<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX465860.7	1	AAGCTTAATCTGCAGTCTGGGTTTTTTTTCAAATCGTTTTGTGCAACAGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	63077	AAGCTTAATCTGCAGTCTGGGTTTTTTTTCAAATCGTTTTGTGCAACAGA	63126

BX465860.7	51	CCTCAGAGCTGATTGGAAAACAAAACGCAGACAGGAGCTCAAGATGACCG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	63127	CCTCAGAGCTGATTGGAAAACAAAACGCAGACAGGAGCTCAAGATGACCG	63176

BX465860.7	101	TTGGCACAGGAAGTTGGTACATGTCATGTTGGCGGGAGATAAAGAAGCAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	63177	TTGGCACAGGAAGTTGGTACATGTCATGTTGGCGGGAGATAAAGAAGCAG	63226

BX465860.7	151	GATTCGGCATTATCAACAACATCATTTAAAAACTGCTTTATACATCATGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	63227	GATTCGGCATTATCAACAACATCATTTAAAAACTGCTTTATACATCATGA	63276

BX465860.7	201	ATACAAAGAGGAAAATGATGCAAACCGTCTAAAAACTGTGCATGCGTCAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	63277	ATACAAAGAGGAAAATGATGCAAACCGTCTAAAAACTGTGCATGCGTCAT	63326

BX465860.7	251	TGTAGTGGTGTGAAGATCCTGAAAACTGAGACTGACTGAGCTATAAACAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	63327	TGTAGTGGTGTGAAGATCCTGAAAACTGAGACTGACTGAGCTATAAACAG	63376

BX465860.7	301	AACATGTTTGGGTGAAGTGTTTGATAAACAATGTTACTGTTCTTACTGTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	63377	AACATGTTTGGGTGAAGTGTTTGATAAACAATGTTACTGTTCTTACTGTT	63426

BX465860.7	351	CAAAGGCACTGATATGATTAAGTTGTTCTACATAAAGAATACAGTCTGAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	63427	CAAAGGCACTGATATGATTAAGTTGTTCTACATAAAGAATACAGTCTGAA	63476

BX465860.7	401	AACAACTAAATTAAATCCTTTTAAAATGACATTATTTTTTCAATGTTGTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	63477	AACAACTAAATTAAATCCTTTTAAAATGACATTATTTTTTCAATGTTGTC	63526

BX465860.7	451	AGGCATAAAAAAGTACCTCCTATGTAAATCATATTGATTTTGAGTTTGTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	63527	AGGCATAAAAAAGTACCTCCTATGTAAATCATATTGATTTTGAGTTTGTA	63576

BX465860.7	501	GATTTATTTAAAAATGACTGTGTGTAAAAACAAAGAAATAAAACAATGCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	63577	GATTTATTTAAAAATGACTGTGTGTAAAAACAAAGAAATAAAACAATGCA	63626

BX465860.7	551	AACGATACATTTGTTCTGCCTTTTTTTTACGTAGAGGTTATTTGTCATTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	63627	AACGATACATTTGTTCTGCCTTTTTTTTACGTAGAGGTTATTTGTCATTT	63676

BX465860.7	601	ATTCTCCCAAAGAAAATGTATGTGGTCCATTTTTTTGTCTATGCATATAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	63677	ATTCTCCCAAAGAAAATGTATGTGGTCCATTTTTTTGTCTATGCATATAA	63726

BX465860.7	651	ATACAAATTATAAAAACATCTTTTTGATTTATATGAGCAATAAATAATGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	63727	ATACAAATTATAAAAACATCTTTTTGATTTATATGAGCAATAAATAATGT	63776

BX465860.7	701	TTTAGTCAACACAACATCATTCTAACACTTGATTATGAGGATTCTCACAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	63777	TTTAGTCAACACAACATCATTCTAACACTTGATTATGAGGATTCTCACAA	63826

BX465860.7	751	ATTACAAGAGTTTATAGCGCTCTCTAGTGGCTGAAATAATAACGAAAAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	63827	ATTACAAGAGTTTATAGCGCTCTCTAGTGGCTGAAATAATAACGAAAAAT	63876

BX465860.7	801	ACTGATGCTAAAAGTTCTAGGAAGAACAAATTAAACAGATTTTTGTTTAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	63877	ACTGATGCTAAAAGTTCTAGGAAGAACAAATTAAACAGATTTTTGTTTAA	63926

BX465860.7	851	ACCTTACAAAAAATGTACGAAAACAACACTTAAAAAAAATAAATAAATAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	63927	ACCTTACAAAAAATGTACGAAAACAACACTTAAAAAAAATAAATAAATAA	63976

BX465860.7	901	AAATACATATATATCATAAATATAAATATACAGTTGAAGTCAGAATTATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	63977	AAATACATATATATCATAAATATAAATATACAGTTGAAGTCAGAATTATT	64026

BX465860.7	951	AGCCCCCATGTTTATTTTTTCCCCAATTTCTAAACATTCCCCAATTTTTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	64027	AGCCCCCATGTTTATTTTTTCCCCAATTTCTAAACATTCCCCAATTTTTC	64076

BX465860.7	1001	CCCATTTCTAATCATAATAGTTTTAATACCTCATTTATAATAACTGATTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	64077	CCCATTTCTAATCATAATAGTTTTAATACCTCATTTATAATAACTGATTT	64126

BX465860.7	1051	ATTTTATTTTTGCCATGATGACCGTAAACTACATTTTACTAGATATTTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	64127	ATTTTATTTTTGCCATGATGACCGTAAACTACATTTTACTAGATATTTTT	64176

