<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX324001.6	1	GAATTCACTTTTATTTGTATAGCGCTTTTAAACTGAAACAGTGTAGTTCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	97689	GAATTCACTTTTATTTGTATAGCGCTTTTAAACTGAAACAGTGTAGTTCA	97738

BX324001.6	51	GTTTTCAAAATTTTAGTTCAGTTCAGTTTAGCTCAGTTCAGTGTGGTTTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	97739	GTTTTCAAAATTTTAGTTCAGTTCAGTTTAGCTCAGTTCAGTGTGGTTTA	97788

BX324001.6	101	ATAGTCACTACAGAGAGTCCAAACAATGAAGAGCAAATCCATCGATGCGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	97789	ATAGTCACTACAGAGAGTCCAAACAATGAAGAGCAAATCCATCGATGCGC	97838

BX324001.6	151	AGCACTACAGATCCCGAACCATGCAAGTCAGTGGCGACAGTGGCGAGAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	97839	AGCACTACAGATCCCGAACCATGCAAGTCAGTGGCGACAGTGGCGAGAAA	97888

BX324001.6	201	AAAAACTTACCAATTAGGGAAAGATTAGTGATGCAAAAAAAATGTTTCGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	97889	AAAAACTTACCAATTAGGGAAAGATTAGTGATGCAAAAAAAATGTTTCGT	97938

BX324001.6	251	TGATTGATTTATTTGGGAGTCTTCGAGCAAATAAGATAAAAATTCATGCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	97939	TGATTGATTTATTTGGGAGTCTTCGAGCAAATAAGATAAAAATTCATGCA	97988

BX324001.6	301	TATTGTGGTGGAACGGTGGCTCAGTGGTTAGCACTGTTGCTTCACAGGAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	97989	TATTGTGGTGGAACGGTGGCTCAGTGGTTAGCACTGTTGCTTCACAGGAA	98038

BX324001.6	351	TAAGGTGTTCAGTTGAGTGACTTATTTAGGAGTCTTTGGGCCCGTTGGCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	98039	TAAGGTGTTCAGTTGAGTGACTTATTTAGGAGTCTTTGGGCCCGTTGGCA	98088

BX324001.6	401	TTTTTGCGTTGTTCTCCTCGTGTTTTTTTTTTTTACCACAGTCCAAAGAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	98089	TTTTTGCGTTGTTCTCCTCGTGTTTTTTTTTTTTACCACAGTCCAAAGAC	98138

BX324001.6	451	TTAGGTGACATGGGTGAATTGGGTAAACAAAATATGCCTTGGTGTTTGTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	98139	TTAGGTGACATGGGTGAATTGGGTAAACAAAATATGCCTTGGTGTTTGTG	98188

BX324001.6	501	TGTGAATGTGAGTGTGTGGGTGTTTCCCAATATAGGGTTGCAGCTGGAGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	98189	TGTGAATGTGAGTGTGTGGGTGTTTCCCAATATAGGGTTGCAGCTGGAGG	98238

BX324001.6	551	GGCATCTGCTGTGTGAACATATGCTGGAATAGTTGGCGGTTCATTCAGCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	98239	GGCATCTGCTGTGTGAACATATGCTGGAATAGTTGGCGGTTCATTCAGCT	98288

BX324001.6	601	GTAAGGCTCCTGATGAATAAGGGACTAAGCTCAAGGAGAATGAATGAATG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	98289	GTAAGGCTCCTGATGAATAAGGGACTAAGCTCAAGGAGAATGAATGAATG	98338

BX324001.6	651	AATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGCATATTATAACTGTGCGTTTAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	98339	AATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGCATATTATAACTGTGCGTTTAC	98388

BX324001.6	701	ACAGAGGGCAGAAAGAGCATCAAAGTTTGCTCTGGGGTGCGTTTCCCAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	98389	ACAGAGGGCAGAAAGAGCATCAAAGTTTGCTCTGGGGTGCGTTTCCCAAA	98438

