<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2002 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX537299.8	1	GAATTCTGTGGTAGCAAAGCTCAGTTTGATACACTGTCACAGAGGGCTAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	121223	GAATTCTGTGGTAGCAAAGCTCAGTTTGATACACTGTCACAGAGGGCTAG	121272

BX537299.8	51	ATGGTGAGCCTTCAGCAACTGGAGAAACCAGCTGATATTGAACCCAAGTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	121273	ATGGTGAGCCTTCAGCAACTGGAGAAACCAGCTGATATTGAACCCAAGTT	121322

BX537299.8	101	TTTCCAGGGTAGCTGTAGAATATCCAAAATGGCCATCATGTAGATTGCAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	121323	TTTCCAGGGTAGCTGTAGAATATCCAAAATGGCCATCATGTAGATTGCAC	121372

BX537299.8	151	ACTGAGTCAGAGTAGCTAGAGCTGCAATGCATAGTTTGGGAGTGGCCAAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	121373	ACTGAGTCAGAGTAGCTAGAGCTGCAATGCATAGTTTGGGAGTGGCCAAT	121422

BX537299.8	201	TAGGGTGCCAAGTCACTTGAAACTGAAATATACTTTCTTACTTATAAGGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	121423	TAGGGTGCCAAGTCACTTGAAACTGAAATATACTTTCTTACTTATAAGGA	121472

BX537299.8	251	TATGAACATGAGGCACTTGCAGTGTGAACTTAACAAACACACTAATGATG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	121473	TATGAACATGAGGCACTTGCAGTGTGAACTTAACAAACACACTAATGATG	121522

BX537299.8	301	TTTATTAACAGGATTTCCCTGTGTAATTTTGGCTGGACTCCAATTCTCTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	121523	TTTATTAACAGGATTTCCCTGTGTAATTTTGGCTGGACTCCAATTCTCTT	121572

BX537299.8	351	TGTAGACCAGGCTGACCTCTAACTCACAGAGATAGGAAGCCTCTTCCCTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	121573	TGTAGACCAGGCTGACCTCTAACTCACAGAGATAGGAAGCCTCTTCCCTC	121622

BX537299.8	401	CTAAGAGCTGGGATCAAAGGTGTGAGTCACCATACCTGGCCACTGGTAAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	121623	CTAAGAGCTGGGATCAAAGGTGTGAGTCACCATACCTGGCCACTGGTAAC	121672

BX537299.8	451	AGATTTTGACAGTGCTTACCACCAGCCTGAAGGAAAGCTGAATCCACCAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	121673	AGATTTTGACAGTGCTTACCACCAGCCTGAAGGAAAGCTGAATCCACCAC	121722

BX537299.8	501	ACATGCACATAAACACACACACACACCCCTTTCTCAGGGGGTTATGAACT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	121723	ACATGCACATAAACACACACACACACCCCTTTCTCAGGGGGTTATGAACT	121772

BX537299.8	551	CAAGACCAATCTGGCAAGATCCTTTTCAAAACAAAAACAAAACAAACAAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	121773	CAAGACCAATCTGGCAAGATCCTTTTCAAAACAAAAACAAAACAAACAAA	121822

BX537299.8	601	CAAACAAACAGAAACAGAAAACCTCAACCCTTGGTCTAAGAGGTCAAGTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	121823	CAAACAAACAGAAACAGAAAACCTCAACCCTTGGTCTAAGAGGTCAAGTT	121872

BX537299.8	651	TAGGCTTATTGCATGCTTATTTGACATTTTGTTTAGTTTTCTTTTATGTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	121873	TAGGCTTATTGCATGCTTATTTGACATTTTGTTTAGTTTTCTTTTATGTG	121922

BX537299.8	701	TATGGGGAATGTGCCTTCATGAGTGTCTTATGCACTCATGTTTACTTTCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	121923	TATGGGGAATGTGCCTTCATGAGTGTCTTATGCACTCATGTTTACTTTCA	121972

BX537299.8	751	GATGGTTGTTAGCTTCCATGTTGTGTGTGCTGGAAACAATAATGGGTCCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	121973	GATGGTTGTTAGCTTCCATGTTGTGTGTGCTGGAAACAATAATGGGTCCT	122022

