<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX546481.7	1	AAGCTTGATTAGCCCAGGTGGGTGTTATTGGCATTGAAACTAAACTTTGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	42800	AAGCTTGATTAGCCCAGGTGGGTGTTATTGGCATTGAAACTAAACTTTGC	42849

BX546481.7	51	AGGACACCTGCCCTCCAGGACCGAGTTTGGACATGCCTGATGAAGTGTGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	42850	AGGACACCTGCCCTCCAGGACCGAGTTTGGACATGCCTGATGAAGTGTGT	42899

BX546481.7	101	AACACAGCTCTAAGTGAAGTGAAATATCTTAATAAGGCTTAAATCTGAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	42900	AACACAGCTCTAAGTGAAGTGAAATATCTTAATAAGGCTTAAATCTGAAA	42949

BX546481.7	151	GTGGACAGTTGTTAAAAATGTGAGGGAAAGGAATGCTTAAGCAATCTACA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	42950	GTGGACAGTTGTTAAAAATGTGAGGGAAAGGAATGCTTAAGCAATCTACA	42999

BX546481.7	201	CGATTACAATGGGCGATTCATTCGTTTGTTAAAGGAAAGATCAGAAAAGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	43000	CGATTACAATGGGCGATTCATTCGTTTGTTAAAGGAAAGATCAGAAAAGA	43049

BX546481.7	251	CTACTGATGTATGAGACTTGTAAGACTTATGGACAGACAATACACAAGGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	43050	CTACTGATGTATGAGACTTGTAAGACTTATGGACAGACAATACACAAGGG	43099

BX546481.7	301	GTGCGTGCAAAATAAGGCCAGTTTATTAGGCACAAAGTCAAACAAAGGCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	43100	GTGCGTGCAAAATAAGGCCAGTTTATTAGGCACAAAGTCAAACAAAGGCA	43149

BX546481.7	351	GGCTGCTTTACGCTGAGGAGGAACGCTGGTGAGTGCTACAACCTCCCGGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	43150	GGCTGCTTTACGCTGAGGAGGAACGCTGGTGAGTGCTACAACCTCCCGGC	43199

BX546481.7	401	TAGGAAAGTGATTGTTGGGCAAAGCAGAGTCCAGGTAAGCCCTCAGAACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	43200	TAGGAAAGTGATTGTTGGGCAAAGCAGAGTCCAGGTAAGCCCTCAGAACA	43249

BX546481.7	451	TATAACACTTCACACAAGAGGTGCCACAGCAATGATTGCAAATAGAAATG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	43250	TATAACACTTCACACAAGAGGTGCCACAGCAATGATTGCAAATAGAAATG	43299

BX546481.7	501	ATCTACAGCTGAGAAGGGAGAAGAGCTCCAAAATGAAAGATAATTAATGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	43300	ATCTACAGCTGAGAAGGGAGAAGAGCTCCAAAATGAAAGATAATTAATGA	43349

BX546481.7	551	AATCAGACCTGGCCCATGACACATTTCATAAGTCTAAGTAAAATACTGTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	43350	AATCAGACCTGGCCCATGACACATTTCATAAGTCTAAGTAAAATACTGTC	43399

BX546481.7	601	TCGTTGTTTTCTCTGGCTTGCAAATTTTGTGTTTAATTGTGTTTTGTTAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	43400	TCGTTGTTTTCTCTGGCTTGCAAATTTTGTGTTTAATTGTGTTTTGTTAC	43449

BX546481.7	651	TTGTAACCGCTTGTACTGTGTCAGGTTACCTCTTTATACTCCCATATCGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	43450	TTGTAACCGCTTGTACTGTGTCAGGTTACCTCTTTATACTCCCATATCGC	43499

BX546481.7	701	ATCTAATGCAATGTTGAAAACACGACGCATGCTGCTTTGTTTACAGATTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	43500	ATCTAATGCAATGTTGAAAACACGACGCATGCTGCTTTGTTTACAGATTT	43549

BX546481.7	751	AAATGATTTCTCAAATCAAATGGTTCTCAAATCAAACCAGAAGCTAAACC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	43550	AAATGATTTCTCAAATCAAATGGTTCTCAAATCAAACCAGAAGCTAAACC	43599

BX546481.7	801	TTTAGTCCGTAGCAGACCGCACAGCTGAGATGCCGTGATCATGTGTGATC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	43600	TTTAGTCCGTAGCAGACCGCACAGCTGAGATGCCGTGATCATGTGTGATC	43649

BX546481.7	851	TTTCTGTGTCCGTTTATATCCGTAATGGTAATTAATTCAAAATAAATAAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	43650	TTTCTGTGTCCGTTTATATCCGTAATGGTAATTAATTCAAAATAAATAAC	43699

BX546481.7	901	TTCCGCTTTAAACTGAACGCTTCGTAACACAAATACTATAAATATCAAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	43700	TTCCGCTTTAAACTGAACGCTTCGTAACACAAATACTATAAATATCAAAT	43749

BX546481.7	951	ATACATATAATAAAGAAGAGAAAGAGAAAAAAAGTATATAAACAATATAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	43750	ATACATATAATAAAGAAGAGAAAGAGAAAAAAAGTATATAAACAATATAA	43799

BX546481.7	1001	ACATATTGCAGAAAAAGACACAATATCATAGACACCATATCAAAGTTATT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	43800	ACATATTGCAGAAAAAGACACAATATCATAGACACCATATCAAAGTTATT	43849

