<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
BX572629.8 1 ACTGAAGTCACACTTCAATATGTACCTTGGTTTTGGAGTCATGGTTCAAT 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 198077 ACTGAAGTCACACTTCAATATGTACCTTGGTTTTGGAGTCATGGTTCAAT 198126 BX572629.8 51 ACGGATACGATACAACAGGAATATGCAACAAATCCCCAGTGCTTGCTTTT 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 198127 ACGGATACGATACAACAGGAATATGCAACAAATCCCCAGTGCTTGCTTTT 198176 BX572629.8 101 TCTGTTTATTTTGAACTGACTTGGAGGTCCATCTATAACAGCGGTTGCAG 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 198177 TCTGTTTATTTTGAACTGACTTGGAGGTCCATCTATAACAGCGGTTGCAG 198226 BX572629.8 151 TGGAAAACAACTGTTGAATCTTGTGCATGTGTAGAGAAAAACAACTCAAT 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 198227 TGGAAAACAACTGTTGAATCTTGTGCATGTGTAGAGAAAAACAACTCAAT 198276 BX572629.8 201 GCTTTTTCAATGTAAACAATGTTTTGTGTGTTAAACTATTGCTATGGGGC 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 198277 GCTTTTTCAATGTAAACAATGTTTTGTGTGTTAAACTATTGCTATGGGGC 198326 BX572629.8 251 AGTAATGCTGACTGCTTACCTTAGTATGGACCGCTTTTCCTGCATAACTG 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 198327 AGTAATGCTGACTGCTTACCTTAGTATGGACCGCTTTTCCTGCATAACTG 198376 BX572629.8 301 GTTTGCTCAGCTTGCTACGTATGGTGTCAGACTTGGGAGGCAGAGTGGAC 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 198377 GTTTGCTCAGCTTGCTACGTATGGTGTCAGACTTGGGAGGCAGAGTGGAC 198426 BX572629.8 351 CTTGTTTTATTTGCAAATATGTGCCCAGGGCTGCATTTTTGAGAACCAAG 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 198427 CTTGTTTTATTTGCAAATATGTGCCCAGGGCTGCATTTTTGAGAACCAAG 198476 BX572629.8 401 AAATATATGCCCCAGGATATGTAATGGCTGCGTTTTGCATGTAAAACGAA 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 198477 AAATATATGCCCCAGGATATGTAATGGCTGCGTTTTGCATGTAAAACGAA 198526 BX572629.8 451 TTATACTAGGCAGTATCGCTGCACTGTTAACCCCGTTGTTGTCAAAACTA 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 198527 TTATACTAGGCAGTATCGCTGCACTGTTAACCCCGTTGTTGTCAAAACTA 198576 BX572629.8 501 AAGATATGAAGTTAATATAACTTGACATTACGTAAAATACCAAGTTTTGG 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 198577 AAGATATGAAGTTAATATAACTTGACATTACGTAAAATACCAAGTTTTGG 198626 BX572629.8 551 CATCAAAACTTAAACAGATGTGCTTAACTTACTCATTAGGCAGCAAAAAA 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 198627 CATCAAAACTTAAACAGATGTGCTTAACTTACTCATTAGGCAGCAAAAAA 198676 BX572629.8 601 AAATGTCATTAATATTTTAAGTTCTCTGAACTTAACATTTTAATTTCTTT 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 198677 AAATGTCATTAATATTTTAAGTTCTCTGAACTTAACATTTTAATTTCTTT 198726 BX572629.8 651 AAATGATTTACCATGTCTCTGTTTAAAATGATTGGTTGCGCTTGAAATTC 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 198727 AAATGATTTACCATGTCTCTGTTTAAAATGATTGGTTGCGCTTGAAATTC 198776 BX572629.8 701 TGCCTTGATAACCGCGCTGATTGGTTGATATATGATACAAGATGGACATT 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 198777 TGCCTTGATAACCGCGCTGATTGGTTGATATATGATACAAGATGGACATT 198826 BX572629.8 751 TTGCTTGTAATACTGAATACTGCTGAAGCGCAGCAGGACAGAGCCACTAC 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 198827 TTGCTTGTAATACTGAATACTGCTGAAGCGCAGCAGGACAGAGCCACTAC 198876 BX572629.8 801 CTGAACCCTGACAAAAGAGAAAAGTTAATTTAGTAAGTAGATATTTAAAT 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 