155152

BX813307.3	1401	TGGGAGGTAGAAGCAGGTGTACAGGGCACAGGGACAATATCGCCTCTGAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	155153	TGGGAGGTAGAAGCAGGTGTACAGGGCACAGGGACAATATCGCCTCTGAA	155202

BX813307.3	1451	AACCAAGAACCAGGCAAATATAATTAGCACAGTATTGGAAGGTTTTAAAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	155203	AACCAAGAACCAGGCAAATATAATTAGCACAGTATTGGAAGGTTTTAAAG	155252

BX813307.3	1501	ATTTATTTCTATAAAATAAAATAAATCCATGTCTGCCTGCATGCTGCCAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	155253	ATTTATTTCTATAAAATAAAATAAATCCATGTCTGCCTGCATGCTGCCAT	155302

BX813307.3	1551	GCTTTCTGCCATGACACTAATGGACTCTGCACTATAAACTAGCCTCAATT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	155303	GCTTTCTGCCATGACACTAATGGACTCTGCACTATAAACTAGCCTCAATT	155352

BX813307.3	1601	AAACATTTCCCCTTATAAGACTTGCCATGAGCCGGGTGGTGGTGGCGCAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	155353	AAACATTTCCCCTTATAAGACTTGCCATGAGCCGGGTGGTGGTGGCGCAT	155402

BX813307.3	1651	GCCTTTGATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	155403	GCCTTTGATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTC	155452

BX813307.3	1701	GAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	155453	GAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACA	155502

BX813307.3	1751	GAGAAACCCTGTCTCAAAAACCAAAAAAAAAAATAAATAATAATAAAAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	155503	GAGAAACCCTGTCTCAAAAACCAAAAAAAAAAATAAATAATAATAAAAAA	155552

BX813307.3	1801	AGACTTGCCATGGTCATGGTGCCTCTTCATAGCAACAAAACTCTAACTAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	155553	AGACTTGCCATGGTCATGGTGCCTCTTCATAGCAACAAAACTCTAACTAA	155602

BX813307.3	1851	CATGTATGTGCACATGGGTGCACATGCTAAGGCACGTATGTGGAGGTCAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	155603	CATGTATGTGCACATGGGTGCACATGCTAAGGCACGTATGTGGAGGTCAG	155652

BX813307.3	1901	GGGGCAGCTTGTGGGAGCTGGTTTCCTCTGTCAGGCATGCAGGTTCCAGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	155653	GGGGCAGCTTGTGGGAGCTGGTTTCCTCTGTCAGGCATGCAGGTTCCAGA	155702

BX813307.3	1951	CTGAACTCAGACCGCAGGCTTGGTGCAGAGCTTTTACCTGTTGAGTGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539342.9	155703	CTGAACTCAGACCGCAGGCTTGGTGCAGAGCTTTTACCTGTTGAGTGATC	155752

Overview

Query
BX813307.3 - 30174 bps
Hit
BX539342.9 - 155752 bps
Total alignments
33
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199620001200011537531557521
287.5898173162918011270128771
392.0695126306331881330634311
488.199170162917981495151181
589.449414215502156431644665871
692.1611315216311782-1645266041
790.5110715816301787113864140211
890.58961381550215639-113885140221
993.759111230553166-113886139971
1095.549511216301741-118561186721
1194.411414316391781-120776209181
1290.84911331550815640120776209061
1389.589814416391782123676238191
1488.829816316391801125671258401
1594.1612215316311783142612427651
1685.98931662012920294-171720718831
1791.4910214216391780-173174733141
1893.79612216391760173791739171
1990.8510715216301781-181220813721
2091.67981321550915640181220813511
2188.97941451549615640185945860891
2292.0610914916391787-185951861011
2390.559012730543180185975861011
2491.89112416421765191075911961
2586.75911512012720277194383945331
2685.811402731022410496198679989671
2784.6594186201272031211180811182691
2886.29911671387314039-11180821182561
2992.7510713816391776-11334521335891
3088.541031572012720283-11387521389081
3189.931041491525915407-11387601389081
3288.7610116116391799-11484451486041
3391.3710013830513188-11553821555201
Short-link