BX537299.8	801	TTTTACAGCTGAGACCATCTTATAATTTTTGAGACAAGGCCTCTTACTTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	122023	TTTTACAGCTGAGACCATCTTATAATTTTTGAGACAAGGCCTCTTACTTG	122072

BX537299.8	851	GGCTCGCTAATTTTGATGGGTGGGCTGGCCTGTGGGTCACTGGTGTGCTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	122073	GGCTCGCTAATTTTGATGGGTGGGCTGGCCTGTGGGTCACTGGTGTGCTC	122122

BX537299.8	901	TCTGGTGCTGGCGTTACCACAGGGCACTTTGTGCATGGCTGTCCTCACAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	122123	TCTGGTGCTGGCGTTACCACAGGGCACTTTGTGCATGGCTGTCCTCACAG	122172

BX537299.8	951	CTCCCGAGGGCTGAAAGTTATGGACTCAAGTGTGCATACCCAGCAGGTAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	122173	CTCCCGAGGGCTGAAAGTTATGGACTCAAGTGTGCATACCCAGCAGGTAC	122222

BX537299.8	1001	TTCACTGAGTGGCCTTTCCCCCAAGCTCACCCTGCTGCTTACTTGAGAAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	122223	TTCACTGAGTGGCCTTTCCCCCAAGCTCACCCTGCTGCTTACTTGAGAAC	122272

BX537299.8	1051	ATGTAGCTAACAGTGAAGGACTGAAAGGAGGTCAACTTCCAGTAGAAACA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	122273	ATGTAGCTAACAGTGAAGGACTGAAAGGAGGTCAACTTCCAGTAGAAACA	122322

BX537299.8	1101	TCTACAGATACTCAGGACTTTTTCTATGAGATGCAAAATCACTCATTTTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	122323	TCTACAGATACTCAGGACTTTTTCTATGAGATGCAAAATCACTCATTTTA	122372

BX537299.8	1151	TTCATGTTCATTTATCTGCCATGCAACCATTCACACCAGCATGGGTTTGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	122373	TTCATGTTCATTTATCTGCCATGCAACCATTCACACCAGCATGGGTTTGT	122422

BX537299.8	1201	AAGTTATTTCACCACTATAGTCCAATCCAATATCATACTATTTAGTTTGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	122423	AAGTTATTTCACCACTATAGTCCAATCCAATATCATACTATTTAGTTTGT	122472

BX537299.8	1251	TGCTCAAATTGTTTTATATTTGTCAATTAGGAGCTTGTTCATACTTCCTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	122473	TGCTCAAATTGTTTTATATTTGTCAATTAGGAGCTTGTTCATACTTCCTC	122522

BX537299.8	1301	ATGTCAGTTTCCACAGACATTTTTAGGTATGTTTTCATGTGTTCGTGTGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	122523	ATGTCAGTTTCCACAGACATTTTTAGGTATGTTTTCATGTGTTCGTGTGC	122572

BX537299.8	1351	TTGTGTGTGTGTGTATGGGCAGAGGTGCCAAAATGTGTGTGTGTGTGTGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	122573	TTGTGTGTGTGTGTATGGGCAGAGGTGCCAAAATGTGTGTGTGTGTGTGT	122622

BX537299.8	1401	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGAAGGTCAGATGAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	122623	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGAAGGTCAGATGAC	122672

BX537299.8	1451	AATATTTTGGAGGAGTTAGTTTTCTTCCCCTAGGTGAGTTCTGGGATTTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	122673	AATATTTTGGAGGAGTTAGTTTTCTTCCCCTAGGTGAGTTCTGGGATTTG	122722

BX537299.8	1501	AACTCAGATCTTCATCTTCAATCATTGCACCGTTAATCACAGAGCTATCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	122723	AACTCAGATCTTCATCTTCAATCATTGCACCGTTAATCACAGAGCTATCT	122772

BX537299.8	1551	CAACGGCCTTCTACCTTGTTGAGACAAGGTCTCTTATTGAATATAAAACT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	122773	CAACGGCCTTCTACCTTGTTGAGACAAGGTCTCTTATTGAATATAAAACT	122822

