<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1987 bps / non-identical: 650 bps

Full alignment

C  BX000483.7	1998	AGGGAGGCGGAGGTTGCGGTGAGCCGAGATCTCGCCGTTGCACTCCAGCC	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1	AGGGAGGCGGAGGTTGCGGTGAGCCGAGATCTCGCCGTTGCACTCCAGCC	50

C  BX000483.7	1948	TGGGTGACAGAGTGAGACTCCTCAAAAAATATATATATACACATATATAT	1899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	51	TGGGTGACAGAGTGAGACTCCTCAAAAAATATATATATACACATATATAT	100

C  BX000483.7	1898	ATATACACATACACACGCACGTATATATGTATACGTGTGTATATACACGC	1849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	101	ATATACACATACACACGCACGTATATATGTATACGTGTGTATATACACGC	150

C  BX000483.7	1848	ATACACACATATACATGTATACATACACGTATACACGCATACACACATA-	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
  BX537334.4	151	ATACACACATATACATGTATACATACACGTATACACGCATACACACATAT	200

C  BX000483.7	1799	-CATGTATACACACATATACATGTACACATACACATATACATGCATACAC	1751
			 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	201	ACATGTATAAACACATATACATGTACACATACACATATACATGCATACAC	250

C  BX000483.7	1750	ATATACATGTATGCATACACGTATACACATATGCACACATA--CATATAT	1703
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||
  BX537334.4	251	ATATACATGTATGCATACACGTATACACATATGCACACATATACATATAT	300

C  BX000483.7	1702	ACACACATACA----TATACACACACATACACACATA--CACATGTATAA	1659
			|||||||||||    |||||||||||| |||||||||  |||||||||||
  BX537334.4	301	ACACACATACACACATATACACACACACACACACATATACACATGTATAA	350

C  BX000483.7	1658	ACATATACATACATATATACACACCGATATATACACATATATACACACAG	1609
			|||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	351	ACATA--CATACATATATACACACCGATATATACACATATATACACACAG	398

C  BX000483.7	1608	ACACATAAACACACATATATACACACACATATATATCTATAGGCTTGGTG	1559
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	399	ACACATAAACACACATATATACACACACATATATATCTATAGGCTTGGTG	448

C  BX000483.7	1558	TGAGAACTAGCTGAGGGGTTGGCTGACAGGGGAGGCCGGCTCCTAAGTGG	1509
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	449	TGAGAACTAGCTGAGGGGTTGGCTGACAGGGGAGGCCGGCTCCTAAGTGG	498

C  BX000483.7	1508	GCTGTCACTGTGTTTAGTAATTAGTGAGCTGTGGGAGGATAGTGTCTCCC	1459
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	499	GCTGTCACTGTGTTTAGTAATTAGTGAGCTGTGGGAGGATAGTGTCTCCC	548

C  BX000483.7	1458	TGGGTCTGTAAGGGCTCCAGACGCCACAGCAAGGAGAATACAGAAATAAG	1409
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	549	TGGGTCTGTAAGGGCTCCAGACGCCACAGCAAGGAGAATACAGAAATAAG	598

C  BX000483.7	1408	AAAACATATTATGGGCTGCCATGGTGGTTCTTGACTGTCATCCCAGCACT	1359
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	599	AAAACATATTATGGGCTGCCATGGTGGTTCTTGACTGTCATCCCAGCACT	648

C  BX000483.7	1358	CTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCACTTGAGGCCAGGAGTTCAAGACCAA	1309
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	649	CTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCACTTGAGGCCAGGAGTTCAAGACCAA	698

C  BX000483.7	1308	CCTGGCCAACATAGAGAGACCCCATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTT--GAG	1261
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||
  BX537334.4	699	CCTGGCCAACATAGAGAGACCCCATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAG	748

C  BX000483.7	1260	ATGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCAG	1211
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	749	ATGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCAG	798

C  BX000483.7	1210	CTCAATGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCC	1161
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	799	CTCAATGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCC	848

C  BX000483.7	1160	TCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCCATCACGCACCCAGGTAATTTTT	1111
			|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
  BX537334.4	849	TCCTGAGTAGCTGGCACTACAGGTGCCCATCACGCACCCAGGTAGTTTTT	898

C  BX000483.7	1110	GTGTTTTTAATAGAGACGAG-TTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGA	1062
			|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	899	GTGTTTTTAATAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGA	948

C  BX000483.7	1061	ACTCCTGACCTCATGTTCCACCCGCCTTCGCCTCCCAAAGTGCTGGGATG	1012
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	949	ACTCCTGACCTCATGTTCCACCCGCCTTCGCCTCCCAAAGTGCTGGGATG	998

