<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR925839.5	1	GACATAAGGACAGTTTAAACCAATATTAAACATTACAGTCCTCCAAACGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	189454	GACATAAGGACAGTTTAAACCAATATTAAACATTACAGTCCTCCAAACGC	189503

CR925839.5	51	ACAGGCTAGGTCAGAGATAGGAAACTTTGGTCCTGGAGAATCATTGGTTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	189504	ACAGGCTAGGTCAGAGATAGGAAACTTTGGTCCTGGAGAATCATTGGTTC	189553

CR925839.5	101	CTATTTCAGCTGAACAATTTTAGAATGTTGGAAACTGAAATCCATAGTAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	189554	CTATTTCAGCTGAACAATTTTAGAATGTTGGAAACTGAAATCCATAGTAG	189603

CR925839.5	151	GAAAAAATACAATGGAAGTCAATGTCTAGTGATTTTCAATTATTTAAGAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	189604	GAAAAAATACAATGGAAGTCAATGTCTAGTGATTTTCAATTATTTAAGAT	189653

CR925839.5	201	GTGGTGGAACGGGAGATTCGCATCATGGATGTACAGCCAGCAAATGTGCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	189654	GTGGTGGAACGGGAGATTCGCATCATGGATGTACAGCCAGCAAATGTGCA	189703

CR925839.5	251	GCAACTGCGTAATGCTACAATGTCAATATGGACCAAAATCTCTGAGGAAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	189704	GCAACTGCGTAATGCTACAATGTCAATATGGACCAAAATCTCTGAGGAAG	189753

CR925839.5	301	ATTTCCAGTACCTTGTTGAAACTGTGCCATAAAGTAATAAGGCATTTCTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	189754	ATTTCCAGTACCTTGTTGAAACTGTGCCATAAAGTAATAAGGCATTTCTG	189803

CR925839.5	351	AAGGTAAAAGGTGATCAAACCAGGTACTAGTAAGAAGTACCTAATAAAGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	189804	AAGGTAAAAGGTGATCAAACCAGGTACTAGTAAGAAGTACCTAATAAAGT	189853

CR925839.5	401	GGCCGATGAGTGTCGACTGCAGTCCATAGTAGGAAAAAATACAATGAAAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	189854	GGCCGATGAGTGTCGACTGCAGTCCATAGTAGGAAAAAATACAATGAAAG	189903

CR925839.5	451	TCAAAGTCTACTGGTTTTCAATTCTACAAACCATCTTCTGTTCTGTTCTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	189904	TCAAAGTCTACTGGTTTTCAATTCTACAAACCATCTTCTGTTCTGTTCTG	189953

CR925839.5	501	TGTTCAACAGCATAACAAACTGTAAAAAGTTTGCAACAAATGTAAACAAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	189954	TGTTCAACAGCATAACAAACTGTAAAAAGTTTGCAACAAATGTAAACAAG	190003

CR925839.5	551	TGGAGAGTGAGAATATCTATTTTTCAGTGAACCATCATTTAATTTGTACT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	190004	TGGAGAGTGAGAATATCTATTTTTCAGTGAACCATCATTTAATTTGTACT	190053

CR925839.5	601	TGCCTAATAAAAATATTATTCCTTTACATTTACATTTAGTCATTTAGCAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	190054	TGCCTAATAAAAATATTATTCCTTTACATTTACATTTAGTCATTTAGCAG	190103

CR925839.5	651	ACGCTTTTATTCAAAGTTTAAACTGATATCAATGTTTTAAACAGAAGTAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	190104	ACGCTTTTATTCAAAGTTTAAACTGATATCAATGTTTTAAACAGAAGTAC	190153

CR925839.5	701	ATGATCAGCAGCTTTACTTGTCTGTTATTATATGAAATATGGAAAAAAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	190154	ATGATCAGCAGCTTTACTTGTCTGTTATTATATGAAATATGGAAAAAAAA	190203

CR925839.5	751	AAAAAAAATTACCAGTTCTTTTTCCCATTAAGCCACGATAGTTCTACAGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	190204	AAAAAAAATTACCAGTTCTTTTTCCCATTAAGCCACGATAGTTCTACAGA	190253

CR925839.5	801	CAGTCATTGTAAAATATATTTTTTTCATTGAATCCAGTATTGCACTTACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	190254	CAGTCATTGTAAAATATATTTTTTTCATTGAATCCAGTATTGCACTTACA	190303

CR925839.5	851	CTGGCAGTATGTGATTTGGATTAGATCTAATACCCCAACATTTTATTGCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	190304	CTGGCAGTATGTGATTTGGATTAGATCTAATACCCCAACATTTTATTGCA	190353

CR925839.5	901	GGATTTAACTCATTTTTAAGAATGCATCATTGATTCTGTTAATTGATTTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	190354	GGATTTAACTCATTTTTAAGAATGCATCATTGATTCTGTTAATTGATTTG	190403

CR925839.5	951	ACACATTCAGGTCATGTACTGTTGTAGGTTTGTGTTTGTGTGTATGTGTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	190404	ACACATTCAGGTCATGTACTGTTGTAGGTTTGTGTTTGTGTGTATGTGTG	190453

CR925839.5	1001	TGGGTTTAAACTAACCACCAATCAGTGATGAAGATCTCCTCCTTGGCCTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	190454	TGGGTTTAAACTAACCACCAATCAGTGATGAAGATCTCCTCCTTGGCCTG	190503

