<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR388388.8	98507	AAGCTTTCAATCAGGCCCCCATGAAGACCGCGAGAGTCTCTTTGCTTTGT	98556
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1	AAGCTTTCAATCAGGCCCCCATGAAGACCGCGAGAGTCTCTTTGCTTTGT	50

CR388388.8	98557	TTGGACTGTCAACAGAGAGGATTATGTGCCAAACAGATAGGGCTGTGTCC	98606
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	51	TTGGACTGTCAACAGAGAGGATTATGTGCCAAACAGATAGGGCTGTGTCC	100

CR388388.8	98607	ATGTGTGTGTTTAAAGCCACGACATCCCTCTGTCCCCATCGTTCTCCCAG	98656
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	101	ATGTGTGTGTTTAAAGCCACGACATCCCTCTGTCCCCATCGTTCTCCCAG	150

CR388388.8	98657	ACGGCTTTCTCTTCCAAGGGGTTTGGCTACCCAAAAAGAAAAGAAAAAAT	98706
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	151	ACGGCTTTCTCTTCCAAGGGGTTTGGCTACCCAAAAAGAAAAGAAAAAAT	200

CR388388.8	98707	AGGAAGATAACCACACGAGCCAAGCGGTGACGAAAATAGCCAGGGGCTTA	98756
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	201	AGGAAGATAACCACACGAGCCAAGCGGTGACGAAAATAGCCAGGGGCTTA	250

CR388388.8	98757	TGGGGACTGTTTCTCCAGATTGGATCCCTCTGTGAACAGAATCCATATCT	98806
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	251	TGGGGACTGTTTCTCCAGATTGGATCCCTCTGTGAACAGAATCCATATCT	300

CR388388.8	98807	CTGTCCCTCCCTCCGTCTCTATCTTTCTGTCCCACGGATCGAGTATTTTA	98856
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	301	CTGTCCCTCCCTCCGTCTCTATCTTTCTGTCCCACGGATCGAGTATTTTA	350

CR388388.8	98857	ACATGGCAACTCTCAGTCTGTGTTTCCTCCAACTTGCTCATTAATGTGTG	98906
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	351	ACATGGCAACTCTCAGTCTGTGTTTCCTCCAACTTGCTCATTAATGTGTG	400

CR388388.8	98907	GGTCTGATGTTTGCATAAGTCTCACTGTAGTTCCTGAATCAATAGTTGTT	98956
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	401	GGTCTGATGTTTGCATAAGTCTCACTGTAGTTCCTGAATCAATAGTTGTT	450

CR388388.8	98957	TCCTGCAAGCCATCTGCAGTGAGAGTGAAGAGGCGCTGAAAATCTCCAGT	99006
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	451	TCCTGCAAGCCATCTGCAGTGAGAGTGAAGAGGCGCTGAAAATCTCCAGT	500

CR388388.8	99007	GATCTCGAGTTGTTTGACAGAGAGGCATGCTTCCTACTGGCAGCTCCAGT	99056
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	501	GATCTCGAGTTGTTTGACAGAGAGGCATGCTTCCTACTGGCAGCTCCAGT	550

CR388388.8	99057	TCTCCTTTTAGTGACAGAATGAAAACTGTATTGACAAAGATTCATCAATA	99106
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	551	TCTCCTTTTAGTGACAGAATGAAAACTGTATTGACAAAGATTCATCAATA	600

CR388388.8	99107	ATTGGAAGCTGTGTCAAACTTGGAAAATCTCCTGTTGTTTTTAGTACATT	99156
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	601	ATTGGAAGCTGTGTCAAACTTGGAAAATCTCCTGTTGTTTTTAGTACATT	650

CR388388.8	99157	TTTGATTCTCAAGAAAGGGGCTGCATGATGAATCATAATCAAATCGCATT	99206
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	651	TTTGATTCTCAAGAAAGGGGCTGCATGATGAATCATAATCAAATCGCATT	700