BX465860.7	1101	TTAAAGCACTTTTATACAGCTTAAAGTGATATTTAAAGGCTTAACTAGGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	64177	TTAAAGCACTTTTATACAGCTTAAAGTGATATTTAAAGGCTTAACTAGGT	64226

BX465860.7	1151	TAATTAGGTTAACTTGGCAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTATTGTATAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	64227	TAATTAGGTTAACTTGGCAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTATTGTATAA	64276

BX465860.7	1201	CAATGGTTTGTTCTGTAGACTATCAAAAAAATTTGCTTAAAGTGTTTAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	64277	CAATGGTTTGTTCTGTAGACTATCAAAAAAATTTGCTTAAAGTGTTTAAT	64326

BX465860.7	1251	AATTTTGTCCTTAAAATGGTGTTTATAAAAAATCAAATAGCTTTTATTCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	64327	AATTTTGTCCTTAAAATGGTGTTTATAAAAAATCAAATAGCTTTTATTCT	64376

BX465860.7	1301	AGCCGAAATAAAACAAATAAGATTATCTCTAGAAGAAAAAATATTATCAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	64377	AGCCGAAATAAAACAAATAAGATTATCTCTAGAAGAAAAAATATTATCAG	64426

BX465860.7	1351	ACATACTGTGAAAATTTCCTGAATCTGTTAAACATCATTAGGGAAACATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	64427	ACATACTGTGAAAATTTCCTGAATCTGTTAAACATCATTAGGGAAACATT	64476

BX465860.7	1401	TGAAAAAAAGAGAAAGAAAAAAATCCAAAGGGGGGCACTTTAAGATGTAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	64477	TGAAAAAAAGAGAAAGAAAAAAATCCAAAGGGGGGCACTTTAAGATGTAC	64526

BX465860.7	1451	AGAAGTGTTTACAAAATATCTACTAAAATATTATTTACTGTTATTATTTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	64527	AGAAGTGTTTACAAAATATCTACTAAAATATTATTTACTGTTATTATTTA	64576

BX465860.7	1501	ACACTAAAAAACGGAACTACACTGTTCCAATTTACTATGACCATTTATGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	64577	ACACTAAAAAACGGAACTACACTGTTCCAATTTACTATGACCATTTATGT	64626

BX465860.7	1551	GAAGCTGCTTTGACACAATCTACACTGTAAAAGCGCTATACAAATAAAGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	64627	GAAGCTGCTTTGACACAATCTACACTGTAAAAGCGCTATACAAATAAAGG	64676

BX465860.7	1601	GGAATTGAACTGAATTAAATTGTCATCATGACAAAGATAAAATAAATCAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	64677	GGAATTGAACTGAATTAAATTGTCATCATGACAAAGATAAAATAAATCAG	64726

BX465860.7	1651	TTATTAGAAATGAGTTATTAAAACTTATGTTAAGAAATGTGTTGAAAAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	64727	TTATTAGAAATGAGTTATTAAAACTTATGTTAAGAAATGTGTTGAAAAAA	64776

BX465860.7	1701	AAAAATCTTCTCTCTGTTAAACAGAAATTGGGGGAAAAAATAAAGAGGGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	64777	AAAAATCTTCTCTCTGTTAAACAGAAATTGGGGGAAAAAATAAAGAGGGG	64826

BX465860.7	1751	GGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTACATTACATTAGTCAGTACTGAAGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	64827	GGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTACATTACATTAGTCAGTACTGAAGC	64876

BX465860.7	1801	CAAATTTGGAGCTAATCTAACAAAATTATTTACAATAATGGTTCAAAAAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	64877	CAAATTTGGAGCTAATCTAACAAAATTATTTACAATAATGGTTCAAAAAT	64926

BX465860.7	1851	GAGTAGCCCAAATATATGTTAGGGAAAAATATTAAATGAAATGGTCAAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	64927	GAGTAGCCCAAATATATGTTAGGGAAAAATATTAAATGAAATGGTCAAAA	64976

BX465860.7	1901	ATAGGAAGAATCAAGACAAGCAAAAAATATGTAGAATTTTTTTGAAATGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	64977	ATAGGAAGAATCAAGACAAGCAAAAAATATGTAGAATTTTTTTGAAATGT	65026

BX465860.7	1951	AGTAGTTTGTAAAAATTATTTTGCAATATTTTGCATGAATTTAAATGTTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537322.5	65027	AGTAGTTTGTAAAAATTATTTTGCAATATTTTGCATGAATTTAAATGTTT	65076

Overview

Query
BX465860.7 - 153901 bps
Hit
BX537322.5 - 65076 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001854200012000163077650761
286.21652985659956896-113064133601
384.861142387914579382-113110133601
483.332105826620166782-127735283041
583.241855147004370556127800283061
683.5113736910411409127885282601
793.6981268372383848137826379501
889.371232077006370269-140151403571
989.85239365145077145441-142680430531
1086.571883517907079420142680430441
1193.742913655653456898142682430481
1284.531653468350383848142692430401
1379.72347669167592440-143457441851
1483.922045206621066729-151539520481
1586.412364977004570541151553520451
1685.492235087004970556-153216537251
1784.561403676358363949-153217535981
1885.0616940510031407-153262536761
1983.95163324128257128580156244565671
2083.411554406622366662-164079645121
2182.541093316358563915164159644961
Short-link