<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR932437.5	1	TATAGACCTTTTTCATGGCTGCCGCATGGAGAGCGCCATAGCGACCAGCG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	110070	TATAGACCTTTTTCATGGCTGCCGCATGGAGAGCGCCATAGCGACCAGCG	110119

CR932437.5	51	TCTTCCGGTAGAATGCTAAAAACTTCTGTTTACAGCGTTTACAACTGGTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	110120	TCTTCCGGTAGAATGCTAAAAACTTCTGTTTACAGCGTTTACAACTGGTA	110169

CR932437.5	101	ATTTGTGCTCCGAAAATGGGTTTCAATAACGTTTTTAATGGATAACAGAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	110170	ATTTGTGCTCCGAAAATGGGTTTCAATAACGTTTTTAATGGATAACAGAG	110219

CR932437.5	151	TGTTTTTTTGACACACAACTTAGAAATGTGTCTGTTAAAGCCGTTATAAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	110220	TGTTTTTTTGACACACAACTTAGAAATGTGTCTGTTAAAGCCGTTATAAT	110269

CR932437.5	201	CTGTCGATGTGGTTCAAGCGCGTCAGAAATACGAGAAAAACGTTCTCCTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	110270	CTGTCGATGTGGTTCAAGCGCGTCAGAAATACGAGAAAAACGTTCTCCTA	110319

CR932437.5	251	GTTAGGGTTAGGGTTGTGTCTGCCGTCAGAAATAATGTGTTTGTGCTGAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	110320	GTTAGGGTTAGGGTTGTGTCTGCCGTCAGAAATAATGTGTTTGTGCTGAC	110369

CR932437.5	301	AGCCTGTCAGCTGTTAGCTCAGCGGCTCTTTAACACACACACACACACAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	110370	AGCCTGTCAGCTGTTAGCTCAGCGGCTCTTTAACACACACACACACACAC	110419

CR932437.5	351	ACACAGATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCAAACCTGTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	110420	ACACAGATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCAAACCTGTA	110469

CR932437.5	401	GAGAAAGAGTACTGTCATGAAACTTAACAGGTATAAAAGTCGTGCAATTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	110470	GAGAAAGAGTACTGTCATGAAACTTAACAGGTATAAAAGTCGTGCAATTT	110519

CR932437.5	451	ACAAAAATGACCAATAAAAGTTTGTTATTGATCCTCTGCTGGCTGATTTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	110520	ACAAAAATGACCAATAAAAGTTTGTTATTGATCCTCTGCTGGCTGATTTG	110569

CR932437.5	501	CTGTTCATTCTAATCGCGAGCCATTTGTGTTTTATTTCGTGTGTTGTTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	110570	CTGTTCATTCTAATCGCGAGCCATTTGTGTTTTATTTCGTGTGTTGTTTT	110619

CR932437.5	551	TACCACGGTTTGTGTTTTTCTGTCATTTCGAAATGACACTAGTCTATATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	110620	TACCACGGTTTGTGTTTTTCTGTCATTTCGAAATGACACTAGTCTATATT	110669

CR932437.5	601	TTTACTTTGTTATTATACAGTTATTAAATCAGTGTGTCAGTGGCACAGTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	110670	TTTACTTTGTTATTATACAGTTATTAAATCAGTGTGTCAGTGGCACAGTA	110719

CR932437.5	651	CAGGCTACGTGTGTGTGTCAAACATTTTGGTGAATTACATTTGTTTGGGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	110720	CAGGCTACGTGTGTGTGTCAAACATTTTGGTGAATTACATTTGTTTGGGC	110769

CR932437.5	701	TGGTTATATATTTGAAATAAAGAGAAAATGTTGACTTTAGCGATGACAAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	110770	TGGTTATATATTTGAAATAAAGAGAAAATGTTGACTTTAGCGATGACAAG	110819

CR932437.5	751	GCTTCATTTAAACTGCAGAAGATGCCGTCTGACAACGAGGGGAAAACGCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	110820	GCTTCATTTAAACTGCAGAAGATGCCGTCTGACAACGAGGGGAAAACGCC	110869

CR932437.5	801	TCACAGCAGCTGTTTTCCATCCTATTATATCGCATTTCTTTAAATGATCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	110870	TCACAGCAGCTGTTTTCCATCCTATTATATCGCATTTCTTTAAATGATCA	110919

CR932437.5	851	GTCCAGAAGATGGTGCTGATGGACAACAGTATTAGTTCAAAGAGGATAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	110920	GTCCAGAAGATGGTGCTGATGGACAACAGTATTAGTTCAAAGAGGATAAA	110969

CR932437.5	901	AGCAGGTAAAATAGATTAAAACTATCGTTTCAAAGCTGTACAAATGTGAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	110970	AGCAGGTAAAATAGATTAAAACTATCGTTTCAAAGCTGTACAAATGTGAC	111019

CR932437.5	951	TGTTTACACGCATCAGCTGCCGACCGGAAGTTCTTCGCATTCTCCTTGCG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	111020	TGTTTACACGCATCAGCTGCCGACCGGAAGTTCTTCGCATTCTCCTTGCG	111069

CR932437.5	1001	CATACACGCAAAGCATAATGGGTAATTTTGCGTTCCAAGAAAAAGGCCTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	111070	CATACACGCAAAGCATAATGGGTAATTTTGCGTTCCAAGAAAAAGGCCTA	111119

CR932437.5	1051	TAGCGATCAATGATTGGCTACTGTACTAGTAGGCAGAGCTTCATTTGCCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	111120	TAGCGATCAATGATTGGCTACTGTACTAGTAGGCAGAGCTTCATTTGCCA	111169

