<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX005306.20	135228	AAGTTCAAAAGAACAGAGTGTCTTTGAAGTAGGTGAATGTAAAAATCTCT	135179
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	77888	AAGTTCAAAAGAACAGAGTGTCTTTGAAGTAGGTGAATGTAAAAATCTCT	77937

C  BX005306.20	135178	TTACTGTCACTTTTGATTAATTTAATGCATCCTTGCTGGCAGATGTAACT	135129
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	77938	TTACTGTCACTTTTGATTAATTTAATGCATCCTTGCTGGCAGATGTAACT	77987

C  BX005306.20	135128	GATGATCTTCTCATCTGACCACCTGTGACTGGATCACCCGAGACTGATGG	135079
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	77988	GATGATCTTCTCATCTGACCACCTGTGACTGGATCACCCGAGACTGATGG	78037

C  BX005306.20	135078	TAACAGTGGGTGTAAACAGGGCCAACACACAAGAAAACTGAATGACAGAT	135029
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	78038	TAACAGTGGGTGTAAACAGGGCCAACACACAAGAAAACTGAATGACAGAT	78087

C  BX005306.20	135028	TCTCATTTGCAAAGACTGCTGCACATTTGTGCTCCTTTATCTGATCTAAA	134979
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	78088	TCTCATTTGCAAAGACTGCTGCACATTTGTGCTCCTTTATCTGATCTAAA	78137

C  BX005306.20	134978	CCTCTTCAAACACAATTACCAGATGCTTGGATGAGAGGGCCATAAGCTGC	134929
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	78138	CCTCTTCAAACACAATTACCAGATGCTTGGATGAGAGGGCCATAAGCTGC	78187

C  BX005306.20	134928	CTTATGTTAAACCAGACACTTTTTATGACTCACTCTTGTTTTCGGTAACT	134879
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	78188	CTTATGTTAAACCAGACACTTTTTATGACTCACTCTTGTTTTCGGTAACT	78237

C  BX005306.20	134878	GATTTTTACAAGATAAGCGCTTGACAACTGCGAAATCCTGCGAGAGTCTA	134829
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	78238	GATTTTTACAAGATAAGCGCTTGACAACTGCGAAATCCTGCGAGAGTCTA	78287

C  BX005306.20	134828	AAATTGGACGCTTGGGATTCGACACCAACATAAGTGGTGCAACACTCACA	134779
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	78288	AAATTGGACGCTTGGGATTCGACACCAACATAAGTGGTGCAACACTCACA	78337

C  BX005306.20	134778	AAATGTGCTAAACCATCTGTGCTTAAGGAACAGAGGTGAACAAACCAGTG	134729
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	78338	AAATGTGCTAAACCATCTGTGCTTAAGGAACAGAGGTGAACAAACCAGTG	78387

C  BX005306.20	134728	CATAAACATTCAACGACTAATCCAGGTTTATGCTAGTACAGTACTAGGCT	134679
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	78388	CATAAACATTCAACGACTAATCCAGGTTTATGCTAGTACAGTACTAGGCT	78437

C  BX005306.20	134678	GGACTTAATTTTACTTAAGACAGAGCTACAATTTTATGGCATAAATTTAA	134629
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	78438	GGACTTAATTTTACTTAAGACAGAGCTACAATTTTATGGCATAAATTTAA	78487

C  BX005306.20	134628	CAAGGGGCTAGAAACATTCCTCAGTGATTGTGGTCCATATTGACATGATA	134579
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	78488	CAAGGGGCTAGAAACATTCCTCAGTGATTGTGGTCCATATTGACATGATA	78537

C  BX005306.20	134578	GCACCATGAAGTTACTGCAGATTTGTTAGCCAGAACAGATGAGTCAAGGC	134529
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	78538	GCACCATGAAGTTACTGCAGATTTGTTAGCCAGAACAGATGAGTCAAGGC	78587

C  BX005306.20	134528	AGGATGTTCCATGCATTCATGTAGTTTAAGTCAACTTATAAATGTTGCAG	134479
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	78588	AGGATGTTCCATGCATTCATGTAGTTTAAGTCAACTTATAAATGTTGCAG	78637

