<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX649362.6	1	CTAGTGGCGTCAATAAAGTTCGTAGCCTACCTTCGTCGATCACTTTTTCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	176075	CTAGTGGCGTCAATAAAGTTCGTAGCCTACCTTCGTCGATCACTTTTTCC	176124

BX649362.6	51	TTCCGAGATCGAGGTTTTCTTGTCTGAGGTGAGGATCAACTACAGCTGAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	176125	TTCCGAGATCGAGGTTTTCTTGTCTGAGGTGAGGATCAACTACAGCTGAT	176174

BX649362.6	101	GTTTCCTTCGACACGGAGCCCTAAACACCTGCTTTAAAGAATCCACACAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	176175	GTTTCCTTCGACACGGAGCCCTAAACACCTGCTTTAAAGAATCCACACAT	176224

BX649362.6	151	CAAGAAAACGTACAATCCTTCCGATGGGAAACAATCCATAAGTGGCCGAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	176225	CAAGAAAACGTACAATCCTTCCGATGGGAAACAATCCATAAGTGGCCGAG	176274

BX649362.6	201	TTATTCTTCCACGCCATTCCCACGACTCCGCAGCAGTTTGAAAACGTCGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	176275	TTATTCTTCCACGCCATTCCCACGACTCCGCAGCAGTTTGAAAACGTCGG	176324

BX649362.6	251	CACTCATTTAAGTGTTAATAAATGAGAAATTACGCCCGAGGATGGGTCTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	176325	CACTCATTTAAGTGTTAATAAATGAGAAATTACGCCCGAGGATGGGTCTT	176374

BX649362.6	301	CAAATGTCTTTGCTGTTGTTTCTCAGACAGTTCTCAAACGAGACAGTTCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	176375	CAAATGTCTTTGCTGTTGTTTCTCAGACAGTTCTCAAACGAGACAGTTCT	176424

BX649362.6	351	AAAACGCGCAACTTCCCTCGTTTCAGTCCATAAATCCTCAAACACTCATT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	176425	AAAACGCGCAACTTCCCTCGTTTCAGTCCATAAATCCTCAAACACTCATT	176474

BX649362.6	401	TTAGGAGAGTACAGGTTCTCACAAAAATGTTGATAGTGCTCCGCGTTATA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	176475	TTAGGAGAGTACAGGTTCTCACAAAAATGTTGATAGTGCTCCGCGTTATA	176524

BX649362.6	451	CGTTACGGAATGATAGCATAATCTATCGGAAATAATGTAGAAATGTAATA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	176525	CGTTACGGAATGATAGCATAATCTATCGGAAATAATGTAGAAATGTAATA	176574

BX649362.6	501	GTACATGGCAAAACGTATGGAGTCTGGTTTCCCGCTTCGCCTTTCTCAGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	176575	GTACATGGCAAAACGTATGGAGTCTGGTTTCCCGCTTCGCCTTTCTCAGA	176624

BX649362.6	551	AGTAGACTATAAACGCAGTTTTGGCACAGGAATCTTCTCCGCACAGGGTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	176625	AGTAGACTATAAACGCAGTTTTGGCACAGGAATCTTCTCCGCACAGGGTT	176674

BX649362.6	601	AATCCTGCATTTCTATGCATGTGAGAGAGTGAGTGAGGAGATTTCTCAGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	176675	AATCCTGCATTTCTATGCATGTGAGAGAGTGAGTGAGGAGATTTCTCAGC	176724

BX649362.6	651	ACCGCGCGCTGTTCCCTACTAGAAGCGCGCGCAGGCGGACGCGCGGAGCG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	176725	ACCGCGCGCTGTTCCCTACTAGAAGCGCGCGCAGGCGGACGCGCGGAGCG	176774

BX649362.6	701	AGAGGAGGTGGGGCTCACGCGCGCCACAGGCTGTTTGAGGAAAAAGCACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	176775	AGAGGAGGTGGGGCTCACGCGCGCCACAGGCTGTTTGAGGAAAAAGCACA	176824

BX649362.6	751	ATTAGGTTAGGAAAATAGTGGAACTGTTAATAGCCTAATAGATATGCCCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	176825	ATTAGGTTAGGAAAATAGTGGAACTGTTAATAGCCTAATAGATATGCCCC	176874

BX649362.6	801	TTGTCTGTTTTTATTGTGTTTCATCGCTTCCTTTTAGTGATGTCACAAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	176875	TTGTCTGTTTTTATTGTGTTTCATCGCTTCCTTTTAGTGATGTCACAAAA	176924

BX649362.6	851	CCAGATTCTGTCTGAATGGGTCCACTCGGGTCACTGAAATGGCCTGCTAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	176925	CCAGATTCTGTCTGAATGGGTCCACTCGGGTCACTGAAATGGCCTGCTAA	176974

BX649362.6	901	AATCAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	176975	AATCAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATA	177024

BX649362.6	951	ATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATTAAATAATTAATTGTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	177025	ATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATTAAATAATTAATTGTA	177074

BX649362.6	1001	GCCTAAAACATTATATTAGTAAGAGTTTTATTATGCAAAACAAATCCTGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	177075	GCCTAAAACATTATATTAGTAAGAGTTTTATTATGCAAAACAAATCCTGA	177124

