<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX539309.5	1	GAATTCTTTGTTCAGCTCTGAGCCCCATTTTAATGGGGTTATTTTATTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	176674	GAATTCTTTGTTCAGCTCTGAGCCCCATTTTAATGGGGTTATTTTATTTT	176723

BX539309.5	51	CTGGAGCCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGAGATTAGTGCCCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	176724	CTGGAGCCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGAGATTAGTGCCCT	176773

BX539309.5	101	ATCTGATTTAGGATAGGTACAGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGCCTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	176774	ATCTGATTTAGGATAGGTACAGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGCCTTT	176823

BX539309.5	151	TTGTCTTGTTGACGGTGTCCTTTGCCTTGCAGAAGCTTTGCAACTTTATG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	176824	TTGTCTTGTTGACGGTGTCCTTTGCCTTGCAGAAGCTTTGCAACTTTATG	176873

BX539309.5	201	AGGTCCCATTTATTGATTCTCGATCTTACTGCACAAGCCATTGCTGTTCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	176874	AGGTCCCATTTATTGATTCTCGATCTTACTGCACAAGCCATTGCTGTTCT	176923

BX539309.5	251	ATTTAGTAACTTTTCCCCTGTACCCATATCTTCGAGGCTTTTCCCCACGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	176924	ATTTAGTAACTTTTCCCCTGTACCCATATCTTCGAGGCTTTTCCCCACGT	176973

BX539309.5	301	TCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGGAGTTCCTTGATC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	176974	TCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGGAGTTCCTTGATC	177023

BX539309.5	351	CATTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAGTACTGGATCAATTCGAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	177024	CATTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAGTACTGGATCAATTCGAAA	177073

BX539309.5	401	TCTTCTACATGATAACCGCCAGTTGTGCCAGCACCATTTGTTGAAAATGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	177074	TCTTCTACATGATAACCGCCAGTTGTGCCAGCACCATTTGTTGAAAATGC	177123

BX539309.5	451	TGTCTTTTTTCCACTGGATGGTTTTAGCTCCCTTGTCAAAAATCAAATGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	177124	TGTCTTTTTTCCACTGGATGGTTTTAGCTCCCTTGTCAAAAATCAAATGA	177173

BX539309.5	501	CCATAGGTGTGTGGGTTGATCTCTGGGTCTTCAATTCTGTTCCATTAGTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	177174	CCATAGGTGTGTGGGTTGATCTCTGGGTCTTCAATTCTGTTCCATTAGTC	177223

BX539309.5	551	TACTTGTCTGTCGCTATACCAGTACCATGCACTTTTTATCACAATTGCTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	177224	TACTTGTCTGTCGCTATACCAGTACCATGCACTTTTTATCACAATTGCTC	177273

BX539309.5	601	TGTAGTAAAGCTTTAGGTCAGGCATGGTGATTCCACCAGAGGTTCTTTTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	177274	TGTAGTAAAGCTTTAGGTCAGGCATGGTGATTCCACCAGAGGTTCTTTTA	177323

BX539309.5	651	TCCTTGAGAAGAGTTTTTGCTATCCTAGGTTTTTTGTTATTCCAGATGAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	177324	TCCTTGAGAAGAGTTTTTGCTATCCTAGGTTTTTTGTTATTCCAGATGAA	177373

BX539309.5	701	TTTGCAGATTGCTCTTTCTAATTCGTTTAATTGAGTTGGAATTTTGATGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	177374	TTTGCAGATTGCTCTTTCTAATTCGTTTAATTGAGTTGGAATTTTGATGG	177423

BX539309.5	751	GGATTGCATTAAATCTGTAGATTGCTTTTGGCAAGATAGCCATTTTTACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	177424	GGATTGCATTAAATCTGTAGATTGCTTTTGGCAAGATAGCCATTTTTACA	177473

BX539309.5	801	ATGTTGATCCTGCCAATCCATGAGCATGGGAGATCTTTCCATCTTCTGAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	177474	ATGTTGATCCTGCCAATCCATGAGCATGGGAGATCTTTCCATCTTCTGAG	177523

BX539309.5	851	ATCTTCTTTAATTTCTTTCTTCAGAGACTTGAAGTTCTTATCATAGAGAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	177524	ATCTTCTTTAATTTCTTTCTTCAGAGACTTGAAGTTCTTATCATAGAGAT	177573

BX539309.5	901	CTTTCACTTCCTTAGAGTCACGCCAAGGTATTTTATATTATTTGTGACTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	177574	CTTTCACTTCCTTAGAGTCACGCCAAGGTATTTTATATTATTTGTGACTA	177623

BX539309.5	951	TTGAGAAGGGTGTTATTTCCCTAATTTCTTTCTCAGCCTGTTTATCCTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	177624	TTGAGAAGGGTGTTATTTCCCTAATTTCTTTCTCAGCCTGTTTATCCTTT	177673

BX539309.5	1001	GTGTACAGAAAGGCCATTGACTTGTTTGAGTTAATTTTATATCCAGCTAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	177674	GTGTACAGAAAGGCCATTGACTTGTTTGAGTTAATTTTATATCCAGCTAC	177723