C  BX000483.7	1011	ACAGGCGTGAGTCACTGCACACTCGGCTGTTTTTTTTTCTTTTGAGATGG	962
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	999	ACAGGCGTGAGTCACTGCACACTCGGCTGTTTTTTTTTCTTTTGAGATGG	1048

C  BX000483.7	961	AGTCTCGGTCTATCATTCAGACTGGAGTGCAGTGGCACGATGTCAGCTCA	912
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1049	AGTCTCGGTCTATCATTCAGACTGGAGTGCAGTGGCACGATGTCAGCTCA	1098

C  BX000483.7	911	ATGCAACCTCCACCTCCCGGCTTCAAGCAGTTCTCCTGCCTGAGCCTCCC	862
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1099	ATGCAACCTCCATCTCCCGGCTTCAAGCAGTTCTCCTGCCTGAGCCTCCC	1148

C  BX000483.7	861	GAGTAACTGGGACTACAGGCGCCTGCCACACACCCAGCTAAGTTTTGTAT	812
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1149	GAGTAACTGGGACTACAGGCGCCTGCCACACACCCAGCTAAGTTTTGTAT	1198

C  BX000483.7	811	TTTTAGTAGAGACGGGATTTCACCATGTTGGTCAGGCTGCTCTCAAGCTC	762
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1199	TTTTAGTAGAGATGGGATTTCACCATGTTGGTCAGGCTGCTCTCAAGCTC	1248

C  BX000483.7	761	CTGACCTCATGATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGAAGACAG	712
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1249	CTGACCTCATGATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGAAGACAG	1298

C  BX000483.7	711	GCGAAGTCACCACGCCCAGCCACCCCATCTCTATTTTAAAGAAAATGAAA	662
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1299	GCGAAGTCACCACGCCCAGCCACCCCATCTCTATTTTAAAGAAAATGAAA	1348

C  BX000483.7	661	ACGTATTATCATCGGTCCTATGATCACCAACATTTGGCCCAAACAAAGTC	612
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1349	ACGTATTATCATCGGTCCTATGATCACCAACATTTGGCCCAAACAAAGTC	1398

C  BX000483.7	611	ACAATACTTGGAAATTCGGGGGTGAAACTGCAGCCGCCGCGTCCCGAACT	562
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1399	ACAATACTTGGAAATTCGGGGGTGAAACTGCAGCCGCCGCGTCCCGAACT	1448

C  BX000483.7	561	TCAGAAGGGTCCCGTCAGCACCACAGCAGCTTCTGATTGAGCGCGATGAC	512
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1449	TCAGAAGGGTCCCGTCAGCACCACAGCAGCTTCTGATTGAGCGCGATGAC	1498

C  BX000483.7	511	GTCACTGACGAAGCCGTCTGCGACGATGAAGTCCCCCGCGATGATGTTGG	462
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1499	GTCACTGACGAAGCCGTCTGCGCCGATGAAGTCCCCCGCGATGATGTTGG	1548

C  BX000483.7	461	TGCACCGTGAACCCGGCCCCGGGCACTGCTCTCGGACCCACGCGCTCAGC	412
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1549	TGCACCGTGAACCCGGCCCCGGGCACTGCTCTCGGACCCACGCGCTCAGC	1598

C  BX000483.7	411	CGCGGAAGGTTGGGCAGCGTCATCTTCTCCAGGGACTCGGACGGGTGCGC	362
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1599	CGCGGAAGGTTGGGCAGCGTCATCTTCTCCAGGGACTCGGACGGGTGCGC	1648

C  BX000483.7	361	CAGAACGTACTGCAGGTTCTCCGTGAGGTTGATGCCGGCCACGAACAACC	312
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1649	CAGAACGTACTGCAGGTTCTCCGTGAGGTTGATGCCGGCCACGAACAACC	1698

C  BX000483.7	311	CTCCTGCAACGGTGAGGGTGGGGAGAGGTTACACGGTCACGGGCCTCACC	262
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1699	CTCCTGCAACGGTGAGGGTGGGGAGAGGTTACACGGTCACGGGCCTCACC	1748

C  BX000483.7	261	CGCCTGTTTCTCCCTCCTAGTCACATTATTAGAGGTTCGCATCTCAGGAA	212
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1749	CGCCTGTTTCTCCCTCCTAGTCACATTATTAGAGGTTCGCATCTCAGGAA	1798

C  BX000483.7	211	TTAAGAGTTGAAAGCACCATGTCCAACAAGGAAATTGGGTGAGCTTTGCT	162
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1799	TTAAGAGTTGAAAGCACCATGTCCAACAAGGAAATTGGGTGAGCTTTGCT	1848

