<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX248310.3	1	GGCCAGCTGAGAAATAAAGAAAGACAGTACAAAGAGAGGAATTTTACAGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	56847	GGCCAGCTGAGAAATAAAGAAAGACAGTACAAAGAGAGGAATTTTACAGC	56896

BX248310.3	51	TGGGCCACCAGGGGTGACATCACATATCGGTAGGACCGTGATGTCTGCCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	56897	TGGGCCACCAGGGGTGACATCACATATCGGTAGGACCGTGATGTCTGCCT	56946

BX248310.3	101	GAGTCTCAGACCAACAAGTTTTTATTAAGGGTTTCAAAAGGGGAGGGGGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	56947	GAGTCTCAGACCAACAAGTTTTTATTAAGGGTTTCAAAAGGGGAGGGGGT	56996

BX248310.3	151	GTAAGAACAAGGAGTAGGTAAAAAGTCACATGCTTCTGAGTGCAAAAAGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	56997	GTAAGAACAAGGAGTAGGTAAAAAGTCACATGCTTCTGAGTGCAAAAAGC	57046

BX248310.3	201	AGAACTACTAATAAGAGTCTAACAAAGATCACATGCTTCTGAGGGAACAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	57047	AGAACTACTAATAAGAGTCTAACAAAGATCACATGCTTCTGAGGGAACAA	57096

BX248310.3	251	GACAAAGGGCAAAAGCAGAACCACTGATAAGGGTCTATGTTTAGCAGTGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	57097	GACAAAGGGCAAAAGCAGAACCACTGATAAGGGTCTATGTTTAGCAGTGC	57146

BX248310.3	301	ACGTATTGTCTTGATAAACATCTTAAACAACAGAAAACAGGGTTTGAGAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	57147	ACGTATTGTCTTGATAAACATCTTAAACAACAGAAAACAGGGTTTGAGAG	57196

BX248310.3	351	CAGAGAAGTGGTCAGACCACAAGTTTACCAGGGCAGAGTTTTTCCCCACC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	57197	CAGAGAAGTGGTCAGACCACAAGTTTACCAGGGCAGAGTTTTTCCCCACC	57246

BX248310.3	401	CTAGTAAGCCTGAGGGTTCTGCAGGAGACCAGGGCATATCTCAGTCCTTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	57247	CTAGTAAGCCTGAGGGTTCTGCAGGAGACCAGGGCATATCTCAGTCCTTA	57296

BX248310.3	451	TCTCAACTGCATAAGACAGACATTCCCAGAGCGGCCGTTTATAGACCTCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	57297	TCTCAACTGCATAAGACAGACATTCCCAGAGCGGCCGTTTATAGACCTCC	57346

BX248310.3	501	CCCCAGGAATGAATTCCTTCTCCAGTGTATTAATATTAATATTCCTTGCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	57347	CCCCAGGAATGAATTCCTTCTCCAGTGTATTAATATTAATATTCCTTGCT	57396

BX248310.3	551	AGGAAAAGAATTTAGTGATATCTTTCCTACTTGCACGTCTGTTTATAGGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	57397	AGGAAAAGAATTTAGTGATATCTTTCCTACTTGCACGTCTGTTTATAGGC	57446

BX248310.3	601	TCTGCGCAAGAAGAAAAATATGGCTGTTTTTGCCCAACCTCGCAGGCAGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	57447	TCTGCGCAAGAAGAAAAATATGGCTGTTTTTGCCCAACCTCGCAGGCAGT	57496

BX248310.3	651	CAGACCTTATGGTTGTCTTCCCTTGTTCCATAAAAATTGCTGTTATTCTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	57497	CAGACCTTATGGTTGTCTTCCCTTGTTCCATAAAAATTGCTGTTATTCTA	57546

BX248310.3	701	TTCTTTTTCAAGGTGCACTGATTTCATATTGTTCAAACACACGTTTTACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	57547	TTCTTTTTCAAGGTGCACTGATTTCATATTGTTCAAACACACGTTTTACA	57596

BX248310.3	751	ATCAAATTGTAACACAATTATCACAGTGGTCCTAAGGTGACGTACATCCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	57597	ATCAAATTGTAACACAATTATCACAGTGGTCCTAAGGTGACGTACATCCT	57646

BX248310.3	801	CAGCTTATGAAGATAACAGGATTAAGAGATTAAAGTAAAGACAGGCATAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	57647	CAGCTTATGAAGATAACAGGATTAAGAGATTAAAGTAAAGACAGGCATAA	57696

BX248310.3	851	GAAATTATAAAAGTATTATTTGGGAACTGTTAAATGTCCATATTAAAATG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	57697	GAAATTATAAAAGTATTATTTGGGAACTGTTAAATGTCCATATTAAAATG	57746

BX248310.3	901	AAATCTTCACAATTTATGTTCCTCTGCCACAGCTCCAGCCAGTCCCTCAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	57747	AAATCTTCACAATTTATGTTCCTCTGCCACAGCTCCAGCCAGTCCCTCAT	57796

BX248310.3	951	TCGGGGTCCTTGACTTCCCGCAACAACAGTAAGAGTAAGCAAGTAAACCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	57797	TCGGGGTCCTTGACTTCCCGCAACAACAGTAAGAGTAAGCAAGTAAACCT	57846

