<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR394524.8	2000	AAGCTTCCAAAATCCACATGCTGAGTTGTAAAAAGTAAAAAGTAAAAGTT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1	AAGCTTCCAAAATCCACATGCTGAGTTGTAAAAAGTAAAAAGTAAAAGTT	50

C  CR394524.8	1950	TGGTATCATTTTAAAGAAAACTCTCTGAATTTTCACAAAACACTGTTGAG	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	51	TGGTATCATTTTAAAGAAAACTCTCTGAATTTTCACAAAACACTGTTGAG	100

C  CR394524.8	1900	AGTAATTAAAATAATTGTATATGTTGTCTGTGTTATAATAGACCCTCCAA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	101	AGTAATTAAAATAATTGTATATGTTGTCTGTGTTATAATAGACCCTCCAA	150

C  CR394524.8	1850	AAAATAGGCCTTTTTAAACTAGTTTTTTTTAGAAAGTGTACCTTTTAGGT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	151	AAAATAGGCCTTTTTAAACTAGTTTTTTTTAGAAAGTGTACCTTTTAGGT	200

C  CR394524.8	1800	TCTGTGTGGTCTAGGATGCTGTAATTAGGTTTTTTGGTTCCTGCACATGT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	201	TCTGTGTGGTCTAGGATGCTGTAATTAGGTTTTTTGGTTCCTGCACATGT	250

C  CR394524.8	1750	CAGTAATCATAGGAAAAAAACAAAAATGTCTCTATCATAATCTATACAAA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	251	CAGTAATCATAGGAAAAAAACAAAAATGTCTCTATCATAATCTATACAAA	300

C  CR394524.8	1700	AGTTATTCTAATCCAACTGATGAGAAAACGGAACCTCTAGTGGGGGTATT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	301	AGTTATTCTAATCCAACTGATGAGAAAACGGAACCTCTAGTGGGGGTATT	350

C  CR394524.8	1650	GGGCCAATACAGACCTTTAAAATTTAAAGAATGTAAAAGTAAATGATGTC	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	351	GGGCCAATACAGACCTTTAAAATTTAAAGAATGTAAAAGTAAATGATGTC	400

C  CR394524.8	1600	ACGGACCTGCCACCAATTCAAGCACCAATCATGATCCACCGTTATCCGCT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	401	ACGGACCTGCCACCAATTCAAGCACCAATCATGATCCACCGTTATCCGCT	450

C  CR394524.8	1550	GCACCGGTGAATAGTTGAGTGTGCGAGAGCAAGAAAAAGTGAGAGAGAGA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	451	GCACCGGTGAATAGTTGAGTGTGCGAGAGCAAGAAAAAGTGAGAGAGAGA	500

C  CR394524.8	1500	GAGAGAAAGATAACACACACACATACACACACACACACACACACTACAAC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	501	GAGAGAAAGATAACACACACACATACACACACACACACACACACTACAAC	550

C  CR394524.8	1450	TACTCGTCATCATTTATTCATTAATTTACCTTCAGCTTAGTCCCTTTATT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	551	TACTCGTCATCATTTATTCATTAATTTACCTTCAGCTTAGTCCCTTTATT	600

C  CR394524.8	1400	TTTCTGGGGTCACCTCAGTGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGAATGTAT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	601	TTTCTGGGGTCACCTCAGTGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGAATGTAT	650

C  CR394524.8	1350	TTTACACAGCACATGCCCTTCCAGCTGCAGCCCAGTACTAGGAAACACCC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	651	TTTACACAGCACATGCCCTTCCAGCTGCAGCCCAGTACTAGGAAACACCC	700

C  CR394524.8	1300	CTACATTCTCACCTATAACACATGTCTTTGGACAGTGGAGGTAATCGGAG	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	701	CTACATTCTCACCTATAACACATGTCTTTGGACAGTGGAGGTAATCGGAG	750

C  CR394524.8	1250	CACCTGGAGGAAACCCAAGTAAATACCTGCACCTGCGAATAGTTGAGAGA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	751	CACCTGGAGGAAACCCAAGTAAATACCTGCACCTGCGAATAGTTGAGAGA	800

C  CR394524.8	1200	GCGAGAAAAAAAAAGAGCTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	801	GCGAGAAAAAAAAAGAGCTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGA	850

C  CR394524.8	1150	CACCACACAACCACACACACACACACACATACACACACTACAACTACTCG	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	851	CACCACACAACCACACACACACACACACATACACACACTACAACTACTCG	900

C  CR394524.8	1100	TAACAACTGTCATCATTCATTCATTCATTTTTCTTCGGCTTAGTTCATTT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	901	TAACAACTGTCATCATTCATTCATTCATTTTTCTTCGGCTTAGTTCATTT	950

C  CR394524.8	1050	GATCATCAGGGGTCGCCACAGTGGAATGAACCGCTAACTTATCCGGCATA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	951	GATCATCAGGGGTCGCCACAGTGGAATGAACCGCTAACTTATCCGGCATA	1000

C  CR394524.8	1000	TGTTTTACGTAGCGGATGCCCTTCTAGCTGCAAACCAGTACTGGGAAACA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1001	TGTTTTACGTAGCGGATGCCCTTCTAGCTGCAAACCAGTACTGGGAAACA	1050

C  CR394524.8	950	CCCATACACTGTCACATTACCACCTATAGCACATGTCTTTGGACTGTGGG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1051	CCCATACACTGTCACATTACCACCTATAGCACATGTCTTTGGACTGTGGG	1100

