<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX539316.6	1	GATCCTGCCGATCCATGAGCATGGGAGATCTTTCCATCTTCTGAGATCTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	138969	GATCCTGCCGATCCATGAGCATGGGAGATCTTTCCATCTTCTGAGATCTT	139018

BX539316.6	51	CTTTAATTTCTTTCTTCAGAGACTTGAAGTTCTTGTCATAGAGATCTTTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	139019	CTTTAATTTCTTTCTTCAGAGACTTGAAGTTCTTGTCATAGAGATCTTTC	139068

BX539316.6	101	ACTTTCTTAGTTAGAGTCACGCCTAGGTATTTTATATTATTTGTGGCTAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	139069	ACTTTCTTAGTTAGAGTCACGCCTAGGTATTTTATATTATTTGTGGCTAT	139118

BX539316.6	151	TGAGAAGGGTGTTGTTTCCCTAATTTCTTTCTCAGCCTGTTTGTCCTTTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	139119	TGAGAAGGGTGTTGTTTCCCTAATTTCTTTCTCAGCCTGTTTGTCCTTTG	139168

BX539316.6	201	TGTAGAGAAAGGTCATTGACTTGTTTGAGTTAATTTTATATCCAGCTACT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	139169	TGTAGAGAAAGGTCATTGACTTGTTTGAGTTAATTTTATATCCAGCTACT	139218

BX539316.6	251	TCACTGAAGCTGTTTATCAGGTTTGGGAGTTCTCTAGTGGAATTTTTAGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	139219	TCACTGAAGCTGTTTATCAGGTTTGGGAGTTCTCTAGTGGAATTTTTAGG	139268

BX539316.6	301	GTCACTTATATATACTATCATATCATCTGCAAAAAGTGATAATTTGACTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	139269	GTCACTTATATATACTATCATATCATCTGCAAAAAGTGATAATTTGACTT	139318

BX539316.6	351	CTTCCTTTCCAATTTGTATCCCCTTGATCTCCTTTTGTTGTCTAATTGCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	139319	CTTCCTTTCCAATTTGTATCCCCTTGATCTCCTTTTGTTGTCTAATTGCT	139368

BX539316.6	401	CTGGCTAGGACTTCAAGTACAATGTTGAATAGGTATGGAGAGAGTGGACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	139369	CTGGCTAGGACTTCAAGTACAATGTTGAATAGGTATGGAGAGAGTGGACA	139418

BX539316.6	451	GCCTTGTCTAGTCCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTCAAGCTTCTCACCAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	139419	GCCTTGTCTAGTCCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTCAAGCTTCTCACCAT	139468

BX539316.6	501	TTAATTTGATGCTGGCTACTGGTTTGCTGTAGATTGCTTTTATCATGTTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	139469	TTAATTTGATGCTGGCTACTGGTTTGCTGTAGATTGCTTTTATCATGTTC	139518

BX539316.6	551	GGGTATGGGCCTTGAAATTCTGATCTTTCCAAGACTTTTATCATGAATGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	139519	GGGTATGGGCCTTGAAATTCTGATCTTTCCAAGACTTTTATCATGAATGG	139568

BX539316.6	601	GTGTTGGATTTTGTCAAATGCTTTCTCGGCATCTAACAAGATGATCATGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	139569	GTGTTGGATTTTGTCAAATGCTTTCTCGGCATCTAACAAGATGATCATGT	139618

BX539316.6	651	GGTCTTTGTCTTTGAGTTTGTTTATATACTGGATTACATTGATGGATTTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	139619	GGTCTTTGTCTTTGAGTTTGTTTATATACTGGATTACATTGATGGATTTC	139668

BX539316.6	701	CGTATATTGAACCATCCCTGCATCCCTGGGATGAAACCTACTTGGTCAGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	139669	CGTATATTGAACCATCCCTGCATCCCTGGGATGAAACCTACTTGGTCAGG	139718

BX539316.6	751	ATGGATGATTGTTTTGATGTGTTCTTGGATTCGGTTAGCAAGAACTTTAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	139719	ATGGATGATTGTTTTGATGTGTTCTTGGATTCGGTTAGCAAGAACTTTAT	139768

BX539316.6	801	TGAGGATTTTTGCATCGATATTCATAAGGGAAATTGGTCTGAAGTACTCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	139769	TGAGGATTTTTGCATCGATATTCATAAGGGAAATTGGTCTGAAGTACTCT	139818

BX539316.6	851	ATCTTTGACGGGTCTCTCTGTGGTTTAGGTATCAGAGTAATTGTGGCTTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	139819	ATCTTTGACGGGTCTCTCTGTGGTTTAGGTATCAGAGTAATTGTGGCTTC	139868

BX539316.6	901	ATAGAATGAGTTGGGTAGAGTACCTTCCATTTCTATTTTATGGAATAGTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	139869	ATAGAATGAGTTGGGTAGAGTACCTTCCATTTCTATTTTATGGAATAGTT	139918

BX539316.6	951	TGTGAAGAACTGGAATTAGGTCTTCTTTGAAGGTCTGATAGAACTCTGCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	139919	TGTGAAGAACTGGAATTAGGTCTTCTTTGAAGGTCTGATAGAACTCTGCA	139968

BX539316.6	1001	CTAAATCCGTCTGGTCCTGGGCTTTTTCTGGCTGGGAGACTATTAATGAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	139969	CTAAATCCGTCTGGTCCTGGGCTTTTTCTGGCTGGGAGACTATTAATGAC	140018