BX324001.6	751	CAACAATGTAACTCTGAACTCGTCATAGTATGATGCATTGGTAGGACAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	98439	CAACAATGTAACTCTGAACTCGTCATAGTATGATGCATTGGTAGGACAAA	98488

BX324001.6	801	GAACGATGTAGTGACTGTGTTTCCCAAAACCCGTAATTTATGCATGCACT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	98489	GAACGATGTAGTGACTGTGTTTCCCAAAACCCGTAATTTATGCATGCACT	98538

BX324001.6	851	TGTTTTCCATATTAATTAAAATATATGTGAATGGCAGATACAGGGCCTAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	98539	TGTTTTCCATATTAATTAAAATATATGTGAATGGCAGATACAGGGCCTAT	98588

BX324001.6	901	GTTTCCTTTACAAATATTATTGAGAATATAACATATCCTATTCTAAAACA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	98589	GTTTCCTTTACAAATATTATTGAGAATATAACATATCCTATTCTAAAACA	98638

BX324001.6	951	TAAAATCACTTACAAAAGCTAACATATTCTAATATCATATATAAATCATA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	98639	TAAAATCACTTACAAAAGCTAACATATTCTAATATCATATATAAATCATA	98688

BX324001.6	1001	TAAATAAATAAACAATAAGGCTATTCATTAAAAAATGAAATATAATATGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	98689	TAAATAAATAAACAATAAGGCTATTCATTAAAAAATGAAATATAATATGT	98738

BX324001.6	1051	ATTATTTATTAGAAAATTAATAAATCGTACTTTAATAATATTAATAATGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	98739	ATTATTTATTAGAAAATTAATAAATCGTACTTTAATAATATTAATAATGA	98788

BX324001.6	1101	TAATGATTATTATTAATAAGTAGGATAGTTTTTTTTTTTTTCAAGTCTAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	98789	TAATGATTATTATTAATAAGTAGGATAGTTTTTTTTTTTTTCAAGTCTAC	98838

BX324001.6	1151	TTTTACAATTTGTTCTAACCAACAGGCCCATGTCATATACAGTAGAGATA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	98839	TTTTACAATTTGTTCTAACCAACAGGCCCATGTCATATACAGTAGAGATA	98888

BX324001.6	1201	CTTAATAAATAATTTACTAAAAAAATTAAAAGCATTACCGTATGCTGTGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	98889	CTTAATAAATAATTTACTAAAAAAATTAAAAGCATTACCGTATGCTGTGT	98938

BX324001.6	1251	TTTTTTGTTTTCACAAGCTTTGGAGATGTAACGTAAATTCCACCTTTAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	98939	TTTTTTGTTTTCACAAGCTTTGGAGATGTAACGTAAATTCCACCTTTAAA	98988

BX324001.6	1301	TAATTGGTCACCTATAGATTTTGTCATGAGACTGTGTTCAAAATTACATC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	98989	TAATTGGTCACCTATAGATTTTGTCATGAGACTGTGTTCAAAATTACATC	99038

BX324001.6	1351	AATGTTTTCAAAGTGCACTGCAAAGGGAGCGCAATTGTAAACATGAAGAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	99039	AATGTTTTCAAAGTGCACTGCAAAGGGAGCGCAATTGTAAACATGAAGAT	99088

BX324001.6	1401	TGCTAAAACTGAACAATAAAGCAAATTACACCTAAGAGTAAAGACTTTAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	99089	TGCTAAAACTGAACAATAAAGCAAATTACACCTAAGAGTAAAGACTTTAA	99138

BX324001.6	1451	TGCTTTATTATTTTTAATCATTCCAAGTTTAAATGTTAGAATGTTCTAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	99139	TGCTTTATTATTTTTAATCATTCCAAGTTTAAATGTTAGAATGTTCTAAA	99188

