<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL845367.6	2000	TTTAAACTGCACAAAATATTAAATGTGTGGAAAGTACATCATTACATTTA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1	TTTAAACTGCACAAAATATTAAATGTGTGGAAAGTACATCATTACATTTA	50

C  AL845367.6	1950	AACATTGGTACCGACATCCTGCTGGACCTTGAGGATAGAAGAAGAGAAAA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	51	AACATTGGTACCGACATCCTGCTGGACCTTGAGGATAGAAGAAGAGAAAA	100

C  AL845367.6	1900	GTATAGCTGAAGAAAAGGGGAATGTCATGAGGACATTGGGTTTTTTTATT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	101	GTATAGCTGAAGAAAAGGGGAATGTCATGAGGACATTGGGTTTTTTTATT	150

C  AL845367.6	1850	ACTTTTTTCTGTCTGTTGTAGTGTGTTATAAATGAAAGTATTCCATTTAA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	151	ACTTTTTTCTGTCTGTTGTAGTGTGTTATAAATGAAAGTATTCCATTTAA	200

C  AL845367.6	1800	GTATTCACTTATGGATTTCAAGGTTTTTGAGTCTCAATCAAATTGAACAA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	201	GTATTCACTTATGGATTTCAAGGTTTTTGAGTCTCAATCAAATTGAACAA	250

C  AL845367.6	1750	CTGGGAAACACAACAAATGAACCAATGTAAAATGTAGAAGAAAAAAAGTT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	251	CTGGGAAACACAACAAATGAACCAATGTAAAATGTAGAAGAAAAAAAGTT	300

C  AL845367.6	1700	ATAATAATACAGTTCAAATAAAGGTGTCTGAAGGATTTCTGCAGTTTTTT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	301	ATAATAATACAGTTCAAATAAAGGTGTCTGAAGGATTTCTGCAGTTTTTT	350

C  AL845367.6	1650	TGTGGCTATAAGTCCCGATCTGTACCATTGTCAAGTAAATCTTATCTTTT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	351	TGTGGCTATAAGTCCCGATCTGTACCATTGTCAAGTAAATCTTATCTTTT	400

C  AL845367.6	1600	TTTTTCGTCTTTATATCTCTCAAAGTTTCGAAAACTGTAATGTTGGTTTT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	401	TTTTTCGTCTTTATATCTCTCAAAGTTTCGAAAACTGTAATGTTGGTTTT	450

C  AL845367.6	1550	TGTGGTTTGAGGACTGTCCATTGACGTAATGTATTTTATACTGTAAAAAA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	451	TGTGGTTTGAGGACTGTCCATTGACGTAATGTATTTTATACTGTAAAAAA	500

C  AL845367.6	1500	ATCCATATTATAACTTACCCAATGCAGGGATGTTAAATTTAGTTTTTGAA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	501	ATCCATATTATAACTTACCCAATGCAGGGATGTTAAATTTAGTTTTTGAA	550

C  AL845367.6	1450	CGGCTGCTGCCCTGCACAGTTTAATTCCAACCCTGTTTCAACAAATTACC	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	551	CGGCTGCTGCCCTGCACAGTTTAATTCCAACCCTGTTTCAACAAATTACC	600

C  AL845367.6	1400	TATAGGTTTCAAACAAGCCTGGAGGACTCAATTAGTTTGATCAGGTGTGT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	601	TATAGGTTTCAAACAAGCCTGGAGGACTCAATTAGTTTGATCAGGTGTGT	650

C  AL845367.6	1350	TTAATTAGGGTTGGAACTAAACTGCAGAGCTGCGGCCCTCCAGGAACTTG	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	651	TTAATTAGGGTTGGAACTAAACTGCAGAGCTGCGGCCCTCCAGGAACTTG	700

C  AL845367.6	1300	AGTCACATGCTGCATCCCAATTCTCATAATACGCCCTAAAAGTATGGACT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	701	AGTCACATGCTGCATCCCAATTCTCATAATACGCCCTAAAAGTATGGACT	750

C  AL845367.6	1250	TTTTTGTAAAGGAAAAATATATACTTTTAAGTGTGCAACAAGTGCATGCT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	751	TTTTTGTAAAGGAAAAATATATACTTTTAAGTGTGCAACAAGTGCATGCT	800

C  AL845367.6	1200	AGCTTTGGGACATACTACCTCCTCATTAACAGATTGTTTTGTTGCTTAGT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	801	AGCTTTGGGACATACTACCTCCTCATTAACAGATTGTTTTGTTGCTTAGT	850

C  AL845367.6	1150	TAAAAACCCCGTCAATCCTTCACACATCCTCCACATTTCTGTCATATTTA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	851	TAAAAACCCCGTCAATCCTTCACACATCCTCCACATTTCTGTCATATTTA	900

C  AL845367.6	1100	ATTTTCCTACTTTATTGGAGAAGCAGCAGCAGGTTAATCTCCCATTCACG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	901	ATTTTCCTACTTTATTGGAGAAGCAGCAGCAGGTTAATCTCCCATTCACG	950

C  AL845367.6	1050	AGTCTTTCATGCAGAGAAATCTCCTCAGGTCTTTGGATAATTATGCATTC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	951	AGTCTTTCATGCAGAGAAATCTCCTCAGGTCTTTGGATAATTATGCATTC	1000

C  AL845367.6	1000	AGACATTAATGTCCAAACACGTCTTTATATAAGTTCAGTATTGTTGTTGC	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1001	AGACATTAATGTCCAAACACGTCTTTATATAAGTTCAGTATTGTTGTTGC	1050