BX539316.6	1051	TGCTTATATTTCTTTAGGGGATATAGGAGTGTTGAGATCATTAACCTGAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	140019	TGCTTATATTTCTTTAGGGGATATAGGAGTGTTGAGATCATTAACCTGAT	140068

BX539316.6	1101	CTTGATTTAGCTTTGGTACCTGGTATCTGTCCAAAAACTGGTCCATTTCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	140069	CTTGATTTAGCTTTGGTACCTGGTATCTGTCCAAAAACTGGTCCATTTCA	140118

BX539316.6	1151	TCCAGGTTTTCCAGTTTTGTTGAGTATAGCCTTTTGTAGAAGGATCTGAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	140119	TCCAGGTTTTCCAGTTTTGTTGAGTATAGCCTTTTGTAGAAGGATCTGAT	140168

BX539316.6	1201	GGTGTTTTGGATTTCTTCAGGATCTGTTGTTATGTCTCCCTTTTCATTTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	140169	GGTGTTTTGGATTTCTTCAGGATCTGTTGTTATGTCTCCCTTTTCATTTC	140218

BX539316.6	1251	TGATTTTGTTAATTAGGATGCTGTCCCTGTGCCCTCTAGTGAGTCTGGCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	140219	TGATTTTGTTAATTAGGATGCTGTCCCTGTGCCCTCTAGTGAGTCTGGCT	140268

BX539316.6	1301	AAGGGTTTATCTATCTTGTTGATTTTCTCAAAGAACCAGCTCCTTGATTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	140269	AAGGGTTTATCTATCTTGTTGATTTTCTCAAAGAACCAGCTCCTTGATTG	140318

BX539316.6	1351	GTTGATTCTTTGAATAGTTCTTCTTGTTTCCACTTGGTTGATTTCACCCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	140319	GTTGATTCTTTGAATAGTTCTTCTTGTTTCCACTTGGTTGATTTCACCCC	140368

BX539316.6	1401	TGAGTTTGATTATTTCCTGCCTTCTACTCCTCTTGTGTGAATTTGCTTCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	140369	TGAGTTTGATTATTTCCTGCCTTCTACTCCTCTTGTGTGAATTTGCTTCC	140418

BX539316.6	1451	TTTACTTCTAGACCTTTTAGGTGTGTTGTCAAGCTGCTAATGTGTGATCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	140419	TTTACTTCTAGACCTTTTAGGTGTGTTGTCAAGCTGCTAATGTGTGATCT	140468

BX539316.6	1501	CTCTAGTTTCTTTTTGGAGCCACTCAGAGCTATGAGTTTTCCTCTTAGAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	140469	CTCTAGTTTCTTTTTGGAGCCACTCAGAGCTATGAGTTTTCCTCTTAGAA	140518

BX539316.6	1551	ATGCTTTCATTGTGTCCCATAAGTTTGGGAATGTTGTGGCTTCATTTTCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	140519	ATGCTTTCATTGTGTCCCATAAGTTTGGGAATGTTGTGGCTTCATTTTCA	140568

BX539316.6	1601	TTAAACTCCAAAAATTCCTTAATTTCTTTCTTTATTCCTTCCTTGACCAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	140569	TTAAACTCCAAAAATTCCTTAATTTCTTTCTTTATTCCTTCCTTGACCAA	140618

BX539316.6	1651	GGTATCATTGAGAACAGTGTTGTTCAGTTTCCACATGAATGTTGGCTTTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	140619	GGTATCATTGAGAACAGTGTTGTTCAGTTTCCACATGAATGTTGGCTTTC	140668

BX539316.6	1701	TATTATTTATTTTGTTATTGAAGAACAGCCTTAGTTCATGGTGATCTGAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	140669	TATTATTTATTTTGTTATTGAAGAACAGCCTTAGTTCATGGTGATCTGAT	140718

BX539316.6	1751	AGGATGCATGGGACAATTTCAATATTTTTGTATATGTTGAGGCTTGTTTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	140719	AGGATGCATGGGACAATTTCAATATTTTTGTATATGTTGAGGCTTGTTTT	140768

BX539316.6	1801	GTGACCAATTATGTGGACAATTTTAGAGAAGGTACCATGAGGTGCTGAGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	140769	GTGACCAATTATGTGGACAATTTTAGAGAAGGTACCATGAGGTGCTGAGA	140818

BX539316.6	1851	AGAAGGTATATCCTTTTGTTTTAGGATAAAATGTTATGTAGATATCTGTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	140819	AGAAGGTATATCCTTTTGTTTTAGGATAAAATGTTATGTAGATATCTGTT	140868

BX539316.6	1901	AAGTCCATTTGTTTCATCACTTCTGTTAGTTTCACTGTGTCATTGTTTAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	140869	AAGTCCATTTGTTTCATCACTTCTGTTAGTTTCACTGTGTCATTGTTTAG	140918

BX539316.6	1951	TTTCTGTTTCCATGATCTGTCCATTGGTGAATGTGGTGTGTTGAAGTCTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX537299.8	140919	TTTCTGTTTCCATGATCTGTCCATTGGTGAATGTGGTGTGTTGAAGTCTC	140968

Overview

Query
BX539316.6 - 178673 bps
Hit
BX537299.8 - 140968 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link