C  CR394524.8	900	GGAAAACGAAGCGCCCGAAGGAAACCCACGCGAACACAGAGAGAACATAC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1101	GGAAAACGAAGCGCCCGAAGGAAACCCACGCGAACACAGAGAGAACATAC	1150

C  CR394524.8	850	AAACTCCACACAGAAATGCCAACTGACCCAGCCGAGGCTCAACCCAGCGA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1151	AAACTCCACACAGAAATGCCAACTGACCCAGCCGAGGCTCAACCCAGCGA	1200

C  CR394524.8	800	GCTTCTTACTGTGCTGCGACAGCACTAACTACTGCGCCACCGTGTCGCCT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1201	GCTTCTTACTGTGCTGCGACAGCACTAACTACTGCGCCACCGTGTCGCCT	1250

C  CR394524.8	750	AAAAGAAATCAGTTATTGTAAATGAGTTATTAAAACTATATAACTTATAA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1251	AAAAGAAATCAGTTATTGTAAATGAGTTATTAAAACTATATAACTTATAA	1300

C  CR394524.8	700	ATGTGTTGAAATAAATATTTCCTTTAAACAGAAATTAGGGGAAAATTTAT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1301	ATGTGTTGAAATAAATATTTCCTTTAAACAGAAATTAGGGGAAAATTTAT	1350

C  CR394524.8	650	ACAGGGGGGCTAATATTTCTGACTTCGACTGTACATCAAATCAACATCTA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1351	ACAGGGGGGCTAATATTTCTGACTTCGACTGTACATCAAATCAACATCTA	1400

C  CR394524.8	600	ACATTGGTGTTTTTTGCCTGCCGGGAGGTGTACTCTCCCTTTAAGATAAT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1401	ACATTGGTGTTTTTTGCCTGCCGGGAGGTGTACTCTCCCTTTAAGATAAT	1450

C  CR394524.8	550	AAGTGCGTCCGAGCATTGCTGACATCAGTGCCTTCTGTTTATCTCTGCAG	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1451	AAGTGCGTCCGAGCATTGCTGACATCAGTGCCTTCTGTTTATCTCTGCAG	1500

C  CR394524.8	500	GGACGATTAACTCCTGGGTGGTGATCTTCATTCTCCCTATAAACAGCGCC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1501	GGACGATTAACTCCTGGGTGGTGATCTTCATTCTCCCTATAAACAGCGCC	1550

C  CR394524.8	450	CTTAACCCCATCCTCTACACCCTGACCACCAGCTTCTTCAGAGAGCAGGT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1551	CTTAACCCCATCCTCTACACCCTGACCACCAGCTTCTTCAGAGAGCAGGT	1600

C  CR394524.8	400	GGAGCTGCTCCTTTGCCGCTGGCAGCGGCGCTCTGCCACAAAGAAAGACC	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1601	GGAGCTGCTCCTTTGCCGCTGGCAGCGGCGCTCTGCCACAAAGAAAGACC	1650

C  CR394524.8	350	GCAAGAGCGTCACCAGCTCCACCATCTACATGGAGACCTCACGAAATCCT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1651	GCAAGAGCGTCACCAGCTCCACCATCTACATGGAGACCTCACGAAATCCT	1700

C  CR394524.8	300	GAATACCCCGCAAAGAATTCTTTACCACGACTGTCTTTGGCTGACATGGA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1701	GAATACCCCGCAAAGAATTCTTTACCACGACTGTCTTTGGCTGACATGGA	1750

C  CR394524.8	250	CAACCAATATGGGTGAAAGAGCCGGAAGGTATCGTAGCGTAGGTCTATCA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1751	CAACCAATATGGGTGAAAGAGCCGGAAGGTATCGTAGCGTAGGTCTATCA	1800

C  CR394524.8	200	TAATCATTATCTCCATTCAGACCGGAGAATGACAGGCTTTCCTGGAACAA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1801	TAATCATTATCTCCATTCAGACCGGAGAATGACAGGCTTTCCTGGAACAA	1850

C  CR394524.8	150	TTTAAGTGAAAGGATGGCGCTGTGATTCCTGCCGTTCGGGATCAGAAATG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1851	TTTAAGTGAAAGGATGGCGCTGTGATTCCTGCCGTTCGGGATCAGAAATG	1900

C  CR394524.8	100	GAGAGCTCTTTGTAGACGCATGACTGTAGCTACACTGTTTACTCCATTAG	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1901	GAGAGCTCTTTGTAGACGCATGACTGTAGCTACACTGTTTACTCCATTAG	1950

C  CR394524.8	50	GAGAAGCATTTTTATTCACTTAAGCTGAGATAAGAACCTCAGATCCCTCC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX470223.14	1951	GAGAAGCATTTTTATTCACTTAAGCTGAGATAAGAACCTCAGATCCCTCC	2000

Overview

Query
CR394524.8 - 57549 bps
Hit
BX470223.14 - 247644 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001977200012000-1120001
285.11881695524455412-122337225041
390.91652521280013051-147988482401
493.313619491799372149042492351
5100541161153611651-170243703581
678.24692274094541171171609718241
786.28113229128351306311084191086441
882.211252955478355077-11147191149991
989.041842884541482811150701153521
1088.291282361277813013-11203701206081
1185.7154118131411325811354591355771
1285.2255114268492696211386071387211
1385.7163112269592707011387471388581
1483.79132340128781321711389751393071
15927198268652696211739141740131
1675.4561290140041429311739201741961
1775.7578346139811432612116482119811
1890.4377113268502696212116512117651
1989.07114179269612713912117922119741
2090.4376113268502696212294912296051
2189.03101155269612711512296322297861
Short-link