CR388388.8	99207	TGTGATTAATCAAAAGCTGCAATTGTCATGCGCATCTTGTCAGGGAAGCA	99256
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	701	TGTGATTAATCAAAAGCTGCAATTGTCATGCGCATCTTGTCAGGGAAGCA	750

CR388388.8	99257	CAGTTGTGTGATCAGTAGTAAATCTACTTTGAAGGCCAGAGGGCACTCTT	99306
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	751	CAGTTGTGTGATCAGTAGTAAATCTACTTTGAAGGCCAGAGGGCACTCTT	800

CR388388.8	99307	GCATGGATAATCCAAACACCAATGAAGAAAAAACCTTTTCCTATAGTGAT	99356
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	801	GCATGGATAATCCAAACACCAATGAAGAAAAAACCTTTTCCTATAGTGAT	850

CR388388.8	99357	TGATGAATAAACAGAAAATTCAACTGCTTTTATTGATTCAACAAAATCAT	99406
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	851	TGATGAATAAACAGAAAATTCAACTGCTTTTATTGATTCAACAAAATCAT	900

CR388388.8	99407	CAAGTCAAGTCAAACTTTATTTGTAGAGCTTTTATGGAACAAAATCAATG	99456
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	901	CAAGTCAAGTCAAACTTTATTTGTAGAGCTTTTATGGAACAAAATCAATG	950

CR388388.8	99457	CCAAACGTATTGAAATAAAAAGCTTGTAAAATAGCACTAACTGAAAAAAA	99506
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	951	CCAAACGTATTGAAATAAAAAGCTTGTAAAATAGCACTAACTGAAAAAAA	1000

CR388388.8	99507	TAATACAATGAATTAACAATTACTCTTATAACTCCACCAGTCCGAGCAGG	99556
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1001	TAATACAATGAATTAACAATTACTCTTATAACTCCACCAGTCCGAGCAGG	1050

CR388388.8	99557	GATGAACCTGCGATACCTCAATGGGAGACGCTTAATGAGGAGGCGAAAAA	99606
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1051	GATGAACCTGCGATACCTCAATGGGAGACGCTTAATGAGGAGGCGAAAAA	1100

CR388388.8	99607	TCACTGGATCACCTCTTGAGATCTGAGGAATGAGGTTTATGTGATCACAA	99656
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1101	TCACTGGATCACCTCTTGAGATCTGAGGAATGAGGTTTATGTGATCACAA	1150

CR388388.8	99657	GCTGGCTCGTATTACATTAGGATTAATGTCATTGCCCAAAACATTGTTTA	99706
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1151	GCTGGCTCGTATTACATTAGGATTAATGTCATTGCCCAAAACATTGTTTA	1200

CR388388.8	99707	CACACAGGCCTACTCATAATCCTTTTATTAGCCTACTTATAATGTCCAAG	99756
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1201	CACACAGGCCTACTCATAATCCTTTTATTAGCCTACTTATAATGTCCAAG	1250

CR388388.8	99757	ACTGATATTAATATTAAATGCTACTTTTTTTGCCTTTATTATCTTTTTTT	99806
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1251	ACTGATATTAATATTAAATGCTACTTTTTTTGCCTTTATTATCTTTTTTT	1300

CR388388.8	99807	CCTCACCTATTTACTGGTTTAAAAATCTTTAATTGTTCCATTTCCACCTG	99856
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1301	CCTCACCTATTTACTGGTTTAAAAATCTTTAATTGTTCCATTTCCACCTG	1350

CR388388.8	99857	CTGGTAAAAAGCAATTTGCAAACTATCGAATCTGCTATCTGCAATCAATT	99906
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1351	CTGGTAAAAAGCAATTTGCAAACTATCGAATCTGCTATCTGCAATCAATT	1400

CR388388.8	99907	GCTTTTCCTGCAGTTCCCGCATACAATGTTAAATTTTAACAGCCGAATTT	99956
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1401	GCTTTTCCTGCAGTTCCCGCATACAATGTTAAATTTTAACAGCCGAATTT	1450