C  BX000483.7	161	TATAAAGCGTGGTGGGCAGTAGACAACCCCAAAGATGCTCACGTCGTAAC	112
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1849	TATAAAGCGTGGTGGGCAGTAGACAACCCCAAAGATGCTCACGTCGTAAC	1898

C  BX000483.7	111	ACCGTGTGGGAGACAGATTAATGTCCCCAAAGATGTCCACGTCCTAATCC	62
			||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
  BX537334.4	1899	ACCGTGTGGGAGACAGAATAATGTCCCCAAAGATGTCCACATCCTAATCC	1948

C  BX000483.7	61	CCATGAGGTAGACAGGATAATGGCCCCAAAGATGTCCACGTCCTAATCCC	12
			||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1949	CCATGTGATAGACAGAATAATGGCCCCAAAGATGTCCACGTCCTAATCCC	1998

Compact alignment

skip 150 bps 100% identity alignment

C  BX000483.7	1848	ATACACACATATACATGTATACATACACGTATACACGCATACACACATA-	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
  BX537334.4	151	ATACACACATATACATGTATACATACACGTATACACGCATACACACATAT	200

C  BX000483.7	1799	-CATGTATACACACATATACATGTACACATACACATATACATGCATACAC	1751
			 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	201	ACATGTATAAACACATATACATGTACACATACACATATACATGCATACAC	250

C  BX000483.7	1750	ATATACATGTATGCATACACGTATACACATATGCACACATA--CATATAT	1703
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||
  BX537334.4	251	ATATACATGTATGCATACACGTATACACATATGCACACATATACATATAT	300

C  BX000483.7	1702	ACACACATACA----TATACACACACATACACACATA--CACATGTATAA	1659
			|||||||||||    |||||||||||| |||||||||  |||||||||||
  BX537334.4	301	ACACACATACACACATATACACACACACACACACATATACACATGTATAA	350

C  BX000483.7	1658	ACATATACATACATATATACACACCGATATATACACATATATACACACAG	1609
			|||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	351	ACATA--CATACATATATACACACCGATATATACACATATATACACACAG	398

skip 300 bps 100% identity alignment

C  BX000483.7	1308	CCTGGCCAACATAGAGAGACCCCATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTT--GAG	1261
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||
  BX537334.4	699	CCTGGCCAACATAGAGAGACCCCATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAG	748

skip 100 bps 100% identity alignment

C  BX000483.7	1160	TCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCCATCACGCACCCAGGTAATTTTT	1111
			|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
  BX537334.4	849	TCCTGAGTAGCTGGCACTACAGGTGCCCATCACGCACCCAGGTAGTTTTT	898

C  BX000483.7	1110	GTGTTTTTAATAGAGACGAG-TTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGA	1062
			|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	899	GTGTTTTTAATAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGA	948

skip 150 bps 100% identity alignment

C  BX000483.7	911	ATGCAACCTCCACCTCCCGGCTTCAAGCAGTTCTCCTGCCTGAGCCTCCC	862
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1099	ATGCAACCTCCATCTCCCGGCTTCAAGCAGTTCTCCTGCCTGAGCCTCCC	1148

skip 50 bps 100% identity alignment

C  BX000483.7	811	TTTTAGTAGAGACGGGATTTCACCATGTTGGTCAGGCTGCTCTCAAGCTC	762
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1199	TTTTAGTAGAGATGGGATTTCACCATGTTGGTCAGGCTGCTCTCAAGCTC	1248

skip 250 bps 100% identity alignment

C  BX000483.7	511	GTCACTGACGAAGCCGTCTGCGACGATGAAGTCCCCCGCGATGATGTTGG	462
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1499	GTCACTGACGAAGCCGTCTGCGCCGATGAAGTCCCCCGCGATGATGTTGG	1548

skip 350 bps 100% identity alignment

C  BX000483.7	111	ACCGTGTGGGAGACAGATTAATGTCCCCAAAGATGTCCACGTCCTAATCC	62
			||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
  BX537334.4	1899	ACCGTGTGGGAGACAGAATAATGTCCCCAAAGATGTCCACATCCTAATCC	1948

C  BX000483.7	61	CCATGAGGTAGACAGGATAATGGCCCCAAAGATGTCCACGTCCTAATCCC	12
			||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX537334.4	1949	CCATGTGATAGACAGAATAATGGCCCCAAAGATGTCCACGTCCTAATCCC	1998

Overview

Query
BX000483.7 - 15918 bps
Hit
BX537334.4 - 36872 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1987 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link