C  BX005306.20	134478	AGAAATCAAGACTCCTCAAAACAGGCAACCTTGCTCCAATCTCATTGTTT	134429
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	78638	AGAAATCAAGACTCCTCAAAACAGGCAACCTTGCTCCAATCTCATTGTTT	78687

C  BX005306.20	134428	TGTTTTCTTTAATACTGGTGAGCCAGTGTAAATTAGGCTCAGTTTGCTGT	134379
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	78688	TGTTTTCTTTAATACTGGTGAGCCAGTGTAAATTAGGCTCAGTTTGCTGT	78737

C  BX005306.20	134378	TTTAGCTCACATGAGTGGCATCCATGGTGCTCTACTGCTTCTGCAGCCCA	134329
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	78738	TTTAGCTCACATGAGTGGCATCCATGGTGCTCTACTGCTTCTGCAGCCCA	78787

C  BX005306.20	134328	CCTGCTTCGAGCTTGGACATGTTGTGCTTTCAGTGATGAGTAGTTATTTG	134279
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	78788	CCTGCTTCGAGCTTGGACATGTTGTGCTTTCAGTGATGAGTAGTTATTTG	78837

C  BX005306.20	134278	TGTTACTGGCCACTGGTCAGATCTGGCTACTCTCTTCTGACCTTTGGCAT	134229
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	78838	TGTTACTGGCCACTGGTCAGATCTGGCTACTCTCTTCTGACCTTTGGCAT	78887

C  BX005306.20	134228	CAACAAGACATTTCCACACAACAACTGGAAATGTTCTATTTTTCTACCAA	134179
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	78888	CAACAAGACATTTCCACACAACAACTGGAAATGTTCTATTTTTCTACCAA	78937

C  BX005306.20	134178	CTCTCTGCAAAGATGGCCGTACATGAAAATTCCAGTAGAACAGCTATTTA	134129
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	78938	CTCTCTGCAAAGATGGCCGTACATGAAAATTCCAGTAGAACAGCTATTTA	78987

C  BX005306.20	134128	AGAATATAACAATCAGATACTTAAATCTCCTTTTCAACATTCTGATGCTT	134079
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	78988	AGAATATAACAATCAGATACTTAAATCTCCTTTTCAACATTCTGATGCTT	79037

C  BX005306.20	134078	TGATTGAACTTTGCAAAGCAAGAGAAAAGGTGTAAATGCTGATTATCATT	134029
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	79038	TGATTGAACTTTGCAAAGCAAGAGAAAAGGTGTAAATGCTGATTATCATT	79087

C  BX005306.20	134028	CATTCATTCAATTTCTTTTTGGCTTAGTCCCTTTATTGATCAGGGATCAC	133979
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	79088	CATTCATTCAATTTCTTTTTGGCTTAGTCCCTTTATTGATCAGGGATCAC	79137

C  BX005306.20	133978	CACAGTGGAGTGAACCGTCAACTTATCCAGCATATGTTTTACATAGCGAA	133929
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	79138	CACAGTGGAGTGAACCGTCAACTTATCCAGCATATGTTTTACATAGCGAA	79187

C  BX005306.20	133928	TGCTCTTCCAGCTGCAACCCGTCACTGGGAAACACCCATACACTTTCATT	133879
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	79188	TGCTCTTCCAGCTGCAACCCGTCACTGGGAAACACCCATACACTTTCATT	79237

C  BX005306.20	133878	TACATACATACGTACAACTTAGCTTACCCAATTCACCTTTACCCACATGT	133829
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	79238	TACATACATACGTACAACTTAGCTTACCCAATTCACCTTTACCCACATGT	79287

C  BX005306.20	133828	CTTTGAATTTGTGAGGGAAACCGGAGCACCTGGAGGAAACCCATGCGAAC	133779
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	79288	CTTTGAATTTGTGAGGGAAACCGGAGCACCTGGAGGAAACCCATGCGAAC	79337

