<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX572629.8	1	ACTGAAGTCACACTTCAATATGTACCTTGGTTTTGGAGTCATGGTTCAAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	198077	ACTGAAGTCACACTTCAATATGTACCTTGGTTTTGGAGTCATGGTTCAAT	198126

BX572629.8	51	ACGGATACGATACAACAGGAATATGCAACAAATCCCCAGTGCTTGCTTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	198127	ACGGATACGATACAACAGGAATATGCAACAAATCCCCAGTGCTTGCTTTT	198176

BX572629.8	101	TCTGTTTATTTTGAACTGACTTGGAGGTCCATCTATAACAGCGGTTGCAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	198177	TCTGTTTATTTTGAACTGACTTGGAGGTCCATCTATAACAGCGGTTGCAG	198226

BX572629.8	151	TGGAAAACAACTGTTGAATCTTGTGCATGTGTAGAGAAAAACAACTCAAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	198227	TGGAAAACAACTGTTGAATCTTGTGCATGTGTAGAGAAAAACAACTCAAT	198276

BX572629.8	201	GCTTTTTCAATGTAAACAATGTTTTGTGTGTTAAACTATTGCTATGGGGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	198277	GCTTTTTCAATGTAAACAATGTTTTGTGTGTTAAACTATTGCTATGGGGC	198326

BX572629.8	251	AGTAATGCTGACTGCTTACCTTAGTATGGACCGCTTTTCCTGCATAACTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	198327	AGTAATGCTGACTGCTTACCTTAGTATGGACCGCTTTTCCTGCATAACTG	198376

BX572629.8	301	GTTTGCTCAGCTTGCTACGTATGGTGTCAGACTTGGGAGGCAGAGTGGAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	198377	GTTTGCTCAGCTTGCTACGTATGGTGTCAGACTTGGGAGGCAGAGTGGAC	198426

BX572629.8	351	CTTGTTTTATTTGCAAATATGTGCCCAGGGCTGCATTTTTGAGAACCAAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	198427	CTTGTTTTATTTGCAAATATGTGCCCAGGGCTGCATTTTTGAGAACCAAG	198476

BX572629.8	401	AAATATATGCCCCAGGATATGTAATGGCTGCGTTTTGCATGTAAAACGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	198477	AAATATATGCCCCAGGATATGTAATGGCTGCGTTTTGCATGTAAAACGAA	198526

BX572629.8	451	TTATACTAGGCAGTATCGCTGCACTGTTAACCCCGTTGTTGTCAAAACTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	198527	TTATACTAGGCAGTATCGCTGCACTGTTAACCCCGTTGTTGTCAAAACTA	198576

BX572629.8	501	AAGATATGAAGTTAATATAACTTGACATTACGTAAAATACCAAGTTTTGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	198577	AAGATATGAAGTTAATATAACTTGACATTACGTAAAATACCAAGTTTTGG	198626

BX572629.8	551	CATCAAAACTTAAACAGATGTGCTTAACTTACTCATTAGGCAGCAAAAAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	198627	CATCAAAACTTAAACAGATGTGCTTAACTTACTCATTAGGCAGCAAAAAA	198676

BX572629.8	601	AAATGTCATTAATATTTTAAGTTCTCTGAACTTAACATTTTAATTTCTTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	198677	AAATGTCATTAATATTTTAAGTTCTCTGAACTTAACATTTTAATTTCTTT	198726

BX572629.8	651	AAATGATTTACCATGTCTCTGTTTAAAATGATTGGTTGCGCTTGAAATTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	198727	AAATGATTTACCATGTCTCTGTTTAAAATGATTGGTTGCGCTTGAAATTC	198776

BX572629.8	701	TGCCTTGATAACCGCGCTGATTGGTTGATATATGATACAAGATGGACATT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	198777	TGCCTTGATAACCGCGCTGATTGGTTGATATATGATACAAGATGGACATT	198826

BX572629.8	751	TTGCTTGTAATACTGAATACTGCTGAAGCGCAGCAGGACAGAGCCACTAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	198827	TTGCTTGTAATACTGAATACTGCTGAAGCGCAGCAGGACAGAGCCACTAC	198876

BX572629.8	801	CTGAACCCTGACAAAAGAGAAAAGTTAATTTAGTAAGTAGATATTTAAAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	198877	CTGAACCCTGACAAAAGAGAAAAGTTAATTTAGTAAGTAGATATTTAAAT	198926

BX572629.8	851	ACTTACATGTATATGCATGTTTCTAAATTGATATACACAAAGAGGGGACT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	198927	ACTTACATGTATATGCATGTTTCTAAATTGATATACACAAAGAGGGGACT	198976

BX572629.8	901	CTGTGGCGCAGTGGGTAGTGCTGTCGCCTTACAGCATGAGTGTCACTGGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	198977	CTGTGGCGCAGTGGGTAGTGCTGTCGCCTTACAGCATGAGTGTCACTGGT	199026

BX572629.8	951	TTGAGCCTCGGCTGGGTCAGTTGGTGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATATTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	199027	TTGAGCCTCGGCTGGGTCAGTTGGTGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATATTC	199076

BX572629.8	1001	TTCCCATAGGCTTCCTCCGGGTGTTCTGGTTTCCCCCACAAGTCCAAAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	199077	TTCCCATAGGCTTCCTCCGGGTGTTCTGGTTTCCCCCACAAGTCCAAAGA	199126

BX572629.8	1051	CATACGCTACAAGTGAATTGGGTGAGCTAAATTTGTCTGTAGTGTATGTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	199127	CATACGCTACAAGTGAATTGGGTGAGCTAAATTTGTCTGTAGTGTATGTC	199176