BX546481.7	1051	AACATAAATCATGTGTTGAACACAGAAATCAAAAATAAATGAATGAAGGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	43850	AACATAAATCATGTGTTGAACACAGAAATCAAAAATAAATGAATGAAGGC	43899

BX546481.7	1101	AAAACTAAACGAGTTGAATATGACTTACATGAGCGTGACTGAAAAGTACT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	43900	AAAACTAAACGAGTTGAATATGACTTACATGAGCGTGACTGAAAAGTACT	43949

BX546481.7	1151	TTGATCAATGTCTTACATCTGTTCTTTTGGTACTTGCCGACTGTTTGTAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	43950	TTGATCAATGTCTTACATCTGTTCTTTTGGTACTTGCCGACTGTTTGTAA	43999

BX546481.7	1201	ATTCAAGACTTCGTTTCCTAACTTAAAACTATGTACACTAGATTTTTGAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	44000	ATTCAAGACTTCGTTTCCTAACTTAAAACTATGTACACTAGATTTTTGAT	44049

BX546481.7	1251	TAATAATTTGCTTAGCTGAGGACTTCCTTCATTAAAAGTGTTAAAATCGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	44050	TAATAATTTGCTTAGCTGAGGACTTCCTTCATTAAAAGTGTTAAAATCGT	44099

BX546481.7	1301	TATTGAAAACAGAAGTCTAATATCATCAACAGTGGACATTTCGATAGTGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	44100	TATTGAAAACAGAAGTCTAATATCATCAACAGTGGACATTTCGATAGTGT	44149

BX546481.7	1351	CTCTTTCGAACAAGATGGACATGACTGAAGTTTAATCTTTTTATTACCTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	44150	CTCTTTCGAACAAGATGGACATGACTGAAGTTTAATCTTTTTATTACCTG	44199

BX546481.7	1401	TGTCAATTTGAGCGTCAACTAACGAATGGGGGGAACTAATGCATGCAGCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	44200	TGTCAATTTGAGCGTCAACTAACGAATGGGGGGAACTAATGCATGCAGCA	44249

BX546481.7	1451	CCTTCACAGAGAGAGCAAGTGCAGCGAAAGCAGAGGGAGTGCACAAGGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	44250	CCTTCACAGAGAGAGCAAGTGCAGCGAAAGCAGAGGGAGTGCACAAGGGA	44299

BX546481.7	1501	GCAATTGCACGGGACACCTAAAGCATATGAGAGAGGCATTCCTCTGCCTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	44300	GCAATTGCACGGGACACCTAAAGCATATGAGAGAGGCATTCCTCTGCCTT	44349

BX546481.7	1551	TGAGCCCTTAACTGTGTCATTAAGTTTGACATGTTTCCCCCTTACATGCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	44350	TGAGCCCTTAACTGTGTCATTAAGTTTGACATGTTTCCCCCTTACATGCA	44399

BX546481.7	1601	ACTTTTGTAAAGACAGTTGCTGTGTAGGAATCCTTGCTTGTAAAATATGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	44400	ACTTTTGTAAAGACAGTTGCTGTGTAGGAATCCTTGCTTGTAAAATATGC	44449

BX546481.7	1651	TTTAGAATGCTTAGTTTAAGCAAACTGGATGAACATGATCACGTGTGTAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	44450	TTTAGAATGCTTAGTTTAAGCAAACTGGATGAACATGATCACGTGTGTAG	44499

BX546481.7	1701	ATCTTCGAGTGTAGTTCTCACTCACCGAAAACCAGGCTGAATGCACTTTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	44500	ATCTTCGAGTGTAGTTCTCACTCACCGAAAACCAGGCTGAATGCACTTTA	44549

BX546481.7	1751	CTACGTTGCATGCGTCTGTTCCCTAGAGACAATAACAAACGCCTGATTTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	44550	CTACGTTGCATGCGTCTGTTCCCTAGAGACAATAACAAACGCCTGATTTT	44599

BX546481.7	1801	GCCTGTCCGTATTCCTCAAAGTTGTTAAGAATTGAACGTTTAGTGATGGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	44600	GCCTGTCCGTATTCCTCAAAGTTGTTAAGAATTGAACGTTTAGTGATGGT	44649

BX546481.7	1851	GTGACACAACGCCTATGTGTGCATTTTTTCATGCACCCCTTTGATGCTTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	44650	GTGACACAACGCCTATGTGTGCATTTTTTCATGCACCCCTTTGATGCTTC	44699

BX546481.7	1901	TTATGTCCTTGCCGCGGCACCAAAATTAGGCACCGAAATTCGGTACCCAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	44700	TTATGTCCTTGCCGCGGCACCAAAATTAGGCACCGAAATTCGGTACCCAA	44749

BX546481.7	1951	CCCTACTGCTAATCCATTGTGCTCTGCATGCGTGGGTTCAAATCCCATCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539322.7	44750	CCCTACTGCTAATCCATTGTGCTCTGCATGCGTGGGTTCAAATCCCATCC	44799

Overview

Query
BX546481.7 - 103902 bps
Hit
BX539322.7 - 44799 bps
Total alignments
16
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001963200012000142800447991
297.53680919479202612683471
398.8640889839998486-12723591
498.864088983979848412723591
510036739195492026-12883601
61003259787587881613033611
784.051663566687967234-1535357031
810031568726087315-137837378921
998.5334689841798484-139410394771
1098.6336739195492026-139416394881
1110045869839998484139432395171
1298.4131637875878820-139436394981
1310036739195492026139441395131
1498.8640889839798484-139478395651
1510036739195492026-139490395621
1697.8343466608766132144754447991
Short-link