BX248310.3	1001	CTACCTTCTTCGGTCCCAGAGGAAAAGATAAAAAAAAATTAAGCATTTAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	57847	CTACCTTCTTCGGTCCCAGAGGAAAAGATAAAAAAAAATTAAGCATTTAT	57896

BX248310.3	1051	TTCATGTCCCTAAGTCTGCTAAACACAGGTTTCTACCAGCTGTTCATTGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	57897	TTCATGTCCCTAAGTCTGCTAAACACAGGTTTCTACCAGCTGTTCATTGT	57946

BX248310.3	1101	CCAGACATGGAGTGGCCCTACCTCTAATCTAGAAGTTAGGATTTTTTAGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	57947	CCAGACATGGAGTGGCCCTACCTCTAATCTAGAAGTTAGGATTTTTTAGG	57996

BX248310.3	1151	CCTTTGAGGGGGTCACATAAAAACTAATAAGTGTCAGAGATTCTCTCCCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	57997	CCTTTGAGGGGGTCACATAAAAACTAATAAGTGTCAGAGATTCTCTCCCC	58046

BX248310.3	1201	AGAAATATTTCCACACACAAGAAAATATAAATATTAATATAAAACATCAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	58047	AGAAATATTTCCACACACAAGAAAATATAAATATTAATATAAAACATCAG	58096

BX248310.3	1251	TGTGCAACCAGATCCTCTGAGATCTTATAAACCTGGGTGTTTTAATCCCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	58097	TGTGCAACCAGATCCTCTGAGATCTTATAAACCTGGGTGTTTTAATCCCA	58146

BX248310.3	1301	GTAAGAGACAATGCCAAGGGAAGATGTGTGAATAATCATTTCACCATCAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	58147	GTAAGAGACAATGCCAAGGGAAGATGTGTGAATAATCATTTCACCATCAC	58196

BX248310.3	1351	ACCATGCCACTCCAATAATCTGGAGTATGAACTGGGATAGACAAAAACTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	58197	ACCATGCCACTCCAATAATCTGGAGTATGAACTGGGATAGACAAAAACTT	58246

BX248310.3	1401	GATGTAATAACTTATTTTCAAGGGAATGGGTGGAAAGATGTTATTTATTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	58247	GATGTAATAACTTATTTTCAAGGGAATGGGTGGAAAGATGTTATTTATTA	58296

BX248310.3	1451	GTCACCAGTTCATTCAGACACTCTGAATCCCTACCAGATACTAGATAAAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	58297	GTCACCAGTTCATTCAGACACTCTGAATCCCTACCAGATACTAGATAAAT	58346

BX248310.3	1501	TTCTTGTCTTGGAGCACTGCTCCAATAATTAAAATTTATCATTCTTTTCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	58347	TTCTTGTCTTGGAGCACTGCTCCAATAATTAAAATTTATCATTCTTTTCC	58396

BX248310.3	1551	CATCCTTCACACTCCAGCACTTGAACCCTCTTACTACATCAGAATTCCAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	58397	CATCCTTCACACTCCAGCACTTGAACCCTCTTACTACATCAGAATTCCAC	58446

BX248310.3	1601	ACTGTCAATGAAAAGAGGCAAACTTCATAAAATATTTGAAGAGATTTATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	58447	ACTGTCAATGAAAAGAGGCAAACTTCATAAAATATTTGAAGAGATTTATT	58496

BX248310.3	1651	CTGAGCCAAATACGAGTGACCACAGCCCATGACACGTCCCTCAGGAGACC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	58497	CTGAGCCAAATACGAGTGACCACAGCCCATGACACGTCCCTCAGGAGACC	58546

BX248310.3	1701	CTGAGAGCATGTGCTCAATGTGGTTGGGGTATGGGTTGGTTTTATACATT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	58547	CTGAGAGCATGTGCTCAATGTGGTTGGGGTATGGGTTGGTTTTATACATT	58596

BX248310.3	1751	TTAGGAAGATATGAGACACTAATAATATATATTTAAGATATACATTGGTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	58597	TTAGGAAGATATGAGACACTAATAATATATATTTAAGATATACATTGGTT	58646

BX248310.3	1801	CAGTCCAGAAAAGCAGAACAATTTGAAGCAAGCAAGGGTTGGGGGTTACT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	58647	CAGTCCAGAAAAGCAGAACAATTTGAAGCAAGCAAGGGTTGGGGGTTACT	58696

BX248310.3	1851	GCTTCTAGGTTATAGGTAGATTTTAAAATGTTCTGATTGGCAATTGGTTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	58697	GCTTCTAGGTTATAGGTAGATTTTAAAATGTTCTGATTGGCAATTGGTTG	58746

BX248310.3	1901	AGTTATTATCAATAAAAAGCAATGTCTGGGTTATGATAAGAGGTTGTGGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	58747	AGTTATTATCAATAAAAAGCAATGTCTGGGTTATGATAAGAGGTTGTGGA	58796

BX248310.3	1951	GTCCAAAATTTTATCATGCAGTTGAAGCCTCCAGGTGCCAGGCTTCAGAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX470206.6	58797	GTCCAAAATTTTATCATGCAGTTGAAGCCTCCAGGTGCCAGGCTTCAGAG	58846

Overview

Query
BX248310.3 - 116320 bps
Hit
BX470206.6 - 58846 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link