<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX664749.12	179790	AAGCTTCAAAGCTGAAATCTCTTTTCATTTTCAATCTTGTGCTTGTCTGT	179839
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1	AAGCTTCAAAGCTGAAATCTCTTTTCATTTTCAATCTTGTGCTTGTCTGT	50

BX664749.12	179840	AAAGAAATGACTTATGTGAGCATGAGATGAGACAGAATCTTCTATTTATT	179889
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	51	AAAGAAATGACTTATGTGAGCATGAGATGAGACAGAATCTTCTATTTATT	100

BX664749.12	179890	TATATATATATTTATCATTTAGCGTTTTTGTATTTTTTTTTTTTTGCTGG	179939
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	101	TATATATATATTTATCATTTAGCGTTTTTGTATTTTTTTTTTTTTGCTGG	150

BX664749.12	179940	CGAGTGTCTTATAATAGCTTCACTAATATCAGTGTGAGGACAGCTTGTTC	179989
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	151	CGAGTGTCTTATAATAGCTTCACTAATATCAGTGTGAGGACAGCTTGTTC	200

BX664749.12	179990	ATTGACCGATTATCAATAAGTACATTGTGAACTTTTGAGTCTCGCAGTGT	180039
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	201	ATTGACCGATTATCAATAAGTACATTGTGAACTTTTGAGTCTCGCAGTGT	250

BX664749.12	180040	GTGAGGTGATGGTGTTTGGTTAGTCATCAAACACACAGATTGCAATAAAG	180089
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	251	GTGAGGTGATGGTGTTTGGTTAGTCATCAAACACACAGATTGCAATAAAG	300

BX664749.12	180090	GCATGAAAGTTCCGTCAGTCGTCTCACACATTGCATGTGTCAGTGTCAGA	180139
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	301	GCATGAAAGTTCCGTCAGTCGTCTCACACATTGCATGTGTCAGTGTCAGA	350

BX664749.12	180140	TGTGACGCTAGTATCCACACTCACTCAATGGGTAGGAGGGACGTGTTGAA	180189
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	351	TGTGACGCTAGTATCCACACTCACTCAATGGGTAGGAGGGACGTGTTGAA	400

BX664749.12	180190	CATCAGGCAGGTAGGGGTCTGAAAATTACTTGTAAAGCTGTGTTTTGTCT	180239
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	401	CATCAGGCAGGTAGGGGTCTGAAAATTACTTGTAAAGCTGTGTTTTGTCT	450

BX664749.12	180240	TTATAATTAGTTTGCTACTCATACAATGTACAAATGATTAATGCATTATT	180289
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	451	TTATAATTAGTTTGCTACTCATACAATGTACAAATGATTAATGCATTATT	500

BX664749.12	180290	GAATTAGGCATAGGCCGGTATAAGATTCTGATGGTTTGATAACCTTGGAT	180339
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	501	GAATTAGGCATAGGCCGGTATAAGATTCTGATGGTTTGATAACCTTGGAT	550

BX664749.12	180340	AAAATATCACGGTTTCACTATGCCACGTATTGAGATTACTGCTCTAAAAT	180389
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	551	AAAATATCACGGTTTCACTATGCCACGTATTGAGATTACTGCTCTAAAAT	600

BX664749.12	180390	ATATTCTTTTAAAAAGTCTGGGTAAAAACAACAACTTTTCCCTCTTTAAA	180439
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	601	ATATTCTTTTAAAAAGTCTGGGTAAAAACAACAACTTTTCCCTCTTTAAA	650

BX664749.12	180440	CACAATAGATTTTGTTTTGAATAATTCAAATGCATCTTTTACTTCTGCTG	180489
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	651	CACAATAGATTTTGTTTTGAATAATTCAAATGCATCTTTTACTTCTGCTG	700

BX664749.12	180490	TCTTCATTTTCATTTTTTCATTTTCAAAAACACAGATTTCTTTACAATTT	180539
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	701	TCTTCATTTTCATTTTTTCATTTTCAAAAACACAGATTTCTTTACAATTT	750