CR925839.5	1051	TTCCAGTGCATCAGCCAGGTCTGAGAAATAGCCATGGCCATTAACATACC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	190504	TTCCAGTGCATCAGCCAGGTCTGAGAAATAGCCATGGCCATTAACATACC	190553

CR925839.5	1101	TGTCAATCAACAGTCATTTACTCAGTACCAACTTCATTGCATAAACTAGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	190554	TGTCAATCAACAGTCATTTACTCAGTACCAACTTCATTGCATAAACTAGC	190603

CR925839.5	1151	CCATAAATCAATATTCTCTAAAATGAAGCATTATGCAAATGCACAGACCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	190604	CCATAAATCAATATTCTCTAAAATGAAGCATTATGCAAATGCACAGACCA	190653

CR925839.5	1201	CTTTGTGAGGGTGTCCGGTCTGGGTGGGGCAAAGCCTTCAAATCGATGCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	190654	CTTTGTGAGGGTGTCCGGTCTGGGTGGGGCAAAGCCTTCAAATCGATGCA	190703

CR925839.5	1251	GCTTATAGAAATCACAGCGCTCAGAGAGACTGCGAATCTCATGACTCCAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	190704	GCTTATAGAAATCACAGCGCTCAGAGAGACTGCGAATCTCATGACTCCAC	190753

CR925839.5	1301	CACTGAGCCTGCCTGTAACTGCTGCACTTGATCACCAGCTTCCTAAAAAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	190754	CACTGAGCCTGCCTGTAACTGCTGCACTTGATCACCAGCTTCCTAAAAAC	190803

CR925839.5	1351	ACACACAAATACCAGCCATTTCTTCACATGCCTTTCTAAAATCAGATCTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	190804	ACACACAAATACCAGCCATTTCTTCACATGCCTTTCTAAAATCAGATCTC	190853

CR925839.5	1401	TATCTGGAAGAGGAAGACTTCCTGACACCGGTCATGAGAATAAACTATTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	190854	TATCTGGAAGAGGAAGACTTCCTGACACCGGTCATGAGAATAAACTATTT	190903

CR925839.5	1451	TACCTGCCGAAATTCTCGATGCAAACGCCATGTTGGATATCAGTGTAAAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	190904	TACCTGCCGAAATTCTCGATGCAAACGCCATGTTGGATATCAGTGTAAAC	190953

CR925839.5	1501	ACGTCCAACCAGCACCTTCAGCTCGGGGTCAAACAGCAGAACAAACGACA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	190954	ACGTCCAACCAGCACCTTCAGCTCGGGGTCAAACAGCAGAACAAACGACA	191003

CR925839.5	1551	CAATGCCAGGATCTCTGCACGTACACAACAGTGACAGAAAACAACAACAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	191004	CAATGCCAGGATCTCTGCACGTACACAACAGTGACAGAAAACAACAACAA	191053

CR925839.5	1601	TAATAGAAAACCCATTAACAAATGAATGATTAAATATTAATGCACATTAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	191054	TAATAGAAAACCCATTAACAAATGAATGATTAAATATTAATGCACATTAA	191103

CR925839.5	1651	ATAGGAGTGCTGCAATAAACAACATCAATGCTGAGACAATTCAGAGCTGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	191104	ATAGGAGTGCTGCAATAAACAACATCAATGCTGAGACAATTCAGAGCTGA	191153

CR925839.5	1701	ATCAACCATCATTTCCACATCAAATACAAAGCATAAACATGATTTCAAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	191154	ATCAACCATCATTTCCACATCAAATACAAAGCATAAACATGATTTCAAAA	191203

CR925839.5	1751	ACAATACAAAGATCTACAGTTATATTTAAAGTCAGTGTTTAAGAGAAACT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	191204	ACAATACAAAGATCTACAGTTATATTTAAAGTCAGTGTTTAAGAGAAACT	191253

CR925839.5	1801	AATAGTTTGTGTAAAAGAATGTTAAAATGATTTATAATCAAGTGCCTATT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	191254	AATAGTTTGTGTAAAAGAATGTTAAAATGATTTATAATCAAGTGCCTATT	191303

CR925839.5	1851	TAATTATTTGGTAACCCTTTACAATAACAGAACATAAATAATGATGTGTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	191304	TAATTATTTGGTAACCCTTTACAATAACAGAACATAAATAATGATGTGTT	191353

CR925839.5	1901	AACATTTAAACTAAACAGTACTTTATTATGAAGTAATGATGAGTTAAGGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	191354	AACATTTAAACTAAACAGTACTTTATTATGAAGTAATGATGAGTTAAGGC	191403

CR925839.5	1951	ATGCGCTAATCATGAACTAATGTTAACTACAACATGAGTCACAAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510648.5	191404	ATGCGCTAATCATGAACTAATGTTAACTACAACATGAGTCACAAGAATTC	191453

Overview

Query
CR925839.5 - 34577 bps
Hit
BX510648.5 - 191453 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193420001200011894541914531
286.511953967904829912506421
389.7756878482856818249111
487.713045181806218579116362168821
588.241502401862118860116892171291
687.850821803718118-117158172391
780.295926780298295122491227691
890.771361911653216722127095272891
980.79853452077421118139423397761
1079.67693862077921164-150289507161
1187.212363981840118798-189924903141
1287.14631372100721143-11311361312751
1384.141202961271213007-11311911314801
1480.69672352077421008-11313001315321
1592.021391851653216716-11374891376761
1692.693133239452407711693221694561
1787.011272501271512964-11812281814811
1886.81951832082221004-11812991814801
1982.43107293127151300711847071850021
2086.2687182208222100311847081848891
Short-link