198877 CTGAACCCTGACAAAAGAGAAAAGTTAATTTAGTAAGTAGATATTTAAAT 198926 BX572629.8 851 ACTTACATGTATATGCATGTTTCTAAATTGATATACACAAAGAGGGGACT 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 198927 ACTTACATGTATATGCATGTTTCTAAATTGATATACACAAAGAGGGGACT 198976 BX572629.8 901 CTGTGGCGCAGTGGGTAGTGCTGTCGCCTTACAGCATGAGTGTCACTGGT 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 198977 CTGTGGCGCAGTGGGTAGTGCTGTCGCCTTACAGCATGAGTGTCACTGGT 199026 BX572629.8 951 TTGAGCCTCGGCTGGGTCAGTTGGTGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATATTC 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 199027 TTGAGCCTCGGCTGGGTCAGTTGGTGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATATTC 199076 BX572629.8 1001 TTCCCATAGGCTTCCTCCGGGTGTTCTGGTTTCCCCCACAAGTCCAAAGA 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 199077 TTCCCATAGGCTTCCTCCGGGTGTTCTGGTTTCCCCCACAAGTCCAAAGA 199126 BX572629.8 1051 CATACGCTACAAGTGAATTGGGTGAGCTAAATTTGTCTGTAGTGTATGTC 1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 199127 CATACGCTACAAGTGAATTGGGTGAGCTAAATTTGTCTGTAGTGTATGTC 199176 BX572629.8 1101 CTGGTCCTCCGGGTTGGGGGTTGAGCATTGGGGTAACGACCCACCTTGTA 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 199177 CTGGTCCTCCGGGTTGGGGGTTGAGCATTGGGGTAACGACCCACCTTGTA 199226 BX572629.8 1151 AAAATTTTATGTTACAGAACACCAACATGGTACAGCAAAATATCAATTTC 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 199227 AAAATTTTATGTTACAGAACACCAACATGGTACAGCAAAATATCAATTTC 199276 BX572629.8 1201 AATATAAAAGGCCCTGAGACTAAGTAAGTAAGTAAAAGATTATAAAAGCT 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 199277 AATATAAAAGGCCCTGAGACTAAGTAAGTAAGTAAAAGATTATAAAAGCT 199326 BX572629.8 1251 GAAAATGGAAGTTTAGTCTATTAGATATGTAAGTTATCTATACTTAAACA 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 199327 GAAAATGGAAGTTTAGTCTATTAGATATGTAAGTTATCTATACTTAAACA 199376 BX572629.8 1301 TTTAAGTTAATTCAATGAAGAGACCACATTTGGTCAACTCAATTGCGTTG 1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 199377 TTTAAGTTAATTCAATGAAGAGACCACATTTGGTCAACTCAATTGCGTTG 199426 BX572629.8 1351 TTGATTTCCTATTACTTAAACGAACTGAGGAACTTTACTCAAATTATTTG 1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 199427 TTGATTTCCTATTACTTAAACGAACTGAGGAACTTTACTCAAATTATTTG 199476 BX572629.8 1401 AGTAGTCTCAACTTATTAGGGTTTACAGTGTGGGGAGTCCAGAGAAAGAT 1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 199477 AGTAGTCTCAACTTATTAGGGTTTACAGTGTGGGGAGTCCAGAGAAAGAT 199526 BX572629.8 1451 GGTTCCAGAAACTATGTAAAAAAAACTCAAAAAAAGCTGTGTAATACCAT 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 199527 GGTTCCAGAAACTATGTAAAAAAAACTCAAAAAAAGCTGTGTAATACCAT 199576 BX572629.8 1501 GGTAAAAACATGATAACTGTCCTGTCATTTGTTTTTTTAAAACACTATTG 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 199577 GGTAAAAACATGATAACTGTCCTGTCATTTGTTTTTTTAAAACACTATTG 199626 BX572629.8 1551 GTCTGATGGGTCAGTCAATATCAAGGAGATATATTATTCACAACAAGCCG 1600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 199627 GTCTGATGGGTCAGTCAATATCAAGGAGATATATTATTCACAACAAGCCG 199676 BX572629.8 1601 ACCGGCTTCTCTCATGCAAATGTTTGAGAAGGATGATATATTTTCCACAA 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 199677 ACCGGCTTCTCTCATGCAAATGTTTGAGAAGGATGATATATTTTCCACAA 