BX539309.5	1051	TTCATTGAAGCTGTTTATCAGGCTTAGGAGTTCTCTGGTGGAATTTTTAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	177724	TTCATTGAAGCTGTTTATCAGGCTTAGGAGTTCTCTGGTGGAATTTTTAG	177773

BX539309.5	1101	GGTCACTTATATATACTATCATATCATCTGCAAAAAGTGATATTTTGACT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	177774	GGTCACTTATATATACTATCATATCATCTGCAAAAAGTGATATTTTGACT	177823

BX539309.5	1151	TCTTCCTTTCCAATTTGTATCCCCTTGATCTCCTTTTGTTGTCTAATTGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	177824	TCTTCCTTTCCAATTTGTATCCCCTTGATCTCCTTTTGTTGTCTAATTGC	177873

BX539309.5	1201	TCTGGCTAGGACTTCAAGTACAATGTTGAATAGGTATGGAGAGATAGGAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	177874	TCTGGCTAGGACTTCAAGTACAATGTTGAATAGGTATGGAGAGATAGGAC	177923

BX539309.5	1251	AGCCTTGTCTAGTCCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTCAAGCTTCTCACCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	177924	AGCCTTGTCTAGTCCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTCAAGCTTCTCACCA	177973

BX539309.5	1301	TTTACTTTGATGTTGGCTACTGGTTTGCTGTAGATTGCTTTTATCATGGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	177974	TTTACTTTGATGTTGGCTACTGGTTTGCTGTAGATTGCTTTTATCATGGT	178023

BX539309.5	1351	TAGGTATGGGCTTTGAATTCCTGATCTTTCCAAGACTTTTATCATGAATG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	178024	TAGGTATGGGCTTTGAATTCCTGATCTTTCCAAGACTTTTATCATGAATG	178073

BX539309.5	1401	GGTGTTGGATCTTTTGGAATGCTTTTTCTGCATCTAACGAGATGATCATG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	178074	GGTGTTGGATCTTTTGGAATGCTTTTTCTGCATCTAACGAGATGATCATG	178123

BX539309.5	1451	TGGTTTTTGTCTTTGAGTTTGTTTATATACTGAATTACGTTGATGGATTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	178124	TGGTTTTTGTCTTTGAGTTTGTTTATATACTGAATTACGTTGATGGATTT	178173

BX539309.5	1501	CCATATATTGAACCATCCCTGCATCCCTGGGATTTAACCTACTTGGTCAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	178174	CCATATATTGAACCATCCCTGCATCCCTGGGATTTAACCTACTTGGTCAG	178223

BX539309.5	1551	GATGGATGATTGTTTTGATGTGTTCTTGGATTCGGTTAGCAAGAACTTTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	178224	GATGGATGATTGTTTTGATGTGTTCTTGGATTCGGTTAGCAAGAACTTTA	178273

BX539309.5	1601	TTGAGGATTTTTGCATCGATATTCATAAGGGATATTGGTCTGAAGTTCTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	178274	TTGAGGATTTTTGCATCGATATTCATAAGGGATATTGGTCTGAAGTTCTC	178323

BX539309.5	1651	TATCTTTGTTGGGTCTTTTTGTGGTTTAGGTATCAGAGTAATTGTGGCTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	178324	TATCTTTGTTGGGTCTTTTTGTGGTTTAGGTATCAGAGTAATTGTGGCTT	178373

BX539309.5	1701	CTTAGAATGCATTGGGTAGAGTACCTTCTGTTTCTATTTTGTGGAATAGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	178374	CTTAGAATGCATTGGGTAGAGTACCTTCTGTTTCTATTTTGTGGAATAGT	178423

BX539309.5	1751	TTGTGAAGAACTGGGATTAGATCTTCTTTGAAGGTCTGATAGAACTCTGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	178424	TTGTGAAGAACTGGGATTAGATCTTCTTTGAAGGTCTGATAGAACTCTGC	178473

BX539309.5	1801	ACTAAACCCATCTGGTCCTGGGCTTTTTTTGGTTGGGAGACTATTAATGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	178474	ACTAAACCCATCTGGTCCTGGGCTTTTTTTGGTTGGGAGACTATTAATGA	178523

BX539309.5	1851	CTGCTTCTATTTCTTTAGGGGATATAGGACTGTTTAGATCATTAACCTGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	178524	CTGCTTCTATTTCTTTAGGGGATATAGGACTGTTTAGATCATTAACCTGA	178573

BX539309.5	1901	TCTTGATTTAACTTTGGTACCTGGTATCTGTCTAGAAATTTGTCCATTTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	178574	TCTTGATTTAACTTTGGTACCTGGTATCTGTCTAGAAATTTGTCCATTTC	178623

BX539309.5	1951	TTCCAGGTTTTCCAGTTTTGTTGAGTATAGTCTTTTGTAGAAGGATCTGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539316.6	178624	TTCCAGGTTTTCCAGTTTTGTTGAGTATAGTCTTTTGTAGAAGGATCTGA	178673

Overview

Query
BX539309.5 - 82140 bps
Hit
BX539316.6 - 178673 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link