<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX248416.3	1	AAGCTTAATAAACTACTAATTAGCTGTTTATTAATAGTTAGTAAGGTAGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	47876	AAGCTTAATAAACTACTAATTAGCTGTTTATTAATAGTTAGTAAGGTAGA	47925

BX248416.3	51	CATTTGGGCATTTGGGTGGTTTTAGGGATTAGTGGCGCCCCCAGAAAATA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	47926	CATTTGGGCATTTGGGTGGTTTTAGGGATTAGTGGCGCCCCCAGAAAATA	47975

BX248416.3	101	TTCTTAGGGGTGGCCAAGTAAGGCCACACCAAATCTTAGGGTGGCACACA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	47976	TTCTTAGGGGTGGCCAAGTAAGGCCACACCAAATCTTAGGGTGGCACACA	48025

BX248416.3	151	AAACAATAATGAACTGTGTATATATTGTGAACAATGAGTAATGTTATGTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	48026	AAACAATAATGAACTGTGTATATATTGTGAACAATGAGTAATGTTATGTT	48075

BX248416.3	201	TTTGTTTCTGGTAAAGGAAATAATGACGTTTTAAATAATTCCATTAATTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	48076	TTTGTTTCTGGTAAAGGAAATAATGACGTTTTAAATAATTCCATTAATTA	48125

BX248416.3	251	CTCTTTCATTAATTTCTCATTAATATTGTAATTTATTTCCTTAAATAATA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	48126	CTCTTTCATTAATTTCTCATTAATATTGTAATTTATTTCCTTAAATAATA	48175

BX248416.3	301	CAGCAGGTACACATGCAAACCAAATAAAAACCAATATTTAGTTTAAAAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	48176	CAGCAGGTACACATGCAAACCAAATAAAAACCAATATTTAGTTTAAAAAC	48225

BX248416.3	351	ACCTTTCAGGTAAGTTATTTTTCACATACTTTTATTGTACAACATACAGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	48226	ACCTTTCAGGTAAGTTATTTTTCACATACTTTTATTGTACAACATACAGT	48275

BX248416.3	401	ATATGCCATGTCTAAAATTAATGAAGATTAATAAATGAAATAATAAAACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	48276	ATATGCCATGTCTAAAATTAATGAAGATTAATAAATGAAATAATAAAACA	48325

BX248416.3	451	AACAAACGAACAAAAGACATTACTACATACACACACACTTACTATACAGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	48326	AACAAACGAACAAAAGACATTACTACATACACACACACTTACTATACAGA	48375

BX248416.3	501	CTCCAATAATATCATTTATGCATGTTCCTTTTTGAGCCACAATATTATTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	48376	CTCCAATAATATCATTTATGCATGTTCCTTTTTGAGCCACAATATTATTA	48425

BX248416.3	551	ATAAATATACTTCTATGATGTACCTTTTTGCAAAATACATCCACAAAATC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	48426	ATAAATATACTTCTATGATGTACCTTTTTGCAAAATACATCCACAAAATC	48475

BX248416.3	601	ATTGAGATTTTTGGCTCTAAAGTAAACCAGCAAAATAATGTAGTTGCTAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	48476	ATTGAGATTTTTGGCTCTAAAGTAAACCAGCAAAATAATGTAGTTGCTAA	48525

BX248416.3	651	ATAAACTAGATTCTGAAAAGCCGATTTCAAAATGCATCTATTAATTTATT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	48526	ATAAACTAGATTCTGAAAAGCCGATTTCAAAATGCATCTATTAATTTATT	48575

BX248416.3	701	TGGATTTGTGATTTTCAATCAGATAAAACACAACTTTTTCATTTAAAAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	48576	TGGATTTGTGATTTTCAATCAGATAAAACACAACTTTTTCATTTAAAAAA	48625

BX248416.3	751	TAATAATTTCTTAATAAAAAGTGTGCAATCTCAGTGAATCAGCTACGTCG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	48626	TAATAATTTCTTAATAAAAAGTGTGCAATCTCAGTGAATCAGCTACGTCG	48675

BX248416.3	801	GTGGCGTTGATCAATATTATAGTGGCTGCAGTTTAATTATAAATTAATTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	48676	GTGGCGTTGATCAATATTATAGTGGCTGCAGTTTAATTATAAATTAATTT	48725

BX248416.3	851	ATTTATTCATGGAAATACTGTGAATTTAAGCAAGTACATTTAAATTAATA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	48726	ATTTATTCATGGAAATACTGTGAATTTAAGCAAGTACATTTAAATTAATA	48775

BX248416.3	901	ATATCAACAACTAAATCATATTGGGGTGGCCACAGGGGCTTTATAACTAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	48776	ATATCAACAACTAAATCATATTGGGGTGGCCACAGGGGCTTTATAACTAC	48825

BX248416.3	951	TATTAAACAGTTAATATCTTAATTATAGGCACGTAGTAAGCCTGCAGTTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	48826	TATTAAACAGTTAATATCTTAATTATAGGCACGTAGTAAGCCTGCAGTTA	48875

BX248416.3	1001	ATAGCATGAATTGTGACCAAAACAAGTTTATGAGGGTTTTAAATTAAGCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	48876	ATAGCATGAATTGTGACCAAAACAAGTTTATGAGGGTTTTAAATTAAGCA	48925