199726 BX572629.8 1651 CAAGCCGACCGGCTTCTCTCATGGACATGTGTGAGACGGATGTTGATTAT 1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 199727 CAAGCCGACCGGCTTCTCTCATGGACATGTGTGAGACGGATGTTGATTAT 199776 BX572629.8 1701 TGGCAGAAATTTACACAGCGACCTCTGGTGGATTTATGAGAAATGACACA 1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 199777 TGGCAGAAATTTACACAGCGACCTCTGGTGGATTTATGAGAAATGACACA 199826 BX572629.8 1751 CATGAAAAAACATGCCCCAGTAACGTATTTGAAGTCATCAAAAACGTACT 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 199827 CATGAAAAAACATGCCCCAGTAACGTATTTGAAGTCATCAAAAACGTACT 199876 BX572629.8 1801 CGGTGTCTCTTAGGAAAACAAATACTGAAAGCACACATAGCCCAGGGTAC 1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 199877 CGGTGTCTCTTAGGAAAACAAATACTGAAAGCACACATAGCCCAGGGTAC 199926 BX572629.8 1851 ATACTTCTTGGCTCTCAAAAATGTAGCCCTAGGCACATACTATGGAAGTC 1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 199927 ATACTTCTTGGCTCTCAAAAATGTAGCCCTAGGCACATACTATGGAAGTC 199976 BX572629.8 1901 TGGTCACATTTTTCAAAACATCTTTAGTTTTTTTTCAACAGTAGAAAGAA 1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 199977 TGGTCACATTTTTCAAAACATCTTTAGTTTTTTTTCAACAGTAGAAAGAA 200026 BX572629.8 1951 ACTCATAAACGTTTAAACAAGTAAAAGCTGAGTAAATGATCACAGAATTC 2000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX511258.6 200027 ACTCATAAACGTTTAAACAAGTAAAAGCTGAGTAAATGATCACAGAATTC 200076
Overview
- Query
- BX572629.8 - 170971 bps
- Hit
- BX511258.6 - 200076 bps
- Total alignments
- 23
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
| # | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 100 | 1955 | 2000 | 1 | 2000 | 1 | 198077 | 200076 | 1 |
| 2 | 81.99 | 127 | 303 | 24361 | 24663 | 1 | 10809 | 11108 | 1 |
| 3 | 86.44 | 201 | 372 | 49197 | 49568 | -1 | 32481 | 32856 | 1 |
| 4 | 88.15 | 227 | 368 | 24296 | 24663 | -1 | 32494 | 32856 | 1 |
| 5 | 87.8 | 217 | 368 | 47457 | 47824 | -1 | 32494 | 32862 | 1 |
| 6 | 80.95 | 133 | 353 | 23783 | 24135 | -1 | 32874 | 33230 | 1 |
| 7 | 82.65 | 145 | 350 | 49197 | 49546 | -1 | 32883 | 33222 | 1 |
| 8 | 90.7 | 327 | 470 | 12291 | 12760 | 1 | 41984 | 42456 | 1 |
| 9 | 85.33 | 217 | 491 | 8171 | 8661 | 1 | 44954 | 45444 | 1 |
| 10 | 88.06 | 166 | 283 | 7087 | 7369 | 1 | 54438 | 54730 | 1 |
| 11 | 90.37 | 190 | 273 | 123977 | 124249 | 1 | 60326 | 60595 | 1 |
| 12 | 89.94 | 243 | 360 | 49197 | 49556 | 1 | 91311 | 91668 | 1 |
| 13 | 84.19 | 177 | 450 | 8208 | 8657 | -1 | 118730 | 119197 | 1 |
| 14 | 83.43 | 123 | 321 | 145936 | 146256 | 1 | 118911 | 119242 | 1 |
| 15 | 85.69 | 227 | 494 | 34607 | 35100 | 1 | 120025 | 120520 | 1 |
| 16 | 85.99 | 212 | 460 | 8198 | 8657 | 1 | 120044 | 120507 | 1 |
| 17 | 81.65 | 142 | 363 | 78418 | 78780 | 1 | 122652 | 123016 | 1 |
| 18 | 84.75 | 182 | 403 | 11438 | 11840 | 1 | 149505 | 149891 | 1 |
| 19 | 87.4 | 286 | 505 | 12291 | 12795 | 1 | 150352 | 150851 | 1 |
| 20 | 88 | 201 | 334 | 149357 | 149690 | -1 | 156598 | 156922 | 1 |
| 21 | 84.96 | 173 | 366 | 49192 | 49557 | 1 | 163238 | 163576 | 1 |
| 22 | 86.07 | 219 | 475 | 8220 | 8694 | -1 | 192760 | 193247 | 1 |
| 23 | 85.52 | 221 | 486 | 34626 | 35111 | -1 | 192775 | 193271 | 1 |