BX537299.8	1601	CAGATGGGATTAGATGTGTATGCCACCACACTCACAGGTCCTGGGGTTCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	122823	CAGATGGGATTAGATGTGTATGCCACCACACTCACAGGTCCTGGGGTTCT	122872

BX537299.8	1651	GAACCCAGGCCTTCATGCTTGCATAATAAGAACTTTGCACACTGAGCTAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	122873	GAACCCAGGCCTTCATGCTTGCATAATAAGAACTTTGCACACTGAGCTAT	122922

BX537299.8	1701	CTCTTTGGTTGCCCCTATTTATGTGTGGGGGGCTGTGGGATAACACAATG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	122923	CTCTTTGGTTGCCCCTATTTATGTGTGGGGGGCTGTGGGATAACACAATG	122972

BX537299.8	1751	GTTTTGCACATGCTACAAACAATACTCCACCATTGTTGAAGGGAAATAGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	122973	GTTTTGCACATGCTACAAACAATACTCCACCATTGTTGAAGGGAAATAGT	123022

BX537299.8	1801	GACAAAATGCCAGAAGAGAAGCAACATTTGCACTCACAGTTTGAAGAGAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	123023	GACAAAATGCCAGAAGAGAAGCAACATTTGCACTCACAGTTTGAAGAGAC	123072

BX537299.8	1851	ACAATCCATCATGGTGAGCTATGCACAGTGAAGGAACTTGAGGTGGTTGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	123073	ACAATCCATCATGGTGAGCTATGCACAGTGAAGGAACTTGAGGTGGTTGG	123122

BX537299.8	1901	TCACATCTTCAATCAGAAAGCAAATAGGCATGAATGCTTGTGCTCAACCC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	123123	TCACATCTTCAATCAGAAAGCAAATAGGCATGAATGCTTGTGCTCAACCC	123172

BX537299.8	1951	CACCTATGACCATAGTCCATGCTGCCACATGAAAGTCAGTCTACCCTCAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539312.7	123173	CACCTATGACCATAGTCCATGCTGCCACATGAAAGTCAGTCTACCCTCAT	123222

