<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX539331.7	1	GAATTCTTTTGTGATTGGATTACCTCACTCAGGATGACATCCTCCAGATA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	80141	GAATTCTTTTGTGATTGGATTACCTCACTCAGGATGACATCCTCCAGATA	80190

BX539331.7	51	CATCCATTTGCCCAAGAGTTTCATAAATTTGTTGTTTTTAATAGCTGAGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	80191	CATCCATTTGCCCAAGAGTTTCATAAATTTGTTGTTTTTAATAGCTGAGT	80240

BX539331.7	101	AGTACTCCATTTTGTAAGTATACAACATTTTCTGTATCCATTCCTCTGTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	80241	AGTACTCCATTTTGTAAGTATACAACATTTTCTGTATCCATTCCTCTGTT	80290

BX539331.7	151	GAAGAACATCTGGGTTCGTTCCAGCTTCTGGCTATTATAACTAAGGCAGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	80291	GAAGAACATCTGGGTTCGTTCCAGCTTCTGGCTATTATAACTAAGGCAGC	80340

BX539331.7	201	TATGAACATAATGGAGCATGTGTTCTTATTACCAGTTGGAAAATCTTCTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	80341	TATGAACATAATGGAGCATGTGTTCTTATTACCAGTTGGAAAATCTTCTG	80390

BX539331.7	251	GTTATATGCCCAGGAGAGGTAATCCTGGATATTCTGGTAGTACTATGTCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	80391	GTTATATGCCCAGGAGAGGTAATCCTGGATATTCTGGTAGTACTATGTCC	80440

BX539331.7	301	AATTTTCTGAGGAACTGCCAGACTGACTTCCAGAGTGGTTGTATAAGCTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	80441	AATTTTCTGAGGAACTGCCAGACTGACTTCCAGAGTGGTTGTATAAGCTT	80490

BX539331.7	351	GCAAACCCACCAGCAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCGCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	80491	GCAAACCCACCAGCAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCGCC	80540

BX539331.7	401	AGCATCTGATGTCACCTGAATTTTTTCCACATACTGTTGTGGTGACCCTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	80541	AGCATCTGATGTCACCTGAATTTTTTCCACATACTGTTGTGGTGACCCTG	80590

BX539331.7	451	GGTGGAATGTGGAGATCTGCACTTGGGTTGGTGTCAGGGCACTCTGGTGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	80591	GGTGGAATGTGGAGATCTGCACTTGGGTTGGTGTCAGGGCACTCTGGTGG	80640

BX539331.7	501	AGTCAGCATGTGAGGCATAAATGCCAAAAAACTGCTCATGAGAAATGAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	80641	AGTCAGCATGTGAGGCATAAATGCCAAAAAACTGCTCATGAGAAATGAAT	80690

BX539331.7	551	TTCTAGGACTTTCCTCCTGGATGTCTGGCGAAAGTCAACTCTCCAGTTTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	80691	TTCTAGGACTTTCCTCCTGGATGTCTGGCGAAAGTCAACTCTCCAGTTTG	80740

BX539331.7	601	GATCAGTTTGTCAGGCGAAAAGCCTGGAAGCTGTTTCACGAGGATAAAAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	80741	GATCAGTTTGTCAGGCGAAAAGCCTGGAAGCTGTTTCACGAGGATAAAAG	80790

BX539331.7	651	TTCCATGGAAATTTTCCTCCCAGAGTTATGGCATTTCTTTCCCTAACCCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	80791	TTCCATGGAAATTTTCCTCCCAGAGTTATGGCATTTCTTTCCCTAACCCA	80840

BX539331.7	701	TAATATTCAAATTTCCACCACATTAGTCTAATGTATAGATTCACGTGCAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	80841	TAATATTCAAATTTCCACCACATTAGTCTAATGTATAGATTCACGTGCAC	80890

BX539331.7	751	TCTATTAAGCATTACCTTATAGTAAATGCCTTTTAAGATTGTATTCTAAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	80891	TCTATTAAGCATTACCTTATAGTAAATGCCTTTTAAGATTGTATTCTAAC	80940

BX539331.7	801	ATAGCTAAAGCCTTTTCCCAGTGTTCTTAGATTCCAGATAGCAGCAAGGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	80941	ATAGCTAAAGCCTTTTCCCAGTGTTCTTAGATTCCAGATAGCAGCAAGGA	80990

BX539331.7	851	GTTTAACCTATTCAGTTACTAATTAAGCTCTACCATAAAACAATAAAGCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	80991	GTTTAACCTATTCAGTTACTAATTAAGCTCTACCATAAAACAATAAAGCA	81040

BX539331.7	901	CTTGCCATTAACTCAGTTGTTTGCAGAAAGAGACTAAAAGTCTCACTGAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	81041	CTTGCCATTAACTCAGTTGTTTGCAGAAAGAGACTAAAAGTCTCACTGAG	81090

BX539331.7	951	ATAGAAATCTTTTACTACAGGCTACATTCCATGTCAAGTATAAGTTGATA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	81091	ATAGAAATCTTTTACTACAGGCTACATTCCATGTCAAGTATAAGTTGATA	81140

BX539331.7	1001	TACTACCCTGATAAGGGGGAACTCTCCAGAGAGGATAAGTTTTACTAGAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	81141	TACTACCCTGATAAGGGGGAACTCTCCAGAGAGGATAAGTTTTACTAGAC	81190