BX649362.6	1051	CAATATAGCTAAATTGGCTATTAAAATCCTGCCATATTAATTATTATAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	177125	CAATATAGCTAAATTGGCTATTAAAATCCTGCCATATTAATTATTATAAA	177174

BX649362.6	1101	CACAAGATTCCAACTTGCAAAAAAATCCTTCTCAATGATTACTACAACTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	177175	CACAAGATTCCAACTTGCAAAAAAATCCTTCTCAATGATTACTACAACTG	177224

BX649362.6	1151	GTAAACTGTCAATTTTTGTGAGCTAACACAAAGTGACAGCCCTGAACCAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	177225	GTAAACTGTCAATTTTTGTGAGCTAACACAAAGTGACAGCCCTGAACCAC	177274

BX649362.6	1201	CTCGAGATTCATTGTAGGTACCATGTTTAGGCAGTGATACACATAAAAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	177275	CTCGAGATTCATTGTAGGTACCATGTTTAGGCAGTGATACACATAAAAAA	177324

BX649362.6	1251	GTAAATTATATTCTCGACATATGCTAGCATAGTGCGGCATAAATTCACAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	177325	GTAAATTATATTCTCGACATATGCTAGCATAGTGCGGCATAAATTCACAG	177374

BX649362.6	1301	TTCTCATAACAATCAGAAAGTACCCCGATGATCTACTACCAGCTAAATTC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	177375	TTCTCATAACAATCAGAAAGTACCCCGATGATCTACTACCAGCTAAATTC	177424

BX649362.6	1351	TGTGGTTCATGCATGCTTTTAGGTACATTGCCCCATGAAATTCACTCATG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	177425	TGTGGTTCATGCATGCTTTTAGGTACATTGCCCCATGAAATTCACTCATG	177474

BX649362.6	1401	AGGCCACAGGAAAGGATTTTGTTAATGGCAGTATAGCCAAACTAAGCTGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	177475	AGGCCACAGGAAAGGATTTTGTTAATGGCAGTATAGCCAAACTAAGCTGT	177524

BX649362.6	1451	CAAGTGATAATTACAATATGGCAAATGTAAGTCCTAATTACATGCATATA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	177525	CAAGTGATAATTACAATATGGCAAATGTAAGTCCTAATTACATGCATATA	177574

BX649362.6	1501	ACAAAATTTCATACAATATTGTGTGATATACAAAACCGGAGAACCATGGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	177575	ACAAAATTTCATACAATATTGTGTGATATACAAAACCGGAGAACCATGGG	177624

BX649362.6	1551	AAACCCACATGAGCACGGGACGATGTGTAAACTCCGCACAGAAATGTCGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	177625	AAACCCACATGAGCACGGGACGATGTGTAAACTCCGCACAGAAATGTCGG	177674

BX649362.6	1601	CTGGCTTCGTAAGGACTAGAACCTGTGTCGTTCTTGCTGGGAGGCAACAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	177675	CTGGCTTCGTAAGGACTAGAACCTGTGTCGTTCTTGCTGGGAGGCAACAG	177724

BX649362.6	1651	TGCTAACCACTGGGCCACCGTGCCACCCATCTAGAAAAGGAGGAGGAGTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	177725	TGCTAACCACTGGGCCACCGTGCCACCCATCTAGAAAAGGAGGAGGAGTA	177774

BX649362.6	1701	GGGGTGGAAGGGTGGATTCTTCAAAACGAAGATGGCTGTCATATGGAACT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	177775	GGGGTGGAAGGGTGGATTCTTCAAAACGAAGATGGCTGTCATATGGAACT	177824

BX649362.6	1751	TAGGGTATTTATAGTGGCTAATCGTCTGATTGGTGAATCATAAATTGAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	177825	TAGGGTATTTATAGTGGCTAATCGTCTGATTGGTGAATCATAAATTGAAT	177874

BX649362.6	1801	ATTGCAGGACCGGCTGCAAGCAATCATAAGCATGTGATCCTCTCGAAATT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	177875	ATTGCAGGACCGGCTGCAAGCAATCATAAGCATGTGATCCTCTCGAAATT	177924

BX649362.6	1851	AGTTTATAAATAAACTTCACTTATTGATTTAAGTAATAGTCCTACTTAGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	177925	AGTTTATAAATAAACTTCACTTATTGATTTAAGTAATAGTCCTACTTAGC	177974

BX649362.6	1901	AAAAATATCAACCAATAATGTTTAAACATAATAGAAATAAATGTAAAAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	177975	AAAAATATCAACCAATAATGTTTAAACATAATAGAAATAAATGTAAAAAA	178024

BX649362.6	1951	TTATGAATGATAAACAATACTGTATATATAGGCTATTTATCAGAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539324.15	178025	TTATGAATGATAAACAATACTGTATATATAGGCTATTTATCAGAAAGCTT	178074

Overview

Query
BX649362.6 - 44069 bps
Hit
BX539324.15 - 178074 bps
Total alignments
15
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196020001200011760751780741
297.8743474281042856133673337191
386.23581093512535233-133793339011
486.46312061906309-135618357421
594.5632933158631678-136779368701
610036743159331666136785368581
710042873159331679-183299833851
897.8947953161431708183299833931
989.66598795809666-11002451003311
1087.8320534115331873-11028691032131
1176.9244183114381162011028711030521
1297.73358890599211459391460261
1386.654963502635121-11577321578281
1493.8688112428584296911724561725691
1579.44591831143811620-11777661779451
Short-link