<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX296517.6	1	AAGCTTGCTCTGTTCCTCAGGGGCCTGCTATGAATCTTTCTCCTAAATAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	102618	AAGCTTGCTCTGTTCCTCAGGGGCCTGCTATGAATCTTTCTCCTAAATAT	102667

BX296517.6	51	CGATGCCTCTCTGAATTTGGTATTGACAAGAGCGACTTGTGCACCACAGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	102668	CGATGCCTCTCTGAATTTGGTATTGACAAGAGCGACTTGTGCACCACAGA	102717

BX296517.6	101	CAAACTTTAAACAAAATCTCTCACAGCTGTTTTGCTTTGGTGATGCCAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	102718	CAAACTTTAAACAAAATCTCTCACAGCTGTTTTGCTTTGGTGATGCCAAT	102767

BX296517.6	151	AAATTGACAGTGATTACCTGAGGGGGTCTATGTGGCAAAGGGGTCATGGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	102768	AAATTGACAGTGATTACCTGAGGGGGTCTATGTGGCAAAGGGGTCATGGT	102817

BX296517.6	201	TATGAACACCCTCGAATCTTACTGATACATCTTCACTATGGTCTGAGAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	102818	TATGAACACCCTCGAATCTTACTGATACATCTTCACTATGGTCTGAGAAA	102867

BX296517.6	251	AAAAAAACCTGTTCAGTTGTGACGGTGGGTACTTTAAAGATCTGGAGCGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	102868	AAAAAAACCTGTTCAGTTGTGACGGTGGGTACTTTAAAGATCTGGAGCGA	102917

BX296517.6	301	TGTTTTAATTGCCTGGATAAGGTGCAACGCTAATATGGATGGTGGCAAGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	102918	TGTTTTAATTGCCTGGATAAGGTGCAACGCTAATATGGATGGTGGCAAGG	102967

BX296517.6	351	CAATTGAGAGTTCCTCATCCTTCCCCTCCTCCTAAATCAATGCACACTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	102968	CAATTGAGAGTTCCTCATCCTTCCCCTCCTCCTAAATCAATGCACACTTT	103017

BX296517.6	401	TTACAGAATAGCTTGTGAGTCATGCCTGTCCTTATATAAAGTGAGGTAGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	103018	TTACAGAATAGCTTGTGAGTCATGCCTGTCCTTATATAAAGTGAGGTAGC	103067

BX296517.6	451	TGTGCATTAGATATGCTGCCGGAATCTTCTGCTTGGGCGAGTGGACTGAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	103068	TGTGCATTAGATATGCTGCCGGAATCTTCTGCTTGGGCGAGTGGACTGAG	103117

BX296517.6	501	AACGATGTGAATTGTTAATGCCTTTCTGCCTCAGTTCACGCCTGCTGATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	103118	AACGATGTGAATTGTTAATGCCTTTCTGCCTCAGTTCACGCCTGCTGATT	103167

BX296517.6	551	GATCAACTCGCAACTGTATCTACTCTTTCTTCCATGAAATCCGGTGTTAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	103168	GATCAACTCGCAACTGTATCTACTCTTTCTTCCATGAAATCCGGTGTTAG	103217

BX296517.6	601	TGTCTGTGTGTGCGTGTGGGGGAGACGAGGCAGAGAGGGTTCATCAGATT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	103218	TGTCTGTGTGTGCGTGTGGGGGAGACGAGGCAGAGAGGGTTCATCAGATT	103267

BX296517.6	651	TCGGGTTAAATTGAGAGTGAAGGAGGTTTGCTGTGTAGATAGAGGGAAGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	103268	TCGGGTTAAATTGAGAGTGAAGGAGGTTTGCTGTGTAGATAGAGGGAAGG	103317

BX296517.6	701	GGGGAAAGACATGTTGGGGCCCAGCCTCCAAGCAGCATGGGCCCTAAAGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	103318	GGGGAAAGACATGTTGGGGCCCAGCCTCCAAGCAGCATGGGCCCTAAAGG	103367

BX296517.6	751	AGGACATTCAGAGGCACTCCGCCGATCACACGCTCCCTGAACTCCAATGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	103368	AGGACATTCAGAGGCACTCCGCCGATCACACGCTCCCTGAACTCCAATGG	103417

BX296517.6	801	GACCCAAATTGCATGGGATGTGTGGGTCTTTTCCCAACATATTTATATCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	103418	GACCCAAATTGCATGGGATGTGTGGGTCTTTTCCCAACATATTTATATCC	103467

BX296517.6	851	TTTACTCTTTACAAATCCACTCAAACGCGCATGCCGCTGACTGGCAATGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	103468	TTTACTCTTTACAAATCCACTCAAACGCGCATGCCGCTGACTGGCAATGG	103517

BX296517.6	901	GGTGGGTGACAGGGTGGGTGGAGGGTTAACAGAACAGTGCTGTAATACAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	103518	GGTGGGTGACAGGGTGGGTGGAGGGTTAACAGAACAGTGCTGTAATACAA	103567

BX296517.6	951	GAGGGCTTATTTGATTTTGGATGCACACAGCACAGGCTGTCTCATAAATA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	103568	GAGGGCTTATTTGATTTTGGATGCACACAGCACAGGCTGTCTCATAAATA	103617

BX296517.6	1001	ATGCATACTACTGTACAAACAGGGAGCTCCGAGGTGACTTGTTGCTTTGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	103618	ATGCATACTACTGTACAAACAGGGAGCTCCGAGGTGACTTGTTGCTTTGT	103667

BX296517.6	1051	GTTTGATTCTGCCAAAATGGGATTATTCAGTAGAGACATAAACATTCCTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	103668	GTTTGATTCTGCCAAAATGGGATTATTCAGTAGAGACATAAACATTCCTG	103717