BX324001.6	1501	TGAATAGCGCATAGGGGGGATATGTGGGAATGAAACACAGCCAGGAACTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	99189	TGAATAGCGCATAGGGGGGATATGTGGGAATGAAACACAGCCAGGAACTA	99238

BX324001.6	1551	TGTTTCCAACTACAGCTCCAGAGATGTAGTTGCAAGTGCACAAGTTTGCG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	99239	TGTTTCCAACTACAGCTCCAGAGATGTAGTTGCAAGTGCACAAGTTTGCG	99288

BX324001.6	1601	ATGCAGTTTGCGAATGTTCGTTGCAATATTCAAACCCTTGCGAACAACTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	99289	ATGCAGTTTGCGAATGTTCGTTGCAATATTCAAACCCTTGCGAACAACTG	99338

BX324001.6	1651	TGGTCAGAACCAAAGTTCACAGAATGTGTTCTCTCTGGACTCCTCTCAAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	99339	TGGTCAGAACCAAAGTTCACAGAATGTGTTCTCTCTGGACTCCTCTCAAG	99388

BX324001.6	1701	CGGTGAACTTCTACATTCCTATTGCTTACCGCCAAACTGCATCATAGCTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	99389	CGGTGAACTTCTACATTCCTATTGCTTACCGCCAAACTGCATCATAGCTC	99438

BX324001.6	1751	ATTACCATAAAGTTGACCTGATTTCAACTTTCATTGACGCCCACATCAGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	99439	ATTACCATAAAGTTGACCTGATTTCAACTTTCATTGACGCCCACATCAGC	99488

BX324001.6	1801	TAAGACGTGTCGCTCCTCGTCCCATTAAAAATGAATGACTTCCAGCTACT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	99489	TAAGACGTGTCGCTCCTCGTCCCATTAAAAATGAATGACTTCCAGCTACT	99538

BX324001.6	1851	TTGAAGCTCTCGCCATACAATTCCTTCATGATCCCAACAGAAACTGATAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	99539	TTGAAGCTCTCGCCATACAATTCCTTCATGATCCCAACAGAAACTGATAA	99588

BX324001.6	1901	ATTTAACAAAAATGTTTTTACAAATATAAGTGATTGAACAAAAAACAATT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	99589	ATTTAACAAAAATGTTTTTACAAATATAAGTGATTGAACAAAAAACAATT	99638

BX324001.6	1951	AAGTATTGAAAAAAAAACTCAGAATTGTGTTGTTTTAACTCATTTTAAAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539338.4	99639	AAGTATTGAAAAAAAAACTCAGAATTGTGTTGTTTTAACTCATTTTAAAT	99688

Overview

Query
BX324001.6 - 147684 bps
Hit
BX539338.4 - 99688 bps
Total alignments
35
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001928200012000197689996881
288.6663986419864295-1125613521
378.6751150131865132014-112126122751
481.75601376418164317112131122671
510037702399924068115485155541
685501049824898351126331264301
798.77408148464926135089351691
810038797816178239135094351721
910038787864078717-135095351721
1010037777816478240-135096351721
111003777138927139003-135096351721
1298.7237796582165899135096351731
1310037777863978715135096351721
141003776138928139003135096351711
1581.25581529844998600141917420601
1684.29611227649976620-149263493831
1793.64861109824098349-149412495211
1882.98202477101081101557156843573061
1998.774281138923139003159985600651
2010045867816378248-159988600731
2197.7541892397524063159988600761
2298.7338806581965898159988600661
2397.7541892397524063-159989600771
2498.8640887861078697-159989600761
2598.85388648414926159989600751
2698.8640887861078697159989600761
2798.85388648414926-159990600761
2810045867816378248159992600771
2998.7338806581965898-159999600771
301003777138927139003-160000600761
3183.67282593116845117437160866614471
3282.2163508104640105147174600751161
3385.2653142116165116306-174867750221
3485.39921774117341349197719978961
3580.95491291502515153-198211983361
Short-link