BX539331.7	1051	CTAAGAATTTAGAGCTCTGTGATAACATTACTCTTAAGGCCTGTCAAGAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	81191	CTAAGAATTTAGAGCTCTGTGATAACATTACTCTTAAGGCCTGTCAAGAG	81240

BX539331.7	1101	TTAACAACCCCCTGATGCTTTTAACCTTAAAGTGTGAAATTCTTGCCTGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	81241	TTAACAACCCCCTGATGCTTTTAACCTTAAAGTGTGAAATTCTTGCCTGG	81290

BX539331.7	1151	CATTAGGCTGATCCTAGGCAGGGCTTGTTATCCTTAATGTAAACATTTAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	81291	CATTAGGCTGATCCTAGGCAGGGCTTGTTATCCTTAATGTAAACATTTAA	81340

BX539331.7	1201	TTAGTCCCTACAAATTCCTTTCTGCTGTAACTGGTGAATTTCAGTGTATC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	81341	TTAGTCCCTACAAATTCCTTTCTGCTGTAACTGGTGAATTTCAGTGTATC	81390

BX539331.7	1251	TTGTCTTTTGTGATTTGTATCTTCTGATAATTCGTTGTAATATAAGACTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	81391	TTGTCTTTTGTGATTTGTATCTTCTGATAATTCGTTGTAATATAAGACTG	81440

BX539331.7	1301	AAGCTCAACCAGAACATTACATTCAGATTCAACACGTCTCTTGTGTGTGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	81441	AAGCTCAACCAGAACATTACATTCAGATTCAACACGTCTCTTGTGTGTGT	81490

BX539331.7	1351	GTGATTGTCATTTCATCCGACTCTTTTGCCCATCTGCTTAAGTAATCCCG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	81491	GTGATTGTCATTTCATCCGACTCTTTTGCCCATCTGCTTAAGTAATCCCG	81540

BX539331.7	1401	TTCCTCGCAGACCAGGGACCCAGAGGGTCTGCGGCACATTTGTTTCATAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	81541	TTCCTCGCAGACCAGGGACCCAGAGGGTCTGCGGCACATTTGTTTCATAA	81590

BX539331.7	1451	CTTCAATTAGTGTCCATTTGTCTCTGTTTAGTTTCTGTTTTCAGGATCTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	81591	CTTCAATTAGTGTCCATTTGTCTCTGTTTAGTTTCTGTTTTCAGGATCTG	81640

BX539331.7	1501	TCCATTGGTGAGAGTGGGGTGTTGAAGTCTCCCACTACTATTGTGTGAGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	81641	TCCATTGGTGAGAGTGGGGTGTTGAAGTCTCCCACTACTATTGTGTGAGG	81690

BX539331.7	1551	TGCAATGTGTTCTTTGAGCTTTACTAAAGTTTATTTAACGAATCTGGCTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	81691	TGCAATGTGTTCTTTGAGCTTTACTAAAGTTTATTTAACGAATCTGGCTG	81740

BX539331.7	1601	CCCTTGTATTTGGAGTATAGATATTCAGAATTGAGAGTTCCTCTTGGAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	81741	CCCTTGTATTTGGAGTATAGATATTCAGAATTGAGAGTTCCTCTTGGAAA	81790

BX539331.7	1651	GTTTTACCTTTTATGAGTATGAAGTGCACCTCCTTGTCTTTGGGTTGGAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	81791	GTTTTACCTTTTATGAGTATGAAGTGCACCTCCTTGTCTTTGGGTTGGAA	81840

BX539331.7	1701	GTCAATTTTATTCGATATTAGAATGGCTACTCCAGCTTGTTTCTTCAGAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	81841	GTCAATTTTATTCGATATTAGAATGGCTACTCCAGCTTGTTTCTTCAGAC	81890

BX539331.7	1751	CGTTTGCTTGGAAAATTGTTTTCCAGCCTTTAACTTTGAGGTAGTGTCTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	81891	CGTTTGCTTGGAAAATTGTTTTCCAGCCTTTAACTTTGAGGTAGTGTCTG	81940

BX539331.7	1801	TCCTTTTAGATGAGGTGTGTTTCCTGTAAGCAACAAAATGTTGGATCCTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	81941	TCCTTTTAGATGAGGTGTGTTTCCTGTAAGCAACAAAATGTTGGATCCTC	81990

BX539331.7	1851	ATTGTGGAGCCAGTCTATTAGTCTATGTCTTTTTATTGTGGAATTGAGTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	81991	ATTGTGGAGCCAGTCTATTAGTCTATGTCTTTTTATTGTGGAATTGAGTC	82040

BX539331.7	1901	CATTGATGTTAAGAGAAATTAACTAAAAGTAATTGTTGCTTCCTGTTATT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	82041	CATTGATGTTAAGAGAAATTAACTAAAAGTAATTGTTGCTTCCTGTTATT	82090

BX539331.7	1951	TTTGTTGTTAACGTTGGCATTCTCTTCTTGTGGCTGTCTTCTTTCAGGTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX539309.5	82091	TTTGTTGTTAACGTTGGCATTCTCTTCTTGTGGCTGTCTTCTTTCAGGTT	82140

Overview

Query
BX539331.7 - 69108 bps
Hit
BX539309.5 - 82140 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link