BX537299.8	2001	TA	2002
			||
BX539312.7	123223	TA	123224

Overview

Query
BX537299.8 - 140968 bps
Hit
BX539312.7 - 123224 bps
Total alignments
158
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2002 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198720021200211212231232241
289.61155925614505347613-1207046191
388.39811140060607459-1225236461
492.521533218581706838901225244181
584.24119171003511012671225231631
687.974267611402081409681225229991
792.77169223829210294483-1225446191
887.595029391016781026161339843391
989.3740167150345704-1365143271
1087.2617031783814841301430446171
1182.5388042834362-1500750861
1286.8874012879649397779-1525065451
1387.04748129778405797011525065451
1486.9674212921369121382031525065451
1586.727301285945110735-1525165451
1685.392855278865889184-1525157771
1784.8429656225113072-1525258121
1889.48848129075923772121525465451
1985.93045385053851075-1525757951
2087.2565611174942150537-1543265451
2181.7437393373965748971560465451
2286.731455697793983481598265451
2384.852855585307853635-1598565451
24100304731160312061795179971
2598.18315513811435-111372114261
2686.161352562644326698-111977122361
2786.45161429392340426342-112394153221
2879.3433939758897680-112813129041
2979.151043197396574283-113050133751
3085.6103120222112023141-116068180801
3186.51741262092321048-118201183261
3284.4663412601888520144-119099203461
3388.11118519281694818875-120509224251
3482.4238911745617546-121630217201
3587.04881661759617761-121707218681
3685.0412726711521418-122554228271
3784.14349797102285103081-123151239321
3878.53591779196692142123174233501
3987.8617734350005342123581239261
4087.041593278348183807-123603239261
4187.041593279238692712123603239261
4281.8179431102659103089-125420258531
4386.956310718277883848-125789268561
4486.2453710699234593413125789268561
4585.7447943101678102620-125826267691
4685.8350810444531446357125826268691
4783.2418824328639910726127405317291
4883.42185541864635250537127405315531
4982.741421345797811101267-127544309911
5083.5316863751136904140654-128012317471
5183.45168837557839682150-128014317471
5282.87159937359404197775128014317351
5385.4556611555765858812-128520296731
5487.69721305190952038129258293871
5580.5669719297396575893-129452313811
5683.7575116037592277524-130137317361
5781.6358147115018115164130305304511
5891.674260115262115321130547306061
5980.68198529115319115847130619311461
6082.33237279087491600-131007317351
6185.93456511321013860-131840324771
6287.472674761076611241-132665331351
6377.63441612516625326-133012331631
6491.4599339494041-133126332181
6578.9161551112496113046133858344021
6689.9318509136171136679-139284397881
6783.18252536113320113855141629421691
6884.52331639113952114590143354439991
6979.04101407125959126365146451468651
7090.911492096156961777-150187503951
7177.311274641514715610-155145556111
7276.425912294129475131768155647579361
7378.15106934201136914788-155920593371
7479.951214426720668647156077575241
7586.319191681905810738-159784614711
7688.6210561691136909138599159784614711
7789.733535278865889184-159787603121
7891.28119216879609297778-159787614711
7989.0836055125223072-159788603361
8089.682934385482255259-159788602231
8190.25114016897840680094159788614681
8289.8105916027592377524159790613871
8388.9592914624902550486-160015614711
8481.8653113057398675290160160614711
8586.055199479779398739160512614711
8685.925199495268253630-160520614711
8794.644256114899114954-161323613781
8882.864613907001371402162056634451
8982.49335770113086113855163803645731
9076.78150720125646126365168262689801
9179.611534466205162496171157716121
9278.6733110508971946-175579766231
9377.511204641514715610-176157766231
9496.58236263122655122917-176697769591
9594.65551668123279123946-176698773691
9689.14162264123279123542-177026772921
9791.03360527123061123587-177136776481
9892.41169231123357123587-177214774501
9990.62106156123432123587-177291774501
10097.61348376122655123030-177648780231
10198.46248260123691123950-177758780171
10276.481164451434414788-178261786981
10377.7539213441298314326-178878802251
10478.5730976939569491181972820691
10582.1811916948169671182071822601
10682.944469686994070907182521834871
10777.221414947117171664183744842481
10878.3552185125244125428-187124873171
10986.72604508391584364-191435918851
11084.92034024486945270191482918851
11184.652004029191892319191482918851
11284.31783766157061945-191886922801
11393.42412654867839483879-192280977521
11485.18461078381483920-192280923871
11592.05387354649231597778192281977411
11686.32462939101678102616-192352932941
11790.91348751614533250492192366975131
11887.7135966050485707192378930441
11987.626194572605410625193040976191
12085.111853372997793101521-193292970041
12190.5727274067136902140968-193693977521
12289.2972911765763758812-194525957001
12384.4477515895204253630195415969961
12481.9478019097398575893-195454973631
12585.544483114869114951196120962021
12689.08101316067591977524-196141977421
12781.1297823115018115840196306971411
12887.8934657425113084197175977521
12988.083235315053851068197192977281
13090.653635308865889187197210977441
13187.612574398578386221197297977401
13287.422614495482255270197299977511
13384.124479643720938172-11029611039171
13484.445721161759717713111040001051491
13583.65536116113696313812311040001051491
13683.152311539657497726-11040021051491
13783.495361155784667962011040051051491
13884.415621142953210673-11040081051491
13983.4347010364950250537-11041241051491
14082.72363842739857482611043151051651
14182.36225529115319115847-11045291050611
14289.31308476977939826811046661051421
14385.632524795315753635-11046691051481
14488.374987108678108764-11047021047871
14584.3850189276379528-11086051104701
14685.8888817354759949333-11087511104701
14785.6487217339466996401-11087511104701
14883.52392897749857588111087511096481
14986.869461734797898152211087511104701
15085.3585417319843610016611087511104691
15186.36916172913829514002311087551104691
15287.445841062576405870111094201104701
15385.8988216133307934691-11116241132321
15486.0718143324264772980011151951185241
15578.74215749297623051011185321192931
15690.543955966703567630-11193411199321
15784.69247479686966917411212721217481
15879.25197595150191561311219941225861
Short-link