BX572629.8	1101	CTGGTCCTCCGGGTTGGGGGTTGAGCATTGGGGTAACGACCCACCTTGTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	199177	CTGGTCCTCCGGGTTGGGGGTTGAGCATTGGGGTAACGACCCACCTTGTA	199226

BX572629.8	1151	AAAATTTTATGTTACAGAACACCAACATGGTACAGCAAAATATCAATTTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	199227	AAAATTTTATGTTACAGAACACCAACATGGTACAGCAAAATATCAATTTC	199276

BX572629.8	1201	AATATAAAAGGCCCTGAGACTAAGTAAGTAAGTAAAAGATTATAAAAGCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	199277	AATATAAAAGGCCCTGAGACTAAGTAAGTAAGTAAAAGATTATAAAAGCT	199326

BX572629.8	1251	GAAAATGGAAGTTTAGTCTATTAGATATGTAAGTTATCTATACTTAAACA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	199327	GAAAATGGAAGTTTAGTCTATTAGATATGTAAGTTATCTATACTTAAACA	199376

BX572629.8	1301	TTTAAGTTAATTCAATGAAGAGACCACATTTGGTCAACTCAATTGCGTTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	199377	TTTAAGTTAATTCAATGAAGAGACCACATTTGGTCAACTCAATTGCGTTG	199426

BX572629.8	1351	TTGATTTCCTATTACTTAAACGAACTGAGGAACTTTACTCAAATTATTTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	199427	TTGATTTCCTATTACTTAAACGAACTGAGGAACTTTACTCAAATTATTTG	199476

BX572629.8	1401	AGTAGTCTCAACTTATTAGGGTTTACAGTGTGGGGAGTCCAGAGAAAGAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	199477	AGTAGTCTCAACTTATTAGGGTTTACAGTGTGGGGAGTCCAGAGAAAGAT	199526

BX572629.8	1451	GGTTCCAGAAACTATGTAAAAAAAACTCAAAAAAAGCTGTGTAATACCAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	199527	GGTTCCAGAAACTATGTAAAAAAAACTCAAAAAAAGCTGTGTAATACCAT	199576

BX572629.8	1501	GGTAAAAACATGATAACTGTCCTGTCATTTGTTTTTTTAAAACACTATTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	199577	GGTAAAAACATGATAACTGTCCTGTCATTTGTTTTTTTAAAACACTATTG	199626

BX572629.8	1551	GTCTGATGGGTCAGTCAATATCAAGGAGATATATTATTCACAACAAGCCG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	199627	GTCTGATGGGTCAGTCAATATCAAGGAGATATATTATTCACAACAAGCCG	199676

BX572629.8	1601	ACCGGCTTCTCTCATGCAAATGTTTGAGAAGGATGATATATTTTCCACAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	199677	ACCGGCTTCTCTCATGCAAATGTTTGAGAAGGATGATATATTTTCCACAA	199726

BX572629.8	1651	CAAGCCGACCGGCTTCTCTCATGGACATGTGTGAGACGGATGTTGATTAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	199727	CAAGCCGACCGGCTTCTCTCATGGACATGTGTGAGACGGATGTTGATTAT	199776

BX572629.8	1701	TGGCAGAAATTTACACAGCGACCTCTGGTGGATTTATGAGAAATGACACA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	199777	TGGCAGAAATTTACACAGCGACCTCTGGTGGATTTATGAGAAATGACACA	199826

BX572629.8	1751	CATGAAAAAACATGCCCCAGTAACGTATTTGAAGTCATCAAAAACGTACT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	199827	CATGAAAAAACATGCCCCAGTAACGTATTTGAAGTCATCAAAAACGTACT	199876

BX572629.8	1801	CGGTGTCTCTTAGGAAAACAAATACTGAAAGCACACATAGCCCAGGGTAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	199877	CGGTGTCTCTTAGGAAAACAAATACTGAAAGCACACATAGCCCAGGGTAC	199926

BX572629.8	1851	ATACTTCTTGGCTCTCAAAAATGTAGCCCTAGGCACATACTATGGAAGTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	199927	ATACTTCTTGGCTCTCAAAAATGTAGCCCTAGGCACATACTATGGAAGTC	199976

BX572629.8	1901	TGGTCACATTTTTCAAAACATCTTTAGTTTTTTTTCAACAGTAGAAAGAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	199977	TGGTCACATTTTTCAAAACATCTTTAGTTTTTTTTCAACAGTAGAAAGAA	200026

BX572629.8	1951	ACTCATAAACGTTTAAACAAGTAAAAGCTGAGTAAATGATCACAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511258.6	200027	ACTCATAAACGTTTAAACAAGTAAAAGCTGAGTAAATGATCACAGAATTC	200076

Overview

Query
BX572629.8 - 170971 bps
Hit
BX511258.6 - 200076 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195520001200011980772000761
281.991273032436124663110809111081
386.442013724919749568-132481328561
488.152273682429624663-132494328561
587.82173684745747824-132494328621
680.951333532378324135-132874332301
782.651453504919749546-132883332221
890.73274701229112760141984424561
985.3321749181718661144954454441
1088.0616628370877369154438547301
1190.37190273123977124249160326605951
1289.942433604919749556191311916681
1384.1917745082088657-11187301191971
1483.4312332114593614625611189111192421
1585.69227494346073510011200251205201
1685.992124608198865711200441205071
1781.65142363784187878011226521230161
1884.75182403114381184011495051498911
1987.4286505122911279511503521508511
2088201334149357149690-11565981569221
2184.96173366491924955711632381635761
2286.0721947582208694-11927601932471
2385.522214863462635111-11927751932711
Short-link