CR932437.5	1101	TATTGACCATTTCACTTTTCCCCATTCAAAACTATGTAGAGTAATGTGTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	111170	TATTGACCATTTCACTTTTCCCCATTCAAAACTATGTAGAGTAATGTGTT	111219

CR932437.5	1151	TTGTGTATTCGCTTTGTTACAGTGTATGGCTCAATGATCAGGCGTCCTCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	111220	TTGTGTATTCGCTTTGTTACAGTGTATGGCTCAATGATCAGGCGTCCTCA	111269

CR932437.5	1201	CTCCTGCTTATGTCACCAATCTGGCAAACTGTGTGTGCTTCCAATCGTTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	111270	CTCCTGCTTATGTCACCAATCTGGCAAACTGTGTGTGCTTCCAATCGTTG	111319

CR932437.5	1251	GAGAAGGAGATGGGTAAAAAAAAAACTAAAGTTTCAAAGGTTTTTGAATT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	111320	GAGAAGGAGATGGGTAAAAAAAAAACTAAAGTTTCAAAGGTTTTTGAATT	111369

CR932437.5	1301	TGGACTGCAATAACTAGGTCATACACCAGGTGTCTTAATGTAAGAAACAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	111370	TGGACTGCAATAACTAGGTCATACACCAGGTGTCTTAATGTAAGAAACAT	111419

CR932437.5	1351	GCATAGACATGTATAGAACAATGTAATCAGAGAGTCAAATGTCAGTAACT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	111420	GCATAGACATGTATAGAACAATGTAATCAGAGAGTCAAATGTCAGTAACT	111469

CR932437.5	1401	ATGTGCATCTAGGCATGTTGATGTGGTCATGACGATCTGCTGAAGTGCAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	111470	ATGTGCATCTAGGCATGTTGATGTGGTCATGACGATCTGCTGAAGTGCAA	111519

CR932437.5	1451	ACTGAATATCAGCATGTAAAGAAGAAGAACTTGATAGAAAAAAAAAAAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	111520	ACTGAATATCAGCATGTAAAGAAGAAGAACTTGATAGAAAAAAAAAAAAA	111569

CR932437.5	1501	AAGATTTAACAGTCCCTCCAGTAAATATTGATCAAAGTCATTTTTTCATC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	111570	AAGATTTAACAGTCCCTCCAGTAAATATTGATCAAAGTCATTTTTTCATC	111619

CR932437.5	1551	AAGAACCACTGGACTCAAGTGACTTTAAGTGATTTTGAATGTGGCATCTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	111620	AAGAACCACTGGACTCAAGTGACTTTAAGTGATTTTGAATGTGGCATCTC	111669

CR932437.5	1601	AAAGTTGTATTTTCAATGTGATTGGCTAAATTTAGCAAGATTCCATAACC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	111670	AAAGTTGTATTTTCAATGTGATTGGCTAAATTTAGCAAGATTCCATAACC	111719

CR932437.5	1651	ATCAGCTCTCGATGCAATAGAGCATCTTTGCGATGTAGTGAAACCATGCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	111720	ATCAGCTCTCGATGCAATAGAGCATCTTTGCGATGTAGTGAAACCATGCA	111769

CR932437.5	1701	TGTGAAAACAGCTTCTAGCAAAGCGCACCTAATAAAGTGGCCAAAGAGTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	111770	TGTGAAAACAGCTTCTAGCAAAGCGCACCTAATAAAGTGGCCAAAGAGTG	111819

CR932437.5	1751	TAAATGAGTGTGAATGTCTCACCCTCTTCGAGTGCGAGGTTGGCCTGTGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	111820	TAAATGAGTGTGAATGTCTCACCCTCTTCGAGTGCGAGGTTGGCCTGTGC	111869

CR932437.5	1801	ATCTCTCTTCCTTCTTTCTAGTCTCTGACGCTCCTCCAGACGCTGTTTCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	111870	ATCTCTCTTCCTTCTTTCTAGTCTCTGACGCTCCTCCAGACGCTGTTTCT	111919

CR932437.5	1851	CGGTGTTCGCTTCATCCCACAACCCAGCCTCCATCAGCCGCTGGTCGGGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	111920	CGGTGTTCGCTTCATCCCACAACCCAGCCTCCATCAGCCGCTGGTCGGGT	111969

CR932437.5	1901	CGCAGACGGCTGTCAGTGGGGGCTATACCGTCCTCCAGCTCATTCAAAGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	111970	CGCAGACGGCTGTCAGTGGGGGCTATACCGTCCTCCAGCTCATTCAAAGT	112019

CR932437.5	1951	CAACGCCAGAGAAGAGAAGTAATACATGTTCTCTGCATTCTCACTGGACT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511234.7	112020	CAACGCCAGAGAAGAGAAGTAATACATGTTCTCTGCATTCTCACTGGACT	112069

Overview

Query
CR932437.5 - 51290 bps
Hit
BX511234.7 - 112069 bps
Total alignments
25
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100197320001200011100701120691
292.387710461386241-133759338631
382.672145031689817400136958374591
493.6893712041519216395146531477471
593.5693011981188913086-146537477471
694.7391611371907420210146608477461
790.08831273572335849-150460505901
888.89821282528425411150465505901
990.08831273572335849-151089512191
1088.89821282528425411151094512191
1187.09731252528425408151726518491
1288.46761293572235850-152351524801
1387.4761282528425411152357524831
1490.08831273572335849-152983531131
1588.89821282528425411152988531131
1689.92891292528425412154185543131
1785.941001933572235914-156312565031
1886.951572681519715464176972772391
1986.831562661282013085-176974772391
2093.331171511911919269177090772391
2184.872175161219312708-177242777501
2288.892434361556916004177242776731
2388.92484401937719816177242776731
2482.91073003433534634-189673899821
2595.836173357223579411065101065811
Short-link