C  AL845367.6	950	AGATGAAATATAACACAGAAAACGCAATTTAAATATTTTCCAGTGGGCTA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1051	AGATGAAATATAACACAGAAAACGCAATTTAAATATTTTCCAGTGGGCTA	1100

C  AL845367.6	900	GATATTAATTAACAGTCATACAAACATCTTTACCGAAGCCTCTCTTGCGC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1101	GATATTAATTAACAGTCATACAAACATCTTTACCGAAGCCTCTCTTGCGC	1150

C  AL845367.6	850	GTCCATCATGTTTATAGTTTTTTTACACTTTTTACTCTGGTTTGTAGTTC	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1151	GTCCATCATGTTTATAGTTTTTTTACACTTTTTACTCTGGTTTGTAGTTC	1200

C  AL845367.6	800	TAATCGAATTCACGTCCAACACACAATGCAATGTGGACAAATTCAGCGGT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1201	TAATCGAATTCACGTCCAACACACAATGCAATGTGGACAAATTCAGCGGT	1250

C  AL845367.6	750	TAGAGTATGTATGGTTCTACGTGTAAAATTTTACACTTATAAACCATCCA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1251	TAGAGTATGTATGGTTCTACGTGTAAAATTTTACACTTATAAACCATCCA	1300

C  AL845367.6	700	GGAACCTTTGGCATGCTCTTTTCAACATACTACGATTTGGGGAATACTAA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1301	GGAACCTTTGGCATGCTCTTTTCAACATACTACGATTTGGGGAATACTAA	1350

C  AL845367.6	650	TTCTGTTTTTAAATACTATTTATGATGGATATGCGAATTAGGACACAGCA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1351	TTCTGTTTTTAAATACTATTTATGATGGATATGCGAATTAGGACACAGCA	1400

C  AL845367.6	600	ACAGAGTTTGAGACGTGTGTCTTAACAACTATGTGTCTTAACATGTGCAC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1401	ACAGAGTTTGAGACGTGTGTCTTAACAACTATGTGTCTTAACATGTGCAC	1450

C  AL845367.6	550	TATGATTTATAAGTGTTATAAATTACGAAAACACAGGGCATGTCCTCATA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1451	TATGATTTATAAGTGTTATAAATTACGAAAACACAGGGCATGTCCTCATA	1500

C  AL845367.6	500	AACCACCTCAAAATCGTAAGTCATTCAAATGTCACAAATTTGTGTTTTTA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1501	AACCACCTCAAAATCGTAAGTCATTCAAATGTCACAAATTTGTGTTTTTA	1550

C  AL845367.6	450	TAAACCACCAAAACTATCACACCCGCACACAAACAAAATATTTTGAACTT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1551	TAAACCACCAAAACTATCACACCCGCACACAAACAAAATATTTTGAACTT	1600

C  AL845367.6	400	GAATGTTGAAACGAAACGCCAATGGAGCCCAATGATGGACCAATTAGCCC	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1601	GAATGTTGAAACGAAACGCCAATGGAGCCCAATGATGGACCAATTAGCCC	1650

C  AL845367.6	350	CACTGACATTTACAAAATAGATTATTGCCTTGGTTGGCAAGTAAGTGACA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1651	CACTGACATTTACAAAATAGATTATTGCCTTGGTTGGCAAGTAAGTGACA	1700

C  AL845367.6	300	CCATAGATAAATACATTAGCTATCGCCTACTCTGTTGTTGTTTATTGGAA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1701	CCATAGATAAATACATTAGCTATCGCCTACTCTGTTGTTGTTTATTGGAA	1750

C  AL845367.6	250	GGAATGTGTCAATAGAGCTGCCATTTTAGTACAGGGTACCGCTCCTTTGA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1751	GGAATGTGTCAATAGAGCTGCCATTTTAGTACAGGGTACCGCTCCTTTGA	1800

C  AL845367.6	200	AATGAATATGGGACCAATTAAGCTGCAGTGGAGGACTGTGACCATCCAGA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1801	AATGAATATGGGACCAATTAAGCTGCAGTGGAGGACTGTGACCATCCAGA	1850

C  AL845367.6	150	GCCAAAGATATACACATACAGGCATATATCGGGAGTTTTCCTGGTGGTCA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1851	GCCAAAGATATACACATACAGGCATATATCGGGAGTTTTCCTGGTGGTCA	1900

C  AL845367.6	100	GTATGCAATTTTCCTTTTTAAATTACAAAAATTATAATTTTCCATCACTT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1901	GTATGCAATTTTCCTTTTTAAATTACAAAAATTATAATTTTCCATCACTT	1950

C  AL845367.6	50	TTCTACATTGATGGATAAGTGACCGCACAGGCATTCATGACAAAAAGCTT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537357.7	1951	TTCTACATTGATGGATAAGTGACCGCACAGGCATTCATGACAAAAAGCTT	2000

Overview

Query
AL845367.6 - 104646 bps
Hit
BX537357.7 - 56746 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001938200012000-1120001
291.158111346568466801534254541
391.0711616946767469351549656631
483.7916436546565469291676171301
597.375311491462915751808481971
695.29378528205282891812882121
798.840846367063753-116370164521
898.7339793783037908-116376164541
998.7339795576355841-116376164541
1082.76582104556945778119960201621
1184.43671636011660278120158203241
1293.08881314277842908-120193203221
1394.321421764657846753125422255971
1484.21982065723957444-125425256331
1589.534957681083711604-131948327021
1682.212656601016610825-132774334531
1796.3968834642146503-134896349781
1886.871332834561645898-134898351941
1988.03761454095441098134961351021
2098.13501079146191567-138049381551
2181.57822212316023380-155095553221
Short-link