BX248416.3	1051	TTATCATGTAGTATAAATTACCACATTAACTTATGCTAAATTTAACCATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	48926	TTATCATGTAGTATAAATTACCACATTAACTTATGCTAAATTTAACCATT	48975

BX248416.3	1101	ATGAACTTTTGACATGTTAATGTATAATGATATTGTGACTTTACCGTTAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	48976	ATGAACTTTTGACATGTTAATGTATAATGATATTGTGACTTTACCGTTAT	49025

BX248416.3	1151	CCACACATGAACTCATGCGACAGGTTGTAAAGATTAGTGCGCACCTTAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	49026	CCACACATGAACTCATGCGACAGGTTGTAAAGATTAGTGCGCACCTTAAC	49075

BX248416.3	1201	TCATCCTTAGTTCATAATAAAGTAACGTTCAGTTTACTTACTAATACTTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	49076	TCATCCTTAGTTCATAATAAAGTAACGTTCAGTTTACTTACTAATACTTC	49125

BX248416.3	1251	ATTATTCATGTACTGTAATTGTAAAGTGTTACCAACGATTCAATAAAATG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	49126	ATTATTCATGTACTGTAATTGTAAAGTGTTACCAACGATTCAATAAAATG	49175

BX248416.3	1301	TATTGTTATTAATTTATCAAAGTTACAAAAGTTACAAAAAACTGTTGCAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	49176	TATTGTTATTAATTTATCAAAGTTACAAAAGTTACAAAAAACTGTTGCAA	49225

BX248416.3	1351	AATAATAAAATATAAACCACAATCAACACTGCATACATGCGAATGATCAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	49226	AATAATAAAATATAAACCACAATCAACACTGCATACATGCGAATGATCAC	49275

BX248416.3	1401	ATTGCCATATTGATGCTGAAATTGTACTTTGTGCTGCCCTAATGTGAACT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	49276	ATTGCCATATTGATGCTGAAATTGTACTTTGTGCTGCCCTAATGTGAACT	49325

BX248416.3	1451	GTAAAATCGTTATTATGTAGTTTATGTATTATGTGTTTGTATGGTACTGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	49326	GTAAAATCGTTATTATGTAGTTTATGTATTATGTGTTTGTATGGTACTGT	49375

BX248416.3	1501	AGGATATTTTATGTTGTTTCAATGTAAATGATCTGCAATCCAAAACAAAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	49376	AGGATATTTTATGTTGTTTCAATGTAAATGATCTGCAATCCAAAACAAAC	49425

BX248416.3	1551	TGTCAACTTTGCCTAAGCTAAAAAGAAATAAAAATGTTATAATATTTAAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	49426	TGTCAACTTTGCCTAAGCTAAAAAGAAATAAAAATGTTATAATATTTAAG	49475

BX248416.3	1601	ATGCATCTAGTCTTACTGAAATATATCCAACAAGGCACACTTATTTGTTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	49476	ATGCATCTAGTCTTACTGAAATATATCCAACAAGGCACACTTATTTGTTA	49525

BX248416.3	1651	AGTAAATAAATTACAACTCTGTGAAATTACCCATGATTATCTGTGCATGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	49526	AGTAAATAAATTACAACTCTGTGAAATTACCCATGATTATCTGTGCATGT	49575

BX248416.3	1701	GTGTTTACTGAGGGCAGAGGACAGTTACTCACGACGGAGAAGGGTCTTTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	49576	GTGTTTACTGAGGGCAGAGGACAGTTACTCACGACGGAGAAGGGTCTTTG	49625

BX248416.3	1751	ACCGGCTCACTGTAAACAGAAAAACACACTCAGTTACAGATGAACTCCAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	49626	ACCGGCTCACTGTAAACAGAAAAACACACTCAGTTACAGATGAACTCCAG	49675

BX248416.3	1801	TTCAACCAGTTTTTACATTATAGAATTTGATATGCAGATATAGCTGAAGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	49676	TTCAACCAGTTTTTACATTATAGAATTTGATATGCAGATATAGCTGAAGT	49725

BX248416.3	1851	CAGAATTATAAGCCACCCTCTTTATTTTTTCCCCAATTTCTGTTTAACAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	49726	CAGAATTATAAGCCACCCTCTTTATTTTTTCCCCAATTTCTGTTTAACAG	49775

BX248416.3	1901	ATTAGATTTTTTTCAACACATTTCTAAACATAATAGTTTTAATAACTAAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	49776	ATTAGATTTTTTTCAACACATTTCTAAACATAATAGTTTTAATAACTAAT	49825

BX248416.3	1951	TTCTAATAACGGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510921.8	49826	TTCTAATAACGGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATAG	49875

Overview

Query
BX248416.3 - 155796 bps
Hit
BX510921.8 - 49875 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001869200012000147876498751
295.4653064012330129691770183381
386.413042590135101609919051116451
488.4110151756720687382319051108181
585.9386117287447576202111208129211
697.649309104821610226583111751222801
790.03198331868217285357113296165051
887.07111220582805930116124684267251
985.4109922329657698807129593318671
1088.1495116253281334437129594312291
1184.21964226799119101385134376366221
1296.23271831814330546485136658398601
1391.738011115101514102628136659377701
1493.498291093104432105524138192392821
1595.28174622174690849124140483427061
1691.377651122107405108526140819419301
1795.7103212264919050415142845440751
1887.799691697109318111014142845445241
1996.96402047575041655172145111498751
2091.228291240112840114079145916471471
2188.5812482258114122116379147615498741
Short-link