BX296517.6	1101	TAAAGCAACTTCATCTGTATAAGCAAATAGAATTTGGCTCTGCTTTGTAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	103718	TAAAGCAACTTCATCTGTATAAGCAAATAGAATTTGGCTCTGCTTTGTAA	103767

BX296517.6	1151	AATAGTTACAACTGTAGTCCTCTGACTTGTCTTCTTGGGAACCAAATAAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	103768	AATAGTTACAACTGTAGTCCTCTGACTTGTCTTCTTGGGAACCAAATAAT	103817

BX296517.6	1201	CCTAAAAAGAAATATTGAATTAGACCAAAGCAGGTGACAGTCAAAGGGGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	103818	CCTAAAAAGAAATATTGAATTAGACCAAAGCAGGTGACAGTCAAAGGGGG	103867

BX296517.6	1251	TTCAGAGGTGCTGAAGTGTGCATACATGCAAAAGTGTGGGTTTGGTAACC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	103868	TTCAGAGGTGCTGAAGTGTGCATACATGCAAAAGTGTGGGTTTGGTAACC	103917

BX296517.6	1301	ACAATCACACTTGGCTACGGCGTTGTTCTCCACAGTAAAGGTTAGTGACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	103918	ACAATCACACTTGGCTACGGCGTTGTTCTCCACAGTAAAGGTTAGTGACA	103967

BX296517.6	1351	GACTGTTCCCCAGTGCTCCAAGCAATCACTGCAGAGGTGTCAGAGATCTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	103968	GACTGTTCCCCAGTGCTCCAAGCAATCACTGCAGAGGTGTCAGAGATCTT	104017

BX296517.6	1401	CTGCATGTGAGTTACCATGACTGGGGCCTGGCCTTACCAAGAGGTTGTGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	104018	CTGCATGTGAGTTACCATGACTGGGGCCTGGCCTTACCAAGAGGTTGTGG	104067

BX296517.6	1451	TGAAATTAGCATTTAACACCGTTTAAGACGCAAAGGTCTATGAAAAAGTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	104068	TGAAATTAGCATTTAACACCGTTTAAGACGCAAAGGTCTATGAAAAAGTG	104117

BX296517.6	1501	GGACTTTATTAATGGATTATTATATTTAATCTAAGTAAAAATGAATTTCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	104118	GGACTTTATTAATGGATTATTATATTTAATCTAAGTAAAAATGAATTTCC	104167

BX296517.6	1551	AACACAATGTCAAAAATGTGCTTGCTCTGTTGAGGTACGATTCTTTTGTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	104168	AACACAATGTCAAAAATGTGCTTGCTCTGTTGAGGTACGATTCTTTTGTA	104217

BX296517.6	1601	GTAATCAGTGGAATATATATCTTACACTTTATTAAACCCAAGTTTCCTCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	104218	GTAATCAGTGGAATATATATCTTACACTTTATTAAACCCAAGTTTCCTCA	104267

BX296517.6	1651	TTAAAGCAATATTAAAAGCTCATCTGGATGTACCACTGTTAACAATGTCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	104268	TTAAAGCAATATTAAAAGCTCATCTGGATGTACCACTGTTAACAATGTCA	104317

BX296517.6	1701	TGTAATTATTAGAATAGCAAGAATGCAATTATATTTTCTAACAACCCATA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	104318	TGTAATTATTAGAATAGCAAGAATGCAATTATATTTTCTAACAACCCATA	104367

BX296517.6	1751	GACTTTCAAAACATATCTTTACAAGACATGCACATAACATCTTACATGTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	104368	GACTTTCAAAACATATCTTTACAAGACATGCACATAACATCTTACATGTG	104417

BX296517.6	1801	TATTGTATGATACACAATCTCTAGGAAGCTGCACTATGATTCATAGATTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	104418	TATTGTATGATACACAATCTCTAGGAAGCTGCACTATGATTCATAGATTT	104467

BX296517.6	1851	TAGACTAATCTCTGGGTGATTGGACTGACATCTTTGACAGAAAGAGGAAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	104468	TAGACTAATCTCTGGGTGATTGGACTGACATCTTTGACAGAAAGAGGAAT	104517

BX296517.6	1901	GACGGGTCGCCCGTCACTTCATGTTATTACATGCCAAGTCATATTACTGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	104518	GACGGGTCGCCCGTCACTTCATGTTATTACATGCCAAGTCATATTACTGT	104567

BX296517.6	1951	GGTTCTGCAGACCTGGCACCAGCGGGTGAAGCCCGTCATTCCCCTCAGCG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510997.9	104568	GGTTCTGCAGACCTGGCACCAGCGGGTGAAGCCCGTCATTCCCCTCAGCG	104617

Overview

Query
BX296517.6 - 110298 bps
Hit
BX510997.9 - 104617 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198320001200011026181046171
287.38182308902849059111104181
381.955913327783279151306932011
484.21523057782578129-146044463531
585.48631243724537368-146048461711
691.22143071022610532-146055463611
789.051822853354333827-146072463541
881.841192959494395237149976502561
980.91082927782478115151246515331
1084.111693673354433910151247516111
1190104171107196107366-158486586551
1290.9710516585808744158489586541
1388.461312087797378180-160492606991
1482.59781783722137398-160517606941
1583.34621423354333684-160688608251
1695.9261986246762564-162235623321
1794.3416621488559068-166568667791
1890.68751156279062904171387715041
1986.361963693354233910-190302906821
2083.83901936169061882190312905091
2186.851913521023310584-190317906811
2289.11591006278862887-190688907881
Short-link