BX664749.12	180540	AAACAGCATCTTTGGGTATTTTTTCTGCTGAGCTACTGTTGTCCTAAAAA	180589
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	751	AAACAGCATCTTTGGGTATTTTTTCTGCTGAGCTACTGTTGTCCTAAAAA	800

BX664749.12	180590	ACAAAAAAACGTAAATAAAAAAATCTTAACCATACCTTAAGAATGGTATA	180639
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	801	ACAAAAAAACGTAAATAAAAAAATCTTAACCATACCTTAAGAATGGTATA	850

BX664749.12	180640	GCAGATAATTTTGGCAGTTTTATAACCTTGACTTTCCAAACCGCTGTATA	180689
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	851	GCAGATAATTTTGGCAGTTTTATAACCTTGACTTTCCAAACCGCTGTATA	900

BX664749.12	180690	CCTTGAAAATTATTATTGTCCCATGCCCATATTATAAAATATTTATACTG	180739
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	901	CCTTGAAAATTATTATTGTCCCATGCCCATATTATAAAATATTTATACTG	950

BX664749.12	180740	TCAAATACATTTTGAGTTGTACTGTACTAATTAAATATTAGAATAAATTC	180789
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	951	TCAAATACATTTTGAGTTGTACTGTACTAATTAAATATTAGAATAAATTC	1000

BX664749.12	180790	TATTTTATCATCCAAAATACTAAAACTGTAAAAAAAAAAAAAAAAATCCA	180839
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1001	TATTTTATCATCCAAAATACTAAAACTGTAAAAAAAAAAAAAAAAATCCA	1050

BX664749.12	180840	ATACAAAAGTATTTTTTCTAATATATTTTGCATATTTTCACCATGTCATG	180889
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1051	ATACAAAAGTATTTTTTCTAATATATTTTGCATATTTTCACCATGTCATG	1100

BX664749.12	180890	AATTAAACGGTCAAATTCAAATTTGAGTACAAATTAAAAACATTTATTTT	180939
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1101	AATTAAACGGTCAAATTCAAATTTGAGTACAAATTAAAAACATTTATTTT	1150

BX664749.12	180940	TAACACAGAACTTTAAATATTCCAGCAGACAGTAGCTCAGCAAACAAAGT	180989
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1151	TAACACAGAACTTTAAATATTCCAGCAGACAGTAGCTCAGCAAACAAAGT	1200

BX664749.12	180990	ATAGCCTAACTTTAAGTAAATCTGTAAAATTAAAATATATTTGTTTATAA	181039
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1201	ATAGCCTAACTTTAAGTAAATCTGTAAAATTAAAATATATTTGTTTATAA	1250

BX664749.12	181040	GAAGTGTTTTCTAAAAAATTTTTGACTTGTACTTCATTGCAGCCAGTACA	181089
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1251	GAAGTGTTTTCTAAAAAATTTTTGACTTGTACTTCATTGCAGCCAGTACA	1300

BX664749.12	181090	ACAAACATTATTTAATGTGTTTCTCATGATACATTTTTTTTATATAAAGA	181139
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1301	ACAAACATTATTTAATGTGTTTCTCATGATACATTTTTTTTATATAAAGA	1350

BX664749.12	181140	CGTATTCCAACTTTGGTTCTTGCAACACATTTCAAAAAAAGTTGGAACAG	181189
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1351	CGTATTCCAACTTTGGTTCTTGCAACACATTTCAAAAAAAGTTGGAACAG	1400

BX664749.12	181190	TAAAGCAGAAGACACCAAGTGATGAAGTGATTCAGGTATAATTTTTTCCC	181239
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1401	TAAAGCAGAAGACACCAAGTGATGAAGTGATTCAGGTATAATTTTTTCCC	1450