CR388388.8	99957	GAGCCACTGAATTTATGGAAGCAAATTTTTAAACTAAAAATAAAATTAAC	100006
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1451	GAGCCACTGAATTTATGGAAGCAAATTTTTAAACTAAAAATAAAATTAAC	1500

CR388388.8	100007	TGAAAATTGCCTTTTGAATATTATACTTCGTGTTTTTTGGCAGAACTGAA	100056
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1501	TGAAAATTGCCTTTTGAATATTATACTTCGTGTTTTTTGGCAGAACTGAA	1550

CR388388.8	100057	TATTTTGGATGTGAAATCTGGAAGTTGAATATGAAGTATGAGATCGTGTT	100106
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1551	TATTTTGGATGTGAAATCTGGAAGTTGAATATGAAGTATGAGATCGTGTT	1600

CR388388.8	100107	TTGAATTAAAATATTCACAGCTTGAATAAACAGCTGTGTTAAATTTCTGG	100156
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1601	TTGAATTAAAATATTCACAGCTTGAATAAACAGCTGTGTTAAATTTCTGG	1650

CR388388.8	100157	ACCTAGAATTACAAACATTGGCAATTCAAGTCACAACAATGCAAGCAGTT	100206
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1651	ACCTAGAATTACAAACATTGGCAATTCAAGTCACAACAATGCAAGCAGTT	1700

CR388388.8	100207	GTTAATTCATTGTAATATTTTTTTTTAGTATTGCTATTCAACAAGCTTTT	100256
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1701	GTTAATTCATTGTAATATTTTTTTTTAGTATTGCTATTCAACAAGCTTTT	1750

CR388388.8	100257	TATGTCAATACTTTTGACGCTGATTTTGTTCTATATACTTTACGAACACA	100306
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1751	TATGTCAATACTTTTGACGCTGATTTTGTTCTATATACTTTACGAACACA	1800

CR388388.8	100307	GAAGTGAGTCAAAGTGCTGTACAGAAAATATACAACAAAACAAGCATAGT	100356
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1801	GAAGTGAGTCAAAGTGCTGTACAGAAAATATACAACAAAACAAGCATAGT	1850

CR388388.8	100357	GGTTAGTATATATCAGATATACTTCACATTCATTCTTATAGTTGAGGTGT	100406
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1851	GGTTAGTATATATCAGATATACTTCACATTCATTCTTATAGTTGAGGTGT	1900

CR388388.8	100407	GGACTTTTCTATTCTTTATTTTTATTTATTTATTTACTTACATTTTTTTA	100456
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1901	GGACTTTTCTATTCTTTATTTTTATTTATTTATTTACTTACATTTTTTTA	1950

CR388388.8	100457	GAACAGTTTCTTTGTTGTTTTTGTTATACTTTTTGTCTTTTGAGTAAATA	100506
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510936.5	1951	GAACAGTTTCTTTGTTGTTTTTGTTATACTTTTTGTCTTTTGAGTAAATA	2000

Overview

Query
CR388388.8 - 100506 bps
Hit
BX510936.5 - 146287 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019422000985071005061120001
296.0845513467834728-1265627061
382.38791883443334620116527167191
484.56781652082420988116529166901
588.241221994072040918116529167321
698.850831271312795-133714337961
781.711113335383054162-141023413501
881.223078826485365734145107459741
990.421011472370723853-146690468351
1089.671442134071740929-146845470571
1186.14941742081320986-146900470651
1210058791335513433-153165532431
1380.3842782900929286-159327595951
1480.9681892868028868-159663598401
1510056761335913434162059621341
1610042801338613465162471625501
1791.79601451332813472-163646637911
1897.742871338713473-167256673421
1994.2342523467334724197289973401
2087.3689191127271291711040311042201
2190.19109164208252098811115221116841
2291.83227307407584106411115671118721
2398.754280127211280011166091166881
Short-link