C  BX005306.20	133778	GCGGGAAGAACATGCAAATTCCACACAGAAATGCCAACTGACCCAGCCAA	133729
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	79338	GCGGGAAGAACATGCAAATTCCACACAGAAATGCCAACTGACCCAGCCAA	79387

C  BX005306.20	133728	GGCTCGAACCAGCGACCTTCTTGCTGTAAGGAGACAGGACTACCCATTAC	133679
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	79388	GGCTCGAACCAGCGACCTTCTTGCTGTAAGGAGACAGGACTACCCATTAC	79437

C  BX005306.20	133678	ATCACCGCGTCGCCAAGTAAAAGATGTTAATAATTAATAATATGTTAATA	133629
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	79438	ATCACCGCGTCGCCAAGTAAAAGATGTTAATAATTAATAATATGTTAATA	79487

C  BX005306.20	133628	ATTATTCACCCTTAAGTCGTTTCAGTGACCTGAAACCTTTGTTCATCTTC	133579
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	79488	ATTATTCACCCTTAAGTCGTTTCAGTGACCTGAAACCTTTGTTCATCTTC	79537

C  BX005306.20	133578	GAAACACAGATTAAGACATTTTAGATGAAATCTGAGAGCTCCCTTATCCT	133529
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	79538	GAAACACAGATTAAGACATTTTAGATGAAATCTGAGAGCTCCCTTATCCT	79587

C  BX005306.20	133528	CCATAGAAAGCAACAGTCCCAAGAAGTCCAGAAAACACTTCATGTTATTT	133479
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	79588	CCATAGAAAGCAACAGTCCCAAGAAGTCCAGAAAACACTTCATGTTATTT	79637

C  BX005306.20	133478	CAGTTGTTCAAACGTAATCATATAAAGCTCTAAAAATACTGTAGTCACAC	133429
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	79638	CAGTTGTTCAAACGTAATCATATAAAGCTCTAAAAATACTGTAGTCACAC	79687

C  BX005306.20	133428	CTCTGTTCTGCTATATCTTCCCTCATATCAGGTAATCAGGGTATATTTAC	133379
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	79688	CTCTGTTCTGCTATATCTTCCCTCATATCAGGTAATCAGGGTATATTTAC	79737

C  BX005306.20	133378	ATCAAGGTAGTATGATACAGATCTGGCCACACATGTAGTGCTGCAATTTG	133329
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	79738	ATCAAGGTAGTATGATACAGATCTGGCCACACATGTAGTGCTGCAATTTG	79787

C  BX005306.20	133328	TCAAGCGCAGTCACGCGCTGTGCTGCAGCAGCAAAGGTCACCAAAAAAAA	133279
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	79788	TCAAGCGCAGTCACGCGCTGTGCTGCAGCAGCAAAGGTCACCAAAAAAAA	79837

C  BX005306.20	133278	TAAATGAATAAAAAATAATGCCATTTTGTGAAACCAGGTAGCGCAAGCTT	133229
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX511191.4	79838	TAAATGAATAAAAAATAATGCCATTTTGTGAAACCAGGTAGCGCAAGCTT	79887

Overview

Query
BX005306.20 - 135228 bps
Hit
BX511191.4 - 79887 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019702000133229135228-177888798871
283.3814634711453311487919888102241
394.82112137460194615519914100481
485.14167356466804703519915102641
587.36214370749937536219915102701
681.131413787498575362-118868192221
783.641473454668247026-118883192121
887.39129232114568114799-118987192081
992.984457114879114935-123167232231
1089.63901374602046156-123341234751
1178.3596341133673134013125996263461
1278.6882265114583114847-126072263431
1310037778915689232-155860559361
1410037775997260048155860559361
1510037775997260048-155861559371
1610037778915689232155861559371
1710037777421374289155863559391
1886.42841706311363282-160543607041
1984.161663386244462781164230645701
2096.15891046318463287164570646731
2196.346066842359924282168453691341
2283.281402872360223888173518738041
2382.451593772390624282173873742481
2481.591203147504975362177352776551
Short-link