BX664749.12	181240	GTTCTCCTTGCAAACAAGTCTTAAGGTGGGCAACAGTATGGAATCTTTGT	181289
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1451	GTTCTCCTTGCAAACAAGTCTTAAGGTGGGCAACAGTATGGAATCTTTGT	1500

BX664749.12	181290	TGTTGCATTTTGCACTTCAAAATTCGCCACACATTCTCTATTAGAGACAG	181339
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1501	TGTTGCATTTTGCACTTCAAAATTCGCCACACATTCTCTATTAGAGACAG	1550

BX664749.12	181340	GTCGGTACTGCAGGCAGGCTAGTCAAGCACCTGTATCCTCTTCCTCCCTG	181389
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1551	GTCGGTACTGCAGGCAGGCTAGTCAAGCACCTGTATCCTCTTCCTCCCTG	1600

BX664749.12	181390	GCCAGCACTTTGTAATGTGTGCGAATGTGGTTTTGCATTGTCTTGTTGAA	181439
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1601	GCCAGCACTTTGTAATGTGTGCGAATGTGGTTTTGCATTGTCTTGTTGAA	1650

BX664749.12	181440	ACATGTATGGGCATCCCTGGAAAAGAAGGCAGCATATTGTGCTTCAAAAT	181489
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1651	ACATGTATGGGCATCCCTGGAAAAGAAGGCAGCATATTGTGCTTCAAAAT	1700

BX664749.12	181490	CTCTATGTACTTTACAGCATTAATGGTGCCCTCACAGAAGTGCAAGTTAC	181539
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1701	CTCTATGTACTTTACAGCATTAATGGTGCCCTCACAGAAGTGCAAGTTAC	1750

BX664749.12	181540	CATTGCCAAGGGCACTGACAACCCCATACCATGACAGACTCTGGATTTTG	181589
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1751	CATTGCCAAGGGCACTGACAACCCCATACCATGACAGACTCTGGATTTTG	1800

BX664749.12	181590	GTGATTCTTTTCTTCTTTGGTTCGGAGCACACATTTCTACCTAAAAACAA	181639
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1801	GTGATTCTTTTCTTCTTTGGTTCGGAGCACACATTTCTACCTAAAAACAA	1850

BX664749.12	181640	TGGAAATTCTGATTCATCTGACCACAATACACATTCCACCTTGTGATGGC	181689
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1851	TGGAAATTCTGATTCATCTGACCACAATACACATTCCACCTTGTGATGGC	1900

BX664749.12	181690	CATCCCAGATGCCTTAAAGCCCAGATAAGTCAATGACGCTTCTGGACAAT	181739
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1901	CATCCCAGATGCCTTAAAGCCCAGATAAGTCAATGACGCTTCTGGACAAT	1950

BX664749.12	181740	GTTAACATAGAGTTTTCTTTTGACACAATACAGTTTTCACTGGCATCTGT	181789
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX530078.6	1951	GTTAACATAGAGTTTTCTTTTGACACAATACAGTTTTCACTGGCATCTGT	2000

Overview

Query
BX664749.12 - 181789 bps
Hit
BX530078.6 - 191073 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100191820001797901817891120001
290.0512619457473576661292431241
392.48981331969219824-1301331451
480.33221747161215161961-110673114501
579.2143595158568159162-114981155761
683.021012736991070182-115458157281
782.711222801954519824-129133293981
885.14972152346623680133273334941
983.221122812256822848-133457337301
1090.971992771954819824-135103353791
1192.31103141133893134033-135103352451
1283.899211133548133758143599438141
1385.68193366401244048911179281182901
1483.051623608540285761-11179301182891
1589.971712685747357740-11180301182881
1682.5110125315575215600411267431270051
1783.931102772257322849-11317941320731
1884.2110284225652284811414351417191
1985.651192502343123680-11416821419391
2082.11144349401504049811514381517891
2187.8413622111283611305611538451540661
2286.5410322156655885-11642791645011
2385.55223421931579357711709491713701
Short-link